uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
Avgränsa sökresultatet
1 - 6 av 6
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Träffar per sida
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
Markera
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 1.
    Hammar, Petter
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi.
    Walldén, Mats
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi.
    Fange, David
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi.
    Baltekin, Özden
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi.
    Ullman, Gustaf
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi.
    Persson, Fredrik
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi.
    Leroy, Prune
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi.
    Elf, Johan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi.
    Transcription factor dissociation measurements using single molecule chase in living cellsManuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
  • 2.
    Hammar, Petter
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Walldén, Mats
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Fange, David
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Persson, Fredrik
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Baltekin, Özden
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Ullman, Gustaf
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Leroy, Prune
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Elf, Johan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Direct measurement of transcription factor dissociation excludes a simple operator occupancy model for gene regulation2014Ingår i: Nature Genetics, ISSN 1061-4036, E-ISSN 1546-1718, Vol. 46, nr 4, s. 405-+Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Transcription factors mediate gene regulation by site-specific binding to chromosomal operators. It is commonly assumed that the level of repression is determined solely by the equilibrium binding of a repressor to its operator. However, this assumption has not been possible to test in living cells. Here we have developed a single-molecule chase assay to measure how long an individual transcription factor molecule remains bound at a specific chromosomal operator site. We find that the lac repressor dimer stays bound on average 5 min at the native lac operator in Escherichia coli and that a stronger operator results in a slower dissociation rate but a similar association rate. Our findings do not support the simple equilibrium model. The discrepancy with this model can, for example, be accounted for by considering that transcription initiation drives the system out of equilibrium. Such effects need to be considered when predicting gene activity from transcription factor binding strengths.

  • 3.
    Ullman, Gustaf
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Walldén, Mats
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Marklund, Erik G.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Mahmutovic, Anel
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Razinkov, Ivan
    Elf, Johan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    High-throughput gene expression analysis at the level of single proteins using a microfluidic turbidostat and automated cell tracking2013Ingår i: Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Biological Sciences, ISSN 0962-8436, E-ISSN 1471-2970, Vol. 368, nr 1611, s. 20120025:1-8Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 4.
    Walldén, Mats
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi.
    How precise is cyclic life?: Insights during a single molecule revolution of the bacterial cell cycle.2014Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Bacterial cells reproduce by doubling in size and dividing. The molecular control systems which regulate the cell cycle must do so in a manner which maintains a similar cell size over many generations. A cell can under conditions of fast growth conclude cell cycles in shorter time than the time required to replicate its chromosome. Under such conditions several rounds of replication are maintained in parallel and a cell will inherit replication processes which were initiated by an ancestor. To accomplish this the cell has to initiate and terminate one round of replication during each cell cycle.

    To investigate the effects of the cell cycle on gene-regulation in the gut bacterium Escherichia coli, an experimental method combining microfluidics, single molecule fluorescence microscopy and automated analysis capable of acquiring an arbitrary number of complete cell cycles per experiment was developed. The method allowed for the rapid exchange of the chemical environment surrounding the cells. Using this method it was possible to measure the dissociation time of the transcription factor molecule, LacI-Venus, from the native lactose operator sequence, lacO1, and an artificially strong operator, lacOsym, in vivo. The results indicated that regulation of gene-expression from the lactose operon does not occur at equilibrium in living cells. Furthermore, by studying the intracellular location of non-specifically interacting transcription factor molecules it was possible to determine that these do not form long-lived gradients inside the cell as was previously proposed.

    By studying the replication machinery and the origin of replication it was found that replication is initiated according to a cell volume per origin which did not vary over different growth conditions. Further, division timing was found to be determined by the initiation event to occur after a fixed time-delay. A consequence of this mode of regulation is an uncertainty relation between the size at birth and the cell cycle time, in which cells will vary more in in the cycle time during conditions of slow growth as compared to fast growth and vary more in birth length during conditions of fast growth as compared to slow growth.

    Delarbeten
    1. Studying transcriptional interactions in single cells at sufficient resolution
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Studying transcriptional interactions in single cells at sufficient resolution
    2011 (Engelska)Ingår i: Current Opinion in Biotechnology, ISSN 0958-1669, E-ISSN 1879-0429, Vol. 22, nr 1, s. 81-86Artikel, forskningsöversikt (Refereegranskat) Published
    Abstract [en]

    Our ability to dissect and understand the principles of gene regulatory circuits is partly limited by the resolution of our experimental assays. In this brief review, we discuss aspects of gene expression in microbial organisms apparent only when increasing the experimental resolution from populations to single cells and sub-cellular structures, from snap-shots to high-speed time-lapse movies and from molecular ensembles to single molecules.

    Nationell ämneskategori
    Biologiska vetenskaper
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-149731 (URN)10.1016/j.copbio.2010.10.004 (DOI)000287840700012 ()21071200 (PubMedID)
    Tillgänglig från: 2011-03-22 Skapad: 2011-03-22 Senast uppdaterad: 2017-12-11Bibliografiskt granskad
    2. High-throughput gene expression analysis at the level of single proteins using a microfluidic turbidostat and automated cell tracking
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>High-throughput gene expression analysis at the level of single proteins using a microfluidic turbidostat and automated cell tracking
    Visa övriga...
    2013 (Engelska)Ingår i: Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Biological Sciences, ISSN 0962-8436, E-ISSN 1471-2970, Vol. 368, nr 1611, s. 20120025:1-8Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Bioinformatik och systembiologi
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-193001 (URN)10.1098/rstb.2012.0025 (DOI)000312828900003 ()
    Externt samarbete:
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2012-12-24 Skapad: 2013-01-28 Senast uppdaterad: 2017-12-06Bibliografiskt granskad
    3. Direct measurement of transcription factor dissociation excludes a simple operator occupancy model for gene regulation
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Direct measurement of transcription factor dissociation excludes a simple operator occupancy model for gene regulation
    Visa övriga...
    2014 (Engelska)Ingår i: Nature Genetics, ISSN 1061-4036, E-ISSN 1546-1718, Vol. 46, nr 4, s. 405-+Artikel i tidskrift, Letter (Refereegranskat) Published
    Abstract [en]

    Transcription factors mediate gene regulation by site-specific binding to chromosomal operators. It is commonly assumed that the level of repression is determined solely by the equilibrium binding of a repressor to its operator. However, this assumption has not been possible to test in living cells. Here we have developed a single-molecule chase assay to measure how long an individual transcription factor molecule remains bound at a specific chromosomal operator site. We find that the lac repressor dimer stays bound on average 5 min at the native lac operator in Escherichia coli and that a stronger operator results in a slower dissociation rate but a similar association rate. Our findings do not support the simple equilibrium model. The discrepancy with this model can, for example, be accounted for by considering that transcription initiation drives the system out of equilibrium. Such effects need to be considered when predicting gene activity from transcription factor binding strengths.

    Nationell ämneskategori
    Cellbiologi Bioinformatik och systembiologi
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-225087 (URN)10.1038/ng.2905 (DOI)000334510100020 ()
    Anmärkning

    Hammar and Walldén contributed equally to this work.

    Tillgänglig från: 2014-06-13 Skapad: 2014-05-27 Senast uppdaterad: 2017-12-05Bibliografiskt granskad
    4. Fluctuations in replication initiation determine the generation time and size distributions of E. coli cells
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Fluctuations in replication initiation determine the generation time and size distributions of E. coli cells
    Visa övriga...
    (Engelska)Manuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
    Nationell ämneskategori
    Naturvetenskap
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-235544 (URN)
    Tillgänglig från: 2014-11-05 Skapad: 2014-11-05 Senast uppdaterad: 2015-02-03Bibliografiskt granskad
    Ladda ner fulltext (pdf)
    fulltext
    Ladda ner (jpg)
    presentationsbild
  • 5.
    Walldén, Mats
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Elf, Johan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Studying transcriptional interactions in single cells at sufficient resolution2011Ingår i: Current Opinion in Biotechnology, ISSN 0958-1669, E-ISSN 1879-0429, Vol. 22, nr 1, s. 81-86Artikel, forskningsöversikt (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Our ability to dissect and understand the principles of gene regulatory circuits is partly limited by the resolution of our experimental assays. In this brief review, we discuss aspects of gene expression in microbial organisms apparent only when increasing the experimental resolution from populations to single cells and sub-cellular structures, from snap-shots to high-speed time-lapse movies and from molecular ensembles to single molecules.

  • 6.
    Walldén, Mats
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi.
    Fange, David
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi.
    Gustaf, Ullman
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi.
    Marklund, Erik G
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi.
    Elf, Johan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi.
    Fluctuations in replication initiation determine the generation time and size distributions of E. coli cellsManuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
1 - 6 av 6
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf