uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
Avgränsa sökresultatet
1 - 31 av 31
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Träffar per sida
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
Markera
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 1.
    Aboye, Teshome L.
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Strömstedt, Adam A.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Gunasekera, Sunithi
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Bruhn, Jan G.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    El-Seedi, Hesham
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Rosengren, K. Johan
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    A Cactus-Derived Toxin-Like Cystine Knot Peptide with Selective Antimicrobial Activity2015Ingår i: ChemBioChem (Print), ISSN 1439-4227, E-ISSN 1439-7633, Vol. 16, nr 7, s. 1068-1077Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Naturally occurring cystine knot peptides show a wide range of biological activity, and as they have inherent stability they represent potential scaffolds for peptide-based drug design and biomolecular engineering. Here we report the discovery, sequencing, chemical synthesis, three-dimensional solution structure determination and bioactivity of the first cystine knot peptide from Cactaceae (cactus) family: Ep-AMP1 from Echinopsis pachanoi. The structure of Ep-AMP1 (35 amino acids) conforms to that of the inhibitor cystine knot (or knottin) family but represents a novel diverse sequence; its activity was more than 500 times higher against bacterial than against eukaryotic cells. Rapid bactericidal action and liposome leakage implicate membrane permeabilisation as the mechanism of action. Sequence homology places Ec-AMP1 in the plant C6-type of antimicrobial peptides, but the three dimensional structure is highly similar to that of a spider neurotoxin.

  • 2.
    Boldbaatar, Delgerbat
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi. Natl Univ Mongolia, Sch Engn & Appl Sci, Ulaanbaatar 46, Mongol Peo Rep..
    Gunasekera, Sunithi
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    El-Seedi, Hesham R.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi. Univ Malaya, Fac Sci, Dept Chem, Kuala Lumpur 50603, Malaysia..
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Synthesis, Structural Characterization, and Bioactivity of the Stable Peptide RCB-1 from Ricinus communis2015Ingår i: Journal of natural products (Print), ISSN 0163-3864, E-ISSN 1520-6025, Vol. 78, nr 11, s. 2545-2551Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The Ricinus communis biomarker peptides RCB-1 to -3 comprise homologous sequences of 19 (RCB-1) or 18 (RCB-2 and -3) amino acid residues. They all include four cysteine moieties, which form two disulfide bonds. However, neither the 3D structure nor the biological activity of any of these peptides is known. The synthesis of RCB-1, using microwave-assisted, Fmoc-based solid-phase peptide synthesis, and a method for its oxidative folding are reported. The tertiary structure of RCB-1, subsequently established using solution-state NMR, reveals a twisted loop fold with antiparallel ?-sheets reinforced by the two disulfide bonds. Moreover, RCB-1 was tested for antibacterial, antifungal, and cytotoxic activity, as well as in a serum stability assay, in which it proved to be remarkably stable.

  • 3.
    Burman, Robert
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Gunasekera, Sunithi
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Strömstedt, Adam A.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Chemistry and Biology of Cyclotides: Circular Plant Peptides Outside the Box2014Ingår i: Journal of natural products (Print), ISSN 0163-3864, E-ISSN 1520-6025, Vol. 77, nr 3, s. 724-736Artikel, forskningsöversikt (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Cyclotides stand out as the largest family of circular proteins of plant origin hitherto known, with more than 280 sequences isolated at peptide level and many more predicted from gene sequences. Their unusual stability resulting from the signature cyclic cystine knot (CCK) motif has triggered a broad interest in these molecules for potential therapeutic and agricultural applications. Since the time of the first cyclotide discovery, our laboratory in Uppsala has been engaged in cyclotide discovery as well as the development of protocols to isolate and characterize these seamless peptides. We have also developed methods to chemically synthesize cyclotides by Fmoc-SPPS, which are useful in protein grafting applications. In this review, experience in cyclotide research over two decades and the recent literature related to their structures, synthesis, and folding as well the recent proof-of-concept findings on their use as "epitope" stabilizing scaffolds are summarized.

  • 4.
    Carstens, Bodil B.
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi. Univ Queensland, Inst Mol Biosci, Brisbane, Qld 4072, Australia..
    Rosengren, K. Johan
    Univ Queensland, Sch Biomed Sci, Brisbane, Qld 4072, Australia..
    Gunasekera, Sunithi
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Schempp, Stefanie
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Bohlin, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Dahlstrom, Mia
    SP Tech Res Inst Sweden, Dept Chem Mat & Surfaces, SE-41346 Gothenburg, Sweden..
    Clark, Richard J.
    Univ Queensland, Sch Biomed Sci, Brisbane, Qld 4072, Australia..
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Isolation, Characterization, and Synthesis of the Barrettides: Disulfide-Containing Peptides from the Marine Sponge Geodia barretti2015Ingår i: Journal of natural products (Print), ISSN 0163-3864, E-ISSN 1520-6025, Vol. 78, nr 8, s. 1886-1893Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Two disulfide-containing peptides, barrettides A (1) and B (2), from the cold-water marine sponge Geodia barretti are described. Those 31 amino acid residue long peptides were sequenced using mass spectrometry methods and structurally characterized using NMR spectroscopy. The structure of 1 was confirmed by total synthesis using the solid-phase peptide synthesis approach that was developed. The two peptides were found to differ only at a single position in their sequence. The three-dimensional structure of 1 revealed that these peptides possess a unique fold consisting of a long beta-hairpin structure that is cross-braced by two disulfide bonds in a ladder-like arrangement. The peptides are amphipathic in nature with the hydrophobic and charged residues clustered on separate faces of the molecule. The barrettides were found not to inhibit the growth of either Escherichia coli or Staphylococcus aureus but displayed antifouling activity against barnacle larvae (Balanus improvisus) without lethal effects in the concentrations tested.

  • 5.
    Eriksson, Camilla
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Gunasekera, Sunithi
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Cerqueira, C.
    Karolinska Inst, Karolinska Univ Hosp, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden..
    Jacobsson, P. J.
    Karolinska Inst, Karolinska Univ Hosp, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden..
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Synthesis of cyclic citrullinated peptides targeting rheumatoid arthritis autoantibodies based on sunflower trypsin inhibitors2016Ingår i: Planta Medica, ISSN 0032-0943, E-ISSN 1439-0221, Vol. 82Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
  • 6. Fernandes-Cerqueira, Catia
    et al.
    Ossipova, Elena
    Gunasekera, Sunithi
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Hansson, Monika
    Mathsson, Linda
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk immunologi.
    Catrina, Anca I.
    Sommarin, Yngve
    Klareskog, Lars
    Lundberg, Karin
    Rönnelid, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk immunologi.
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Jakobsson, Per-Johan
    Targeting of anti-citrullinated protein/peptide antibodies in rheumatoid arthritis using peptides mimicking endogenously citrullinated fibrinogen antigens2015Ingår i: Arthritis Research & Therapy, ISSN 1478-6354, E-ISSN 1478-6362, Vol. 17, artikel-id 155Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Introduction: We have previously identified endogenously citrullinated peptides derived from fibrinogen in rheumatoid arthritis (RA) synovial tissues. In this study, we have investigated the auto-antigenicity of four of those citrullinated peptides, and explored their feasibility to target anti-citrullinated protein/peptide antibodies (ACPA). Methods: The autoantigenic potential of the fibrinogen peptides was investigated by screening 927 serum samples from the Epidemiological Investigation of RA (EIRA) cohort on a peptide microarray based on the ImmunoCAP ISAC (R) system. In order to assay for ACPA blocking, two independent pools of purified ACPA were incubated with the respective targeting peptide prior to binding to cyclic citrullinated peptide (CCP) 2 using the CCPlus (R) ELISA kit. Results: Two peptides derived from the fibrinogen a chain, Arg573Cit (563-583) and Arg591Cit (580-600), referred to as Cit573 and Cit591, and two peptides from the fibrinogen beta chain, Arg72Cit (62-81) and Arg74Cit (62-81) (Cit72 and Cit74), displayed 65 %, 15 %, 35 %, and 53 % of immune reactivity among CCP2-positive RA sera, respectively. In CCP2-negative RA sera, a positive reactivity was detected in 5 % (Cit573), 6 % (Cit591), 8 % (Cit72), and 4 % (Cit74). In the competition assay, Cit573 and Cit591 peptides reduced ACPA binding to CCP2 by a maximum of 84 % and 63 % respectively. An additive effect was observed when these peptides were combined. In contrast, Cit74 and Cit72 were less effective. Cyclization of the peptide structure containing Cit573 significantly increased the blocking efficiency. Conclusions: Here we demonstrate extensive autoantibody reactivity against in vivo citrullinated fibrinogen epitopes, and further show the potential use of these peptides for antagonizing ACPA.

    Ladda ner fulltext (pdf)
    fulltext
  • 7.
    Gunasekera, Sunithi
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Aboye, Teshome L.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Madian, Walid A.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    El-Seedi, Hesham R.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Making Ends Meet: Microwave-Accelerated Synthesis of Cyclic and Disulfide Rich Proteins Via In Situ Thioesterification and Native Chemical Ligation2013Ingår i: International Journal of Peptide Research and Therapeutics, ISSN 1573-3149, Vol. 19, nr 1- SI, s. 43-54Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The development of synthetic methodologies for cyclic peptides is driven by the discovery of cyclic peptide drug scaffolds such as the plant-derived cyclotides, sunflower trypsin inhibitor 1 (SFTI-1) and the development of cyclized conotoxins. Currently, the native chemical ligation reaction between an N-terminal cysteine and C-terminal thioester group remains the most robust method to obtain a head-to-tail cyclized peptide. Peptidyl thioesters are effectively generated by Boc SPPS. However, their generation is challenging using Fmoc SPPS because thioester linkers are not stable to repeated piperidine exposure during deprotection. Herein we describe a Fmoc-based protocol for synthesizing cyclic peptides adapted for microwave assisted solid phase peptide synthesis. The protocol relies on the linker Di-Fmoc-3,4-diaminobenzoic acid, and we demonstrate the use of Gly, Ser, Arg and Ile as C-terminal amino acids (using HBTU and HATU as coupling reagents). Following synthesis, an N-acylurea moiety is generated at the C-terminal of the peptide; the resin bound acylurea peptide is then deprotected and cleaved from the resin. The fully deprotected peptide undergoes thiolysis in aqueous buffer, generating the thioester in situ. Ultimately, the head-to-tail cyclized peptide is obtained via native chemical ligation. Two naturally occurring cyclic peptides, the prototypical Mobius cyclotide kalata B1 and SFTI-1 were synthesized efficiently, avoiding potential branching at the diamino linker, using the optimized protocol. In addition, we demonstrate the possibility to use the approach for the synthesis of long and synthetically challenging linear sequences, by the ligation of two truncated fragments of a 50-residue long plant defensin.

  • 8.
    Gunasekera, Sunithi
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Fernandes-Cerqueira, C.
    Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, S-17176 Solna, Sweden..
    Eriksson, Camilla
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Jakobsson, P. J.
    Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, S-17176 Solna, Sweden..
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Circular disulfide-rich peptide scaffolds as anti-citrullinated peptide antibody inhibitors2016Ingår i: Planta Medica, ISSN 0032-0943, E-ISSN 1439-0221, Vol. 82Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
  • 9.
    Gunasekera, Sunithi
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Fernandes-Cerqueira, C.
    Karolinska Inst, Rheumatol Unit, Dept Med, Stockholm, Sweden..
    Eriksson, Camilla
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Jakobsson, P-J
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Anti-Citrullinated Peptide Antibody Inhibitors Based On Sunflower Trypsin Inhibitor-1 Scaffold For Potential Anti-Rheumatoid Arthritis Activity2016Ingår i: Journal of Peptide Science, ISSN 1075-2617, E-ISSN 1099-1387, Vol. 22, nr S2, s. S170-S170Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
  • 10.
    Gunasekera, Sunithi
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Fernandes-Cerqueira, Catia
    Karolinska Inst, Karolinska Univ Hosp, Dept Med Solna, Rheumatol Unit, Rheumatol Clin D2 01, S-17176 Stockholm, Sweden.
    Wennmalm, Stefan
    Royal Inst Technol KTH, Scilifelab, Appl Phys, Expt Biomol Phys, Tomtebodavagen 23, S-17165 Stockholm, Sweden.
    Wahamaa, Heidi
    Karolinska Inst, Karolinska Univ Hosp, Dept Med Solna, Rheumatol Unit, Rheumatol Clin D2 01, S-17176 Stockholm, Sweden.
    Sommarin, Yngve
    Eurodiagnost AB, S-21224 Malmo, Sweden.
    Catrina, Anca, I
    Karolinska Inst, Karolinska Univ Hosp, Dept Med Solna, Rheumatol Unit, Rheumatol Clin D2 01, S-17176 Stockholm, Sweden.
    Jakobsson, Per-Johan
    Karolinska Inst, Karolinska Univ Hosp, Dept Med Solna, Rheumatol Unit, Rheumatol Clin D2 01, S-17176 Stockholm, Sweden.
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Stabilized Cyclic Peptides as Scavengers of Autoantibodies: Neutralization of Anticitrullinated Protein/Peptide Antibodies in Rheumatoid Arthritis2018Ingår i: ACS Chemical Biology, ISSN 1554-8929, E-ISSN 1554-8937, Vol. 13, nr 6, s. 1525-1535Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The occurrence of autoantibodies is a hallmark of rheumatoid arthritis, specifically those autoantibodies targeting proteins containing the arginine-derived amino acid citrulline. There is strong evidence showing that the occurrence of anticitrullinated protein/peptide antibodies (ACPA) are involved in disease progression, and ACPA was recently shown to induce pain in animals. Here, we explore a novel concept useful for research, diagnostics, and possibly therapy of autoimmune diseases, namely, to directly target and neutralize autoantibodies using peptide binders. A high-affinity peptide-based scavenger of ACPA was developed by grafting a citrullinated epitope derived from human fibrinogen into a naturally occurring stable peptide scaffold. The best scavenger comprises the truncated epitope alpha-fibrinogen, [Cit573]fib(566-580), grafted into the scaffold sunflower trypsin inhibitor-1, SFTI-1. The final peptide demonstrates low nanomolar apparent affinity and superior stability.

  • 11.
    Gunasekera, Sunithi
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Fmoc-SPPS based synthesis of bioactive cyclic peptides via N-acylurea intermediates2012Ingår i: Journal of Peptide Science, ISSN 1075-2617, E-ISSN 1099-1387, Vol. 18, nr suppl 1, s. S182-S182Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    The plant cyclotides form the largest family of cyclic peptides(1). They contain a signature motif referred to as the cyclic cystine knot, which is derived from the cyclic backbone and three inter-knotted disulfide bonds. Intriguingly, cyclotides can be boiled, treated with chemicals or enzymes without disrupting their overall fold. Thus, they are sometimes labeled as ultra-stable proteins. In addition, cyclotides are tolerant to mutations, and as a scaffold they can successfully accommodate foreign bioactive epitopes of variable sequences(2). Cyclotides share many of these properties with another disulfide containing cyclic plant peptide, the sunflower trypsin inhibitor 1 (SFTI-1)(3). Emerging evidence indicates that cyclotides and SFTI-1 are valuable not only as peptide stabilizing scaffolds; in combination with their cell penetrating properties, these disulfide rich cyclic peptides have significance as intracellular drug carriers. Although both peptides are genetically encoded, studies to ascertain the exact mechanisms of their biosynthesis are currently on going. Thus, the synthesis of cyclotides and SFTI-1 are currently restricted to chemical means. We have recently adapted a Fmoc-SPPS method for cyclic peptide synthesis, via N-acylurea intermediates with the assistance of microwave irradiation.

    This method is a safe and convenient alternative to Boc-SPPS and has the ability to be automated conveniently. Using this method, parent scaffolds as well as several cyclotide and SFTI-1 analogues with potential antimicrobial and matrix metalloprotease activities were synthesized. With the rising interest in the cyclization concept as a tool to impart stability on unstable peptides, the cyclic peptide synthesis method adapted herein is anticipated to have numerous applications.

    1. Burman, R.; Gunasekera, S.; Stromstedt, A.; Rosengren, J.; Goransson, U. J. Biol. Chem. 2012 (in press)

    2. Gunasekera, S.; Foley, F. M.; Clark, R. J.; Sando, L.; Fabri, L. J.; Craik, D. J.; Daly, N. L. J. Med. Chem. 2008, 51, 7697.

    3. Chan, L. Y.; Gunasekera, S.; Henriques, S. T.; Worth, N. F.; Le, S. J.; Clark, R. J.; Campbell, J. H.; Craik, D. J.; Daly, N. L. Blood 2011, 118, 6709.

  • 12.
    Gunasekera, Sunithi
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Muhammad, Taj
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Strömstedt, Adam A.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Backbone-Cyclized Peptide Dimers Derived from Human Cathelicidin Peptide LL-37 Mediate Potent Antimicrobial Activity2014Ingår i: Journal of Peptide Science, ISSN 1075-2617, E-ISSN 1099-1387, Vol. 20, s. S270-S271Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
  • 13.
    Gunasekera, Sunithi
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Muhammad, Taj
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Strömstedt, Adam A.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Rosengren, K. Johan
    Univ Queensland, Sch Biomed Sci, Brisbane, Qld 4072, Australia.
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Alanine and Lysine Scans of the LL-37-Derived Peptide Fragment KR-12 Reveal Key Residues for Antimicrobial Activity2018Ingår i: ChemBioChem (Print), ISSN 1439-4227, E-ISSN 1439-7633, Vol. 19, nr 9, s. 931-939Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The human host defence peptide LL-37 is a broad-spectrum antibiotic with immunomodulatory functions. Residues 18-29 in LL-37 have previously been identified as a minimal peptide (KR-12) that retains antibacterial activity with decreased cytotoxicity. In this study, analogues of KR-12 were generated by Ala and Lys scans to identify key elements for activity. These were tested against a panel of human pathogens and for membrane permeabilisation on liposomes. Replacements of hydrophobic and cationic residues with Ala were detrimental for antibiotic potency. Substitutions by Lys increased activity, as long as the increase in cationic density did not disrupt the amphiphilic disposition of the helical structure. Importantly, substitutions showed differential effects against different organisms. Replacement of Gln5 with Lys and Asp9 with Ala or Lys improved the broad-spectrum activity most, each resulting in up to an eightfold increase in potency against Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa and Candida albicans. The improved analogues displayed no significant toxicity against human cells, and thus, KR-12 is a tuneable template for antibiotic development.

  • 14.
    Gunasekera, Sunithi
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Muhammad, Taj
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Strömstedt, Adam A.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Rosengren, K. Johan
    Univ Queensland, Sch Biomed Sci, Brisbane, Qld 4072, Australia.
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Backbone cyclisation and dimerisation of LL-37-derived peptides enhance antimicrobial activity and proteolytic stabilityIngår i: Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 15.
    Göransson, Ulf
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Burman, Robert
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Gunasekera, Sunithi
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Strömstedt, Adam A.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Rosengren, K. Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Circular Proteins from Plants and Fungi2012Ingår i: Journal of Biological Chemistry, ISSN 0021-9258, E-ISSN 1083-351X, Vol. 287, nr 32, s. 27001-27006Artikel, forskningsöversikt (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Circular proteins, defined as head-to-tail cyclized polypeptides originating from ribosomal synthesis, represent a novel class of natural products attracting increasing interest. From a scientific point of view, these compounds raise questions of where and why they occur in nature and how they are formed. From a rational point of view, these proteins and their structural concept may be exploited for crop protection and novel pharmaceuticals. Here, we review the current knowledge of three protein families: cyclotides and circular sunflower trypsin inhibitors from the kingdom of plants and the Amanita toxins from fungi. A particular emphasis is placed on their biological origin, structure, and activity. In addition, the opportunity for discovery of novel circular proteins and recent insights into their mechanism of action are discussed.

  • 16.
    Göransson, Ulf
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Gunasekera, Sunithi
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Malik, S.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Park, S.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Slazak, Blazej
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Jacobsson, Erik
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Eriksson, Camilla
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Andersson, H.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Strömstedt, Adam A.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Peptide biodiscovery from plants and animals: structure to function2016Ingår i: Planta Medica, ISSN 0032-0943, E-ISSN 1439-0221, Vol. 82Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
  • 17.
    Hellinger, Roland
    et al.
    Med Univ Vienna, Ctr Physiol & Fharmacol, Vienna, Austria.;Univ Nat Resources & Life Sci BOKU, Dept Agobiotechnol, Ctr Analyt Chem, Vienna, Austria..
    Thell, Kathrin
    Med Univ Vienna, Ctr Physiol & Fharmacol, Vienna, Austria..
    Vasileva, Mina
    Med Univ Vienna, Ctr Physiol & Fharmacol, Vienna, Austria..
    Muhammad, Taj
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Gunasekera, Sunithi
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Kuemmel, Daniel
    Univ Osnabruck, Sch Biol Chem, Osnabruck, Germany..
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi. Uppsala Univ, Dept Med Chem, Div Pharmacognosy, Uppsala, Sweden..
    Becker, Christian W.
    Univ Vienna, Inst Biol Chem, Dept Chem, Vienna, Austria..
    Gruber, Christian W.
    Med Univ Vienna, Ctr Physiol & Fharmacol, Vienna, Austria.;Univ Queensland, Fac Med, Sch Biomed Sci, St Lucia, Qld, Australia..
    Chemical Proteomics for Target Discovery of Head-to-Tail Cyclized Mini-Proteins2017Ingår i: Frontiers in Chemistry, E-ISSN 2296-2646, Vol. 5, artikel-id 73Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Target deconvolution is one of the most challenging tasks in drug discovery, but a key step in drug development. In contrast to small molecules, there is a lack of validated and robust methodologies for target elucidation of peptides. In particular, it is difficult to apply these methods to cyclic and cysteine-stabilized peptides since they exhibit reduced amenability to chemical modification and affinity capture; however, such ribosomally synthesized and post-translationally modified peptide natural products are rich sources of promising drug candidates. For example, plant-derived circular peptides called cyclotides have recently attracted much attention due to their immunosuppressive effects and oral activity in the treatment of multiple sclerosis in mice, but their molecular target has hitherto not been reported. In this study, a chemical proteomics approach using photo-affinity crosslinking was developed to determine a target for the circular peptide [T20K]kalata B1. Using this prototypic nature-derived peptide enabled the identification of a possible functional modulation of 14-3-3 proteins. This biochemical interaction was validated via competition pull down assays as well as a cellular reporter assay indicating an effect on 14-3-3-dependent transcriptional activity. As proof of concept, the presented approach may be applicable for target elucidation of various cyclic peptides and mini-proteins, in particular cyclotides, which represent a promising class of molecules in drug discovery and development.

    Ladda ner fulltext (pdf)
    fulltext
  • 18.
    Khan, T. M.
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Gunasekera, Sunithi
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Roy, D.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Strömstedt, Adam A.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Structure and Activity Relationship of the Echinochloa Crus-Galli Antimicrobial Peptide 12014Ingår i: Journal of Peptide Science, ISSN 1075-2617, E-ISSN 1099-1387, Vol. 20, s. S278-S279Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
  • 19. Koehbach, Johannes
    et al.
    O'Brien, Margaret
    Muttenthaler, Markus
    Miazzo, Marion
    Akcan, Muharrem
    Elliott, Alysha G.
    Daly, Norelle L.
    Harvey, Peta J.
    Arrowsmith, Sarah
    Gunasekera, Sunithi
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Smith, Terry J.
    Wray, Susan
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Dawson, Philip E.
    Craik, David J.
    Freissmuth, Michael
    Gruber, Christian W.
    Oxytocic plant cyclotides as templates for peptide G protein-coupled receptor ligand design2013Ingår i: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, ISSN 0027-8424, E-ISSN 1091-6490, Vol. 110, nr 52, s. 21183-21188Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Cyclotides are plant peptides comprising a circular backbone and three conserved disulfide bonds that confer them with exceptional stability. They were originally discovered in Oldenlandia affinis based on their use in traditional African medicine to accelerate labor. Recently, cyclotides have been identified in numerous plant species of the coffee, violet, cucurbit, pea, potato, and grass families. Their unique structural topology, high stability, and tolerance to sequence variation make them promising templates for the development of peptide-based pharmaceuticals. However, the mechanisms underlying their biological activities remain largely unknown; specifically, a receptor for a native cyclotide has not been reported hitherto. Using bioactivity-guided fractionation of an herbal peptide extract known to indigenous healers as "kalata-kalata," the cyclotide kalata B7 was found to induce strong contractility on human uterine smooth muscle cells. Radioligand displacement and second messenger-based reporter assays confirmed the oxytocin and vasopressin V-1a receptors, members of the G protein-coupled receptor family, as molecular targets for this cyclotide. Furthermore, we show that cyclotides can serve as templates for the design of selective G protein-coupled receptor ligands by generating an oxytocin-like peptide with nanomolar affinity. This nonapeptide elicited dose-dependent contractions on human myometrium. These observations provide a proof of concept for the development of cyclotide-based peptide ligands.

  • 20.
    Koptina, Anna
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Gunasekera, Sunithi
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Muhammad, Taj
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Bohlin, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Alsmark, Cecilia
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Microwave-assisted solid phase peptide synthesis of Asteropine A2014Ingår i: Phytopharm 2014, Saint-Petersburg, Russia 3-5 July 2014 / [ed] Shabanov P.D., Saint-Petersburg, Russia, 2014, Vol. 12, s. 36-Konferensbidrag (Refereegranskat)
    Ladda ner fulltext (pdf)
    fulltext
  • 21.
    Mohotti, S.
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi. Univ Colombo, Fac Sci, Dept Chem, Thurstan Rd, Colombo 00300, Sri Lanka..
    Rajendran, S.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Muhammad, Taj
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Strömstedt, Adam A.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Burman, R.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Hellman, Björn
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    de Silva, E. D.
    Univ Colombo, Fac Sci, Dept Chem, Thurstan Rd, Colombo 00300, Sri Lanka..
    Goransson, U.
    Univ Colombo, Fac Sci, Dept Chem, Thurstan Rd, Colombo 00300, Sri Lanka..
    Hettiarachchi, C. M.
    Univ Colombo, Fac Sci, Dept Chem, Thurstan Rd, Colombo 00300, Sri Lanka..
    Gunasekera, Sunithi
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    A bioactivity-guided screening of Sri Lankan plants in the search for novel antibacterial and anticancer agents2016Ingår i: Planta Medica, ISSN 0032-0943, E-ISSN 1439-0221, Vol. 82Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
  • 22.
    Mohotti, Supun
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi. Univ Colombo, Dept Chem, Fac Sci, Thurston Rd, Colombo 03, Sri Lanka.
    Rajendran, Sanjeevan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi. Univ Colombo, Dept Chem, Fac Sci, Thurston Rd, Colombo 03, Sri Lanka.
    Muhammad, Taj
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Strömstedt, Adam A.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Adhikari, Achyut
    Tribhuvan Univ, Cent Dept Chem, Kathmandu, Nepal.
    Burman, Robert
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    de Silva, E. D.
    Univ Colombo, Dept Chem, Fac Sci, Thurston Rd, Colombo 03, Sri Lanka.
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Hettiarachchi, C. M.
    Univ Colombo, Dept Chem, Fac Sci, Thurston Rd, Colombo 03, Sri Lanka.
    Gunasekera, Sunithi
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Screening for bioactive secondary metabolites in Sri Lankan medicinal plants by microfractionation and targeted isolation of antimicrobial flavonoids from Derris scandens2019Ingår i: Journal of Ethnopharmacology, ISSN 0378-8741, E-ISSN 1872-7573, Vol. 246, artikel-id 112158Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Ethnopharmacological relevance: Sri Lanka is known to have very diverse flora. Many of these species are used for plant-based remedies, which form the integral part of two Sri Lankan systems of traditional medicine, Ayurveda and Deshiya Chikitsa. Despite their widespread use, only a limited number of studies have probed into the scientific evidence for bioactivity of these medicinal plants. Such studies rarely progress to the identification of bioactive natural products. Aim of the study: The primary aim was to develop a bioactivity screening method and apply it to 50 Sri Lankan medicinal plants where antimicrobial properties could be relevant for its traditional use. The subsequent aim was the progression into defining and characterising potent isolates within targeted compound classes from such plants, i.e. Derris scandens and its antimicrobial flavonoids. Material and methods: The plant collection comprised 24 species of Fabaceae, 15 Rubiaceae, 7 Solanaceae and 4 Cucurbitaceae plants. These 50 species were collected based on their ethnopharmacological importance and use in Sri Lankan traditional medicine. Crude extracts from each species were initially subjected to radial disc diffusion and microdilution assays. Subsequently, aqueous extracts of all plants were microfractionated in deep well plates using reversed-phase HPLC. Fractions were tested for antibacterial and cytotoxic activities and masses of target bioactive compounds were identified using mass spectrometry. Bioactive compounds with the masses identified through microfractions were isolated from Derris scandens using reversed-phase HPLC. The isolated pure compounds were characterised using LC-MS and NMR. Results: Crude aqueous extracts from 19 species showed activity against Gram-positive bacteria (Staphylococcus aureus and Bacillus cereus) in the radial disc diffusion assay. Crude aqueous extracts from 34 plant species and organic extracts from 46 plant species were active against S. aureus (<= 4 mg mL(-1)) in the microdilution assay. Microfractionation demonstrated antibacterial activity for 19 plants and cytotoxicity for 6 plants. Furthermore, target bioactive compounds and their molecular ions were identified during microfractionation. Dalpanitin and vicenin-3, two of the flavonoids isolated from Derris scandens gave MICs of 23 mu g mL(-1) against S. aureus. Dalpanitin also exhibited relevant MICs on Gram-negative bacteria (94 mu g mL(-1)) against Escherichia coli and Pseudomonas aeruginosa). Conclusion: The microfractionation protocol developed in this study enabled time-efficient screening of many plants species, using a small quantity of sample material. In addition, microfractionation served as a guiding tool for identifying individual antimicrobial compounds. Through this process, flavonoids were isolated from Derris scandens, out of which dalpanitin and vicenin-3 showed activity in the low micromolar range. The high hit rate for in vitro antibacterial properties from this ethnopharmacologically guided sample collection gives credence to Sri Lankan traditional herbal medicine as a source for drug discovery.

    Ladda ner fulltext (pdf)
    FULLTEXT01
  • 23.
    Muhammad, Taj
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Gunasekera, Sunithi
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Strömstedt, Adam A.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Engineering Of A Minimalized Domain Derived From Human Host Defense Peptide LL-37 Into A Stable And Potent Antimicrobial Drug Lead2016Ingår i: Journal of Peptide Science, ISSN 1075-2617, E-ISSN 1099-1387, Vol. 22, nr S2, s. S184-S186Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
  • 24.
    Muhammad, Taj
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Gunasekera, Sunithi
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Strömstedt, Adam A.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Engineering of KR-12: A minimalized domain derived from human host defense peptide LL-37 into a potent antimicrobial drug lead2016Ingår i: Planta Medica, ISSN 0032-0943, E-ISSN 1439-0221, Vol. 82Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
  • 25.
    Muhammad, Taj
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Houssen, E. Wael
    Department of Chemistry, Marine Biodiscovery Centre, University of Aberdeen, Aberdeen AB243UE, Scotland, UK..
    Thomas, Louise
    Department of Chemistry, Marine Biodiscovery Centre, University of Aberdeen, Aberdeen AB243UE, Scotland, UK..
    Alexandru-Crivac, Cristina-Nicoleta
    Centre, University of Aberdeen, Aberdeen AB243UE, Scotland, UK..
    Gunasekera, Sunithi
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Jaspars, Marcel
    Centre, University of Aberdeen, Aberdeen AB243UE, Scotland, UK..
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Exploring the limits of cyanobactin macrocyclase PatGmac: Cyclisation of PawS derived peptide sunflower trypsin inhibitor-1 and cyclotide kalata B1Ingår i: Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 26.
    Muhammad, Taj
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Shafiullah, Md.
    Pharmacognosy, Department of Medicinal Chemistry, Uppsala University, Biomedical Centre, Uppsala, Sweden.
    Gunasekera, Sunithi
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Immobilisation of semi-pure butelase 1 and its applications to produce head-to-tail cyclic peptidesManuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
  • 27.
    Muhammad, Taj
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Strömstedt, Adam A.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Skogman, Malena
    Division of Pharmaceutical Biosciences, Faculty of Pharmacy, University of Helsinki, Helsinki, Finland.
    Fallarero, Adyary
    Division of Pharmaceutical Biosciences, Faculty of Pharmacy, University of Helsinki, Helsinki, Finland.
    Gunasekera, Sunithi
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Transformation of KR-12 derived cross-linked cyclic dimers into stable and potent antimicrobial drug leadsManuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
  • 28.
    Park, Sungkyu
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Gunasekera, Sunithi
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Aboye, Teshome Leta
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi. Department of Pharmaceutical ChemistrySchool of Pharmacy, Addis Ababa UniversityAddis AbabaEthiopia.
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    An Efficient Approach for the Total Synthesis of Cyclotides by Microwave Assisted Fmoc-SPPS2010Ingår i: International Journal of Peptide Research and Therapeutics, ISSN 1573-3149, Vol. 16, nr 3, s. 167-176Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Cyclotides are mini-proteins of approximately 30 amino acid residues that have a unique structure consisting of a head-to-tail cyclized backbone and a knotted arrangement of three disulfide bonds. This unique cyclotide structure provides exceptional stability to chemical, enzymatic and thermal treatments and has been implicated as an ideal drug scaffold for the development into agricultural and biotechnological agents. In the current work, we present the first method for microwave assisted Fmoc-SPPS of cyclotides. This protocol adopts a strategy that combines optimized microwave assisted chemical reactions for Fmoc-SPPS of the peptide backbone, the cleavage of the protected peptide and the introduction of a thioester at the C-terminal carboxylic acid to obtain the head-to-tail cyclized cyclotide backbone by native chemical ligation. To exemplify the utility of this protocol in the synthesis of a wide array of different cyclotide sequences we synthesized representative members from the three cyclotide subfamilies-the Mobius kalata B1, the bracelet cycloviolacin O2 and the trypsin inhibitory MCoTI-II. In addition, a "one pot" reaction promoting both cyclization and oxidative folding of crude peptide thioester was adapted for kalata B1 and MCoTI-II.

  • 29.
    Strömstedt, Adam A.
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Kristiansen, Per Eugen
    Univ Oslo, Dept Mol Biosci, Box 1041, N-0316 Oslo, Norway.
    Gunasekera, Sunithi
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Grob, Nathalie
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Skjeldal, Lars
    Norwegian Univ Life Sci, Dept Chem Biochem & Food Sci, N-1432 As, Norway.
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för farmakognosi.
    Selective membrane disruption by the cyclotide kalata B7: complex ions and essential functional groups in the phosphatidylethanolamine binding pocket2016Ingår i: Biochimica et Biophysica Acta, ISSN 0006-3002, E-ISSN 1878-2434, Vol. 1858, nr 6, s. 1317-1327Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The cyclic cystine knot plant peptides called cyclotides are active against a wide variety of organisms. This is primarily achieved through membrane binding and disruption, in part deriving from a high affinity for phosphatidylethanolamine (PE) lipids. Some cyclotides, such as kalata B7 (kB7), form complexes with divalent cations in a pocket associated with the tyrosine residue at position 15 (Tyr15). In the current work we explore the effect of cations on membrane leakage caused by cyclotides kB1, kB2 and kB7, and we identify a functional group that is essential for PE selectivity. The presence of PE-lipids in liposomes increased the membrane permeabilizing potency of the cyclotides, with the potency of kB7 increasing by as much as 740-fold. The divalent cations Mn(2+), Mg(2+) and Ca(2+) had no apparent effect on PE selectivity. However, amino acid substitutions in kB7 proved that Tyr15 is crucial for PE-selective membrane permeabilization on various liposome systems. Although the tertiary structure of kB7 was maintained, as reflected by the NMR solution structure, mutating Tyr into Ser at position 15 resulted in substantially reduced PE selectivity. Ala substitution at the same position produced a similar reduction in PE selectivity, while substitution with Phe maintained high selectivity. We conclude that the phenyl ring in Tyr15 is critical for the high PE selectivity of kB7. Our results suggest that PE-binding and divalent cation coordination occur in the same pocket without adverse effects of competitive binding for the phospholipid.

  • 30.
    Wang, Yan
    et al.
    Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden.
    Lloyd, Katy A.
    Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden.
    Gunasekera, Sunithi
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Eriksson, Camilla
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Ramsköld, Daniel
    Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden.
    Lundberg, Karin
    Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden.
    Jakobsson, Per-Johan
    Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden.
    Göransson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Malmström, Vivianne
    Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden.
    Grönwall, Caroline
    Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden.
    Repertoire Studies in Rheumatoid Arthritis Reveal B-Cell Distortions and Baseline Shifts in Unmutated IgG2018Ingår i: Arthritis & Rheumatology, ISSN 2326-5191, E-ISSN 2326-5205, Vol. 70Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
  • 31.
    Zumberge, J. Alex
    et al.
    Univ Calif Riverside, Dept Earth Sci, Riverside, CA 92521 USA.
    Love, Gordon D.
    Univ Calif Riverside, Dept Earth Sci, Riverside, CA 92521 USA.
    Cárdenas, Paco
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Sperling, Erik A.
    Stanford Univ, Dept Geol Sci, Stanford, CA 94305 USA.
    Gunasekera, Sunithi
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi.
    Rohrssen, Megan
    Cent Michigan Univ, Dept Earth & Atmospher Sci, Mt Pleast, MI USA.
    Grosjean, Emmanuelle
    Geosci Australia, Canberra, ACT, Australia.
    Grotzinger, John P.
    CALTECH, Div Geol & Planetary Sci, Pasadena, CA USA.
    Summons, Roger E.
    MIT, Dept Earth Atmospher & Planetary Sci, Cambridge, MA USA.
    Demosponge steroid biomarker 26-methylstigmastane provides evidence for Neoproterozoic animals2018Ingår i: Nature Ecology & Evolution, E-ISSN 2397-334X, Vol. 2, nr 11, s. 1709-1714Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Sterane biomarkers preserved in ancient sedimentary rocks hold promise for tracking the diversification and ecological expansion of eukaryotes. The earliest proposed animal biomarkers from demosponges (Demospongiae) are recorded in a sequence around 100 Myr long of Neoproterozoic-Cambrian marine sedimentary strata from the Huqf Supergroup, South Oman Salt Basin. This C-30 sterane biomarker, informally known as 24-isopropylcholestane (24-ipc), possesses the same carbon skeleton as sterols found in some modern-day demosponges. However, this evidence is controversial because 24-ipc is not exclusive to demosponges since 24-ipc sterols are found in trace amounts in some pelagophyte algae. Here, we report a new fossil sterane biomarker that co-occurs with 24-ipc in a suite of late Neoproterozoic-Cambrian sedimentary rocks and oils, which possesses a rare hydrocarbon skeleton that is uniquely found within extant demosponge taxa. This sterane is informally designated as 26-methylstigmastane (26-mes), reflecting the very unusual methylation at the terminus of the steroid side chain. It is the first animal-specific sterane marker detected in the geological record that can be unambiguously linked to precursor sterols only reported from extant demosponges. These new findings strongly suggest that demosponges, and hence multicellular animals, were prominent in some late Neoproterozoic marine environments at least extending back to the Cryogenian period.

1 - 31 av 31
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf