uu.seUppsala universitets publikasjoner
Endre søk
Begrens søket
1234567 151 - 200 of 313
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Treff pr side
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
Merk
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 151.
    Lindén, Jonatan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datorteknik.
    Bauer, Pavol
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Jonsson, Bengt
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datorteknik.
    Fine-grained local dynamic load balancing in PDES2018Inngår i: Proc. 6th ACM SIGSIM Conference on Principles of Advanced Discrete Simulation, New York: ACM Press, 2018, s. 201-212Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 152. Lister, Raymond
    et al.
    Clear, Tony
    Simon,
    Bouvier, Dennis J.
    Carter, Paul
    Eckerdal, Anna
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Jacková, Jana
    Lopez, Mike
    McCartney, Robert
    Robbins, Phil
    Seppälä, Otto
    Thompson, Errol
    Naturally Occurring Data as Research Instrument: Analyzing examination responses to study the novice programmer2009Inngår i: SIGCSE Bulletin inroads, ISSN 0097-8418, Vol. 41, nr 4, s. 156-173Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 153.
    Liu, Jing
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Nettelblad, Carl
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Assessing uncertainties in x-ray single-particle three-dimensional reconstruction2018Inngår i: Physical Review E. Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, ISSN 1539-3755, E-ISSN 1550-2376, Vol. 98, s. 013303:1-12, artikkel-id 013303Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 154.
    Liu, Jing
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    van der Schot, Gijs
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Supervised classification methods for flash X-ray single particle diffraction imaging2019Inngår i: Optics Express, ISSN 1094-4087, E-ISSN 1094-4087, Vol. 27, s. 3884-3899Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 155.
    Ljungberg, Kajsa
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Mishchenko, Kateryna
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Efficient algorithms for multidimensional global optimization in genetic mapping of complex traits2010Inngår i: Advances and Applications in Bioinformatics and Chemistry, ISSN 1178-6949, Vol. 3, s. 75-88Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 156.
    Ljungkvist, Karl
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Finite Element Computations on Multicore and Graphics Processors2017Doktoravhandling, med artikler (Annet vitenskapelig)
    Abstract [en]

    In this thesis, techniques for efficient utilization of modern computer hardwarefor numerical simulation are considered. In particular, we study techniques for improving the performance of computations using the finite element method.

    One of the main difficulties in finite-element computations is how to perform the assembly of the system matrix efficiently in parallel, due to its complicated memory access pattern. The challenge lies in the fact that many entries of the matrix are being updated concurrently by several parallel threads. We consider transactional memory, an exotic hardware feature for concurrent update of shared variables, and conduct benchmarks on a prototype multicore processor supporting it. Our experiments show that transactions can both simplify programming and provide good performance for concurrent updates of floating point data.

    Secondly, we study a matrix-free approach to finite-element computation which avoids the matrix assembly. In addition to removing the need to store the system matrix, matrix-free methods are attractive due to their low memory footprint and therefore better match the architecture of modern processors where memory bandwidth is scarce and compute power is abundant. Motivated by this, we consider matrix-free implementations of high-order finite-element methods for execution on graphics processors, which have seen a revolutionary increase in usage for numerical computations during recent years due to their more efficient architecture. In the implementation, we exploit sum-factorization techniques for efficient evaluation of matrix-vector products, mesh coloring and atomic updates for concurrent updates, and a geometric multigrid algorithm for efficient preconditioning of iterative solvers. Our performance studies show that on the GPU, a matrix-free approach is the method of choice for elements of order two and higher, yielding both a significantly faster execution, and allowing for solution of considerably larger problems. Compared to corresponding CPU implementations executed on comparable multicore processors, the GPU implementation is about twice as fast, suggesting that graphics processors are about twice as power efficient as multicores for computations of this kind.

    Delarbeid
    1. Using hardware transactional memory for high-performance computing
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Using hardware transactional memory for high-performance computing
    Vise andre…
    2011 (engelsk)Inngår i: Proc. 25th International Symposium on Parallel and Distributed Processing Workshops and PhD Forum, Piscataway, NJ: IEEE , 2011, s. 1660-1667Konferansepaper, Publicerat paper (Fagfellevurdert)
    sted, utgiver, år, opplag, sider
    Piscataway, NJ: IEEE, 2011
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-158551 (URN)10.1109/IPDPS.2011.322 (DOI)978-1-61284-425-1 (ISBN)
    Konferanse
    IPDPS Workshop on Multi-Threaded Architectures and Applications
    Prosjekter
    eSSENCEUPMARC
    Tilgjengelig fra: 2011-09-01 Laget: 2011-09-10 Sist oppdatert: 2018-01-12bibliografisk kontrollert
    2. Matrix-free finite-element operator application on graphics processing units
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Matrix-free finite-element operator application on graphics processing units
    2014 (engelsk)Inngår i: Euro-Par 2014: Parallel Processing Workshops, Part II, Springer, 2014, s. 450-461Konferansepaper, Publicerat paper (Fagfellevurdert)
    sted, utgiver, år, opplag, sider
    Springer, 2014
    Serie
    Lecture Notes in Computer Science ; 8806
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-238380 (URN)10.1007/978-3-319-14313-2_38 (DOI)000354785000038 ()978-3-319-14312-5 (ISBN)
    Konferanse
    7th Workshop on Unconventional High-Performance Computing
    Prosjekter
    UPMARCeSSENCE
    Tilgjengelig fra: 2014-12-11 Laget: 2014-12-11 Sist oppdatert: 2018-01-11bibliografisk kontrollert
    3. Matrix-free finite-element computations on graphics processors with adaptively refined unstructured meshes
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Matrix-free finite-element computations on graphics processors with adaptively refined unstructured meshes
    2017 (engelsk)Inngår i: Proc. 25th High Performance Computing Symposium, San Diego, CA: The Society for Modeling and Simulation International, 2017, s. 1-12Konferansepaper, Publicerat paper (Fagfellevurdert)
    sted, utgiver, år, opplag, sider
    San Diego, CA: The Society for Modeling and Simulation International, 2017
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-320146 (URN)978-1-5108-3822-2 (ISBN)
    Konferanse
    HPC 2017, April 23–26, Virginia Beach, VA
    Prosjekter
    UPMARC
    Tilgjengelig fra: 2017-04-23 Laget: 2017-04-16 Sist oppdatert: 2018-01-13bibliografisk kontrollert
    4. Multigrid for matrix-free finite element computations on graphics processors
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Multigrid for matrix-free finite element computations on graphics processors
    2017 (engelsk)Rapport (Annet vitenskapelig)
    Serie
    Technical report / Department of Information Technology, Uppsala University, ISSN 1404-3203 ; 2017-006
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-320073 (URN)
    Prosjekter
    UPMARCeSSENCE
    Tilgjengelig fra: 2017-04-20 Laget: 2017-04-13 Sist oppdatert: 2018-01-13bibliografisk kontrollert
  • 157.
    Ljungkvist, Karl
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Matrix-free finite-element computations on graphics processors with adaptively refined unstructured meshes2017Inngår i: Proc. 25th High Performance Computing Symposium, San Diego, CA: The Society for Modeling and Simulation International, 2017, s. 1-12Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 158.
    Ljungkvist, Karl
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Matrix-free finite-element operator application on graphics processing units2014Inngår i: Euro-Par 2014: Parallel Processing Workshops, Part II, Springer, 2014, s. 450-461Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 159.
    Ljungkvist, Karl
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Techniques for finite element methods on modern processors2015Licentiatavhandling, med artikler (Annet vitenskapelig)
    Abstract [en]

    In this thesis, methods for efficient utilization of modern computer hardware for numerical simulation are considered. In particular, we study techniques for speeding up the execution of finite-element methods.

    One of the greatest challenges in finite-element computation is how to efficiently perform the the system matrix assembly efficiently in parallel, due to its complicated memory access pattern. The main difficulty lies in the fact that many entries of the matrix are being updated concurrently by several parallel threads. We consider transactional memory, an exotic hardware feature for concurrent update of shared variables, and conduct benchmarks on a prototype processor supporting it. Our experiments show that transactions can both simplify programming and provide good performance for concurrent updates of floating point data.

    Furthermore, we study a matrix-free approach to finite-element computation which avoids the matrix assembly. Motivated by its computational properties, we implement the matrix-free method for execution on graphics processors, using either atomic updates or a mesh coloring approach to handle the concurrent updates. A performance study shows that on the GPU, the matrix-free method is faster than a matrix-based implementation for many element types, and allows for solution of considerably larger problems. This suggests that the matrix-free method can speed up execution of large realistic simulations.

    Delarbeid
    1. Using hardware transactional memory for high-performance computing
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Using hardware transactional memory for high-performance computing
    Vise andre…
    2011 (engelsk)Inngår i: Proc. 25th International Symposium on Parallel and Distributed Processing Workshops and PhD Forum, Piscataway, NJ: IEEE , 2011, s. 1660-1667Konferansepaper, Publicerat paper (Fagfellevurdert)
    sted, utgiver, år, opplag, sider
    Piscataway, NJ: IEEE, 2011
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-158551 (URN)10.1109/IPDPS.2011.322 (DOI)978-1-61284-425-1 (ISBN)
    Konferanse
    IPDPS Workshop on Multi-Threaded Architectures and Applications
    Prosjekter
    eSSENCEUPMARC
    Tilgjengelig fra: 2011-09-01 Laget: 2011-09-10 Sist oppdatert: 2018-01-12bibliografisk kontrollert
    2. Matrix-free finite-element operator application on graphics processing units
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Matrix-free finite-element operator application on graphics processing units
    2014 (engelsk)Inngår i: Euro-Par 2014: Parallel Processing Workshops, Part II, Springer, 2014, s. 450-461Konferansepaper, Publicerat paper (Fagfellevurdert)
    sted, utgiver, år, opplag, sider
    Springer, 2014
    Serie
    Lecture Notes in Computer Science ; 8806
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-238380 (URN)10.1007/978-3-319-14313-2_38 (DOI)000354785000038 ()978-3-319-14312-5 (ISBN)
    Konferanse
    7th Workshop on Unconventional High-Performance Computing
    Prosjekter
    UPMARCeSSENCE
    Tilgjengelig fra: 2014-12-11 Laget: 2014-12-11 Sist oppdatert: 2018-01-11bibliografisk kontrollert
  • 160.
    Ljungkvist, Karl
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Kronbichler, Martin
    Multigrid for matrix-free finite element computations on graphics processors2017Rapport (Annet vitenskapelig)
  • 161.
    Ljungkvist, Karl
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Tillenius, Martin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Black-Schaffer, David
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datorteknik.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Karlsson, Martin
    Larsson, Elisabeth
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Using hardware transactional memory for high-performance computing2011Inngår i: Proc. 25th International Symposium on Parallel and Distributed Processing Workshops and PhD Forum, Piscataway, NJ: IEEE , 2011, s. 1660-1667Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 162. Ljungkvist, Karl
    et al.
    Tillenius, Martin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Karlsson, Martin
    Larsson, Elisabeth
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Early results using hardware transactional memory for high-performance computing applications2010Inngår i: Proc. 3rd Swedish Workshop on Multi-Core Computing, Göteborg, Sweden: Chalmers University of Technology , 2010, s. 93-97Konferansepaper (Annet vitenskapelig)
  • 163.
    Lukarski, Dimitar
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Neytcheva, Maya
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    On the impact of the heterogeneous multicore and many-core platforms on iterative solution methods and preconditioning techniques2014Inngår i: High-Performance Computing on Complex Environments, Hoboken, NJ: Wiley-Blackwell, 2014, s. 13-32Kapittel i bok, del av antologi (Fagfellevurdert)
  • 164.
    Lukarski, Dimitar
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Skoglund, Tobias
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datorteknik.
    A priori power estimation of linear solvers on multi-core processors2013Rapport (Annet vitenskapelig)
  • 165.
    Mahjani, Behrang
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Global optimization algorithm PruneDIRECT as an R package2016Rapport (Annet vitenskapelig)
  • 166.
    Mahjani, Behrang
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Methods from Statistical Computing for Genetic Analysis of Complex Traits2016Doktoravhandling, med artikler (Annet vitenskapelig)
    Abstract [en]

    The goal of this thesis is to explore, improve and implement some advanced modern computational methods in statistics, focusing on applications in genetics. The thesis has three major directions.

    First, we study likelihoods for genetics analysis of experimental populations. Here, the maximum likelihood can be viewed as a computational global optimization problem. We introduce a faster optimization algorithm called PruneDIRECT, and explain how it can be parallelized for permutation testing using the Map-Reduce framework. We have implemented PruneDIRECT as an open source R package, and also Software as a Service for cloud infrastructures (QTLaaS).

    The second part of the thesis focusses on using sparse matrix methods for solving linear mixed models with large correlation matrices. For populations with known pedigrees, we show that the inverse of covariance matrix is sparse. We describe how to use this sparsity to develop a new method to maximize the likelihood and calculate the variance components.

    In the final part of the thesis we study computational challenges of psychiatric genetics, using only pedigree information. The aim is to investigate existence of maternal effects in obsessive compulsive behavior. We add the maternal effects to the linear mixed model, used in the second part of this thesis, and we describe the computational challenges of working with binary traits.

    Delarbeid
    1. Fast and accurate detection of multiple quantitative trait loci
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Fast and accurate detection of multiple quantitative trait loci
    2013 (engelsk)Inngår i: Journal of Computational Biology, ISSN 1066-5277, E-ISSN 1557-8666, Vol. 20, s. 687-702Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert) Published
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-180916 (URN)10.1089/cmb.2012.0242 (DOI)000323822000006 ()
    Prosjekter
    eSSENCE
    Tilgjengelig fra: 2013-08-06 Laget: 2012-09-13 Sist oppdatert: 2017-12-07bibliografisk kontrollert
    2. Global optimization algorithm PruneDIRECT as an R package
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Global optimization algorithm PruneDIRECT as an R package
    2016 (engelsk)Rapport (Annet vitenskapelig)
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-284374 (URN)
    Prosjekter
    eSSENCE
    Tilgjengelig fra: 2016-04-24 Laget: 2016-04-18 Sist oppdatert: 2018-01-10bibliografisk kontrollert
    3. A flexible computational framework using R and Map-Reduce for permutation tests of massive genetic analysis of complex traits
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>A flexible computational framework using R and Map-Reduce for permutation tests of massive genetic analysis of complex traits
    2017 (engelsk)Inngår i: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology & Bioinformatics, ISSN 1545-5963, E-ISSN 1557-9964, Vol. 14, s. 381-392Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert) Published
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-284372 (URN)10.1109/TCBB.2016.2527639 (DOI)000399013500017 ()26887003 (PubMedID)
    Prosjekter
    eSSENCE
    Tilgjengelig fra: 2016-02-11 Laget: 2016-04-18 Sist oppdatert: 2018-09-18bibliografisk kontrollert
    4. QTL as a service: PruneDIRECT for multi-dimensional QTL scans in cloud settings
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>QTL as a service: PruneDIRECT for multi-dimensional QTL scans in cloud settings
    2016 (engelsk)Inngår i: Bioinformatics, ISSN 1367-4803, E-ISSN 1367-4811Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig) Submitted
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-284376 (URN)
    Prosjekter
    eSSENCE
    Tilgjengelig fra: 2016-04-18 Laget: 2016-04-18 Sist oppdatert: 2018-01-10bibliografisk kontrollert
    5. Software as a service in analysis of quantitative trait loci
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Software as a service in analysis of quantitative trait loci
    2016 (engelsk)Rapport (Annet vitenskapelig)
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-284375 (URN)
    Prosjekter
    eSSENCE
    Tilgjengelig fra: 2016-04-18 Laget: 2016-04-18 Sist oppdatert: 2018-01-10bibliografisk kontrollert
    6. Fitting linear mixed models using sparse matrix methods and Lanczos factorization
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Fitting linear mixed models using sparse matrix methods and Lanczos factorization
    2016 (engelsk)Inngår i: Computational Statistics & Data Analysis, ISSN 0167-9473, E-ISSN 1872-7352Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig) Submitted
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-284373 (URN)
    Prosjekter
    eSSENCE
    Tilgjengelig fra: 2016-04-08 Laget: 2016-04-18 Sist oppdatert: 2017-11-30bibliografisk kontrollert
    7. Computational challenges in modeling maternal effects in psychiatric disorders
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Computational challenges in modeling maternal effects in psychiatric disorders
    Vise andre…
    2016 (engelsk)Manuskript (preprint) (Annet vitenskapelig)
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-284377 (URN)
    Prosjekter
    eSSENCE
    Tilgjengelig fra: 2016-04-18 Laget: 2016-04-18 Sist oppdatert: 2017-03-06
  • 167.
    Mahjani, Behrang
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Pawitan, Yudi
    Klei, Lambertus
    Devlin, Bernie
    Buxbaum, Joseph
    Grice, Dorothy
    Reichenberg, Avraham
    Sandin, Sven
    Computational challenges in modeling maternal effects in psychiatric disorders2016Manuskript (preprint) (Annet vitenskapelig)
  • 168.
    Mahjani, Behrang
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Rönnegård, Lars
    Eldén, Lars
    Fitting linear mixed models using sparse matrix methods and Lanczos factorization2016Inngår i: Computational Statistics & Data Analysis, ISSN 0167-9473, E-ISSN 1872-7352Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
  • 169.
    Mahjani, Behrang
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Toor, Salman
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Software as a service in analysis of quantitative trait loci2016Rapport (Annet vitenskapelig)
  • 170.
    Mahjani, Behrang
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Toor, Salman
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Nettelblad, Carl
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    A flexible computational framework using R and Map-Reduce for permutation tests of massive genetic analysis of complex traits2017Inngår i: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology & Bioinformatics, ISSN 1545-5963, E-ISSN 1557-9964, Vol. 14, s. 381-392Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 171.
    Mahjani, Behrang
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Toor, Salman
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Nettelblad, Carl
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    QTL as a service: PruneDIRECT for multi-dimensional QTL scans in cloud settings2016Inngår i: Bioinformatics, ISSN 1367-4803, E-ISSN 1367-4811Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
  • 172.
    Mattsson, Ken
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Almquist, Martin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Stable and accurate wave simulations in complex geometries and discontinuous media2013Inngår i: Proc. 11th International Conference on Mathematical and Numerical Aspects of Waves, Tunisia: ENIT , 2013, s. 201-202Konferansepaper (Annet vitenskapelig)
  • 173. McCartney, Robert
    et al.
    Boustedt, Jonas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Eckerdal, Anna
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Moström, Jan Erik
    Sanders, Kate
    Thomas, Lynda
    Zander, Carol
    Liminal spaces and learning computing2009Inngår i: European Journal of Engineering Education, ISSN 0304-3797, E-ISSN 1469-5898, Vol. 34, s. 383-391Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 174. McCartney, Robert
    et al.
    Boustedt, Jonas
    Eckerdal, Anna
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Sanders, Kate
    Thomas, Lynda
    Zander, Carol
    Why computing students learn on their own: Motivation for self-directed learning of computing2016Inngår i: ACM Transactions on Computing Education, ISSN 1946-6226, E-ISSN 1946-6226, Vol. 16, nr 1, s. 2:1-18, artikkel-id 2Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 175. McCartney, Robert
    et al.
    Boustedt, Jonas
    Eckerdal, Anna
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Sanders, Kate
    Zander, Carol
    Can first-year students program yet?: a study revisited2013Inngår i: Proc. 9th International Computing Education Research Conference, New York: ACM Press, 2013, s. 91-98Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 176. McCartney, Robert
    et al.
    Boustedt, Jonas
    Eckerdal, Anna
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Sanders, Kate
    Zander, Carol
    Folk pedagogy and the geek gene: Geekiness quotient2017Inngår i: Proc. 48th SIGCSE Technical Symposium on Computer Science Education, New York: ACM Press, 2017, s. 405-410Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 177. McCartney, Robert
    et al.
    Eckerdal, Anna
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Moström, Jan Erik
    Sanders, Kate
    Thomas, Lynda
    Zander, Carol
    Computing students learning computing informally2010Inngår i: Proc. 10th International Conference on Computing Education Research: Koli Calling, New York: ACM Press , 2010, s. 43-48Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 178.
    Meinecke, Lina
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Hellander, Andreas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Analysis and design of jump coefficients in discrete stochastic diffusion models2016Inngår i: SIAM Journal on Scientific Computing, ISSN 1064-8275, E-ISSN 1095-7197, Vol. 38, s. A55-A83Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 179.
    Mikulovic, Sanja
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Genetisk utvecklingsbiologi.
    Restrepo, Carlos Ernesto
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Genetisk utvecklingsbiologi.
    Siwani, Samer
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Genetisk utvecklingsbiologi.
    Bauer, Pavol
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Johann, Stefano Pupe
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Genetisk utvecklingsbiologi.
    Tort, Adriano B. L.
    Kullander, Klas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Genetisk utvecklingsbiologi.
    Leão, Richardson N.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Genetisk utvecklingsbiologi.
    Ventral hippocampal OLM cells control type 2 theta oscillations and response to predator odor2018Inngår i: Nature Communications, ISSN 2041-1723, E-ISSN 2041-1723, Vol. 9, s. 3638:1-15, artikkel-id 3638Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 180. Milias-Argeitis, Andreas
    et al.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Bauer, Pavol
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Khammash, Mustafa
    Stochastic focusing coupled with negative feedback enables robust regulation in biochemical reaction networks2015Inngår i: Journal of the Royal Society Interface, ISSN 1742-5689, E-ISSN 1742-5662, Vol. 12, nr 113, s. 20150831:1-10, artikkel-id 20150831Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 181. Mishchenko, Kateryna
    et al.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Rönnegård, Lars
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Centrum för bioinformatik.
    Newton-type methods for REML estimation in genetic analysis of quantitative traits2008Inngår i: Journal of Computational Methods in Sciences and Engineering, ISSN 1472-7978, E-ISSN 1875-8983, Vol. 8, s. 53-67Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 182. Mishchenko, Kateryna
    et al.
    Neytcheva, Maya
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    New algorithms for evaluating the log-likelihood function derivatives in the AI-REML method2009Inngår i: Communications in statistics. Simulation and computation, ISSN 0361-0918, E-ISSN 1532-4141, Vol. 38, s. 1348-1364Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 183. Mishchenko, Kateryna
    et al.
    Rönnegård, Lars
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Mishchenko, Volodymyr
    Assessing a multiple QTL search using the variance component model2010Inngår i: Computational biology and chemistry (Print), ISSN 1476-9271, E-ISSN 1476-928X, Vol. 34, s. 34-41Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 184. Mniszewski, Susan M.
    et al.
    Perriot, Romain
    Rubensson, Emanuel H.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Negre, Christian F. A.
    Cawkwell, Marc J.
    Niklasson, Anders M. N.
    Linear scaling pseudo Fermi-operator expansion for fractional occupation2019Inngår i: Journal of Chemical Theory and Computation, ISSN 1549-9618, E-ISSN 1549-9626, Vol. 15, s. 190-200Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 185. Morgan, Michael
    et al.
    Butler, Matthew
    Thota, Neena
    Nylén, Aletta
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datalogi.
    Eckerdal, Anna
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Kinnunen, Päivi
    Examining manual and semi-automated methods of analysing MOOC data for computing education2017Inngår i: Proc. 17th International Conference on Computing Education Research: Koli Calling, New York: ACM Press, 2017, s. 153-157Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 186. Moström, Jan Erik
    et al.
    Boustedt, Jonas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Eckerdal, Anna
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    McCartney, Robert
    Sanders, Kate
    Thomas, Lynda
    Zander, Carol
    Computer Science Student Transformations: Changes and Causes2009Inngår i: SIGCSE Bulletin inroads, ISSN 0097-8418, Vol. 41, nr 3, s. 181-185Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 187. Nelson, Ronald M.
    et al.
    Nettelblad, Carl
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Pettersson, Mats E.
    Shen, Xia
    Crooks, Lucy
    Besnier, François
    Álvarez-Castro, José
    Rönnegård, Lars
    Ek, Weronica
    Sheng, Zheya
    Kierczak, Marcin
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Carlborg, Örjan
    Swedish University of Agricultural Sciences, Division of Computational Genetics.
    MAPfastR: Quantitative trait loci mapping in outbred line crosses2013Inngår i: G3: Genes, Genomes, Genetics, ISSN 2160-1836, E-ISSN 2160-1836, Vol. 3, s. 2147-2149Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 188.
    Nettelblad, Carl
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Breakdown of methods for phasing and imputation in the presence of double genotype sharing2012Rapport (Annet vitenskapelig)
  • 189.
    Nettelblad, Carl
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Breakdown of methods for phasing and imputation in the presence of double genotype sharing2013Inngår i: PLoS ONE, ISSN 1932-6203, E-ISSN 1932-6203, Vol. 8, s. e60354:1-5Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 190.
    Nettelblad, Carl
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Haplotype inference based on hidden Markov models in the QTL–MAS 2010 multigenerational dataset2011Inngår i: Proc. 14th European Workshop on QTL Mapping and Marker Assisted Selection, London: BioMed Central , 2011, s. S10:1-7Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 191.
    Nettelblad, Carl
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Inferring haplotypes and parental genotypes in larger full sib-ships and other pedigrees with missing or erroneous genotype data2012Rapport (Annet vitenskapelig)
  • 192.
    Nettelblad, Carl
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Inferring haplotypes and parental genotypes in larger full sib-ships and other pedigrees with missing or erroneous genotype data2012Inngår i: BMC Genetics, ISSN 1471-2156, E-ISSN 1471-2156, Vol. 13, s. 85:1-13Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 193.
    Nettelblad, Carl
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Two Optimization Problems in Genetics: Multi-dimensional QTL Analysis and Haplotype Inference2012Doktoravhandling, med artikler (Annet vitenskapelig)
    Abstract [en]

    The existence of new technologies, implemented in efficient platforms and workflows has made massive genotyping available to all fields of biology and medicine. Genetic analyses are no longer dominated by experimental work in laboratories, but rather the interpretation of the resulting data. When billions of data points representing thousands of individuals are available, efficient computational tools are required. The focus of this thesis is on developing models, methods and implementations for such tools.

    The first theme of the thesis is multi-dimensional scans for quantitative trait loci (QTL) in experimental crosses. By mating individuals from different lines, it is possible to gather data that can be used to pinpoint the genetic variation that influences specific traits to specific genome loci. However, it is natural to expect multiple genes influencing a single trait to interact. The thesis discusses model structure and model selection, giving new insight regarding under what conditions orthogonal models can be devised. The thesis also presents a new optimization method for efficiently and accurately locating QTL, and performing the permuted data searches needed for significance testing. This method has been implemented in a software package that can seamlessly perform the searches on grid computing infrastructures.

    The other theme in the thesis is the development of adapted optimization schemes for using hidden Markov models in tracing allele inheritance pathways, and specifically inferring haplotypes. The advances presented form the basis for more accurate and non-biased line origin probabilities in experimental crosses, especially multi-generational ones. We show that the new tools are able to reconstruct haplotypes and even genotypes in founder individuals and offspring alike, based on only unordered offspring genotypes. The tools can also handle larger populations than competing methods, resolving inheritance pathways and phase in much larger and more complex populations. Finally, the methods presented are also applicable to datasets where individual relationships are not known, which is frequently the case in human genetics studies. One immediate application for this would be improved accuracy for imputation of SNP markers within genome-wide association studies (GWAS).

    Delarbeid
    1. Coherent estimates of genetic effects with missing information
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Coherent estimates of genetic effects with missing information
    2012 (engelsk)Inngår i: Open Journal of Genetics, ISSN 2162-4453, E-ISSN 2162-4461, Vol. 2, s. 31-38Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert) Published
    Emneord
    genetic effects, missing genotypes, orthogonal estimation, QTL analysis
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-180915 (URN)10.4236/ojgen.2012.21003 (DOI)
    Prosjekter
    eSSENCE
    Tilgjengelig fra: 2012-03-02 Laget: 2012-09-12 Sist oppdatert: 2017-12-07bibliografisk kontrollert
    2. Fast and accurate detection of multiple quantitative trait loci
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Fast and accurate detection of multiple quantitative trait loci
    2013 (engelsk)Inngår i: Journal of Computational Biology, ISSN 1066-5277, E-ISSN 1557-8666, Vol. 20, s. 687-702Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert) Published
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-180916 (URN)10.1089/cmb.2012.0242 (DOI)000323822000006 ()
    Prosjekter
    eSSENCE
    Tilgjengelig fra: 2013-08-06 Laget: 2012-09-13 Sist oppdatert: 2017-12-07bibliografisk kontrollert
    3. A Grid-Enabled Problem Solving Environment for QTL Analysis in R
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>A Grid-Enabled Problem Solving Environment for QTL Analysis in R
    Vise andre…
    2010 (engelsk)Inngår i: Proc. 2nd International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, Cary, NC: ISCA , 2010, s. 202-209Konferansepaper, Publicerat paper (Fagfellevurdert)
    sted, utgiver, år, opplag, sider
    Cary, NC: ISCA, 2010
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-111594 (URN)978-1-880843-76-5 (ISBN)
    Prosjekter
    eSSENCE
    Tilgjengelig fra: 2010-01-12 Laget: 2009-12-17 Sist oppdatert: 2018-01-12bibliografisk kontrollert
    4. cnF2freq: Efficient determination of genotype and haplotype probabilities in outbred populations using Markov models
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>cnF2freq: Efficient determination of genotype and haplotype probabilities in outbred populations using Markov models
    2009 (engelsk)Inngår i: Bioinformatics and Computational Biology, Berlin: Springer-Verlag , 2009, s. 307-319Konferansepaper, Publicerat paper (Fagfellevurdert)
    sted, utgiver, år, opplag, sider
    Berlin: Springer-Verlag, 2009
    Serie
    Lecture Notes in Computer Science ; 5462
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-103916 (URN)10.1007/978-3-642-00727-9_29 (DOI)000265785800029 ()978-3-642-00726-2 (ISBN)
    Tilgjengelig fra: 2009-05-25 Laget: 2009-05-25 Sist oppdatert: 2017-01-25bibliografisk kontrollert
    5. An improved method for estimating chromosomal line origin in QTL analysis of crosses between outbred lines
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>An improved method for estimating chromosomal line origin in QTL analysis of crosses between outbred lines
    2011 (engelsk)Inngår i: G3: Genes, Genomes, Genetics, ISSN 2160-1836, E-ISSN 2160-1836, Vol. 1, s. 57-64Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert) Published
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-156197 (URN)10.1534/g3.111.000109 (DOI)000312405400007 ()
    Prosjekter
    eSSENCE
    Tilgjengelig fra: 2011-06-01 Laget: 2011-07-15 Sist oppdatert: 2017-12-08bibliografisk kontrollert
    6. MAPfastR: Quantitative trait loci mapping in outbred line crosses
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>MAPfastR: Quantitative trait loci mapping in outbred line crosses
    Vise andre…
    2013 (engelsk)Inngår i: G3: Genes, Genomes, Genetics, ISSN 2160-1836, E-ISSN 2160-1836, Vol. 3, s. 2147-2149Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert) Published
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-180917 (URN)10.1534/g3.113.008623 (DOI)000328334500005 ()
    Prosjekter
    eSSENCE
    Tilgjengelig fra: 2013-10-11 Laget: 2012-09-13 Sist oppdatert: 2017-12-07bibliografisk kontrollert
    7. Haplotype inference based on hidden Markov models in the QTL–MAS 2010 multigenerational dataset
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Haplotype inference based on hidden Markov models in the QTL–MAS 2010 multigenerational dataset
    2011 (engelsk)Inngår i: Proc. 14th European Workshop on QTL Mapping and Marker Assisted Selection, London: BioMed Central , 2011, s. S10:1-7Konferansepaper, Publicerat paper (Fagfellevurdert)
    sted, utgiver, år, opplag, sider
    London: BioMed Central, 2011
    Serie
    BMC Proceedings, ISSN 1753-6561 ; 5:3
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-153449 (URN)10.1186/1753-6561-5-S3-S10 (DOI)
    Prosjekter
    eSSENCE
    Tilgjengelig fra: 2010-05-17 Laget: 2011-05-12 Sist oppdatert: 2017-01-25bibliografisk kontrollert
    8. Inferring haplotypes and parental genotypes in larger full sib-ships and other pedigrees with missing or erroneous genotype data
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Inferring haplotypes and parental genotypes in larger full sib-ships and other pedigrees with missing or erroneous genotype data
    2012 (engelsk)Inngår i: BMC Genetics, ISSN 1471-2156, E-ISSN 1471-2156, Vol. 13, s. 85:1-13Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert) Published
    Emneord
    haplotyping, phasing, genotype inference, nuclear family data, hidden Markov models
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-182488 (URN)10.1186/1471-2156-13-85 (DOI)000314354600001 ()
    Prosjekter
    eSSENCE
    Tilgjengelig fra: 2012-10-10 Laget: 2012-10-10 Sist oppdatert: 2017-12-07bibliografisk kontrollert
    9. Breakdown of methods for phasing and imputation in the presence of double genotype sharing
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Breakdown of methods for phasing and imputation in the presence of double genotype sharing
    2012 (engelsk)Rapport (Annet vitenskapelig)
    Serie
    Technical report / Department of Information Technology, Uppsala University, ISSN 1404-3203 ; 2012-027
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-181598 (URN)
    Prosjekter
    eSSENCE
    Tilgjengelig fra: 2012-09-25 Laget: 2012-09-26 Sist oppdatert: 2017-01-25bibliografisk kontrollert
  • 194.
    Nettelblad, Carl
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Using Markov models and a stochastic Lipschitz condition for genetic analyses2010Licentiatavhandling, med artikler (Annet vitenskapelig)
    Abstract [en]

    A proper understanding of biological processes requires an understanding of genetics and evolutionary mechanisms. The vast amounts of genetical information that can routinely be extracted with modern technology have so far not been accompanied by an equally extended understanding of the corresponding processes.

    The relationship between a single gene and the resulting properties, phenotype of an individual is rarely clear. This thesis addresses several computational challenges regarding identifying and assessing the effects of quantitative trait loci (QTL), genomic positions where variation is affecting a trait. The genetic information available for each individual is rarely complete, meaning that the unknown variable of the genotype in the loci modelled also needs to be addressed. This thesis contains the presentation of new tools for employing the information that is available in a way that maximizes the information used, by using hidden Markov models (HMMs), resulting in a change in algorithm runtime complexity from exponential to log-linear, in terms of the number of markers. It also proposes the introduction of inferred haplotypes to further increase the power to assess these unknown variables for pedigrees of related genetically diverse individuals. Modelling consequences of partial genetic information are also treated.

    Furthermore, genes are not directly affecting traits, but are rather expressed in the environment of and in concordance with other genes. Therefore, significant interactions can be expected within genes, where some combination of genetic variation gives a pronounced, or even opposite, effect, compared to when occurring separately. This thesis addresses how to perform efficient scans for multiple interacting loci, as well as how to derive highly accurate empirical significance tests in these settings. This is done by analyzing the mathematical properties of the objective function describing the quality of model fits, and reformulating it through a simple transformation. Combined with the presented prototype of a problem-solving environment, these developments can make multi-dimensional searches for QTL routine, allowing the pursuit of new biological insight.

  • 195.
    Nettelblad, Carl
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Carlborg, Örjan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Centrum för bioinformatik.
    Pino-Querido, Ania
    University of Santiago de Compostela, Department of Genetics.
    Álvarez-Castro, José M.
    University of Santiago de Compostela, Department of Genetics.
    Coherent estimates of genetic effects with missing information2012Inngår i: Open Journal of Genetics, ISSN 2162-4453, E-ISSN 2162-4461, Vol. 2, s. 31-38Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 196.
    Nettelblad, Carl
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Carlborg, Örjan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Centrum för bioinformatik.
    Álvarez-Castro, José M.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Centrum för bioinformatik.
    Assessing orthogonality and statistical properties of linear regression methods for interval mapping with partial information2010Rapport (Annet vitenskapelig)
  • 197.
    Nettelblad, Carl
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Stochastically guaranteed global optima in multi-dimensional QTL searches2010Rapport (Annet vitenskapelig)
  • 198.
    Nettelblad, Carl
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Crooks, Lucy
    Carlborg, Örjan
    cnF2freq: Efficient determination of genotype and haplotype probabilities in outbred populations using Markov models2009Inngår i: Bioinformatics and Computational Biology, Berlin: Springer-Verlag , 2009, s. 307-319Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 199.
    Nettelblad, Carl
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Mahjani, Behrang
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Fast and accurate detection of multiple quantitative trait loci2013Inngår i: Journal of Computational Biology, ISSN 1066-5277, E-ISSN 1557-8666, Vol. 20, s. 687-702Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 200.
    Neytcheva, Maya
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Bull, Jonathan R.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Dorostkar, Ali
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Kruchinina, Anastasia
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Nikitenko, Dmitry
    Popova, Nina
    Shvets, Pavel
    Teplov, Alexey
    Voevodin, Vadim
    Voevodin, Vladimir
    Multidimensional performance and scalability analysis for diverse applications based on system monitoring data2018Inngår i: Parallel Processing and Applied Mathematics: Part I, Springer, 2018, s. 417-431Konferansepaper (Fagfellevurdert)
1234567 151 - 200 of 313
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf