uu.seUppsala universitets publikasjoner
Endre søk
Begrens søket
3456 251 - 275 of 275
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Treff pr side
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
Merk
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 251. Tanács, Attila
    et al.
    Lindblad, Joakim
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion. Faculty of Engineering, University of Novi Sad, Serbia.
    Sladoje, Nataša
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion. Faculty of Engineering, University of Novi Sad, Serbia.
    Kato, Zoltan
    Estimation of linear deformations of 2D and 3D fuzzy objects2015Inngår i: Pattern Recognition, ISSN 0031-3203, E-ISSN 1873-5142, Vol. 48, nr 4, s. 1391-1403Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 252.
    Thurfjell, Lennart
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Centrum för bildanalys.
    An Adjustable 3D Brain Atlas for Quantitative Analysis of Neuroimaging Data: Algorithmical and Methodological Aspects1994Doktoravhandling, med artikler (Annet vitenskapelig)
  • 253.
    Tizon, Xavier
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Centrum för bildanalys. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datoriserad bildanalys.
    Lin, Qingfen
    Hansen, Tomas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för onkologi, radiologi och klinisk immunologi, Enheten för radiologi.
    Borgefors, Gunilla
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Centrum för bildanalys. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datoriserad bildanalys.
    Johansson, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för onkologi, radiologi och klinisk immunologi, Enheten för radiologi.
    Ahlström, Håkan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för onkologi, radiologi och klinisk immunologi, Enheten för radiologi.
    Frimmel, Hans
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för onkologi, radiologi och klinisk immunologi, Enheten för radiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling.
    Identification of the main arterial branches by whole-body contrast-enhanced MRA in elderly subjects using limited user interaction and fast marching2007Inngår i: Journal of Magnetic Resonance Imaging, ISSN 1053-1807, E-ISSN 1522-2586, Vol. 25, s. 806-814Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 254.
    Totu, Tiberiu
    et al.
    Politehnica University of Bucharest.
    Buga, Roxana
    Politehnica University of Bucharest.
    Dumitru, Adrian
    Carol Davila University of Medicine and Pharmacy, Bucharest.
    Costache, Mariana
    Carol Davila University of Medicine and Pharmacy, Bucharest.
    Sladoje, Natasa
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Stanciu, Stefan
    Politehnica University of Bucharest.
    An Objective Scoring Framework for Histology Slide Image Mosaics Applicable for the Reliable Benchmarking of Image Quality Assessment Algorithms2018Inngår i: IEEE Access, E-ISSN 2169-3536, Vol. 6, s. 53080-53091Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    The conversion of histology slides into electronic format represents a key element in modern histopathology workflows. The most common way of converting physical histology slides into digital versions consists of tile-based scanning. In such approaches, the entire image of the slide is generated by consecutively scanning adjacent sample regions with a degree of overlap and then stitching these together to constitute an image mosaic. To achieve a high-quality result, the image acquisition protocol for collecting the mosaic tiles requires a recalibration of the microscope when moving from one sample region to another. This recalibration procedure typically involves focus and illumination adjustments, aimed at rendering a homogeneous image mosaic in terms of brightness, contrast, and other important image properties. The accurate evaluation of the digital slide's quality factor is, therefore, an important matter, as it can lead to designing efficient (and automated) mosaic generation protocols. We introduce here a new methodology for the evaluation of image mosaics collected with brightfield microscopy on histology slides, coined Objective Quantifiable Scoring System (OQSS). It relies on objective scoring criteria that take into consideration fundamental characteristics of image mosaics, and on histology specific aspects. We present the theoretical principles of this methodology and discuss the potential utility of this framework as a quality ground-truth tagging mechanism of histology slide image mosaics applicable for the reliable benchmarking of image quality assessment algorithms.

  • 255.
    Vacavant, Antoine
    et al.
    Universit´e Clermont Auvergne, CNRS, SIGMA Clermont, Institut Pascal, 63000 Clermont-Ferrand, France .
    Lebre, Marie-Ange
    Universit´e Clermont Auvergne, CNRS, SIGMA Clermont, Institut Pascal, 63000 Clermont-Ferrand, France .
    Rositi, Hugo
    Universit´e Clermont Auvergne, CNRS, SIGMA Clermont, Institut Pascal, 63000 Clermont-Ferrand, France .
    Grand-Brochier, Manuel
    Universit´e Clermont Auvergne, CNRS, SIGMA Clermont, Institut Pascal, 63000 Clermont-Ferrand, France .
    Strand, Robin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    New Definition of Quality-Scale Robustness for Image Processing Algorithms, with Generalized Uncertainty Modeling, Applied to Denoising and Segmentation2019Inngår i: RRPR 2018: Reproducible Research in Pattern Recognition, Switzerland AG: Springer, 2019, Vol. 11455, s. 138-149Konferansepaper (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Robustness is an important concern in machine learning and pattern recognition, and has attracted a lot of attention from technical and scientific viewpoints. Actually, the robustness models the capacity of a computerized approach to resist to perturbing phenomena and data uncertainties, and generate common artefact while designing algorithms. However, this question has not been dealt in depth in such a way for image processing tasks. In this article, we propose a novel definition of robustness dedicated to image processing algorithms. By considering a generalized model of image data uncertainty, we encompass the classic additive Gaussian noise alteration that we study through the evaluation of image denoising algorithms, but also more complex phenomena such as shape variability, which is considered for liver volume segmentation from medical images. Furthermore, we refine our evaluation of robustness wrt. our previous work by introducing a novel quality-scale definition. To do so, we calculate the worst loss of quality for a given algorithm over a set of uncertainty scales, together with the scale where this drop appears. This new approach permits to reveal any algorithm’s weakness, and for which kind of corrupted data it may happen.

  • 256. Varga, Peter
    et al.
    Hesse, Bernhard
    Langer, Max
    Schrof, Susanne
    Maennicke, Nils
    Suhonen, Heikki
    Pacureanu, Alexandra
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Pahr, Dieter
    Peyrin, Francoise
    Raum, Kay
    Synchrotron X-ray phase nano-tomography-based analysis of the lacunar-canalicular network morphology and its relation to the strains experienced by osteocytes in situ as predicted by case-specific finite element analysis2015Inngår i: Biomechanics and Modeling in Mechanobiology, ISSN 1617-7959, E-ISSN 1617-7940, Vol. 14, nr 2, s. 267-282Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Osteocytes are hypothesized to regulate bone remodeling guided by both biological and mechanical stimuli. Morphology of the lacunar-canalicular network of osteocytes has been hypothesized to be strongly related to the level of mechanical loading and to various bone diseases. Finite element modeling could help to better understand the mechanosensation process by predicting the physiological strain environment. The aims of this study were to (i) quantify the lacunar-canalicular morphology in the cortex of the human femur; (ii) predict the in situ local deformations around and in osteocytes by means of case-specific finite element models; and (iii) investigate the potential relationship between morphology and deformations. Human femoral cortical bone samples were imaged using synchrotron X-ray phase nano-tomography with 50 nm voxel size. Rectangular volumes of interest were selected to contain single osteocyte lacunae and the surrounding matrix. Lacunar-canalicular morphology was quantified and the cell geometry was artificially reconstructed based on a priori assumptions. Finite element models of the volumes of interest were generated, containing the extracellular matrix, osteocyte and peri-cellular matrix, and subjected to uniaxial compression. The morphological analysis revealed that canalicular number was dictated by lacunar size, that the spacing of canaliculi fell within a narrow range, suggesting that these pores are well distributed throughout the bone matrix and indicated the trend that lacunae at the outer osteon boundary were less elongated than others. No apparent relationship was found between the morphological parameters and the predicted strains. The globally applied strain was amplified locally by factors up to 10 and up to 70 in the extracellular matrix and the in cells, respectively. Cell deformations were localized mainly at the body-dendrite junctions, with magnitudes reaching the in vitro stimulatory threshold reported for osteocytes.

  • 257.
    Varga, Peter
    et al.
    Julius Wolff Institute & Berlin-Brandenburg School for Regenerative Therapies, Charité, Berlin.
    Pacureanu, Alexandra
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Langer, Max
    European Synchrotron Radiation Facility, Creatis, Université de Lyon .
    Hesse, Bernhard
    Julius Wolff Institute & Berlin-Brandenburg School for Regenerative Therapies, Charité, Berlin.
    Peyrin, Francoise
    European Synchrotron Radiation Facility, Creatis, Université de Lyon .
    Raum, Kay
    Julius Wolff Institute & Berlin-Brandenburg School for Regenerative Therapies, Charité, Berlin.
    Case specific finite element analysis of the strains experienced by osteocytes2013Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 258.
    Varga, Peter
    et al.
    Julius Wolff Institute & Berlin-Brandenburg School for Regenerative Therapies, Charité, Berlin.
    Pacureanu, Alexandra
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Langer, Max
    European Synchrotron Radiation Facility, Creatis, Université de Lyon .
    Suhonen, Heikki
    European Synchrotron Radiation Facility .
    Hesse, Bernhard
    Julius Wolff Institute & Berlin-Brandenburg School for Regenerative Therapies, Charité, Berlin.
    Grimal, Quentin
    LIP, Université Pierre et Marie Curie .
    Cloetens, Peter
    European Synchrotron Radiation Facility .
    Raum, Kay
    Julius Wolff Institute & Berlin-Brandenburg School for Regenerative Therapies, Charité, Berlin.
    Peyrin, Francoise
    European Synchrotron Radiation Facility, Creatis, Université de Lyon .
    The 3D orientation of mineralized collagen fibrils in human lamellar bone and its mechanical consequences2013Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 259. Varga, Peter
    et al.
    Pacureanu, Alexandra
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Langer, Max
    Suhonen, Heikki
    Hesse, Bernhard
    Grimal, Quentin
    Cloetens, Peter
    Raum, Kay
    Peyrin, Françoise
    Investigation of the three-dimensional orientation of mineralized collagen fibrils in human lamellar bone using synchrotron X-ray phase nano-tomography2013Inngår i: Acta Biomaterialia, ISSN 1742-7061, E-ISSN 1878-7568, Vol. 9, nr 9, s. 8118-8127Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    We investigate the three-dimensional (3-D) organization of mineralized collagen fibrils in human cortical bone based on synchrotron X-ray phase nano-tomography images. In lamellar bone the collagen fibrils are assumed to have a plywood-like arrangement, but due to experimental limitations the 3-D fibril structure has only been deduced from section surfaces so far and the findings have been controversial. Breakthroughs in synchrotron tomographic imaging have given access to direct 3-D information on the bone structure at the nanoscale level. Using an autocorrelation-based orientation measure we confirm that the fibrils are unidirectional in quasi-planes of sub-lamellae and find two specific dominant patterns, oscillating and twisted plywoods coexisting in a single osteon. Both patterns exhibit smooth orientation changes between adjacent quasi-planes. Moreover, we find that the periodic changes in collagen fibril orientation are independent of fluctuations in local mass density. These data improve our understanding of the lamellar arrangement in bone and allow more detailed investigations of structure-function relationships at this scale, providing templates for bio-inspired materials. The presented methodology can be applied to non-destructive 3-D characterization of the sub-micron scale structure of other natural and artificial mineralized biomaterials. 

  • 260.
    Vondrus, Mikael
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Centrum för bildanalys.
    Contributions to Computer Aided Image Analysis in Medical Microscopy2001Licentiatavhandling, monografi (Annet vitenskapelig)
  • 261. Wang, Chunliang
    et al.
    Frimmel, Hans
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datoriserad bildanalys.
    Persson, Anders
    Smedby, Örjan
    An interactive software module for visualizing coronary arteries in CT angiography2008Inngår i: International Journal of Computer Assisted Radiology and Surgery, ISSN 1861-6410, E-ISSN 1861-6429, Vol. 3, s. 11-18Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 262. Wang, Chunliang
    et al.
    Frimmel, Hans
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Smedby, Örjan
    Fast level-set based image segmentation using coherent propagation2014Inngår i: Medical physics (Lancaster), ISSN 0094-2405, Vol. 41, s. 073501:1-11Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 263. Way, Benjamin L. M.
    et al.
    Khonsari, Roman H.
    Karunakaran, Tharsika
    Nysjö, Johan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Nyström, Ingela
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Dunaway, David J.
    Evans, Robert D.
    Hayward, Richard D.
    Britto, Jonathan A.
    Correcting exorbitism by monobloc frontofacial advancement in Crouzon–Pfeiffer syndrome: An age-specific, time-related, controlled study2019Inngår i: Plastic and reconstructive surgery (1963), ISSN 0032-1052, E-ISSN 1529-4242, Vol. 143, nr 1, s. 121e-132eArtikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 264.
    Wernersson, Erik L. G.
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Boone, M. N.
    Ghent University.
    Van den Bulcke, J.
    Ghent University.
    Van Hoorebeke, L.
    Ghent University.
    Luengo Hendriks, Cris L.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Understanding phase contrast artefacts in micro computed absorption tomography2014Inngår i: Proceedings SSBA 2014, Symposium on Image Analysis, 2014Konferansepaper (Annet vitenskapelig)
  • 265.
    Wernersson, Erik L. G.
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Boone, Matthieu N.
    Van den Bulcke, Jan
    Van Hoorebeke, Luc
    Luengo Hendriks, Cris L.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Postprocessing method for reducing phase effects in reconstructed microcomputed-tomography data2013Inngår i: Optical Society of America. Journal A: Optics, Image Science, and Vision, ISSN 1084-7529, E-ISSN 1520-8532, Vol. 30, nr 3, s. 455-461Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    With increased resolution in x-ray computed tomography, refraction adds increasingly to the attenuation signal. Though potentially beneficial, the artifacts caused by refraction often need to be removed from the image. In this paper, we propose a postprocessing method, based on deconvolution, that is able to remove these artifacts after conventional reconstruction. This method poses two advantages over existing projection-based (preprocessing) phase-retrieval or phase-removal algorithms. First, evaluation of the parameters can be done very quickly, improving the overall speed of the method. Second, postprocessing methods can be applied when projection data is not available, which occurs in several commercial systems with closed software or when projection data has been deleted. It is shown that the proposed method performs comparably to state-of-the-art methods in terms of image quality.

  • 266.
    Wetzer, Elisabeth
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Lindblad, Joakim
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion.
    Sintorn, Ida-Maria
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Hultenby, Kjell
    Karolinska Institute.
    Sladoje, Natasa
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Towards automated multiscale imaging and analysis in TEM: Glomeruli detection by fusion of CNN and LBP maps2018Inngår i: Swedish Symposium on Deep Learning, 2018Konferansepaper (Annet vitenskapelig)
  • 267.
    Wetzer, Elisabeth
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Lindblad, Joakim
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion.
    Sintorn, Ida-Maria
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Hultenby, Kjell
    Karolinska Institute.
    Sladoje, Natasa
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Towards automated multiscale imaging and analysis in TEM: Glomerulus detection by fusion of CNN and LBP maps2018Inngår i: Workshop on BioImage Computing @ ECCV 2018, Springer, 2018Konferansepaper (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Glomerulal structures in kidney tissue have to be analysed at a nanometer scale for several medical diagnoses. They are therefore commonly imaged using Transmission Electron Microscopy. The high resolution produces large amounts of data and requires long acquisition time, which makes automated imaging and glomerulus detection a desired option. This paper presents a deep learning approach for Glomerulus detection, using two architectures, VGG16 (with batch normalization) and ResNet50. To enhance the performance over training based only on intensity images, multiple approaches to fuse the input with texture information encoded in local binary patterns of different scales have been evaluated. The results show a consistent improvement in Glomerulus detection when fusing texture-based trained networks with intensity-based ones at a late classification stage.

  • 268.
    Wieslander, Håkan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Forslid, Gustav
    Bengtsson, Ewert
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Wählby, Carolina
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Hirsch, Jan-Michaél
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Käkkirurgi.
    Runow Stark, Christina
    Sadanandan, Sajith Kecheril
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Deep convolutional neural networks for detecting cellular changes due to malignancy2017Inngår i: Proc. 16th International Conference on Computer Vision Workshops, IEEE Computer Society, 2017, s. 82-89Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 269.
    Wu, Dan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Tillämpad materialvetenskap.
    Isaksson, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Tillämpad mekanik.
    Ferguson, Stephen
    ETH Zurich, Switzerland.
    Persson, Cecilia
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Tillämpad materialvetenskap.
    Young’s modulus of trabecular bone at the tissue level: A review2018Inngår i: Acta Biomaterialia, ISSN 1742-7061, E-ISSN 1878-7568, Vol. 78, s. 1-12Artikkel, forskningsoversikt (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    The tissue-level Young’s modulus of trabecular bone is important for detailed mechanical analysis of bone and bone-implant mechanical interactions. However, the heterogeneity and small size of the trabecular struts complicate an accurate determination. Methods such as micro-mechanical testing of single trabeculae, ultrasonic testing, and nanoindentation have been used to estimate the trabecular Young’s modulus. This review summarizes and classifies the trabecular Young’s moduli reported in the literature. Information on species, anatomic site, and test condition of the samples has also been gathered. Advantages and disadvantages of the different methods together with recent developments are discussed, followed by some suggestions for potential improvement, for future work. In summary, this review provides a thorough introduction to the approaches used for determining trabecular Young’s modulus, highlights important considerations when applying these methods and summarizes the reported Young’s modulus for follow-up studies on trabecular properties.

    Fulltekst tilgjengelig fra 2020-08-05 12:40
  • 270.
    Wählby, Carolina
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Kamentsky, Lee
    Imaging Platform, Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA.
    Liu, Zihan H
    Imaging Platform, Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA.
    Riklin-Raviv, Tammy
    Conery, Annie L
    Dept. of Molecular Biology and Center for Computational and Integrative Biology, Mass. General Hospital, Boston, MA.
    O'Rourke, Eyleen
    Sokolnicki, Katherine
    Imaging Platform, Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA.
    Visvikis, Orane
    Developmental Immunology Program, Dept. of Pediatrics, Mass. General Hospital, Boston, MA.
    Ljosa, Vebjorn
    Imaging Platform, Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA.
    Irazoqui, Javier E
    Developmental Immunology Program, Dept. of Pediatrics, Mass. General Hospital, Boston, MA.
    Golland, Polina
    Computer Science and Artificial Intelligence Laboratory, MIT, Cambridge, MA.
    Ruvkun, Gary
    Ausubel, Frederick M
    Dept. of Molecular Biology and Center for Computational and Integrative Biology, Mass. General Hospital, Boston, MA.
    Carpenter, Anne E
    Imaging Platform, Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA.
    An image analysis toolbox for high-throughput C. elegans assays2012Inngår i: Nature Methods, ISSN 1548-7091, E-ISSN 1548-7105, Vol. 9, nr 7, s. 714-716Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    We present a toolbox for high-throughput screening of image-based Caenorhabditis elegans phenotypes. The image analysis algorithms measure morphological phenotypes in individual worms and are effective for a variety of assays and imaging systems from different laboratories. The toolbox is available via the open-source CellProfiler project and enables objective scoring of whole-animal high-throughput image-based assays using this unique model organism for the study of diverse biological pathways relevant to human disease.

  • 271.
    Zhang, Hanqian
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Dermatologi och venereologi.
    Ericsson, Maja
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Dermatologi och venereologi.
    Virtanen, Marie
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Dermatologi och venereologi.
    Weström, Simone
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Dermatologi och venereologi.
    Wählby, Carolina
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Vahlquist, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Dermatologi och venereologi.
    Törmä, Hans
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Dermatologi och venereologi.
    Quantitative image analysis of protein expression and colocalisation in skin sections2018Inngår i: Experimental dermatology, ISSN 0906-6705, E-ISSN 1600-0625, Vol. 27, nr 2, s. 196-199Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Immunofluorescence (IF) and in situ proximity ligation assay (isPLA) are techniques that are used for in situ protein expression and colocalisation analysis, respectively. However, an efficient quantitative method to analyse both IF and isPLA staining on skin sections is lacking. Therefore, we developed a new method for semi-automatic quantitative layer-by-layer measurement of protein expression and colocalisation in skin sections using the free open-source software CellProfiler. As a proof of principle, IF and isPLA of ichthyosis-related proteins TGm-1 and SDR9C7 were examined. The results indicate that this new method can be used for protein expression and colocalisation analysis in skin sections.

  • 272. Zuluaga, Maria A.
    et al.
    Orkisz, Maciej
    Dong, Pei
    Pacureanu, Alexandra
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Gouttenoire, Pierre-Jean
    Peyrin, Françoise
    Bone canalicular network segmentation in 3D nano-CT images through geodesic voting and image tessellation2014Inngår i: Physics in Medicine and Biology, ISSN 0031-9155, E-ISSN 1361-6560, Vol. 59, nr 9, s. 2155-2171Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Recent studies emphasized the role of the bone lacuno-canalicular network (LCN) in the understanding of bone diseases such as osteoporosis. However, suitable methods to investigate this structure are lacking. The aim of this paper is to introduce a methodology to segment the LCN from three-dimensional (3D) synchrotron radiation nano-CT images. Segmentation of such structures is challenging due to several factors such as limited contrast and signal-to-noise ratio, partial volume effects and huge number of data that needs to be processed, which restrains user interaction. We use an approach based on minimum-cost paths and geodesic voting, for which we propose a fully automatic initialization scheme based on a tessellation of the image domain. The centroids of pre-segmented lacunae are used as Voronoi-tessellation seeds and as start-points of a fast-marching front propagation, whereas the end-points are distributed in the vicinity of each Voronoi-region boundary. This initialization scheme was devised to cope with complex biological structures involving cells interconnected by multiple thread-like, branching processes, while the seminal geodesic-voting method only copes with tree-like structures. Our method has been assessed quantitatively on phantom data and qualitatively on real datasets, demonstrating its feasibility. To the best of our knowledge, presented 3D renderings of lacunae interconnected by their canaliculi were achieved for the first time.

  • 273.
    Öfverstedt, Johan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Lindblad, Joakim
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Serbian Acad Arts & Sci, Math Inst, Belgrade 11001, Serbia.
    Sladoje, Natasa
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion. Serbian Acad Arts & Sci, Math Inst, Belgrade 11001, Serbia.
    Fast and Robust Symmetric Image Registration Based on Distances Combining Intensity and Spatial Information2019Inngår i: IEEE Transactions on Image Processing, ISSN 1057-7149, E-ISSN 1941-0042, Vol. 28, nr 7, s. 3584-3597Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Intensity-based image registration approaches rely on similarity measures to guide the search for geometric correspondences with high affinity between images. The properties of the used measure are vital for the robustness and accuracy of the registration. In this study a symmetric, intensity interpolation-free, affine registration framework based on a combination of intensity and spatial information is proposed. The excellent performance of the framework is demonstrated on a combination of synthetic tests, recovering known transformations in the presence of noise, and real applications in biomedical and medical image registration, for both 2D and 3D images. The method exhibits greater robustness and higher accuracy than similarity measures in common use, when inserted into a standard gradientbased registration framework available as part of the open source Insight Segmentation and Registration Toolkit (ITK). The method is also empirically shown to have a low computational cost, making it practical for real applications. Source code is available.

  • 274.
    Öfverstedt, Johan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Lindblad, Joakim
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Sladoje, Natasa
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Fast and Robust Symmetric Image Registration Based on Intensity and Spatial Information2018Manuskript (preprint) (Annet vitenskapelig)
    Abstract [en]

    Intensity-based image registration approaches rely on similarity measures to guide the search for geometric correspondences with high affinity between images. The properties of the used measure are vital for the robustness and accuracy of the registration. In this study a symmetric, intensity interpolation-free, affine registration framework based on a combination of intensity and spatial information is proposed. The excellent performance of the framework is demonstrated on a combination of synthetic tests, recovering known transformations in the presence of noise, and real applications in biomedical and medical image registration, for both 2D and 3D images. The method exhibits greater robustness and higher accuracy than similarity measures in common use, when inserted into a standard gradient-based registration framework available as part of the open source Insight Segmentation and Registration Toolkit (ITK). The method is also empirically shown to have a low computational cost, making it practical for real applications. Source code is available.

  • 275.
    Öfverstedt, Johan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Lindblad, Joakim
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Sladoje, Natasa
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Robust Symmetric Affine Image Registration2019Inngår i: Swedish Symposium on Image Analysis, 2019Konferansepaper (Annet vitenskapelig)
3456 251 - 275 of 275
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf