uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
Avgränsa sökresultatet
1 - 9 av 9
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Träffar per sida
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
Markera
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 1.
    Jayawardena, Mahen
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    An e-Science Approach to Genetic Analysis of Quantitative Traits2010Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Many important traits in plants, animals and humans are quantitative, and most such traits are generally believed to be affected by multiple genetic loci. Standard computational tools for mapping of quantitative traits (i.e. for finding Quantitative Trait Loci, QTL, in the genome) use linear regression models for relating the observed phenotypes to the genetic composition of individuals in an experimental population. Using these tools to simultaneously search for multiple QTL is computationally demanding. The main reason for this is the complex optimization landscape for the multidimensional global optimization problems that must be solved. This thesis describes parallel algorithms, implementations and tools for simultaneous mapping of several QTL. These new computational tools enable genetic analysis exploiting new classes of multidimensional statistical models, potentially resulting in interesting results in genetics.

    We first describe how the standard, brute-force algorithm for global optimization in QTL analysis is parallelized and implemented on a grid system. Then, we also present a parallelized version of the more elaborate global optimization algorithm DIRECT and show how this can be efficiently deployed and used on grid systems and other loosely-coupled architectures. The parallel DIRECT scheme is further developed to exploit both coarse-grained parallelism in grid systems or clusters as well as fine-grained, tightly-coupled parallelism in multi-core nodes. The results show that excellent speedup and performance can be archived on grid systems and clusters, even when using a tightly-coupled algorithm such as DIRECT. Finally, we provide two distinctly different front-ends for our code. One is a grid portal providing a graphical front-end suitable for novice users and standard forms of QTL analysis. The other is a prototype of an R-based grid-enabled problem solving environment. Both of these front-ends can, after some further refinement, be utilized by geneticists for performing multidimensional genetic analysis of quantitative traits on a regular basis.

    Delarbeten
    1. Using parallel computing and grid systems for genetic mapping of quantitative traits
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Using parallel computing and grid systems for genetic mapping of quantitative traits
    2007 (Engelska)Ingår i: Applied Parallel Computing: State of the Art in Scientific Computing, Berlin: Springer-Verlag , 2007, s. 627-636Konferensbidrag, Publicerat paper (Refereegranskat)
    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    Berlin: Springer-Verlag, 2007
    Serie
    Lecture Notes in Computer Science ; 4699
    Nationell ämneskategori
    Bioinformatik (beräkningsbiologi)
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-11546 (URN)10.1007/978-3-540-75755-9_76 (DOI)000250904900076 ()978-3-540-75754-2 (ISBN)
    Tillgänglig från: 2007-09-26 Skapad: 2007-09-26 Senast uppdaterad: 2018-01-12Bibliografiskt granskad
    2. Grid-enabling an efficient algorithm for demanding global optimization problems in genetic analysis
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Grid-enabling an efficient algorithm for demanding global optimization problems in genetic analysis
    2007 (Engelska)Ingår i: Proc. 3rd International Conference on e-Science and Grid Computing, Los Alamitos, CA: IEEE Computer Society, 2007, s. 205-212Konferensbidrag, Publicerat paper (Refereegranskat)
    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    Los Alamitos, CA: IEEE Computer Society, 2007
    Nationell ämneskategori
    Datavetenskap (datalogi) Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-12617 (URN)10.1109/E-SCIENCE.2007.40 (DOI)000253614600025 ()978-0-7695-3064-2 (ISBN)
    Tillgänglig från: 2008-01-08 Skapad: 2008-01-08 Senast uppdaterad: 2018-01-12Bibliografiskt granskad
    3. Efficient optimization algorithms and implementations for genetic analysis of complex traits on a grid system with multicore nodes
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Efficient optimization algorithms and implementations for genetic analysis of complex traits on a grid system with multicore nodes
    2008 (Engelska)Konferensbidrag, Publicerat paper (Refereegranskat)
    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    Trondheim, Norway: Norwegian University of Science and Technology, 2008
    Nationell ämneskategori
    Datavetenskap (datalogi) Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-111590 (URN)
    Konferens
    PARA 2008: State of the Art in Scientific and Parallel Computing
    Projekt
    UPMARC
    Tillgänglig från: 2010-01-12 Skapad: 2009-12-17 Senast uppdaterad: 2018-01-12Bibliografiskt granskad
    4. Computational and visualization tools for genetic analysis of complex traits
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Computational and visualization tools for genetic analysis of complex traits
    2010 (Engelska)Rapport (Övrigt vetenskapligt)
    Serie
    Technical report / Department of Information Technology, Uppsala University, ISSN 1404-3203 ; 2010-001
    Nationell ämneskategori
    Programvaruteknik Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-111593 (URN)
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2010-01-12 Skapad: 2009-12-17 Senast uppdaterad: 2018-01-12Bibliografiskt granskad
    5. A Grid-Enabled Problem Solving Environment for QTL Analysis in R
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>A Grid-Enabled Problem Solving Environment for QTL Analysis in R
    Visa övriga...
    2010 (Engelska)Ingår i: Proc. 2nd International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, Cary, NC: ISCA , 2010, s. 202-209Konferensbidrag, Publicerat paper (Refereegranskat)
    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    Cary, NC: ISCA, 2010
    Nationell ämneskategori
    Programvaruteknik Genetik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-111594 (URN)978-1-880843-76-5 (ISBN)
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2010-01-12 Skapad: 2009-12-17 Senast uppdaterad: 2018-01-12Bibliografiskt granskad
  • 2.
    Jayawardena, Mahen
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Parallel algorithms and implementations for genetic analysis of quantitative traits2007Licentiatavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Many important traits in plants, animals and humans are quantitative, and most such traits are generally believed to be regulated by multiple genetic loci. Standard computational tools for analysis of quantitative traits use linear regression models for relating the observed phenotypes to the genetic composition of individuals in a population. However, using these tools to simultaneously search for multiple genetic loci is very computationally demanding. The main reason for this is the complex nature of the optimization landscape for the multidimensional global optimization problems that must be solved. This thesis describes parallel algorithms and implementation techniques for such optimization problems. The new computational tools will eventually enable genetic analysis exploiting new classes of multidimensional statistical models, potentially resulting in interesting results in genetics.

    We first describe how the algorithm used for global optimization in the standard, serial software is parallelized and implemented on a grid system. Then, we also describe a parallelized version of the more elaborate global optimization algorithm DIRECT and show how this can be deployed on grid systems and other loosely-coupled architectures. The parallel DIRECT scheme is further developed to exploit both coarse-grained parallelism in grid or clusters as well as fine-grained, tightly-coupled parallelism in multi-core nodes. The results show that excellent speedup and performance can be archived on grid systems and clusters, even when using a tightly-coupled algorithms such as DIRECT. Finally, a pilot implementation of a grid portal providing a graphical front-end for our code is implemented. After some further development, this portal can be utilized by geneticists for performing multidimensional genetic analysis of quantitative traits on a regular basis.

  • 3.
    Jayawardena, Mahen
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Grid-enabling an efficient algorithm for demanding global optimization problems in genetic analysis2007Ingår i: Proc. 3rd International Conference on e-Science and Grid Computing, Los Alamitos, CA: IEEE Computer Society, 2007, s. 205-212Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 4.
    Jayawardena, Mahen
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Ljungberg, Kajsa
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Using parallel computing and grid systems for genetic mapping of multifactorial traits2005Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 5.
    Jayawardena, Mahen
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Ljungberg, Kajsa
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Using parallel computing and grid systems for genetic mapping of quantitative traits2007Ingår i: Applied Parallel Computing: State of the Art in Scientific Computing, Berlin: Springer-Verlag , 2007, s. 627-636Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 6.
    Jayawardena, Mahen
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Löf, Henrik
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Efficient optimization algorithms and implementations for genetic analysis of complex traits on a grid system with multicore nodes2008Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 7.
    Jayawardena, Mahen
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Nettelblad, Carl
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Toor, Salman
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Östberg, Per-Olov
    Elmroth, Erik
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    A Grid-Enabled Problem Solving Environment for QTL Analysis in R2010Ingår i: Proc. 2nd International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, Cary, NC: ISCA , 2010, s. 202-209Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 8.
    Jayawardena, Mahen
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Toor, Salman
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    A grid portal for genetic analysis of complex traits2009Ingår i: Proc. 32nd International Convention on Information and Communication Technology, Electronics and Microelectronics: Volume I, Rijeka, Croatia: MIPRO , 2009, s. 281-284Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 9.
    Jayawardena, Mahen
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Toor, Salman
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Computational and visualization tools for genetic analysis of complex traits2010Rapport (Övrigt vetenskapligt)
1 - 9 av 9
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf