uu.seUppsala universitets publikasjoner
Endre søk
Begrens søket
23456 201 - 250 of 275
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Treff pr side
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
Merk
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 201.
    Olsson, Pontus
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Nysjö, Fredrik
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Rodríguez-Lorenzo, Andrés
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Plastikkirurgi.
    Thor, Andreas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Plastikkirurgi. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Käkkirurgi.
    Hirsch, Jan-Michaél
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Plastikkirurgi. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Käkkirurgi.
    Carlbom, Ingrid B.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Haptics-assisted Virtual Planning of Bone, Soft Tissue, and Vessels in Fibula Osteocutaneous Free Flaps2015Inngår i: Plastic and Reconstructive Surgery - Global Open, ISSN 2169-7574, Vol. 3, nr 8, artikkel-id e479Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Background: Virtual surgery planning has proven useful for reconstructing head and neck defects by fibula osteocutaneous free flaps (FOFF). Benefits include improved healing, function, and aesthetics, as well as cost savings. But available virtual surgery planning systems incorporating fibula in craniomaxillofacial reconstruction simulate only bone reconstruction without considering vessels and soft tissue.

    Methods: The Haptics-Assisted Surgery Planning (HASP) system incorporates bone, vessels, and soft tissue of the FOFF in craniomaxillofacial defect reconstruction. Two surgeons tested HASP on 4 cases they had previously operated on: 3 with composite mandibular defects and 1 with a composite cervical spine defect. With the HASP stereographics and haptic feedback, using patient-specific computed tomography angiogram data, the surgeons planned the 4 cases, including bone resection, fibula design, recipient vessels selection, pedicle and perforator location selection, and skin paddle configuration.

    Results: Some problems encountered during the actual surgery could have been avoided as they became evident with HASP. In one case, the fibula reconstruction was incomplete because the fibula had to be reversed and thus did not reach the temporal fossa. In another case, the fibula had to be rotated 180 degrees to correct the plate and screw placement in relation to the perforator. In the spinal case, difficulty in finding the optimal fibula shape and position required extra ischemia time.

    Conclusions: The surgeons found HASP to be an efficient planning tool for FOFF reconstructions. The testing of alternative reconstructions to arrive at an optimal FOFF solution preoperatively potentially improves patient function and aesthetics and reduces operating room time.

  • 202. Pardo-Martin, Carlos
    et al.
    Chang, Tsung-Yao
    Allalou, Amin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Centrum för bildanalys. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Wählby, Carolina
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Centrum för bildanalys. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Yanik, Mehmet Fatih
    High-throughput cellular-resolution in vivo vertebrate screening2011Inngår i: Proc. 15th International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences, 2011Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 203.
    Parmryd, Ingela
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi.
    Adler, Jeremy
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Cancer och vaskulärbiologi.
    Sintorn, Ida-Maria
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Strand, Robin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Movement on Uneven Surfaces Displays Characteristic Features of Hop Diffusion2013Inngår i: Biophysical Journal, ISSN 0006-3495, E-ISSN 1542-0086, Vol. 104, nr 2, s. 524A-524AArtikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
  • 204. Patra, Hirak K.
    et al.
    Azharuddin, Mohammad
    Islam, Mohammad M.
    Papapavlou, Georgia
    Deb, Suryyani
    Osterrieth, Johannes
    Zhu, Geyunjian Harry
    Romu, Thobias
    Dhara, Ashis Kumar
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Jafari, Mohammad J.
    Gadheri, Amineh
    Hinkula, Jorma
    Rajan, Madhavan S.
    Slater, Nigel K. H.
    Rational nanotoolbox with theranostic potential for medicated pro-regenerative corneal implants2019Inngår i: Advanced Functional Materials, ISSN 1616-301X, E-ISSN 1616-3028, Vol. 29, nr 38, artikkel-id 1903760Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 205.
    Peyrin, Francoise
    et al.
    European Synchrotron Radiation Facility, Creatis, Université de Lyon .
    Dong, Pei
    European Synchrotron Radiation Facility, Creatis, Université de Lyon .
    Pacureanu, Alexandra
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion.
    Zuluaga, Maria
    European Synchrotron Radiation Facility, Creatis, Université de Lyon .
    Olivier, Cecile
    European Synchrotron Radiation Facility, Creatis, Université de Lyon .
    Langer, Max
    European Synchrotron Radiation Facility, Creatis, Université de Lyon .
    Cloetens, Peter
    European Synchrotron Radiation Facility.
    Synchrotron radiation CT from the micro to nanoscale for the investigation of bone tissue2012Inngår i: Proceedings of SPIE: The International Society for Optical Engineering, 2012, s. 85060L-Konferansepaper (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    During the last decade, X-ray micro Computerized Tomography (CT) has become a conventional technique for the threedimensional (3D) investigation of trabecular bone micro-architecture. Coupling micro-CT to synchrotron sources possesses significant advantages in terms of image quality and gives access to information on bone mineralization which is an important factor of bone quality. We present an overview of the investigation of bone using Synchrotron Radiation (SR) CT from the micro to the nano scale. We introduce two synchrotron CT systems developed at the ESRF based on SR parallel-beam micro-CT and magnified phase CT respectively, achieving down to submicrometric and nanometric spatial resolution. In the latter, by using phase retrieval prior to tomographic reconstruction, the system provides maps of the 3D refractive index distribution. Parallel-beam SR micro-CT has extensively been used for the analysis of trabecular or cortical bone in human or small animals with spatial resolution in the range [3-10] μm. However, the characterization of the bone properties at the cellular scale is also of major interest. At the micrometric scale, the shape, density and morphology of osteocyte lacunae can be studied on statistically representative volumes. At the nanometric scale, unprecedented 3D displays of the canaliculi network have been obtained on fields of views including a large number of interconnected osteocyte lacunae. Finally SR magnified phase CT provides a detailed analysis of the lacuno-canalicular network and in addition information on the organization of the collagen fibers. These findings open new perspectives for three-dimensional quantitative assessment of bone tissue at the cellular scale.

  • 206. Raap, A. K.
    et al.
    Jahangir Tafrechi, R. S.
    van de Rijke, F. M.
    Pyle, A.
    Wählby, Carolina
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Szuhai, K.
    Ravelli, R. B. G.
    de Coo, R. F. M.
    Rajasimha, H. K.
    Nilsson, Mats
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Chinnery, P. F.
    Samuels, D. C.
    Janssen, G. M. C.
    Non-Random mtDNA Segregation Patterns Indicate a Metastable Heteroplasmic Segregation Unit in m.3243A>G Cybrid Cells2012Inngår i: PLoS ONE, ISSN 1932-6203, E-ISSN 1932-6203, Vol. 7, nr 12, s. e52080-Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Many pathogenic mitochondrial DNA mutations are heteroplasmic, with a mixture of mutated and wild-type mtDNA present within individual cells. The severity and extent of the clinical phenotype is largely due to the distribution of mutated molecules between cells in different tissues, but mechanisms underpinning segregation are not fully understood. To facilitate mtDNA segregation studies we developed assays that measure m.3243A>G point mutation loads directly in hundreds of individual cells to determine the mechanisms of segregation over time. In the first study of this size, we observed a number of discrete shifts in cellular heteroplasmy between periods of stable heteroplasmy. The observed patterns could not be parsimoniously explained by random mitotic drift of individual mtDNAs. Instead, a genetically metastable, heteroplasmic mtDNA segregation unit provides the likely explanation, where stable heteroplasmy is maintained through the faithful replication of segregating units with a fixed wild-type/m.3243A>G mutant ratio, and shifts occur through the temporary disruption and re-organization of the segregation units. While the nature of the physical equivalent of the segregation unit remains uncertain, the factors regulating its organization are of major importance for the pathogenesis of mtDNA diseases.

  • 207.
    Ranefall, Petter
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Centrum för bildanalys.
    Towards Automatic Quantification of Immunohistochemistry Using Colour Image Analysis1998Doktoravhandling, med artikler (Annet vitenskapelig)
    Abstract [en]

    Quantification of the proportions of specifically stained regions in images is of significant interest in a growing number of biomedical applications. These applications includes histology and cytology where quantification of various stainings performed on histological tissue sections, smears, imprints etc. is of utmost importance. Through the use of special stains biological components of interest can be given a specific colour. Qualitatively this can be evaluated visually as the presence of a specific colour. But to perform a quantitative evaluation the number of stained cell nuclei and/or the proportion of specimen area that has been stained needs to be measured. Pure visual estimates of this provide very crude results with poor inter- and intraobserver reproducibility. For this purpose computerised image analysis based methods are needed. The methods presented in this thesis aim to make the quantification objective and reproducible.

    A new supervised method for computing a pixelwise box classifier has been developed. The resulting classifier can be applied to images of the same type as the training image as long as the lighting conditions have not been changed. The main advantage of this method is that time will be saved if there are many similar images to classify, since box/classification is a fast method.

    In order to reduce user interaction, automatic methods for classification, based on more specific knowledge about the images, were developed. These methods include automatic classification of two types of roundish objects, e.g. cell nuclei, on a lighter background, first without, and then with the help of reference images of external cultured cells stained together with the specimen. A method for automatic segmentation of dark thin structures, e.g. microvessels, has been developed as well.

    A characteristic of all these methods is that they are implemented as a sequence of single colour band operations, instead of multiband operations. The purpose of this is to make the operations simple and efficient.

  • 208.
    Ranefall, Petter
    et al.
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Pacureanu, Alexandra
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Wählby, Carolina
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion. Imaging Platform, Broad Institute of Harvard and MIT, Cambridge, MA, USA.
    Viewing and analyzing slide scanner data using CellProfiler (work in progress)2013Inngår i: European BioImage Analysis Symposium 2013 / [ed] Julien Colombelli, 2013, s. 58-Konferansepaper (Annet vitenskapelig)
    Abstract [en]

    Viewing and analyzing slide scanner data using CellProfiler (work in progress)

    Petter Ranefall1, Alexandra Pacureanu1, and Carolina Wählby1,2

    1Centre for Image Analysis, Department of Information Technology, Uppsala University, and Science for Life Laboratory, Sweden

    2Imaging Platform, Broad Institute of Harvard and MIT, Cambridge, MA, USA

     

    The amount of image data in a slide scanner image is usually very large, inducing challenges for image analysis and visualization. We would like to use the strengths and flexibility of CellProfiler for the image analysis, but performing high-resolution image analysis on large slide scanner images is unfortunately not possible due to memory limitations. At the same time, we would like to visualize the results of the analysis in the context of the full tissue slide so that for example phenotypic variations at the sub-cellular level can be related to lower-resolution structures such as vessels, ducts, or tumors in the tissue.

     

    To approach this problem we split the image into smaller tiles that are more suitable for CellProfiler to handle. By keeping track of the coordinates of the tiles we can display the results on the original, full-size image. Our aim is to enable visual examination at multiple resolutions and with the option to toggle results such as segmentation masks and classification results on or off using a “Google Maps” type of view.

     

    In particular, we work with tissue profiling by in situ sequencing of RNA molecules. The tissue samples have to be removed from the microscope for each new sequencing cycle. In this case, and in other applications dealing with repeated staining, there are often differences in the alignment between the imaging rounds. We assume that these misalignments are rigid (only translation and rotation), and we have added an image registration step in order to align the different channels before partitioning the images into tiles suitable for analysis in CellProfiler. 

  • 209.
    Ranefall, Petter
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Sadanandan, Sajith Kecheril
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Wählby, Carolina
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Fast Adaptive Local Thresholding Based on Ellipse fit2016Konferansepaper (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    In this paper we propose an adaptive thresholding method where each object is thresholded optimizing its shape. The method is based on a component tree representation, which can be computed in quasi-linear time. We test and evaluate the method on images of bacteria from three different live-cell analysis experiments and show that the proposed method produces segmentation results comparable to state-of-the-art but at least an order of magnitude faster. The method can be extended to compute any feature measurements that can be calculated in a cumulative way, and holds great potential for applications where a priori information on expected object size and shape is available.

  • 210.
    Ranefall, Petter
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Wählby, Carolina
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Global Gray-level Thresholding Based on Object Size2016Inngår i: Cytometry Part A, ISSN 1552-4922, E-ISSN 1552-4930, Vol. 89A, nr 4, s. 385-390Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    In this article, we propose a fast and robust global gray-level thresholding method based on object size, where the selection of threshold level is based on recall and maximum precision with regard to objects within a given size interval. The method relies on the component tree representation, which can be computed in quasi-linear time. Feature-based segmentation is especially suitable for biomedical microscopy applications where objects often vary in number, but have limited variation in size. We show that for real images of cell nuclei and synthetic data sets mimicking fluorescent spots the proposed method is more robust than all standard global thresholding methods available for microscopy applications in ImageJ and CellProfiler. The proposed method, provided as ImageJ and CellProfiler plugins, is simple to use and the only required input is an interval of the expected object sizes.

  • 211.
    Ranefall, Petter
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Wählby, Carolina
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Your New Default  Thresholding Method?: A robust global gray-level thresholding method based on object features2015Inngår i: BioImage Informatics Conference 2015 / [ed] Peter Bajcsy, 2015Konferansepaper (Annet vitenskapelig)
    Abstract [en]

    We present a new robust method for global gray-level thresholding. The method is based on object features and the input is an interval of the expected object sizes. It is especially suitable for biomedical microscopy applications where objects often vary in number, but have limited variation in size. Our vision is that this method should be the first thresholding method you try when designing a pipeline for object segmentation, and thus your new default method.

  • 212.
    Ranefall, Petter
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Wählby, Carolina
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Bengtsson, Ewert
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Automatic grading of breast cancer from whole slide images of Ki67 stained tissue sections2016Konferansepaper (Annet vitenskapelig)
    Abstract [en]

    Aim

    This work describes a proof-of-principle study within the Exchange of Diagnostic Images in Networks (ExDIN) project, for automatic grading of breast cancer from whole slide images of Ki67 stained tissue sections. The idea was to mimic the manual grading process: “The assessment is carried out on invasive cancer within the area with the highest number of Ki67-positive cancer cell nuclei/area (hot spot), containing at least 200 cells.”

    Method

    • Color deconvolution to separate the image into brown and blue channels.

    • Extract the 10 subsampled tiles (size corresponding to ~200 cells) with the highest values for pre-defined texture and color features.

    • Analyze these tiles in full resolution and compute the maximum positivity (defined as area of positive cells in relation to total cell area, rather than number of cells, since that will speed up the computations and avoid introducing errors due to over- or under segmentation of connected objects).

       

       

       

       

       

       

       

       

       

       

       

       

       

    Figure 1. Illustration of the procedure. Hot spot candidates are extracted from low resolution tiles. Then the final hot spot is selected among the corresponding full resolution versions.

    The results show good correlation to manual estimates and the procedure takes ~4 minutes/slide.

    Future improvements

    • Rules and features defined using machine learning based on training samples given by pathologists.

    • User interface where suggested regions can be deselected manually.

  • 213.
    Razifar, Pasha
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Centrum för bildanalys. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datoriserad bildanalys.
    Hennings, Joakim
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Endokrinkirurgi.
    Monazzam, Azita
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för onkologi, radiologi och klinisk immunologi, Enheten för onkologi.
    Hellman, Per
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Endokrinkirurgi.
    Långström, Bengt
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för biokemi och organisk kemi.
    Sundin, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för onkologi, radiologi och klinisk immunologi, Enheten för radiologi.
    Masked volume wise Principal Component Analysis of small adrenocortical tumours in dynamic [11C]-metomidate Positron Emission Tomography2009Inngår i: BMC Medical Imaging, ISSN 1471-2342, E-ISSN 1471-2342, Vol. 9:6Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    BACKGROUND: In previous clinical Positron Emission Tomography (PET) studies novel approaches for application of Principal Component Analysis (PCA) on dynamic PET images such as Masked Volume Wise PCA (MVW-PCA) have been introduced. MVW-PCA was shown to be a feasible multivariate analysis technique, which, without modeling assumptions, could extract and separate organs and tissues with different kinetic behaviors into different principal components (MVW-PCs) and improve the image quality. METHODS: In this study, MVW-PCA was applied to 14 dynamic 11C-metomidate-PET (MTO-PET) examinations of 7 patients with small adrenocortical tumours. MTO-PET was performed before and 3 days after starting per oral cortisone treatment. The whole dataset, reconstructed by filtered back projection (FBP) 0-45 minutes after the tracer injection, was used to study the tracer pharmacokinetics. RESULTS: Early, intermediate and late pharmacokinetic phases could be isolated in this manner. The MVW-PC1 images correlated well to the conventionally summed image data (15-45 minutes) but the image noise in the former was considerably lower. PET measurements performed by defining "hot spot" regions of interest (ROIs) comprising 4 contiguous pixels with the highest radioactivity concentration showed a trend towards higher SUVs when the ROIs were outlined in the MVW-PC1 component than in the summed images. Time activity curves derived from "50% cut-off" ROIs based on an isocontour function whereby the pixels with SUVs between 50 to 100% of the highest radioactivity concentration were delineated, showed a significant decrease of the SUVs in normal adrenal glands and in adrenocortical adenomas after cortisone treatment. CONCLUSION: In addition to the clear decrease in image noise and the improved contrast between different structures with MVW-PCA, the results indicate that the definition of ROIs may be more accurate and precise in MVW-PC1 images than in conventional summed images. This might improve the precision of PET measurements, for instance in therapy monitoring as well as for delineation of the tumour in radiation therapy planning.

  • 214.
    Rosestedt, Maria
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Plattformen för preklinisk PET.
    Andersson, Ken G.
    KTH Royal Inst Technol, Div Prot Technol, Stockholm, Sweden..
    Mitran, Bogdan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Plattformen för preklinisk PET.
    Tolmachev, Vladimir
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk strålningsvetenskap.
    Lofblom, John
    KTH Royal Inst Technol, Div Prot Technol, Stockholm, Sweden..
    Orlova, Anna
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Plattformen för preklinisk PET.
    Stahl, Stefan
    KTH Royal Inst Technol, Div Prot Technol, Stockholm, Sweden..
    Affibody-mediated PET imaging of HER3 expression in malignant tumours2015Inngår i: Scientific Reports, ISSN 2045-2322, E-ISSN 2045-2322, Vol. 5, artikkel-id 15226Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Human epidermal growth factor receptor 3 (HER3) is involved in the progression of various cancers and in resistance to therapies targeting the HER family. In vivo imaging of HER3 expression would enable patient stratification for anti-HER3 immunotherapy. Key challenges with HER3-targeting are the relatively low expression in HER3-positive tumours and HER3 expression in normal tissues. The use of positron-emission tomography (PET) provides advantages of high resolution, sensitivity and quantification accuracy compared to SPECT. Affibody molecules, imaging probes based on a non-immunoglobulin scaffold, provide high imaging contrast shortly after injection. The aim of this study was to evaluate feasibility of PET imaging of HER3 expression using Ga-68-labeled affibody molecules. The anti-HER3 affibody molecule HEHEHE-Z08698-NOTA was successfully labelled with Ga-68 with high yield, purity and stability. The agent bound specifically to HER3-expressing cancer cells in vitro and in vivo. At 3 h pi, uptake of Ga-68-HEHEHE-Z08698-NOTA was significantly higher in xenografts with high HER3 expression (BT474, BxPC-3) than in xenografts with low HER3 expression (A431). In xenografts with high expression, tumour-to-blood ratios were >20, tumour-to-muscle >15, and tumour-to-bone >7. HER3-positive xenografts were visualised using microPET 3 h pi. In conclusion, PET imaging of HER3 expression is feasible using Ga-68-HEHEHE-Z08698-NOTA shortly after administration.

  • 215.
    Runow Stark, Christina
    et al.
    Public Dental Health Center of Stockholm County Council, Medicinsk Tandvård, Södersjukhuset Stockholm.
    Gustavsson, Inger
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Gyllensten, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Darai Ramqvist, Eva
    Dpt of Pathology and Cytology, Karolinska Institute, Stockholm.
    Lindblad, Joakim
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion.
    Wählby, Carolina
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion.
    Bengtsson, Ewert
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Reglerteknik. Uppsala university.
    Hirsch, Jan-Michael
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Käkkirurgi.
    Brush Biopsy For HR-HPV Detection With FTA Card And AI For Cytology Analysis - A Viable Non-invasive Alternative2018Inngår i: EAOM2018 / [ed] Bengt Hasséus, 2018Konferansepaper (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Introduction: Oral cancer accounts for about 800-1,000 new cases each year in Sweden and the ratio of cancer related to high-risk human papillomavirus (HR-HPV) is increasing in the younger population due to changes in sexual habits. The most two frequent HR-HPV types 16 and 18 have both significant oncogenic potential.

    Objectives: In this pilot study we evaluate two non-invasive automated methods; 1) detection of HR-HPV using FTA cards, and 2) image scanning of cytology for detection of premalignant lesions as well as eradicate the early stage of neoplasia.

    Material and Methods: 160 patients with verified HR-HPV oropharyngeal cancer, previous ano-genital HR-HPV-infection or potentially malignant oral disorder were recruited for non-invasive brush sampling and analyzed with two validated automated methods both used in cervix cancer screening. For analysis of HR-HPV DNA the indicating FTA elute micro cardTM were used for dry collection, transportation and storage of the brush samples. For analysis of cell morphology changes an automated liquid base Cytology method (Preserve Cyt) combined with deep learning computer aided technique was used.

    Results: Preliminary results show that the FTA-method is reliable and indicates that healthy and malignant brush samples can be separated by image analysis. 

    Conclusions: With further development of these fully automated methods, it is possible to implement a National Screening Program of the oral mucosa, and thereby select patients for further investigation in order to find lesions with potential malignancy in an early stage. 

  • 216.
    Rönn, Monika
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Arbets- och miljömedicin.
    Lind, Monica P.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Arbets- och miljömedicin.
    Karlsson, Helen
    Cvek, Katarina
    Berglund, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för radiologi, onkologi och strålningsvetenskap, Enheten för radiologi.
    Malmberg, Filip
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion.
    Örberg, Jan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för organismbiologi, Miljötoxikologi.
    Lind, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Kardiovaskulär epidemiologi.
    Ortiz-Nieto, Francisco
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för radiologi, onkologi och strålningsvetenskap, Enheten för radiologi.
    Kullberg, Joel
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för radiologi, onkologi och strålningsvetenskap, Enheten för radiologi.
    Quantification of total and visceral adipose tissue in fructose-fed rats using water-fat separated single echo MRI2013Inngår i: Obesity, ISSN 1930-7381, E-ISSN 1930-739X, Vol. 21, nr 9, s. E388-E395Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Objective: The aim of this study was to setup a rodent model for modest weight gain and an MRI-based quantification of body composition on a clinical 1.5 T MRI system for studies of obesity and environmental factors and their possible association. Design and Methods: Twenty-four 4-week-old female Fischer rats were divided into two groups: one exposed group (n=12) and one control group (n 12). The exposed group was given drinking water containing fructose (5% for 7 weeks, then 20% for 3 weeks). The control group was given tap water. Before sacrifice, whole body MRI was performed to determine volumes of total and visceral adipose tissue and lean tissue. MRI was performed using a clinical 1.5 T system and a chemical shift based technique for separation of water and fat signal from a rapid single echo acquisition. Fat signal fraction was used to separate adipose and lean tissue. Visceral adipose tissue volume was quantified using semiautomated segmentation. After sacrifice, a perirenal fat pad and the liver were dissected and weighed. Plasma proteins were analyzed by Western blot. Results: The weight gain was 5.2% greater in rats exposed to fructose than in controls (P=0.042). Total and visceral adipose tissue volumes were 5.2 cm(3) (P=0.017) and 3.1 cm(3) (P=0.019) greater, respectively, while lean tissue volumes did not differ. The level of triglycerides and apolipoprotein A-I was higher (P=0.034, P=0.005, respectively) in fructose-exposed rats.

  • 217. Saha, Punam K.
    et al.
    Strand, Robin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Borgefors, Gunilla
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Digital topology and geometry in medical image processing: A survey2015Inngår i: IEEE Transactions on Medical Imaging, ISSN 0278-0062, E-ISSN 1558-254X, Vol. 34, nr 9, s. 1940-1964Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Digital topology and geometry refers to the use of topologic and geometric properties and features for images defined in digital grids. Such methods have been widely used in many medical imaging applications, including image segmentation, visualization, manipulation, interpolation, registration, surface-tracking, object representation, correction, quantitative morphometry etc. Digital topology and geometry play important roles in medical imaging research by enriching the scope of target outcomes and by adding strong theoretical foundations with enhanced stability, fidelity, and efficiency. This paper presents a comprehensive yet compact survey on results, principles, and insights of methods related to digital topology and geometry with strong emphasis on understanding their roles in various medical imaging applications. Specifically, this paper reviews methods related to distance analysis and path propagation, connectivity, surface-tracking, image segmentation, boundary and centerline detection, topology preservation and local topological properties, skeletonization, and object representation, correction, and quantitative morphometry. A common thread among the topics reviewed in this paper is that their theory and algorithms use the principle of digital path connectivity, path propagation, and neighborhood analysis. 

  • 218.
    Sala, S.
    et al.
    UCL, London, England; Univ Southampton, Southampton, England.
    Daurer, B. J.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Molekylär biofysik.
    Hantke, M. F.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Molekylär biofysik.
    Ekeberg, Tomas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Molekylär biofysik.
    Loh, N. D.
    Natl Univ Singapore, Singapore, Singapore.
    Maia, Filipe R. N. C.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Molekylär biofysik.
    Thibault, P.
    Univ Southampton, Southampton, England.
    Ptychographic imaging for the characterization of X-ray free-electron laser beams2017Inngår i: X-RAY MICROSCOPY CONFERENCE 2016 (XRM 2016) / [ed] Rau, C, 2017, artikkel-id 012032Konferansepaper (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    We present some preliminary results from a study aimed at the characterization of the wavefront of X-ray free electron laser (XFEL) beams in the same operation conditions as for single particle imaging (or flash X-ray imaging) experiments. The varying illumination produced by wavefront fluctuations between several pulses leads to a partially coherent average beam which can be decomposed into several coherent modes using ptychographic reconstruction algorithms. Such a decomposition can give insight into pulse-to-pulse variations of the wavefront. We discuss data collected at the Linac Coherent Light Source (LCLS) and FERMI.

  • 219.
    Sandberg Melin, Camilla
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Oftalmiatrik. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Centrum för klinisk forskning, Gävleborg.
    Malmberg, Filip
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Söderberg, Per G.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Oftalmiatrik.
    A strategy for OCT estimation of the optic nerve head pigment epithelium central limit-inner limit of the retina minimal distance, PIMD-2π2019Inngår i: Acta Ophthalmologica, ISSN 1755-375X, E-ISSN 1755-3768, Vol. 97, nr 2, s. 208-213Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Purpose To develop a semi-automatic algorithm for estimation of pigment epithelium central limit-inner limit of the retina minimal distance averaged over 2 pi radians (PIMD-2 pi) and to estimate the precision of the algorithm. Further, the variances in estimates of PIMD-2 pi were to be estimated in a pilot sample of glaucomatous eyes. Methods Three-dimensional cubes of the optic nerve head (ONH) were captured with a commercial SD-OCT device. Raw cube data were exported for semi-automatic segmentation. The inner limit of the retina was automatically detected. Custom software aided the delineation of the ONH pigment epithelium central limit resolved in 500 evenly distributed radii. Sources of variation in PIMD estimates were analysed with an analysis of variance. Results The estimated variance for segmentations and angles was 130 mu m(2) and 1280 mu m(2), respectively. Considering averaging eight segmentations, a 95 % confidence interval for mean PIMD-2 pi was estimated to 212 +/- 10 mu m (df = 7). The coefficient of variation for segmentation was estimated at 0.05. In the glaucomatous eyes, the within-subject variance for captured volumes and for segmentations within volumes was 10 mu m(2) and 50 mu m(2), respectively. Conclusion The developed semi-automatic algorithm enables estimation of PIMD-2 pi in glaucomatous eyes with relevant precision using few segmentations of each captured volume.

  • 220.
    Sandgren, Kristina
    et al.
    Umea Univ, Dept Radiat Sci, S-90185 Umea, Sweden.
    Westerlinck, Philippe
    Iridium Canc Network, Dept Radiat Oncol, Antwerp, Belgium.
    Jonsson, Joakim H.
    Umea Univ, Dept Radiat Sci, S-90185 Umea, Sweden.
    Blomqvist, Lennart
    Umea Univ, Dept Radiat Sci, S-90185 Umea, Sweden;Karolinska Inst, Dept Mol Med & Surg, Stockholm, Sweden.
    Karlsson, Camilla Thellenberg
    Umea Univ, Dept Radiat Sci, S-90185 Umea, Sweden.
    Nyholm, Tufve
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk strålningsvetenskap. Umea Univ, Dept Radiat Sci, S-90185 Umea, Sweden.
    Dirix, Piet
    Iridium Canc Network, Dept Radiat Oncol, Antwerp, Belgium;Ctr Oncol Res CORE, Dept Mol Imaging Pathol Radiotherapy & Oncol MIPR, Antwerp, Belgium.
    Imaging for the Detection of Locoregional Recurrences in Biochemical Progression After Radical Prostatectomy: A Systematic Review2019Inngår i: EUROPEAN UROLOGY FOCUS, ISSN 2405-4569, Vol. 5, nr 4, s. 550-560Artikkel, forskningsoversikt (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Context

    Local and regional recurrence after radical prostatectomy (RP) can be treated using salvage radiotherapy (SRT). If the recurrence can be delineated on diagnostic imaging, this could allow for increasingly individualized SRT.

    Objective

    This systematic review aimed at evaluating the evidence regarding the usefulness of positron emission tomography (PET) and magnetic resonance imaging (MRI) in identifying local and regional recurrences, with the aim to further individualize the SRT treatment.

    Evidence acquisition

    A systematic PubMed/Medline search was conducted in December 2015. Studies included were imaging studies of post-RP patients focusing on local and/or regional recurrence where sensitivity and specificity of MRI or PET were the primary end points. Only studies using biopsy, other histological analysis, and/or treatment follow-up as reference standard were included. Quality Assessment of Diagnostic Accuracy Studies-2 was used to score the study quality. Twenty-five articles were deemed of sufficient quality and included in the review.

    Evidence synthesis

    [11C]Acetate had the highest pooled sensitivity (92%), while [11C]choline and [18F]choline had pooled sensitivities of 71% and 84%, respectively. The PET tracer with highest pooled specificity was [11C]choline (86%). Regarding MRI, MR spectroscopy combined with dynamic contrast enhanced (DCE) MRI showed the highest pooled sensitivity (89%). High pooled sensitivities were also seen using multiparametric MRI (84%), diffusion-weighted MRI combined with T2-weigthed (T2w) imaging (82%), and DCE MRI combined with T2w imaging (82%). These also showed high pooled specificities (85%, 89%, and 92%, respectively).

    Conclusions

    Both MRI and PET have adequate sensitivity and specificity for the detection of prostate cancer recurrences post-RP. Multiparametric MRI, using diffusion-weighted and/or DCE imaging, and the choline-labeled tracers showed high pooled sensitivity and specificity, although their ranges were broad.

    Patient summary

    After reviewing imaging studies of recurrent prostate cancer after prostatectomy, we concluded that choline positron emission tomography and diffusion-weighted magnetic resonance imaging can be proposed as the current standard, with high sensitivity and specificity.

  • 221.
    Sarve, Hamid
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Allalou, Amin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    B. Johansson, Carina
    School of Health and Medical Sciences, Örebro University.
    Cuanto: A Tool for Quantification of Bone Tissue in the Proximityof Implants2011Inngår i: Proceedings of SSBA 2011, 2011Konferansepaper (Annet vitenskapelig)
    Abstract [en]

    Abstract—Quantitative analysis of histological images ofbone-implant samples is a important step in the evaluationof bone-implant integration. However, the quantificationis a tedious task when carried out manually in the lightmicroscope. To automatize the quantification, Cuanto, asoftware for measurements of bone area and estimation ofbone-implant contact length in histological images of boneimplantsamples has been developed. The quantificationresult of the software is compared to manual measurements;area measurements correspond well with the manualquantification whereas significant differences in the lengthestimation is observed. The possibility of zooming in downto cell-level when quantifying manually is believed to renderthe discrepancy.

  • 222.
    Sarve, Hamid
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Friberg, Bertil
    Brånemark Clinic.
    Borgefors, Gunilla
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Johansson, Carina B.
    University of Gothenburg, Department of Prosthodontics/Dental Materials Science, Institute of Odontology.
    Introducing a novel analysis technique for osseointegrated dental implants retrieved 29 years postsurgery2013Inngår i: Clinical Implant Dentistry and Related Research, ISSN 1523-0899, E-ISSN 1708-8208, Vol. 15, nr 4, s. 538-549Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Purpose: To investigate osseointegration of oral implants, which were retrieved from a patient after 29 years in situ, we use novel three-dimensional analysis methods and visualization techniques that supplement conventional two-dimensional analysis. Materials and Methods: The sample processing involved nondecalcification and embedment in resin. Conventional two-dimensional histomorphometrical methods were conducted. Additionally, the quantification was extended to three-dimensional by using synchrotron radiation micro-computed tomography (SRmCT) technique and two relevant visualization methods for the three-dimensional data were introduced. Results: The three-dimensional results involved three-dimensional quantification and visualization of two implant samples with methods beyond state-of-the-art. Traditional two-dimensional histomorphometrical results revealed a mean bone-implant contact (BIC) of about 50%. In most samples, bone area (BA) was lower inside the treads compared with out-folded mirror images, which were confirmed by the three-dimensional quantification. The BIC along four selected regions showed highest percentages in the bottom/valley region and lowest in the thread-peak region. Qualitative observations revealed ongoing bone remodeling areas in all samples. The apical hole demonstrated high osseointegration. Conclusion: The novel techniques including an animation and an out-folding of BIC and BA enabled a simultaneous visualization of the three-dimensional material obtained from SRmCT data. However, the two-dimensional histological sections were needed for qualitative and quantitative evaluation of osseointegration and, thus, both methods are considered equally important.

  • 223.
    Schizas, Nikos
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Ortopedi.
    Perry, Sharn
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Genetisk utvecklingsbiologi.
    Andersson, Brittmarie
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Ortopedi.
    Wählby, Carolina
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Kullander, Klas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Genetisk utvecklingsbiologi.
    Hailer, Nils
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Ortopedi.
    Differential neuroprotective effects of interleukin-1 receptor antagonist on spinal cord neurons after excitotoxic injury2017Inngår i: Neuroimmunomodulation, ISSN 1021-7401, E-ISSN 1423-0216, Vol. 24, s. 220-230Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 224.
    Schold Linnér, Elisabeth
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Image processing on optimal volume sampling lattices: Thinking outside the box2015Doktoravhandling, med artikler (Annet vitenskapelig)
    Abstract [en]

    This thesis summarizes a series of studies of how image quality is affected by the choice of sampling pattern in 3D. Our comparison includes the Cartesian cubic (CC) lattice, the body-centered cubic (BCC) lattice, and the face-centered cubic (FCC) lattice.

    Our studies of the lattice Brillouin zones of lattices of equal density show that, while the CC lattice is suitable for functions with elongated spectra, the FCC lattice offers the least variation in resolution with respect to direction. The BCC lattice, however, offers the highest global cutoff frequency. The difference in behavior between the BCC and FCC lattices is negligible for a natural spectrum. We also present a study of pre-aliasing errors on anisotropic versions of the CC, BCC, and FCC sampling lattices, revealing that the optimal choice of sampling lattice is highly dependent on lattice orientation and anisotropy.

    We suggest a new reference function for studies of aliasing errors on alternative sampling lattices. This function has a spherical spectrum, and a frequency content proportional to the distance from the origin, facilitating studies of pre-aliasing in spatial domain.

    The accuracy of anti-aliased Euclidean distance transform is improved by application of more sofisticated methods for computing the sub-spel precision term. We find that both accuracy and precision are higher on the BCC and FCC lattices than on the CC lattice. We compare the performance of several intensity-weighted distance transforms on MRI data, and find that the derived segmentation result, with respect to relative error in segmented volume, depends neither on the sampling lattice, nor on the sampling density.

    Lastly, we present LatticeLibrary, a open source C++ library for processing of sampled data, supporting a number of common image processing methods for CC, BCC, and FCC lattices. We also introduce BccFccRaycaster, a tool for visualizing data sampled on CC, BCC, and FCC lattices.

    We believe that the work summarized in this thesis provide both the motivation and the tools for continuing research on application of the BCC and FCC lattices in image processing and analysis.

    Delarbeid
    1. Aliasing Properties of Voxels in Three-Dimensional Sampling Lattices
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Aliasing Properties of Voxels in Three-Dimensional Sampling Lattices
    2012 (engelsk)Inngår i: Large Scale Scientific Computing, 2012, s. 507-514Konferansepaper, Publicerat paper (Fagfellevurdert)
    Serie
    Lecture Notes in Computer Science ; 7116
    HSV kategori
    Forskningsprogram
    Datoriserad bildbehandling
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-265333 (URN)10.1007/978-3-642-29843-1_57 (DOI)978-3-642-29842-4 (ISBN)
    Konferanse
    LSSC 2011, June 6–10, Sozopol, Bulgaria
    Tilgjengelig fra: 2015-10-27 Laget: 2015-10-27 Sist oppdatert: 2015-11-26bibliografisk kontrollert
    2. A Graph-Based Implementation of the Anti-Aliased Euclidean Distance Transform
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>A Graph-Based Implementation of the Anti-Aliased Euclidean Distance Transform
    2014 (engelsk)Inngår i: Proceedings 22nd International Conference on Pattern Recognition (ICPR), 2014, 2014, s. 1025-1030Konferansepaper, Publicerat paper (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    With this paper, we present an algorithm for the anti-aliased Euclidean distance transform, based on wave front propagation, that can easily be extended to images of arbitrary dimensionality and sampling lattices. We investigate the behavior and weaknesses of the algorithm, applied to synthetic two-dimensional area-sampled images, and suggest an enhancement to the original method, with complexity proportional to the number of edge elements, that may reduce the amount and relative magnitude of the errors in the transformed image by as much as a factor of 10.

    Serie
    International Conference on Pattern Recognition, ISSN 1051-4651
    HSV kategori
    Forskningsprogram
    Datoriserad bildbehandling
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-237983 (URN)10.1109/ICPR.2014.186 (DOI)000359818001024 ()978-1-4799-5208-3 (ISBN)
    Konferanse
    22nd International Conference on Pattern Recognition (ICPR 2014), 24-28 August 2014, Stockholm, Sweden
    Tilgjengelig fra: 2014-12-08 Laget: 2014-12-08 Sist oppdatert: 2015-11-26bibliografisk kontrollert
    3. Anti-Aliased Euclidean Distance Transform on 3D Sampling Lattices
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Anti-Aliased Euclidean Distance Transform on 3D Sampling Lattices
    2014 (engelsk)Inngår i: Discrete Geometry for Computer Imagery: 18th IAPR International Conference, DGCI 2014, Siena, Italy, September 10-12, 2014. Proceedings / [ed] Elena Barcucci, Andrea Frosini, Simone Rinaldi, 2014, s. 88-98Konferansepaper, Publicerat paper (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    The Euclidean distance transform (EDT) is used in many essential operations in image processing, such as basic morphology, level sets, registration and path finding. The anti-aliased Euclidean distance transform (AAEDT), previously presented for two-dimensional images, uses the gray-level information in, for example, area sampled images to calculate distances with sub-pixel precision. Here, we extend the studies of AAEDT to three dimensions, and to the Body-Centered Cubic (BCC) and Face-Centered Cubic (FCC) lattices, which are, in many respects, considered the optimal three-dimensional sampling lattices. We compare different ways of converting gray-level information to distance values, and find that the lesser directional dependencies of optimal sampling lattices lead to better approximations of the true Euclidean distance.

    Serie
    Lecture Notes in Computer Science, ISSN 0302-9743 ; 8668
    HSV kategori
    Forskningsprogram
    Datoriserad bildbehandling
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-237982 (URN)10.1007/978-3-319-09955-2_8 (DOI)000358195100008 ()978-3-319-09954-5 (ISBN)978-3-319-09955-2 (ISBN)
    Konferanse
    Discrete Geometry for Computer Imagery, 18th IAPR International Conference, DGCI 2014, Siena, Italy, September 10-12, 2014
    Tilgjengelig fra: 2014-12-08 Laget: 2014-12-08 Sist oppdatert: 2015-11-26bibliografisk kontrollert
    4. Pre-aliasing and anisotropy on the CC, BCC, and FCC sampling lattices
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Pre-aliasing and anisotropy on the CC, BCC, and FCC sampling lattices
    (engelsk)Manuskript (preprint) (Annet vitenskapelig)
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-265338 (URN)
    Tilgjengelig fra: 2015-10-27 Laget: 2015-10-27 Sist oppdatert: 2015-11-26
    5. Fuzzy Segmentation of Synthetic and MRI Volume Data sampled on Optimal Lattices
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Fuzzy Segmentation of Synthetic and MRI Volume Data sampled on Optimal Lattices
    2016 (engelsk)Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig) Submitted
    HSV kategori
    Forskningsprogram
    Datoriserad bildbehandling
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-265336 (URN)
    Tilgjengelig fra: 2015-10-27 Laget: 2015-10-27 Sist oppdatert: 2016-02-03bibliografisk kontrollert
    6. LatticeLibrary and BccFccRaycaster: Software for processing and viewing 3D data on optimal sampling lattices
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>LatticeLibrary and BccFccRaycaster: Software for processing and viewing 3D data on optimal sampling lattices
    Vise andre…
    2016 (engelsk)Inngår i: SoftwareX, ISSN 2352-7110, Vol. 5, s. 16-24Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert) Published
    HSV kategori
    Forskningsprogram
    Datoriserad bildbehandling
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-265337 (URN)10.1016/j.softx.2016.01.002 (DOI)
    Tilgjengelig fra: 2016-03-15 Laget: 2015-10-27 Sist oppdatert: 2016-12-28bibliografisk kontrollert
  • 225.
    Schold Linnér, Elisabeth
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Kullberg, Joel
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Radiologi.
    Strand, Robin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Radiologi.
    Fuzzy Segmentation of Synthetic and MRI Volume Data sampled on Optimal Lattices2016Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
  • 226.
    Schold Linnér, Elisabeth
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Morén, Max
    Smed, Karl-Oskar
    Nysjö, Johan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Strand, Robin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    LatticeLibrary and BccFccRaycaster: Software for processing and viewing 3D data on optimal sampling lattices2016Inngår i: SoftwareX, ISSN 2352-7110, Vol. 5, s. 16-24Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 227.
    Schold Linnér, Elisabeth
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Strand, Robin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Pre-aliasing and anisotropy on the CC, BCC, and FCC sampling latticesManuskript (preprint) (Annet vitenskapelig)
  • 228.
    Selig, Bettina
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Vermeer, Koenraad A.
    Rieger, Bernd
    Hillenaar, Toine
    Luengo Hendriks, Cris L.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Fully automatic evaluation of the corneal endothelium from in vivo confocal microscopy2015Inngår i: BMC Medical Imaging, ISSN 1471-2342, E-ISSN 1471-2342, Vol. 15, artikkel-id 13Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 229.
    Sintorn, Ida-Maria
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Kylberg, Gustaf
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Virus recognition based on local texture2014Inngår i: Proceedings 22nd International Conference on Pattern Recognition (ICPR), 2014, 2014, s. 3227-3232Konferansepaper (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    To detect and identify viruses in electron microscopy images is crucial in certain clinical emergency situations. It is currently a highly manual task, requiring an expert sittingat the microscope to perform the analysis visually. Here wefocus on and investigate one aspect towards automating the virusdiagnostic task, namely recognizing the virus type based on theirtexture once possible virus objects have been segmented. Weshow that by using only local texture descriptors we achievea classification rate of almost 89% on texture patches from 15different virus types and a debris (false object) class. We compareand combine 5 different types of local texture descriptors andshow that by combining the different types a lower classificationerror is achieved. We use a Random Forest Classifier and comparetwo approaches for feature selection.

  • 230.
    Sjöholm, Therese
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Radiologi.
    Ekström, Simon
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Radiologi.
    Strand, Robin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Ahlström, Håkan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Radiologi.
    Lind, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Klinisk epidemiologi.
    Malmberg, Filip
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Kullberg, Joel
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Radiologi.
    A whole-body FDG PET/MR atlas for multiparametric voxel-based analysis2019Inngår i: Scientific Reports, ISSN 2045-2322, E-ISSN 2045-2322, Vol. 9, artikkel-id 6158Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 231.
    Sladoje, Natasa
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Lindblad, Joakim
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    The coverage model and its use in image processing2012Inngår i: Selected Topics on Image Processing and Cryptology: Zbornik radova (Collection of Papers) / [ed] Miodrag Mihaljević, Belgrade, Serbia: Mathematical Institute of the Serbian Academy of Sciences and Arts , 2012, s. 39-117Kapittel i bok, del av antologi (Fagfellevurdert)
  • 232. Smektala, Tomasz
    et al.
    Nysjö, Johan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Thor, Andreas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Käkkirurgi.
    Homik, Aleksandra
    Sporniak-Tutak, Katarzyna
    Safranow, Krzysztof
    Dowgierd, Krzysztof
    Olszewski, Raphael
    Three-Dimensional Eyeball and Orbit Volume Modification After LeFort III Midface Distraction2015Inngår i: The Journal of craniofacial surgery (Print), ISSN 1049-2275, E-ISSN 1536-3732, Vol. 26, nr 5, s. 1652-1655Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    The aim of our study was to evaluate orbital volume modification with LeFort III midface distraction in patients with craniosynostosis and its influence on eyeball volume and axial diameter modification. Orbital volume was assessed by the semiautomatic segmentation method based on deformable surface models and on 3-dimensional (3D) interaction with haptics. The eyeball volumes and diameters were automatically calculated after manual segmentation of computed tomographic scans with 3D slicer software. The mean, minimal, and maximal differences as well as the standard deviation and intraclass correlation coefficient (ICC) for intraobserver and interobserver measurements reliability were calculated. The Wilcoxon signed rank test was used to compare measured values before and after surgery. P < 0.05 was considered statistically significant. Intraobserver and interobserver ICC for haptic-aided semiautomatic orbital volume measurements were 0.98 and 0.99, respectively. The intraobserver and interobserver ICC values for manual segmentation of the eyeball volume were 0.87 and 0.86, respectively. The orbital volume increased significantly after surgery: 30.32% (mean, 5.96  mL) for the left orbit and 31.04% (mean, 6.31  mL) for the right orbit. The mean increase in eyeball volume was 12.3%. The mean increases in the eyeball axial dimensions were 7.3%, 9.3%, and 4.4% for the X-, Y-, and Z-axes, respectively. The Wilcoxon signed rank test showed that preoperative and postoperative eyeball volumes, as well as the diameters along the X- and Y-axes, were statistically significant. Midface distraction in patients with syndromic craniostenosis results in a significant increase (P < 0.05) in the orbit and eyeball volumes. The 2 methods (haptic-aided semiautomatic segmentation and manual 3D slicer segmentation) are reproducible techniques for orbit and eyeball volume measurements.

  • 233.
    Solorzano, Leslie
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion.
    Almeida, Gabriela
    Ipatimup, Institute of Molecular Pathology and ImmunologyUniversity of Porto.
    Mesquita, Bárbara
    Martins, Diana
    Oliveira, Carla
    Wählby, Carolina
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Whole Slide Image Registration for the Study of Tumor Heterogeneity2018Inngår i: MICCAI 2018 - International Workshop on Ophthalmic Medical Image Analysis: OMIA 2018, COMPAY 2018: Computational Pathology and Ophthalmic Medical Image Analysis, Cham: Springer, 2018, s. 95-102Konferansepaper (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Consecutive thin sections of tissue samples make it possible to study local variation in e.g. protein expression and tumor heterogeneity by staining for a new protein in each section. In order to compare and correlate patterns of different proteins, the images have to be registered with high accuracy. The problem we want to solve is registration of gigapixel whole slide images (WSI). This presents 3 challenges: (i) Images are very large; (ii) Thin sections result in artifacts that make global affine registration prone to very large local errors; (iii) Local affine registration is required to preserve correct tissue morphology (local size, shape and texture). In our approach we compare WSI registration based on automatic and manual feature selection on either the full image or natural sub-regions (as opposed to square tiles). Working with natural sub-regions, in an interactive tool makes it possible to exclude regions containing scientifically irrelevant information. We also present a new way to visualize local registration quality by a Registration Confidence Map (RCM). With this method, intra-tumor heterogeneity and characteristics of the tumor microenvironment can be observed and quantified.

  • 234.
    Sousa, João M.
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Radiologi. Uppsala Univ Hosp, PET Ctr, Uppsala, Sweden.
    Appel, Lieuwe
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Radiologi. Uppsala Univ Hosp, Med Imaging Ctr, Uppsala, Sweden.
    Engström, Mathias
    GE Healthcare, MR Appl Sci Lab, Waukesha, WI USA.
    Papadimitriou, Stergios
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Neurologi.
    Nyholm, Dag
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Neurologi.
    Larsson, Elna-Marie
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Radiologi. Uppsala Univ Hosp, Med Imaging Ctr, Uppsala, Sweden.
    Ahlström, Håkan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Radiologi. Uppsala Univ Hosp, Med Imaging Ctr, Uppsala, Sweden.
    Lubberink, Mark
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Radiologi. Uppsala Univ Hosp, Dept Med Phys, Uppsala, Sweden.
    Evaluation of zero-echo-time attenuation correction for integrated PET/MR brain imaging-comparison to head atlas and 68Ge-transmission-based attenuation correction2018Inngår i: EJNMMI Physics, ISSN 2197-7364, E-ISSN 2191-219X, Vol. 5, nr 20Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Background: MRI does not offer a direct method to obtain attenuation correction maps as its predecessors (stand-alone PET and PET/CT), and bone visualisation is particularly challenging. Recently, zero-echo-time (ZTE) was suggested for MR-based attenuation correction (AC). The aim of this work was to evaluate ZTE- and atlas-AC by comparison to 68Ge-transmission scan-based AC.

    Nine patients underwent brain PET/MR and stand-alone PET scanning using the dopamine transporter ligand 11C-PE2I. For each of them, two AC maps were obtained from the MR images: an atlas-based, obtained from T1-weighted LAVA-FLEX imaging with cortical bone inserted using a CT-based atlas, and an AC map generated from proton-density-weighted ZTE images. Stand-alone PET 68Ge-transmission AC map was used as gold standard. PET images were reconstructed using the three AC methods and standardised uptake value (SUV) values for the striatal, limbic and cortical regions, as well as the cerebellum (VOIs) were compared. SUV ratio (SUVR) values normalised for the cerebellum were also assessed. Bias, precision and agreement were calculated; statistical significance was evaluated using Wilcoxon matched-pairs signed-rank test.

    Results: Both ZTE- and atlas-AC showed a similar bias of 6–8% in SUV values across the regions. Correlation coefficients with 68Ge-AC were consistently high for ZTE-AC (r 0.99 for all regions), whereas they were lower for atlas-AC, varying from 0.99 in the striatum to 0.88 in the posterior cortical regions. SUVR showed an overall bias of 2.9 and 0.5% for atlas-AC and ZTE-AC, respectively. Correlations with 68Ge-AC were higher for ZTE-AC, varying from 0.99 in the striatum to 0.96 in the limbic regions, compared to atlas-AC (0.99 striatum to 0.77 posterior cortex).

    Conclusions: Absolute SUV values showed less variability for ZTE-AC than for atlas-AC when compared to 68Ge-AC, but bias was similar for both methods. This bias is largely caused by higher linear attenuation coefficients in atlas- and ZTE-AC image compared to 68Ge-images. For SUVR, bias was lower when using ZTE-AC than for atlas-AC. ZTE-AC shows to be a more robust technique than atlas-AC in terms of both intra- and inter-patient variability.

  • 235. Stenkvist, Björn
    et al.
    Bengtsson, Ewert
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Centrum för bildanalys.
    Dahlqvist, Bengt
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Centrum för bildanalys.
    Eklund, Gunnar
    Eriksson, Olle
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Centrum för bildanalys.
    Jarkrans, Torsten
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Centrum för bildanalys.
    Nordin, Bo
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Centrum för bildanalys.
    Analysing the Factors That Make Breast Cancer Recur1982Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 236. Stenkvist, Björn
    et al.
    Bengtsson, Ewert
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Centrum för bildanalys.
    Dahlqvist, Bengt
    Eklund, Gunnar
    Eriksson, Olle
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Centrum för bildanalys.
    Nordin, Bo
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Centrum för bildanalys.
    Bedömning av återfallsrisk vid bröstcancer1981Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 237.
    Stenkvist, Björn
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Centrum för bildanalys.
    Bengtsson, Ewert
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Centrum för bildanalys.
    Dahlqvist, Bengt
    Eklund, Gunnar
    Eriksson, Olle
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Centrum för bildanalys.
    Nordin, Bo
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Centrum för bildanalys.
    Factors of Prognostic Significance in Human Breast Cancer1981Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 238.
    Strand, Robin
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Malmberg, Filip
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion.
    Johansson, Lars
    Lind, Lars
    Sundbom, Magnus
    Ahlström, Håkan
    Kullberg, Joel
    Holistic whole-body MRI image analysis2016Inngår i: Symposium of the Swedish Society for Automated Image Analysis, Uppsala, Sweden, (SSBA) / [ed] Natasa Sladoje, 2016Konferansepaper (Annet vitenskapelig)
  • 239.
    Ström, Peter
    et al.
    Department of Medical Epidemiology and Biostatistics (MEB), Karolinska Institutet.
    Kartasalo, Kimmo
    Tampere University.
    Olsson, Henrik
    Department of Medical Epidemiology and Biostatistics (MEB), Karolinska institutet.
    Solorzano, Leslie
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion.
    Delahunt, Brett
    Berney, Daniel
    Bostwick, David
    Evans, Andrew
    Grignon, David
    Humphrey, Peter
    Iczkowski, Kenneth
    Kench, James
    Kristiansen, Glen
    van der Kwast, Theodorus
    Leite, Katia
    McKenney, Jesse
    Oxley, Jon
    Pan, Chin-Chen
    Samaratunga, Hemamali
    Srigley, John
    Takahashi, Hiroyuki
    Tsuzuki, Toyonori
    Varma, Murali
    Zhou, Ming
    Lindberg, Johan
    Bergström, Cecilia
    Ruusuvuori, Pekka
    Wählby, Carolina
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Grönberg, Henrik
    Rantalainen, Mattias
    Egevad, Lars
    Eklund, Martin
    Pathologist-Level Grading of Prostate Biospies with Artificial intelligenceManuskript (preprint) (Annet vitenskapelig)
    Abstract [en]

    Background: An increasing volume of prostate biopsies and a world-wide shortage of uro-pathologists puts a strain on pathology departments. Additionally, the high intra- and inter-observer variability in grading can result in over- and undertreatment of prostate cancer. Artificial intelligence (AI) methods may alleviate these problems by assisting pathologists to reduce workload and harmonize grading. 

    Methods: We digitized 6,682 needle biopsies from 976 participants in the population based STHLM3 diagnostic study to train deep neural networks for assessing prostate biopsies. The networks were evaluated by predicting the presence, extent, and Gleason grade of malignant tissue for an independent test set comprising 1,631 biopsies from 245 men. We additionally evaluated grading performance on 87 biopsies individually graded by 23 experienced urological pathologists from the International Society of Urological Pathology. We assessed discriminatory performance by receiver operating characteristics (ROC) and tumor extent predictions by correlating predicted millimeter cancer length against measurements by the reporting pathologist. We quantified the concordance between grades assigned by the AI and the expert urological pathologists using Cohen's kappa. 

    Results: The performance of the AI to detect and grade cancer in prostate needle biopsy samples was comparable to that of international experts in prostate pathology. The AI achieved an area under the ROC curve of 0.997 for distinguishing between benign and malignant biopsy cores, and 0.999 for distinguishing between men with or without prostate cancer. The correlation between millimeter cancer predicted by the AI and assigned by the reporting pathologist was 0.96. For assigning Gleason grades, the AI achieved an average pairwise kappa of 0.62. This was within the range of the corresponding values for the expert pathologists (0.60 to 0.73).

  • 240.
    Sun, Yibao
    et al.
    QMUL, EECS, London, England.
    Xu, Zhaoyang
    QMUL, EECS, London, England.
    Strell, Carina
    Karolinska Inst, Dept Oncol Pathol, Stockholm, Sweden.
    Moro, Carlos Fernandez
    Karolinska Univ Hosp, Dept Clin Pathol Cytol, Stockholm, Sweden.
    Wärnberg, Fredrik
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Endokrinkirurgi.
    Dong, Le
    Univ Elect Sci & Technol China, Sch Comp Sci & Engn, Chengdu, Sichuan, Peoples R China.
    Zhang, Qianni
    QMUL, EECS, London, England.
    Detection of Breast Tumour Tissue Regions in Histopathological Images using Convolutional Neural Networks2018Inngår i: 2018 IEEE International Conference on Image Processing, Applications and Systems (IPAS), IEEE, 2018, s. 98-103Konferansepaper (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Ductal carcinoma in situ (DCIS) is considered a pre-invasive breast cancer and sometimes it can develop into an invasive ductal carcinoma. The analysis of histopathological images to detect tumour border of DCIS could provide important information for better diagnosis of patients. We present a deep learning based system to automatically identify DCIS in histopathological images. Specifically, a convolutional neural network (CNN) is first trained to predict labels of small patches cropped out of a histopathological whole slide image. Next, a sliding window method is used to produce a probability map of DCIS. Finally, given the probability map, a tumor border of DCIS is produced and delineated with the method of Marching Cubes to facilitate pathologists' review and assessment. Evaluation of cross validation demonstrates that the CNN model of GoogleNet performs well in histology image patch classification with an overall accuracy of (98.46 +/- 0.40)% and identifies the DCIS tissue patches with a Fl-score of (97.40 +/- 1.18)% (mean +/- variance). Moreover, around 95.6% tumour tissue within the enclosed tumour regions can be identified by our developed method. Finally, the goal of tumor border detection can be well achieved with a few post-processing steps.

  • 241.
    Suveer, Amit
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Sladoje, Natasa
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Lindblad, Joakim
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Dragomir, Anca
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi.
    Sintorn, Ida-Maria
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Cilia ultrastructural visibility enhancement by multiple instance registration and super-resolution reconstruction2017Inngår i: Swedish Symposium on Image Analysis, Swedish Society for Automated Image Analysis , 2017Konferansepaper (Annet vitenskapelig)
  • 242.
    Suveer, Amit
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Sladoje, Nataša
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Lindblad, Joakim
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Dragomir, Anca
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi.
    Sintorn, Ida-Maria
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Enhancement of cilia sub-structures by multiple instance registration and super-resolution reconstruction2017Inngår i: Image Analysis: Part II, Springer, 2017, s. 362-374Konferansepaper (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Ultrastructural analysis of cilia cross-sectional images using transmission electron microscopy (TEM) assists the pathologists to diagnose Primary Ciliary Dyskinesia, a genetic disease. The current diagnostic procedure is manual and difficult because of poor signal-to-noise ratio in TEM images. In this paper, we propose an automated multi-step registration approach to register many cilia cross-sectional instances. The novelty of the work is in the utilization of customized weight masks at each registration step to achieve good alignment of the specific cilium regions. Registration is followed by super-resolution reconstruction to enhance the substructural information. Landmarks matching based evaluation of registration results in pixel alignment error of 2.35&#x00B1;1.82" role="presentation">2.35±1.82 pixels, and the subjective analysis of super-resolution reconstructed cilium shows a clear improvement in the visibility of the substructures such as dynein arms, radial spokes, and central pair.

  • 243.
    Svenningsson, Leo
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi.
    Fourier transform of BCC andFCC lattices for MRI applications2015Independent thesis Advanced level (professional degree), 20 poäng / 30 hpOppgave
    Abstract [en]

    The Cartesian Cubic lattice is known to be sub optimal when consideringband-limited signals but is still used as standard in three-dimensional medical magneticresonance imaging. The optimal sampling lattices are the body-centered cubic latticeand the face-centered cubic lattice. This report discusses the possible use of thesesampling lattices in MRI and presents verification of the non standard Fouriertransform method that is required for MR image creation for these sampling lattices.The results show that the Fourier transform is consistent with analytical models.

  • 244.
    Svensson, Lennart
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Centrum för bildanalys. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Brun, Anders
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Centrum för bildanalys. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Nyström, Ingela
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Centrum för bildanalys. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Sintorn, Ida-Maria
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Centrum för bildanalys. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Registration Parameter Spaces for Molecular Electron Tomography Images2011Inngår i: Image Analysis and Processing – ICIAP 2011: Part I / [ed] Maino, Giuseppe; Foresti, Gian Luca, Berlin: Springer-Verlag , 2011, s. 403-412Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 245.
    Svensson, Lennart
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Sintorn, Ida-Maria
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    A probabilistic template model for finding macromolecules in MET volume images2013Inngår i: Pattern Recognition and Image Analysis, Springer Berlin/Heidelberg, 2013, s. 855-862Konferansepaper (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    We introduce and investigate probabilistic templates with particular focus on the application of protein identification in electron tomography volumes. We suggest to create templates with a weighted averaging operation of several object instances after alignment of an identified subpart. The subpart to be aligned should, ideally, correspond to a rigid and easily identifiable part of the object. The proposed templates enable common rigid template matching methods to also find different shape variations without increasing time complexity in the actual search procedure, since a static template is still used. We present general ideas on how to perform the object instance alignment and look specifically at how to do it for the antibody macromolecule IgG.

  • 246. Svensson, Per-Edvin
    et al.
    Olsson, Johan
    Engbrant, Fredrik
    Bengtsson, Ewert
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Centrum för bildanalys. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Razifar, Pasha
    Characterization and reduction of noise in dynamic PET data using masked volumewise principal component analysis2011Inngår i: Journal of Nuclear Medicine Technology, ISSN 0091-4916, E-ISSN 1535-5675, Vol. 39, nr 1, s. 27-34Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Masked volumewise principal component (PC) analysis (PCA) is used in PET to distinguish structures that display different kinetic behaviors after administration of a tracer. When masked volumewise PCA was introduced, one article proposed noise prenormalization because of temporal and spatial variations of the noise between slices. However, the noise prenormalization proposed in that article was applicable only to datasets reconstructed using filtered backprojection (FBP). The study presented in this article aimed at developing a new noise prenormalization that is applicable to datasets regardless of whether they were reconstructed with FBP or an iterative reconstruction algorithm, such as ordered-subset expectation maximization (OSEM).

    Methods: A phantom study was performed to investigate differences in the expectation values and SDs of datasets reconstructed with FBP and OSEM. A novel method, higher-order PC noise prenormalization, was suggested and evaluated against other prenormalization methods on clinical datasets.

    Results: Masked volumewise PCA of data reconstructed with FBP was much more dependent on an appropriate prenormalization than was analysis of data reconstructed with OSEM. Higher-order PC noise prenormalization showed an overall good performance with both FBP and OSEM reconstructions, whereas the other prenormalization methods performed well with only 1 of the 2 methods.

    Conclusion: Higher-order PC noise prenormalization has potential for improving the results from masked volumewise PCA on dynamic PET datasets independent of the type of reconstruction algorithm.

  • 247.
    Söderberg, Per G.
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Oftalmiatrik.
    Malmberg, Filip
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Sandberg Melin, Camilla
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Oftalmiatrik.
    Further analysis of clinical feasibility of OCT-based glaucoma diagnosis with Pigment epithelium central limit–Inner limit of the retina Minimal Distance (PIMD)2017Inngår i: Ophthalmic Technologies XXVII, Bellingham, WA: SPIE - International Society for Optical Engineering, 2017, artikkel-id 100450RKonferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 248.
    Söderberg, Per G.
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Oftalmiatrik.
    Malmberg, Filip
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Sandberg-Melin, Camilla
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Oftalmiatrik. Center for Research and Development, Region Gävleborg.
    Analysis of the variation in OCT measurements of a structural bottle neck for eye–brain transfer of visual information from 3D-volumes of the optic nerve head, PIMD-Average [0;2π]2016Inngår i: Ophthalmic Technologies XXVI, Bellingham, WA: SPIE - International Society for Optical Engineering, 2016, artikkel-id 96930OKonferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 249.
    Talebizadeh, Nooshin
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Oftalmiatrik.
    Yu, Zhaohua
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Oftalmiatrik.
    Zhou Hagström, Nanna
    Wählby, Carolina
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Söderberg, Per G.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Oftalmiatrik.
    Automatic quantification of fluorescence signal in rat lens epithelium2016Inngår i: Investigative Ophthalmology and Visual Science, ISSN 0146-0404, E-ISSN 1552-5783, Vol. 57, nr 12, artikkel-id 3066Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 250.
    Talebizadeh, Nooshin
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Oftalmiatrik.
    Zhou Hagström, Nanna
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Yu, Zhaohua
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Oftalmiatrik.
    Kronschläger, Martin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Oftalmiatrik.
    Söderberg, Per
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Oftalmiatrik.
    Wählby, Carolina
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Objective automated quantification of fluorescence signal in histological sections of rat lens2017Inngår i: Cytometry Part A, ISSN 1552-4922, E-ISSN 1552-4930, Vol. 91, nr 8, s. 815-821Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Visual quantification and classification of fluorescent signals is the gold standard in microscopy. The purpose of this study was to develop an automated method to delineate cells and to quantify expression of fluorescent signal of biomarkers in each nucleus and cytoplasm of lens epithelial cells in a histological section. A region of interest representing the lens epithelium was manually demarcated in each input image. Thereafter, individual cell nuclei within the region of interest were automatically delineated based on watershed segmentation and thresholding with an algorithm developed in Matlab™. Fluorescence signal was quantified within nuclei, cytoplasms and juxtaposed backgrounds. The classification of cells as labelled or not labelled was based on comparison of the fluorescence signal within cells with local background. The classification rule was thereafter optimized as compared with visual classification of a limited dataset. The performance of the automated classification was evaluated by asking 11 independent blinded observers to classify all cells (n = 395) in one lens image. Time consumed by the automatic algorithm and visual classification of cells was recorded. On an average, 77% of the cells were correctly classified as compared with the majority vote of the visual observers. The average agreement among visual observers was 83%. However, variation among visual observers was high, and agreement between two visual observers was as low as 71% in the worst case. Automated classification was on average 10 times faster than visual scoring. The presented method enables objective and fast detection of lens epithelial cells and quantification of expression of fluorescent signal with an accuracy comparable with the variability among visual observers.

23456 201 - 250 of 275
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf