uu.seUppsala universitets publikasjoner
Endre søk
Begrens søket
1 - 34 of 34
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Treff pr side
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
Merk
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 1.
    Ahmed, Laeeq
    et al.
    Royal Institute of Technology, KTH.
    Georgiev, Valentin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Capuccini, Marco
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Toor, Salman
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Laure, Erwin
    Royal Institute of Technology, KTH.
    Spjuth, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Efficient iterative virtual screening with Apache Spark and conformal prediction.2018Inngår i: Journal of Cheminformatics, ISSN 1758-2946, E-ISSN 1758-2946, Vol. 10, artikkel-id 8Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    BACKGROUND: Docking and scoring large libraries of ligands against target proteins forms the basis of structure-based virtual screening. The problem is trivially parallelizable, and calculations are generally carried out on computer clusters or on large workstations in a brute force manner, by docking and scoring all available ligands.

    CONTRIBUTION: In this study we propose a strategy that is based on iteratively docking a set of ligands to form a training set, training a ligand-based model on this set, and predicting the remainder of the ligands to exclude those predicted as 'low-scoring' ligands. Then, another set of ligands are docked, the model is retrained and the process is repeated until a certain model efficiency level is reached. Thereafter, the remaining ligands are docked or excluded based on this model. We use SVM and conformal prediction to deliver valid prediction intervals for ranking the predicted ligands, and Apache Spark to parallelize both the docking and the modeling.

    RESULTS: We show on 4 different targets that conformal prediction based virtual screening (CPVS) is able to reduce the number of docked molecules by 62.61% while retaining an accuracy for the top 30 hits of 94% on average and a speedup of 3.7. The implementation is available as open source via GitHub ( https://github.com/laeeq80/spark-cpvs ) and can be run on high-performance computers as well as on cloud resources.

  • 2.
    Alogheli, Hiba
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Olanders, Gustav
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Brandt, Peter
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Anders, Karlén
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Docking of Macrocycles: Comparing Rigid and Flexible Docking in Glide2017Inngår i: Journal of Chemical Information and Modeling, ISSN 1549-9596, E-ISSN 1549-960X, Vol. 57, nr 2, s. 190-202Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    In recent years, there has been an increased interest in using macrocyclic compounds for drug discovery and development. For docking of these commonly large and flexible compounds to be addressed, a screening and a validation set were assembled from the PDB consisting of 16 and 31 macrocycle-containing protein complexes, respectively. The macrocycles were docked in Glide by rigid docking of pregenerated conformational ensembles produced by the macrocycle conformational sampling method (MCS) in Schrödinger Release 2015-3 or by direct Glide flexible docking after performing ring-templating. The two protocols were compared to rigid docking of pregenerated conformational ensembles produced by an exhaustive Monte Carlo multiple minimum (MCMM) conformational search and a shorter MCMM conformational search (MCMM-short). The docking accuracy was evaluated and expressed as the RMSD between the heavy atoms of the ligand as found in the X-ray structure after refinement and the poses obtained by the docking protocols. The median RMSD values for top-scored poses of the screening set were 0.83, 0.80, 0.88, and 0.58 Å for MCMM, MCMM-short, MCS, and Glide flexible docking, respectively. There was no statistically significant difference in the performance between rigid docking of pregenerated conformations produced by the MCS and direct docking using Glide flexible docking. However, the flexible docking protocol was 2-times faster in docking the screening set compared to that of the MCS protocol. In a final study, the new Prime-MCS method was evaluated in Schrödinger Release 2016-3. This method is faster compared that of to MCS; however, the conformations generated were found to be suboptimal for rigid docking. Therefore, on the basis of timing, accuracy, and ease of set up, standard Glide flexible docking with prior ring-templating is recommended over current gold standard protocols using rigid docking of pregenerated conformational ensembles.

  • 3.
    Alvarsson, Jonathan
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Lampa, Samuel
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Andersson, Claes
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin.
    Wikberg, Jarl E. S.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Spjuth, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Large-scale ligand-based predictive modelling using support vector machines2016Inngår i: Journal of Cheminformatics, ISSN 1758-2946, E-ISSN 1758-2946, Vol. 8, artikkel-id 39Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    The increasing size of datasets in drug discovery makes it challenging to build robust and accurate predictive models within a reasonable amount of time. In order to investigate the effect of dataset sizes on predictive performance and modelling time, ligand-based regression models were trained on open datasets of varying sizes of up to 1.2 million chemical structures. For modelling, two implementations of support vector machines (SVM) were used. Chemical structures were described by the signatures molecular descriptor. Results showed that for the larger datasets, the LIBLINEAR SVM implementation performed on par with the well-established libsvm with a radial basis function kernel, but with dramatically less time for model building even on modest computer resources. Using a non-linear kernel proved to be infeasible for large data sizes, even with substantial computational resources on a computer cluster. To deploy the resulting models, we extended the Bioclipse decision support framework to support models from LIBLINEAR and made our models of logD and solubility available from within Bioclipse.

  • 4.
    Andersson, Hans O.
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för naturvetenskaplig biokemi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi.
    Fridborg, Kerstin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi.
    Löwgren, Seved
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi.
    Alterman, Mathias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Mühlman, Anna
    Björsne, Magnus
    Garg, Neeraj
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Kvarnström, Ingemar
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Classon, Björn
    Karlén, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Danielson, U. Helena
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för naturvetenskaplig biokemi.
    Ahlsén, Göran
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för naturvetenskaplig biokemi.
    Nillroth, Ulrika
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för naturvetenskaplig biokemi.
    Vrang, Lotta
    Öberg, Bo
    Samuelsson, Bertil
    Hallberg, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Unge, Torsten
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi.
    Optimization of P1-P3 groups in symmetric and asymmetric HIV-1 protease inhibitors2003Inngår i: European Journal of Biochemistry, ISSN 0014-2956, E-ISSN 1432-1033, Vol. 270, nr 8, s. 1746-1758Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 5.
    Ax, Anna
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi. ORGFARM.
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi. Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi. ORGFARM.
    Vrang, Lotta
    Samuelsson, Bertil
    Hallberg, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi. ORGFARM.
    Karlen, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi. ORGFARM.
    Cyclic sulfamide HIV-1 protease inhibitors, with sidechains spanning from P2/P2' to P1/P1'.2005Inngår i: Bioorg Med Chem, ISSN 0968-0896, Vol. 13, nr 3, s. 755-64Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 6.
    Bäckbro, Kristina
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi.
    Löwgren, Seved
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi.
    Österlund, Katrin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi.
    Atepo, Johnson
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi.
    Unge, Torsten
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi.
    Hulten, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Bonham, Nicholas M
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Karlen, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Hallberg, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Unexpected binding mode of a cyclic sulfamide HIV-1 protease inhibitor1997Inngår i: Journal of Medicinal Chemistry, ISSN 0022-2623, E-ISSN 1520-4804, Vol. 40, nr 6, s. 898-902Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Two cyclic, C2-symmetric HIV-1 protease inhibitors, one sulfamide and one urea derivative, both comprising phenyl ether groups in the P1/P1‘ positions, were cocrystallized with HIV-1 protease, and the crystal structures were determined to 2.0 Å resolution. The structure of the urea 2 showed a conformation similar to that reported for the related urea 3 by Lam et al., while the sulfamide 1 adopted an unanticipated conformation in which the P1‘ and P2‘ side chains were transposed.

  • 7.
    Capuccini, Marco
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Ahmed, Laeeq
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Laure, Erwin
    Spjuth, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Large-scale virtual screening on public cloud resources with Apache Spark2017Inngår i: Journal of Cheminformatics, ISSN 1758-2946, E-ISSN 1758-2946, Vol. 9, artikkel-id 15Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 8. Dahlström, Märta
    et al.
    Forsström, Daniel
    Johannesson, Malin
    Huque-Andersson, Yasmin
    Björk, Marie
    Silfverplatz, Erik
    Sanin, Andrei
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Pelcman, Benjamin
    Forsell, Pontus K A
    Development of a fluorescent intensity assay amenable for high-throughput screening for determining 15-lipoxygenase activity.2010Inngår i: Journal of Biomolecular Screening, ISSN 1087-0571, E-ISSN 1552-454X, Vol. 15, nr 6, s. 671-9Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    15-Lipoxygenase-1 catalyzes the introduction of molecular oxygen into polyunsaturated fatty acids to form a lipid hydroperoxide. The authors have developed an assay for the detection of lipid hydroperoxides formed by human 15-lipoxygenase (15-LO) in enzyme or cellular assays using either a 96-well or a 384-well format. The assays described take advantage of the ability of lipid hydroperoxides to oxidize nonfluorescent diphenyl-1-pyrenylphosphine (DPPP) to a fluorescent phosphine oxide. Oxidation of DPPP yields a fluorescent compound, which is not sensitive to temperature and is stable for more than 2 h. The assay is sensitive toward inhibition and robust with a Z' value of 0.79 and 0.4 in a 96- and 384-well format, respectively, and thus amenable for high-throughput screening. The utility of DPPP as a marker for 15-lipoxygenase activity was demonstrated with both enzyme- and cell-based assays for the identification of hits and to determine potency by IC(50) determinations.

  • 9.
    Dahlö, Martin
    et al.
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi.
    Scofield, Douglas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för ekologi och genetik, Evolutionsbiologi.
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Spjuth, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Tracking the NGS revolution: managing life science research on shared high-performance computing clusters2018Inngår i: GigaScience, ISSN 2047-217X, E-ISSN 2047-217X, Vol. 7, nr 5, artikkel-id giy028Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 10.
    Hallberg, Anders
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Larhed, Mats
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Olofsson, Kristofer
    Pelcman, Benjamin
    Sanin, Andrei
    Pyrazole compounds useful in the treatment of inflammation 2004Patent (Annet (populærvitenskap, debatt, mm))
  • 11.
    Hultén, Johan
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Andersson, Hans O.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi.
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Danielson, U. Helena
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för naturvetenskaplig biokemi.
    Classon, Björn
    Kvarnström, Ingemar
    Karlén, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Unge, Torsten
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi.
    Samuelsson, Bertil
    Hallberg, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Inhibitors of the C(2)-symmetric HIV-1 protease: nonsymmetric binding of asymmetric cyclic sulfamide with ketoxime groups in the P2/P2' side chains1999Inngår i: Journal of Medicinal Chemistry, ISSN 0022-2623, E-ISSN 1520-4804, Vol. 42, nr 20, s. 4054-4061Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 12. Hämäläinen, Markku D.
    et al.
    Markgren, Per-Olof
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för naturvetenskaplig biokemi.
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Karlén, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Classon, Björn
    Vrang, Lotta
    Samuelsson, Bertil
    Hallberg, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Danielson, U. Helena
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för naturvetenskaplig biokemi.
    Characterization of a set of HIV-1 protease inhibitors using binding kinetics data from a biosensor-based screen2000Inngår i: Journal of Biomolecular Screening, ISSN 1087-0571, E-ISSN 1552-454X, Vol. 5, nr 5, s. 353-359Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    The interaction between 290 structurally diverse human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) protease inhibitors and the immobilized enzyme was analyzed with an optical biosensor, Although only a single concentration of inhibitor was used, information about the kinetics of the interaction could be obtained by extracting binding signals at discrete time points. The statistical correlation between the biosensor binding data, inhibition of enzyme activity (K-i), and viral replication (EC50) revealed that the association and dissociation rates for the interaction could be resolved and that they were characteristic for the compounds. The most potent inhibitors, with respect to K-i and EC50 values, including the clinically used drugs, all exhibited fast association and slow dissociation rates. Selective or partially selective binders for HIV-1 protease could be distinguished from compounds that showed a general protein-binding tendency by using three reference target proteins. This biosensor-based direct binding assay revealed a capacity to efficiently provide high-resolution information on the interaction kinetics and specificity of the interaction of a set of compounds with several targets simultaneously.

  • 13.
    Lapins, Maris
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Arvidsson, Staffan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Lampa, Samuel
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Berg, Arvid
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Alvarsson, Jonathan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Spjuth, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    A confidence predictor for logD using conformal regression and a support-vector machine2018Inngår i: Journal of Cheminformatics, ISSN 1758-2946, E-ISSN 1758-2946, Vol. 10, nr 1, artikkel-id 17Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Lipophilicity is a major determinant of ADMET properties and overall suitability of drug candidates. We have developed large-scale models to predict water-octanol distribution coefficient (logD) for chemical compounds, aiding drug discovery projects. Using ACD/logD data for 1.6 million compounds from the ChEMBL database, models are created and evaluated by a support-vector machine with a linear kernel using conformal prediction methodology, outputting prediction intervals at a specified confidence level. The resulting model shows a predictive ability of [Formula: see text] and with the best performing nonconformity measure having median prediction interval of [Formula: see text] log units at 80% confidence and [Formula: see text] log units at 90% confidence. The model is available as an online service via an OpenAPI interface, a web page with a molecular editor, and we also publish predictive values at 90% confidence level for 91 M PubChem structures in RDF format for download and as an URI resolver service.

  • 14.
    Lindh, Martin
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Svensson, Fredrik
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Zhang, Jin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Sköld, Christian
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Brandt, Peter
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Karlén, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Toward a Benchmarking Data Set Able to Evaluate Ligand- and Structure-based Virtual Screening Using Public HTS Data2015Inngår i: Journal of Chemical Information and Modeling, ISSN 1549-9596, Vol. 55, nr 2, s. 343-353Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Virtual screening has the potential to accelerate and reduce costs of probe development and drug discovery. To develop and benchmark virtual screening methods, validation data sets are commonly used. Over the years, such data sets have been constructed to overcome the problems of analogue bias and artificial enrichment. With the rapid growth of public domain databases containing high-throughput screening data, such as the PubChem BioAssay database, there is an increased possibility to use such data for validation. In this study, we identify PubChem data sets suitable for validation of both structure- and ligand-based virtual screening methods. To achieve this, high-throughput screening data for which a crystal structure of the bioassay target was available in the PDB were identified. Thereafter, the data sets were inspected to identify structures and data suitable for use in validation studies. In this work, we present seven data sets (MMP13, DUSP3, PTPN22, EPHX2, CTDSP1, MAPK10, and CDK5) compiled using this method. In the seven data sets, the number of active compounds varies between 19 and 369 and the number of inactive compounds between 59 405 and 337 634. This gives a higher ratio of the number of inactive to active compounds than what is found in most benchmark data sets. We have also evaluated the screening performance using docking and 3D shape similarity with default settings. To characterize the data sets, we used physicochemical similarity and 2D fingerprint searches. We envision that these data sets can be a useful complement to current data sets used for method evaluation.

  • 15.
    Markgren, Per-Olof
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för naturvetenskaplig biokemi.
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Hämäläinen, Markku
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Karlén, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Hallberg, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Samuelsson, Bertil
    Danielson, U. Helena
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för naturvetenskaplig biokemi.
    Relationships between structure and interaction kinetics for HIV-1 protease inhibitors2002Inngår i: Journal of Medicinal Chemistry, ISSN 0022-2623, E-ISSN 1520-4804, Vol. 45, nr 25, s. 5430-5439Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 16.
    Nöteberg, Daniel
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Hamelink, Elizabeth
    Vrang, Lotta
    Larhed, Mats
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    High-speed optimization of inhibitors of the malarial proteases plasmepsin I and II2003Inngår i: Journal of combinatorial chemistry, ISSN 1520-4766, E-ISSN 1520-4774, Vol. 5, nr 4, s. 456-464Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Four focused libraries targeted for inhibition of the malarial proteases plasmepsin I and II were designed, synthesized, purified, and screened. Selected carboxylic acids and organometallic reactants with diverse physical properties were attached to the hydroxylethylamine scaffold in the P3 and P1‘ positions to furnish inhibitors with highly improved activity. The concept of controlled and sequential microwave heating was employed for rapid library generation. This combinatorial optimization protocol afforded plasmepsin inhibitors not only with Ki values in the low nanomolar range, but also with high selectivity versus the human protease cathepsin D. With this class of inhibitory agents, modifications of the P1‘ substituents resulted in the largest impact on the plasmepsin/cathepsin D selectivity.

  • 17. Olofsson, Kristofer
    et al.
    Pelcman, Benjamin
    Nilsson, Peter
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Hallberg, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Use of new lipoxygenase inhibitors2005Patent (Annet (populærvitenskap, debatt, mm))
  • 18. Olofsson, Kristofer
    et al.
    Suna, Edgars
    Pelcman, Benjamin
    Ozola, Vita
    Katkevics, Martins
    Kalvins, Ivars
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Indoles useful in the treatment of inflammation2005Patent (Annet (populærvitenskap, debatt, mm))
  • 19. Olofsson, Kristofer
    et al.
    Suna, Edgars
    Pelcman, Benjamin
    Ozola, Vita
    Katkevics, Martins
    Kalvins, Ivars
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Indoles useful in the treatment of inflammation2004Patent (Annet (populærvitenskap, debatt, mm))
  • 20. Olofsson, Kristofer
    et al.
    Suna, Edgars
    Pelcman, Benjamin
    Ozola, Vita
    Katkevics, Martins
    Kalvins, Ivars
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Indoles useful in the treatment of inflammation 2005Patent (Annet (populærvitenskap, debatt, mm))
  • 21. Pelcman, Benjamin
    et al.
    Almeida, Maria
    Katkevics, Martins
    Nilsson, Peter
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Olofsson, Kristofer
    Bis aromatic compounds for use in the treatment of inflammation 2009Patent (Annet (populærvitenskap, debatt, mm))
  • 22. Pelcman, Benjamin
    et al.
    Olofsson, Kristofer
    Kalvins, Ivars
    Suna, Edgars
    Ozola, Vita
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Benzoxazoles useful in the treatment of inflammation2007Patent (Annet (populærvitenskap, debatt, mm))
  • 23. Pelcman, Benjamin
    et al.
    Olofsson, Kristofer
    Katkevics, Martins
    Ozola, Vita
    Suna, Edgars
    Kalvins, Ivars
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Indoles useful in the treatment of inflammation2005Patent (Annet (populærvitenskap, debatt, mm))
  • 24. Pelcman, Benjamin
    et al.
    Olofsson, Kristofer
    Katkevics, Martins
    Ozola, Vita
    Suna, Edgars
    Kalvins, Ivars
    Trapencieris, Peteris
    Katkevica, Dace
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Indoles useful in the treatment of inflamation 2005Patent (Annet (populærvitenskap, debatt, mm))
  • 25. Pelcman, Benjamin
    et al.
    Olofsson, Kristofer
    Katkevics, Martins
    Ozola, Vita
    Suna, Edgars
    Kalvins, Ivars
    Trapencieris, Peteris
    Katkevica, Dace
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Indoles useful in the treatment of inflammation 2005Patent (Annet (populærvitenskap, debatt, mm))
  • 26. Pelcman, Benjamin
    et al.
    Olofsson, Kristofer
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Kalvins, Ivars
    Katkevics, Martins
    Ozola, Vita
    Suna, Edgars
    Benzoxazoles useful in the treatment of inflammation2006Patent (Annet (populærvitenskap, debatt, mm))
  • 27.
    Pelcman, Benjamin
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Sanin, Andrei
    Nilsson, Peter
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    No, Kiyo
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Öhrman, Sara
    Krog-Jensen, Christian
    Forsell, Pontus
    Hallberg, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Larhed, Mats
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Boesen, Thomas
    Kromann, Hasse
    Vogensen, Stine Byskov
    Groth, Thomas
    Claesson, Hans-Erik
    3-Substituted pyrazoles and 4-substituted triazoles as inhibitors of human 15-lipoxygenase-12015Inngår i: Bioorganic & medicinal chemistry letters, ISSN 1464-3405, Vol. 25, nr 15, s. 3024-3029Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Investigation of 1N-substituted pyrazole-3-carboxanilides as 15-lipoxygenase-1 (15-LOX-1) inhibitors demonstrated that the 1N-substituent was not essential for activity or selectivity. Additional halogen substituents on the pyrazole ring, however, increased activity. Further development led to triazole-4-carboxanilides and 2-(3-pyrazolyl) benzoxazoles, which are potent and selective 15-LOX-1 inhibitors.

  • 28.
    Pelcman, Benjamin
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Sanin, Andrei
    Nilsson, Peter
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Olofsson, Kristofer
    Krog-Jensen, Christian
    Forsell, Pontus
    Hallberg, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Larhed, Mats
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Boesen, Thomas
    Kromann, Hasse
    Claesson, Hans-Erik
    N-Substituted pyrazole-3-carboxamides as inhibitors of human 15-lipoxygenase2015Inngår i: Bioorganic & medicinal chemistry letters, ISSN 1464-3405, Vol. 25, nr 15, s. 3017-3023Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    High-throughput screening was used to find selective inhibitors of human 15-lipoxygenase-1 (15-LOX-1). One hit, a 1-benzoyl substituted pyrazole-3-carboxanilide (1a), was used as a starting point in a program to develop potent and selective 15-LOX-1 inhibitors.

  • 29.
    Peterson, Shane D
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi. ORGFARM.
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi. ORGFARM.
    Karlén, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi. ORGFARM.
    Improved CoMFA modeling by optimization of settings.2006Inngår i: J Chem Inf Model, ISSN 1549-9596, Vol. 46, nr 1, s. 355-64Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 30. Rönn, Robert
    et al.
    Lindh, Carl
    Ringberg, Erik
    Andersson, Hanna
    Nilsson, Peter
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    af Rosenschöld, Magnus Munck
    Nikitidis, Antonios
    Nikitidis, Grigorios
    Johannesson, Petra
    Tyrchan, Christian
    Cyclopropane carboxylic acid derivatives and pharmaceutical uses thereof 2016Patent (Annet (populærvitenskap, debatt, mm))
  • 31.
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Computational Studies of HIV-1 Protease Inhibitors2002Doktoravhandling, med artikler (Annet vitenskapelig)
    Abstract [en]

    Human Immunodeficiency Virus (HIV) is the causative agent of the pandemic disease Acquired Immune Deficiency Syndrome (AIDS). HIV acts to disrupt the immune system which makes the body susceptible to opportunistic infections. Untreated, AIDS is generally fatal. Twenty years of research by countless scientists around the world has led to the discovery and exploitation of several targets in the replication cycle of HIV. Many lives have been saved, prolonged and improved as a result of this massive effort. One particularly successful target has been the inhibition of HIV protease. In combination with the inhibition of HIV reverse transcriptase, protease inhibitors have helped to reduce viral loads and partially restore the immune system. Unfortunately, viral mutations leading to drug resistance and harmful side-effects of the current medicines have identified the need for new drugs to combat HIV.

    This study presents computational efforts to understand the interaction of inhibitors to HIV protease. The first part of this study has used molecular modelling and Comparative Molecular Field Analysis (CoMFA) to help explain the structure-active relationship of a novel series of protease inhibitors. The inhibitors are sulfamide derivatives structurally similar to the cyclic urea candidate drug mozenavir (DMP-450). The central ring of the sulfamides twists to adopt a nonsymmetrical binding mode distinct from that of the cyclic ureas. The energetics of this twist has been studied with ab initio calculations to develop improved empirical force field parameters for use in molecular modelling.

    The second part of this study has focused on an analysis of the association and dissociation kinetics of a broad collection of HIV protease inhibitors. Quantitative models have been derived using CoMFA which relate the dissociation rate back to the chemical structures. Efforts have also been made to improve the models by systematically varying the parameters used to generate them.

  • 32.
    Schaal, Wesley
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Hammerling, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin.
    Gustafsson, Mats G
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin.
    Spjuth, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Automated QuantMap for rapid quantitative molecular network topology analysis2013Inngår i: Bioinformatics, ISSN 1367-4803, E-ISSN 1367-4811, Vol. 29, nr 18, s. 2369-2370Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    SUMMARY:

    The previously disclosed QuantMap method for grouping chemicals by biological activity used online services for much of the data gathering and some of the numerical analysis. The present work attempts to streamline this process by using local copies of the databases and in-house analysis. Using computational methods similar or identical to those used in the previous work, a qualitatively equivalent result was found in just a few seconds on the same dataset (collection of 18 drugs). We use the user-friendly Galaxy framework to enable users to analyze their own datasets. Hopefully, this will make the QuantMap method more practical and accessible and help achieve its goals to provide substantial assistance to drug repositioning, pharmacology evaluation and toxicology risk assessment.

    AVAILABILITY:

    http://galaxy.predpharmtox.org

    CONTACT:

    mats.gustafsson@medsci.uu.se or ola.spjuth@farmbio.uu.se

    SUPPLEMENTARY INFORMATION:

    Supplementary data are available at Bioinformatics online.

  • 33.
    Schaal, Wesley
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Karlsson, Anna
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Ahlsén, Göran
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för naturvetenskaplig biokemi.
    Lindberg, Jimmy
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi.
    Andersson, Hans O.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi.
    Danielson, U. Helena
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för naturvetenskaplig biokemi.
    Classon, Björn
    Unge, Torsten
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi.
    Samuelsson, Bertil
    Hultén, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Hallberg, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Karlén, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Synthesis and comperative molecular field analysis (CoMFA) of symmetric and nonsymmetric cyclic sulfamide HIV-1 protease inhibitors2001Inngår i: Journal of Medicinal Chemistry, ISSN 0022-2623, E-ISSN 1520-4804, Vol. 44, nr 2, s. 155-169Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 34.
    Sütterlin, Susanne
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Klinisk mikrobiologi och infektionsmedicin, Klinisk bakteriologi.
    Dahlö, Martin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Tellgren-Roth, Christian
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Melhus, Åsa
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Klinisk mikrobiologi och infektionsmedicin, Klinisk bakteriologi.
    High frequency of silver resistance genes in invasive isolates of Enterobacter and Klebsiella species2017Inngår i: Journal of Hospital Infection, ISSN 0195-6701, E-ISSN 1532-2939, Vol. 96, nr 3, s. 256-261Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Background: Silver-based products have been marketed as an alternative to antibiotics, and their consumption has increased. Bacteria may, however, develop resistance to silver.

    Aim: To study the presence of genes encoding silver resistance (silE, silP, silS) over time in three clinically important Enterobacteriaceae genera.

    Methods: Using polymerase chain reaction (PCR), 752 bloodstream isolates from the years 1990–2010 were investigated. Age, gender, and ward of patients were registered, and the susceptibility to antibiotics and silver nitrate was tested. Clonality and single nucleotide polymorphism were assessed with repetitive element sequence-based PCR, multi-locus sequence typing, and whole-genome sequencing.

    Findings: Genes encoding silver resistance were detected most frequently in Enterobacter spp. (48%), followed by Klebsiella spp. (41%) and Escherichia coli 4%. Phenotypical resistance to silver nitrate was found in Enterobacter (13%) and Klebsiella (3%) isolates. The lowest carriage rate of sil genes was observed in blood isolates from the neonatology ward (24%), and the highest in blood isolates from the oncology/haematology wards (66%). Presence of sil genes was observed in international high-risk clones. Sequences of the sil and pco clusters indicated that a single mutational event in the silS gene could have caused the phenotypic resistance.

    Conclusion: Despite a restricted consumption of silver-based products in Swedish health care, silver resistance genes are widely represented in clinical isolates of Enterobacter and Klebsiella species. To avoid further selection and spread of silver-resistant bacteria with a high potential for healthcare-associated infections, the use of silver-based products needs to be controlled and the silver resistance monitored.

1 - 34 of 34
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf