uu.seUppsala universitets publikasjoner
Endre søk
Begrens søket
1 - 3 of 3
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Treff pr side
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
Merk
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 1.
    Backman, Max
    et al.
    Department of Immunology, Genetics and Pathology, Uppsala University, Uppsala, Sweden.
    La Fleur, Linnea
    Department of Immunology, Genetics and Pathology, Uppsala University, Uppsala, Sweden.
    Kurppa, Pinja
    Department of Immunology, Genetics and Pathology, Uppsala University, Uppsala, Sweden.
    Djureinovic, Dijana
    Department of Immunology, Genetics and Pathology, Uppsala University, Uppsala, Sweden.
    Elfving, Hedvig
    Department of Immunology, Genetics and Pathology, Uppsala University, Uppsala, Sweden.
    Brunnström, Hans
    Division of Pathology, Lund University, Skåne University Hospital, Lund, Sweden.
    Mattsson, Johanna Sofia Margareta
    Department of Immunology, Genetics and Pathology, Uppsala University, Uppsala, Sweden.
    Pontén, Victor
    Department of Immunology, Genetics and Pathology, Uppsala University, Uppsala, Sweden.
    Eltahir, Mohamed
    Department of Pharmaceutical Bioscience, Uppsala University, Uppsala, Sweden.
    Mangsbo, Sara
    Department of Pharmaceutical Bioscience, Uppsala University, Uppsala, Sweden.
    Isaksson, Johan
    Department of Immunology, Genetics and Pathology, Uppsala University, Uppsala, Sweden; Dept. of Respiratory Medicine, Gävle Hospital, Gävle, Sweden..
    Jirström, Karin
    Division of Pathology, Lund University, Skåne University Hospital, Lund, Sweden.
    Kärre, Klas
    Department of Microbiology, Cell and Tumor Biology (MTC), Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden..
    Carbone, Ennio
    Department of Microbiology, Cell and Tumor Biology (MTC), Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden; Tumor Immunology and Immunopathology Laboratory, Dept. of Experimental and Clinical Medicine, University Magna Graecia of Catanzaro, Catanzaro, Italy..
    Leandersson, Karin
    Cancer Immunology, Dept. of Translational Medicine, Lund University, Skånes University Hospital, Malmö, Sweden.
    Mezheyeuski, Artur
    Department of Immunology, Genetics and Pathology, Uppsala University, Uppsala, Sweden.
    Pontén, Fredrik
    Department of Immunology, Genetics and Pathology, Uppsala University, Uppsala, Sweden.
    Lindskog, Cecilia
    Department of Immunology, Genetics and Pathology, Uppsala University, Uppsala, Sweden.
    Botling, Johan
    Department of Immunology, Genetics and Pathology, Uppsala University, Uppsala, Sweden.
    Micke, Patrick
    Department of Immunology, Genetics and Pathology, Uppsala University, Uppsala, Sweden.
    Extending the immune phenotypes of lung cancer: Oasis in the desertManuskript (preprint) (Annet vitenskapelig)
    Abstract [en]

    Introduction: Tumor infiltrating immune cells are key elements of the tumor microenvironment and mediate the anti-tumor effects of immunotherapy. The aim of the study was to characterize patterns of immune cell infiltration in non-small cell lung cancer (NSCLC) in relation to tumor mutations and clinicopathological parameters. 

    Methods: Lymphocytes (CD4+, CD8+, CD20+, FOXP3+, CD45RO+), macrophages (CD163+), plasma cells (CD138+), NK cells (NKp46+) and PD-L1+ were annotated on a tissue microarray including 357 operated NSCLC cases. Somatic mutations and tumor mutational burden were analyzed by targeted sequencing for 82 genes, and transcriptomic immune patterns were established in 197 patients based on RNAseq data. 

    Results: We identified somatic mutations (TP53, NF1, KEAP1, CSMD3, LRP1B) that correlated with specific immune cell infiltrates. Hierarchical clustering revealed four immune classes: with (1) high immune cell infiltration (“inflamed”), (2) low immune cell infiltration (“desert”), (3) a mixed phenotype, and (4) a new phenotype with an overall muted inflammatory cell pattern but with an imprint of NK and plasma cells. This latter class exhibited low expression of immune response-related genes (e.g. CXCL9, GZMB, INFG, TGFB1), but was linked to better survival and therefore designated “oasis”. Otherwise, the four immune classes were not related to the presence of specific mutations (EGFR, KRAS, TP53) or histologic subtypes. 

    Conclusion: We present a compartment-specific immune cell analysis in the context of the molecular and clinical background of NSCLC and identified the novel immune class “oasis”. The immune classification helps to better define the immunogenic potency of NSCLC in the era of immunotherapy. 

  • 2.
    La Fleur, Linnea
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Boura, Vanessa F.
    Karolinska Inst, Dept Microbiol Tumor & Cell Biol, Stockholm, Sweden.
    Alexeyenko, Andrey
    Karolinska Inst, Dept Microbiol Tumor & Cell Biol, Stockholm, Sweden;Natl Bioinformat Infrastruct Sweden, Sci Life Lab, Solna, Sweden.
    Berglund, Anders
    Epistat, Uppsala, Sweden.
    Ponten, Victor
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Mattsson, Johanna Sofia Margareta
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi.
    Djureinovic, Dijana
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi.
    Persson, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Brunnström, Hans
    Lund Univ, Skane Univ Hosp, Div Pathol, Lund, Sweden.
    Isaksson, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Centrum för klinisk forskning, Gävleborg.
    Brandén, Eva
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Centrum för klinisk forskning, Gävleborg. Gavle Cent Hosp, Dept Resp Med, Gavle, Sweden.
    Koyi, Hirsh
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Centrum för klinisk forskning, Gävleborg. Gavle Cent Hosp, Dept Resp Med, Gavle, Sweden.
    Micke, Patrick
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Karlsson, Mikael C. I.
    Karolinska Inst, Dept Microbiol Tumor & Cell Biol, Stockholm, Sweden.
    Botling, Johan
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi.
    Expression of scavenger receptor MARCO defines a targetable tumor-associated macrophage subset in non-small cell lung cancer2018Inngår i: International Journal of Cancer, ISSN 0020-7136, E-ISSN 1097-0215, Vol. 143, nr 7, s. 1741-1752Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Tumor-associated macrophages (TAMs) are attractive targets for immunotherapy. Recently, studies in animal models showed that treatment with an anti-TAM antibody directed against the scavenger receptor MARCO resulted in suppression of tumor growth and metastatic dissemination. Here we investigated the expression of MARCO in relation to other macrophage markers and immune pathways in a non-small cell lung cancer (NSCLC) cohort (n=352). MARCO, CD68, CD163, MSR1 and programmed death ligand-1 (PD-L1) were analyzed by immunohistochemistry and immunofluorescence, and associations to other immune cells and regulatory pathways were studied in a subset of cases (n=199) with available RNA-seq data. We observed a large variation in macrophage density between cases and a strong correlation between CD68 and CD163, suggesting that the majority of TAMs present in NSCLC exhibit a protumor phenotype. Correlation to clinical data only showed a weak trend toward worse survival for patients with high macrophage infiltration. Interestingly, MARCO was expressed on a distinct subpopulation of TAMs, which tended to aggregate in close proximity to tumor cell nests. On the transcriptomic level, we found a positive association between MARCO gene expression and general immune response pathways including strong links to immunosuppressive TAMs, T-cell infiltration and immune checkpoint molecules. Indeed, a higher macrophage infiltration was seen in tumors expressing PD-L1, and macrophages residing within tumor cell nests co-expressed MARCO and PD-L1. Thus, MARCO is a potential new immune target for anti-TAM treatment in a subset of NSCLC patients, possibly in combination with available immune checkpoint inhibitors.

  • 3.
    La Fleur, Linnea
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Falk-Sörqvist, Elin
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Smeds, Patrik
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Berglund, Anders
    Sundström, Magnus
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Mattsson, Johanna Sofia Margareta
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi.
    Brandén, Eva
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Centrum för klinisk forskning, Gävleborg. Dept. of Respiratory Medicine, Gävle Hospital, Gävle.
    Koyi, Hirsh
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Centrum för klinisk forskning, Gävleborg. Dept. of Respiratory Medicine, Gävle Hospital, Gävle.
    Isaksson, Johan
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Centrum för klinisk forskning, Gävleborg. Dept. of Respiratory Medicine, Gävle Hospital, Gävle.
    Brunnström, Hans
    Nilsson, Mats
    Micke, Patrick
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Moens, Lotte
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Botling, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Mutation patterns in a population-based non-small cell lung cancer cohort and prognostic impact of concomitant mutations in KRAS and TP53 or STK112019Inngår i: Lung Cancer, ISSN 0169-5002, E-ISSN 1872-8332, Vol. 130, s. 50-58Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    OBJECTIVES: Non-small cell lung cancer (NSCLC) is a heterogeneous disease with unique combinations of somatic molecular alterations in individual patients, as well as significant differences in populations across the world with regard to mutation spectra and mutation frequencies. Here we aim to describe mutational patterns and linked clinical parameters in a population-based NSCLC cohort.

    MATERIALS AND METHODS: Using targeted resequencing the mutational status of 82 genes was evaluated in a consecutive Swedish surgical NSCLC cohort, consisting of 352 patient samples from either fresh frozen or formalin fixed paraffin embedded (FFPE) tissues. The panel covers all exons of the 82 genes and utilizes reduced target fragment length and two-strand capture making it compatible with degraded FFPE samples.

    RESULTS: We obtained a uniform sequencing coverage and mutation load across the fresh frozen and FFPE samples by adaption of sequencing depth and bioinformatic pipeline, thereby avoiding a technical bias between these two sample types. At large, the mutation frequencies resembled the frequencies seen in other western populations, except for a high frequency of KRAS hotspot mutations (43%) in adenocarcinoma patients. Worse overall survival was observed for adenocarcinoma patients with a mutation in either TP53, STK11 or SMARCA4. In the adenocarcinoma KRAS-mutated group poor survival appeared to be linked to concomitant TP53 or STK11 mutations, and not to KRAS mutation as a single aberration. Similar results were seen in the analysis of publicly available data from the cBioPortal. In squamous cell carcinoma a worse prognosis could be observed for patients with MLL2 mutations, while CSMD3 mutations were linked to a better prognosis.

    CONCLUSION: Here we have evaluated the mutational status of a NSCLC cohort. We could not confirm any survival impact of isolated driver mutations. Instead, concurrent mutations in TP53 and STK11 were shown to confer poor survival in the KRAS-positive adenocarcinoma subgroup.

1 - 3 of 3
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf