uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
Avgränsa sökresultatet
3456789 251 - 300 av 7443
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Träffar per sida
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
Markera
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 251.
    Alterman, Mathias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Development of selective non-peptide angiotensin II type 2 receptor agonsists2010Ingår i: jraas. Journal of the renin-angiotensin-aldosterone system, ISSN 1470-3203, E-ISSN 1752-8976, Vol. 11, nr 1, s. 57-66Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The development of the first drug-like selective angiotensin II type 2 (AT(2)) receptor agonist (22) derived from the non-selective angiotensin II type 1 (AT(1)) receptor/AT(2) receptor agonist L-162,313 is presented. Compound 22 with a K-i value of 0.4 nM for the AT(2) receptor and a K-i > 10 mu M for the AT(1) receptor induces outgrowth of neurite cells, stimulates p42/p44(mapk), enhancesin vivo duodenal alkaline secretion in Sprague-Dawley rats and lowers the mean arterial blood pressure in anaesthetised spontaneously hypertensive rats. Thus, the peptidomimetic 22 exerts a similar biological response as the endogenous peptide angiotensin II after selective activation of the AT(2) receptor. In addition, Compound 22 has a bioavailability of 20-30% after oral administration and a half-life estimated to four hours in the rat. Compound 22 will therefore serve as a valuable research tool enabling studies of the function of the AT(2) receptor in more detail.

  • 252.
    Alterman, Mathias
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Andersson, Hans O.
    Garg, Neeraj
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Ahlsén, Göran
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för naturvetenskaplig biokemi.
    Lövgren, Seved
    Classon, Björn
    Danielson, U. Helena
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för naturvetenskaplig biokemi.
    Kvarnström, Ingemar
    Vrang, Lotta
    Unge, Torsten
    Samuelsson, Bertil
    Hallberg, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Design and fast synthesis of C-terminal duplicated potent C2-symmetric P1/P1'-modified HIV-1 protease inhibitors1999Ingår i: Journal of Medicinal Chemistry, ISSN 0022-2623, E-ISSN 1520-4804, Vol. 42, nr 19, s. 3835-3844Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 253.
    Alterman, Mathias
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Björsne, Magnus
    Mühlman, Anna
    Classon, Björn
    Kvarnstrom, Ingemar
    Danielson, U. Helena
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för naturvetenskaplig biokemi.
    Markgren, Per-Olof
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för naturvetenskaplig biokemi.
    Nillroth, Ulrika
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för naturvetenskaplig biokemi.
    Unge, Torsten
    Hallberg, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Samuelsson, Bertil
    Design and synthesis of new potent C2-symmetric HIV-1 protease inhibitors: Use of L-mannaric acid as a peptidomimetic scaffold1998Ingår i: Journal of Medicinal Chemistry, ISSN 0022-2623, E-ISSN 1520-4804, Vol. 41, nr 20, s. 3782-3792Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 254.
    Alterman, Mathias
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Sjöbom, Hans
    Säfsten, Pär
    Markgren, Per-Olof
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för naturvetenskaplig biokemi.
    Danielson, U. Helena
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för naturvetenskaplig biokemi.
    Hämäläinen, Markku
    Löfås, Stefan
    Hultén, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Classon, Björn
    Samuelsson, Bertil
    Hallberg, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    P1/P1' modified HIV protease inhibitors as tools in two new sensitive surface plasmon resonance biosensor screening assays2001Ingår i: European Journal of Pharmaceutical Sciences, ISSN 0928-0987, E-ISSN 1879-0720, Vol. 13, nr 2, s. 203-212Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The commonly used HIV-1 protease assays rely on measurements of the effect of inhibitions on the hydrolysis rate of synthetic peptides. Recently an assay based on surface plasmon resonance (SPR) was introduced. We have taken advantage of the fact that the SPR signal is proportional to the mass of the analyte interacting with the immobilised molecule and developed two new improved efficient competition assay methods. Thus, high molecular weight binders were used as amplifiers of the surface plasmon resonance signal. Linkers were attached by a Heck reaction to the para-positions of the P1/P1′ benzyloxy groups of a linear C2-symmetric C-terminal duplicated inhibitor to enable (a) biotin labelling or (b) direct immobilisation of the inhibitor to the biosensor surface matrix. The interaction properties of a series of 17 structurally diverse inhibitors was assessed and compared to previously reported data. The most sensitive assay was obtained by immobilising the enzyme and amplifying the signal with an antibody, giving a detection range between 0.1 nM and 10 μM. Immobilisation of the inhibitor resulted in a stable and durable surface but a narrower detection range (1–100 nM). The two competition assays are anticipated to be very suitable for fast screening of potential HIV inhibitors.

  • 255. Altria, KD
    et al.
    Wallberg, M
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Westerlund, D
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Separation of a range of cations by nonaqueous capillary electrophoresis using indirect and direct detection1998Ingår i: J CHROMATOGRAPHY B, Vol. 714, s. 99-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 256. ALVAN, G
    et al.
    DANIELSSON, BR
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    KIHLSTROM, I
    LUNDBORG, P
    PRAME, B
    RIDLEY, E
    SANNERSTEDT, R
    CLASSIFICATION OF DRUGS FOR TERATOGENIC RISK1995Ingår i: EUROPEAN JOURNAL OF CLINICAL PHARMACOLOGY, Vol. 48, s. 177-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 257.
    Alvarsson, Jonathan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Ligand-based Methods for Data Management and Modelling2015Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Drug discovery is a complicated and expensive process in the billion dollar range. One way of making the drug development process more efficient is better information handling, modelling and visualisation. The majority of todays drugs are small molecules, which interact with drug targets to cause an effect. Since the 1980s large amounts of compounds have been systematically tested by robots in so called high-throughput screening. Ligand-based drug discovery is based on modelling drug molecules. In the field known as Quantitative Structure–Activity Relationship (QSAR) molecules are described by molecular descriptors which are used for building mathematical models. Based on these models molecular properties can be predicted and using the molecular descriptors molecules can be compared for, e.g., similarity. Bioclipse is a workbench for the life sciences which provides ligand-based tools through a point and click interface. 

    The aims of this thesis were to research, and develop new or improved ligand-based methods and open source software, and to work towards making these tools available for users through the Bioclipse workbench. To this end, a series of molecular signature studies was done and various Bioclipse plugins were developed.

    An introduction to the field is provided in the thesis summary which is followed by five research papers. Paper I describes the Bioclipse 2 software and the Bioclipse scripting language. In Paper II the laboratory information system Brunn for supporting work with dose-response studies on microtiter plates is described. In Paper III the creation of a molecular fingerprint based on the molecular signature descriptor is presented and the new fingerprints are evaluated for target prediction and found to perform on par with industrial standard commercial molecular fingerprints. In Paper IV the effect of different parameter choices when using the signature fingerprint together with support vector machines (SVM) using the radial basis function (RBF) kernel is explored and reasonable default values are found. In Paper V the performance of SVM based QSAR using large datasets with the molecular signature descriptor is studied, and a QSAR model based on 1.2 million substances is created and made available from the Bioclipse workbench.

    Delarbeten
    1. Bioclipse 2: A scriptable integration platform for the life sciences
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Bioclipse 2: A scriptable integration platform for the life sciences
    Visa övriga...
    2009 (Engelska)Ingår i: BMC Bioinformatics, ISSN 1471-2105, E-ISSN 1471-2105, Vol. 10, s. 397-Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Abstract [en]

    Background: Contemporary biological research integrates neighboring scientific domains to answer complex ques- tions in fields such as systems biology and drug discovery. This calls for tools that are intuitive to use, yet flexible to adapt to new tasks.

    Results: Bioclipse is a free, open source workbench with advanced features for the life sciences. Version 2.0 constitutes a complete rewrite of Bioclipse, and delivers a stable, scalable integration platform for developers and an intuitive workbench for end users. All functionality is available both from the graphical user interface and from a built-in novel domain-specific language, supporting the scientist in interdisciplinary research and reproducible analyses through advanced visualization of the inputs and the results. New components for Bioclipse 2 include a rewritten editor for chemical structures, a table for multiple molecules that supports gigabyte-sized files, as well as a graphical editor for sequences and alignments.

    Conclusions: Bioclipse 2 is equipped with advanced tools required to carry out complex analysis in the fields of bio- and cheminformatics. Developed as a Rich Client based on Eclipse, Bioclipse 2 leverages on today’s powerful desktop computers for providing a responsive user interface, but also takes full advantage of the Web and networked (Web/Cloud) services for more demanding calculations or retrieval of data. That Bioclipse 2 is based on an advanced and widely used service platform ensures wide extensibility, and new algorithms, visualizations as well as scripting commands can easily be added. The intuitive tools for end users and the extensible architecture make Bioclipse 2 ideal for interdisciplinary and integrative research. Bioclipse 2 is released under the Eclipse Public License (EPL), a flexible open source license that allows additional plugins to be of any license. Bioclipse 2 is implemented in Java and supported on all major platforms; Source code and binaries are freely available at http://www.bioclipse.net.

    Nyckelord
    Bioclipse, bioinformatics, cheminformatics, scriptable, script, workbench, life science, platform
    Nationell ämneskategori
    Bioinformatik och systembiologi Farmaceutiska vetenskaper
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-109304 (URN)10.1186/1471-2105-10-397 (DOI)000273329400001 ()
    Tillgänglig från: 2009-12-16 Skapad: 2009-10-13 Senast uppdaterad: 2018-01-12Bibliografiskt granskad
    2. Brunn: an open source laboratory information system for microplates with a graphical plate layout design process
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Brunn: an open source laboratory information system for microplates with a graphical plate layout design process
    Visa övriga...
    2011 (Engelska)Ingår i: BMC Bioinformatics, ISSN 1471-2105, E-ISSN 1471-2105, Vol. 12, nr 1, artikel-id 179Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Abstract [en]

    Background:

    Compound profiling and drug screening generates large amounts of data and is generally based on microplate assays. Current information systems used for handling this are mainly commercial, closed source, expensive, and heavyweight and there is a need for a flexible lightweight open system for handling plate design, and validation and preparation of data.

    Results:

    A Bioclipse plugin consisting of a client part and a relational database was constructed. A multiple-step plate layout point-and-click interface was implemented inside Bioclipse. The system contains a data validation step, where outliers can be removed, and finally a plate report with all relevant calculated data, including dose-response curves.

    Conclusions:

    Brunn is capable of handling the data from microplate assays. It can create dose-response curves and calculate IC50 values. Using a system of this sort facilitates work in the laboratory. Being able to reuse already constructed plates and plate layouts by starting out from an earlier step in the plate layout design process saves time and cuts down on error sources.

    Nyckelord
    brunn, microtiter, bioclipse, screening, information system, lis, lims
    Nationell ämneskategori
    Farmakologi och toxikologi
    Forskningsämne
    Bioinformatik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-153210 (URN)10.1186/1471-2105-12-179 (DOI)000292027200001 ()21599898 (PubMedID)
    Tillgänglig från: 2011-05-09 Skapad: 2011-05-09 Senast uppdaterad: 2018-01-12Bibliografiskt granskad
    3. Ligand-Based Target Prediction with Signature Fingerprints
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Ligand-Based Target Prediction with Signature Fingerprints
    Visa övriga...
    2014 (Engelska)Ingår i: Journal of Chemical Information and Modeling, ISSN 1549-9596, Vol. 54, nr 10, s. 2647-2653Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Abstract [en]

    When evaluating a potential drug candidate it is desirable to predict target interactions in silico prior to synthesis in order to assess, e.g., secondary pharmacology. This can be done by looking at known target binding profiles of similar compounds using chemical similarity searching. The purpose of this study was to construct and evaluate the performance of chemical fingerprints based on the molecular signature descriptor for performing target binding predictions. For the comparison we used the area under the receiver operating characteristics curve (AUC) complemented with net reclassification improvement (NRI). We created two open source signature fingerprints, a bit and a count version, and evaluated their performance compared to a set of established fingerprints with regards to predictions of binding targets using Tanimoto-based similarity searching on publicly available data sets extracted from ChEMBL. The results showed that the count version of the signature fingerprint performed on par with well-established fingerprints such as ECFP. The count version outperformed the bit version slightly; however, the count version is more complex and takes more computing time and memory to run so its usage should probably be evaluated on a case-by-case basis. The NRI based tests complemented the AUC based ones and showed signs of higher power.

    Nationell ämneskategori
    Farmaceutiska vetenskaper Bioinformatik (beräkningsbiologi)
    Forskningsämne
    Bioinformatik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-237934 (URN)10.1021/ci500361u (DOI)000343849600004 ()25230336 (PubMedID)
    Forskningsfinansiär
    Vetenskapsrådet, VR-2011-6129eSSENCE - An eScience CollaborationScience for Life Laboratory - a national resource center for high-throughput molecular bioscienceSwedish National Infrastructure for Computing (SNIC)
    Tillgänglig från: 2014-12-08 Skapad: 2014-12-08 Senast uppdaterad: 2018-01-11Bibliografiskt granskad
    4. Benchmarking Study of Parameter Variation When Using Signature Fingerprints Together with Support Vector Machines
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Benchmarking Study of Parameter Variation When Using Signature Fingerprints Together with Support Vector Machines
    Visa övriga...
    2014 (Engelska)Ingår i: Journal of Chemical Information and Modeling, ISSN 1549-9596, Vol. 54, nr 11, s. 3211-3217Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Abstract [en]

    QSAR modeling using molecular signatures and support vector machines with a radial basis function is increasingly used for virtual screening in the drug discovery field. This method has three free parameters: C, ?, and signature height. C is a penalty parameter that limits overfitting, ? controls the width of the radial basis function kernel, and the signature height determines how much of the molecule is described by each atom signature. Determination of optimal values for these parameters is time-consuming. Good default values could therefore save considerable computational cost. The goal of this project was to investigate whether such default values could be found by using seven public QSAR data sets spanning a wide range of end points and using both a bit version and a count version of the molecular signatures. On the basis of the experiments performed, we recommend a parameter set of heights 0 to 2 for the count version of the signature fingerprints and heights 0 to 3 for the bit version. These are in combination with a support vector machine using C in the range of 1 to 100 and gamma in the range of 0.001 to 0.1. When data sets are small or longer run times are not a problem, then there is reason to consider the addition of height 3 to the count fingerprint and a wider grid search. However, marked improvements should not be expected.

    Nationell ämneskategori
    Medicinsk bioteknologi Farmaceutiska vetenskaper
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-240239 (URN)10.1021/ci500344v (DOI)000345551000017 ()25318024 (PubMedID)
    Forskningsfinansiär
    eSSENCE - An eScience CollaborationScience for Life Laboratory - a national resource center for high-throughput molecular bioscience
    Tillgänglig från: 2015-01-07 Skapad: 2015-01-06 Senast uppdaterad: 2018-01-11Bibliografiskt granskad
    5. Large-scale ligand-based predictive modelling using support vector machines
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Large-scale ligand-based predictive modelling using support vector machines
    Visa övriga...
    2016 (Engelska)Ingår i: Journal of Cheminformatics, ISSN 1758-2946, E-ISSN 1758-2946, Vol. 8, artikel-id 39Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Abstract [en]

    The increasing size of datasets in drug discovery makes it challenging to build robust and accurate predictive models within a reasonable amount of time. In order to investigate the effect of dataset sizes on predictive performance and modelling time, ligand-based regression models were trained on open datasets of varying sizes of up to 1.2 million chemical structures. For modelling, two implementations of support vector machines (SVM) were used. Chemical structures were described by the signatures molecular descriptor. Results showed that for the larger datasets, the LIBLINEAR SVM implementation performed on par with the well-established libsvm with a radial basis function kernel, but with dramatically less time for model building even on modest computer resources. Using a non-linear kernel proved to be infeasible for large data sizes, even with substantial computational resources on a computer cluster. To deploy the resulting models, we extended the Bioclipse decision support framework to support models from LIBLINEAR and made our models of logD and solubility available from within Bioclipse.

    Nyckelord
    Predictive modelling; Support vector machine; Bioclipse; Molecular signatures; QSAR
    Nationell ämneskategori
    Farmaceutiska vetenskaper Bioinformatik (beräkningsbiologi)
    Forskningsämne
    Bioinformatik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-248959 (URN)10.1186/s13321-016-0151-5 (DOI)000381186100001 ()27516811 (PubMedID)
    Forskningsfinansiär
    Swedish National Infrastructure for Computing (SNIC), b2013262 b2015001Science for Life Laboratory - a national resource center for high-throughput molecular bioscienceeSSENCE - An eScience Collaboration
    Tillgänglig från: 2015-04-09 Skapad: 2015-04-09 Senast uppdaterad: 2018-08-28Bibliografiskt granskad
  • 258.
    Alvarsson, Jonathan
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Andersson, Claes
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper.
    Spjuth, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Larsson, Rolf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Klinisk farmakologi.
    Wikberg, Jarl
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Brunn: an open source laboratory information system for microplates with a graphical plate layout design process2011Ingår i: BMC Bioinformatics, ISSN 1471-2105, E-ISSN 1471-2105, Vol. 12, nr 1, artikel-id 179Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Background:

    Compound profiling and drug screening generates large amounts of data and is generally based on microplate assays. Current information systems used for handling this are mainly commercial, closed source, expensive, and heavyweight and there is a need for a flexible lightweight open system for handling plate design, and validation and preparation of data.

    Results:

    A Bioclipse plugin consisting of a client part and a relational database was constructed. A multiple-step plate layout point-and-click interface was implemented inside Bioclipse. The system contains a data validation step, where outliers can be removed, and finally a plate report with all relevant calculated data, including dose-response curves.

    Conclusions:

    Brunn is capable of handling the data from microplate assays. It can create dose-response curves and calculate IC50 values. Using a system of this sort facilitates work in the laboratory. Being able to reuse already constructed plates and plate layouts by starting out from an earlier step in the plate layout design process saves time and cuts down on error sources.

  • 259.
    Alvarsson, Jonathan
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Eklund, Martin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Andersson, Claes
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin.
    Carlsson, Lars
    AstraZeneca R&D.
    Spjuth, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Wikberg, Jarl E. S.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Benchmarking Study of Parameter Variation When Using Signature Fingerprints Together with Support Vector Machines2014Ingår i: Journal of Chemical Information and Modeling, ISSN 1549-9596, Vol. 54, nr 11, s. 3211-3217Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    QSAR modeling using molecular signatures and support vector machines with a radial basis function is increasingly used for virtual screening in the drug discovery field. This method has three free parameters: C, ?, and signature height. C is a penalty parameter that limits overfitting, ? controls the width of the radial basis function kernel, and the signature height determines how much of the molecule is described by each atom signature. Determination of optimal values for these parameters is time-consuming. Good default values could therefore save considerable computational cost. The goal of this project was to investigate whether such default values could be found by using seven public QSAR data sets spanning a wide range of end points and using both a bit version and a count version of the molecular signatures. On the basis of the experiments performed, we recommend a parameter set of heights 0 to 2 for the count version of the signature fingerprints and heights 0 to 3 for the bit version. These are in combination with a support vector machine using C in the range of 1 to 100 and gamma in the range of 0.001 to 0.1. When data sets are small or longer run times are not a problem, then there is reason to consider the addition of height 3 to the count fingerprint and a wider grid search. However, marked improvements should not be expected.

  • 260.
    Alvarsson, Jonathan
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Eklund, Martin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Engkvist, Ola
    Spjuth, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Carlsson, Lars
    Wikberg, Jarl E. S.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Noeske, Tobias
    Ligand-Based Target Prediction with Signature Fingerprints2014Ingår i: Journal of Chemical Information and Modeling, ISSN 1549-9596, Vol. 54, nr 10, s. 2647-2653Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    When evaluating a potential drug candidate it is desirable to predict target interactions in silico prior to synthesis in order to assess, e.g., secondary pharmacology. This can be done by looking at known target binding profiles of similar compounds using chemical similarity searching. The purpose of this study was to construct and evaluate the performance of chemical fingerprints based on the molecular signature descriptor for performing target binding predictions. For the comparison we used the area under the receiver operating characteristics curve (AUC) complemented with net reclassification improvement (NRI). We created two open source signature fingerprints, a bit and a count version, and evaluated their performance compared to a set of established fingerprints with regards to predictions of binding targets using Tanimoto-based similarity searching on publicly available data sets extracted from ChEMBL. The results showed that the count version of the signature fingerprint performed on par with well-established fingerprints such as ECFP. The count version outperformed the bit version slightly; however, the count version is more complex and takes more computing time and memory to run so its usage should probably be evaluated on a case-by-case basis. The NRI based tests complemented the AUC based ones and showed signs of higher power.

  • 261.
    Alvarsson, Jonathan
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Lampa, Samuel
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Andersson, Claes
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin.
    Wikberg, Jarl E. S.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Spjuth, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Large-scale ligand-based predictive modelling using support vector machines2016Ingår i: Journal of Cheminformatics, ISSN 1758-2946, E-ISSN 1758-2946, Vol. 8, artikel-id 39Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The increasing size of datasets in drug discovery makes it challenging to build robust and accurate predictive models within a reasonable amount of time. In order to investigate the effect of dataset sizes on predictive performance and modelling time, ligand-based regression models were trained on open datasets of varying sizes of up to 1.2 million chemical structures. For modelling, two implementations of support vector machines (SVM) were used. Chemical structures were described by the signatures molecular descriptor. Results showed that for the larger datasets, the LIBLINEAR SVM implementation performed on par with the well-established libsvm with a radial basis function kernel, but with dramatically less time for model building even on modest computer resources. Using a non-linear kernel proved to be infeasible for large data sizes, even with substantial computational resources on a computer cluster. To deploy the resulting models, we extended the Bioclipse decision support framework to support models from LIBLINEAR and made our models of logD and solubility available from within Bioclipse.

  • 262.
    Alvebratt, Caroline
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaci.
    Cheung, Ocean
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Nanoteknologi och funktionella material.
    Strömme, Maria
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Nanoteknologi och funktionella material.
    Bergström, Christel A. S.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaci.
    A Modified In Situ Method to Determine Release from a Complex Drug Carrier in Particle-Rich Suspensions2018Ingår i: AAPS PharmSciTech, ISSN 1530-9932, E-ISSN 1530-9932, Vol. 19, nr 7, s. 2859-2865Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Effective and compound-sparing methods to evaluate promising drug delivery systems are a prerequisite for successful selection of formulations in early development stages. The aim of the study was to develop a small-scale in situ method to determine drug release and supersaturation in highly concentrated suspensions of enabling formulations. Mesoporous magnesium carbonate (MMC), which delivers the drug in an amorphous form, was selected as a drug carrier. Five model compounds were loaded into the MMC at a 1:10 ratio using a solvent evaporation technique. The μDiss Profiler was used to study the drug release from MMC in fasted-state simulated intestinal fluid. To avoid extensive light scattering previously seen in particle-rich suspensions in the μDiss Profiler, an in-house-designed protective nylon filter was placed on the in situ UV probes. Three types of release experiments were conducted for each compound: micronized crystalline drug with MMC present, drug-loaded MMC, and drug-loaded MMC with 0.01% w/w hydroxypropyl methyl cellulose. The nylon filters effectively diminished interference with the UV absorption; however, the release profiles obtained were heavily compound dependent. For one of the compounds, changes in the UV spectra were detected during the release from the MMC, and these were consistent with degradation of the compound. To conclude, the addition of protective nylon filters to the probes of the μDiss Profiler is a useful contribution to the method, making evaluations of particle-rich suspensions feasible. The method is a valuable addition to the current ones, allowing for fast and effective evaluation of advanced drug delivery systems.

  • 263.
    Alvebratt, Caroline
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaci.
    Denning, T.
    Prestidge, Cliff
    Bergström, Christel
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaci.
    Strömme, Maria
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Nanoteknologi och funktionella material.
    Advanced methodologies to study in vitro digestion of a lipid-loaded mesoporous drug carrier2019Ingår i: Preclinical Form and Formulation for Drug Discovery, Gordon Research Conference 2019, 2019Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 264.
    Alvebratt, Caroline
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaci.
    Petersson, E.
    Strömme, Maria
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Nanoteknologi och funktionella material.
    Bergström, Christel
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaci.
    Dissolution studies of solid formulations - Applicability of µDiss inmonitoring supersaturation, nucleation and crystallization behavior; Casestudy: Carrier-based formulation.2016Ingår i: pION Fiber Optic Advanced Training Course. Uppsala, June 14-15, 2016., 2016Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 265.
    Alvebratt, Caroline
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaci.
    Petersson, Erik
    Strömme, Maria
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Nanoteknologi och funktionella material. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Fasta tillståndets fysik.
    Bergström, Christel
    A small scale method to determine release rate from complex carrier-mediated systems2016Ingår i: Emerging Technologies in Drug Discovery and Development. Zhuhai, August 23-26, 2016., 2016Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 266.
    Alvebratt, Caroline
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaci.
    Strömme, Maria
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Nanoteknologi och funktionella material.
    Bergström, Christel
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaci.
    A new method that enables in situ measurement of drug release from complex carrier-mediated systems2017Ingår i: 6th FIP Pharmaceutical Sciences World Congress2017., 2017Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 267.
    Al-zaibari, Liza
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap, Avdelningen för farmakokinetik och läkemedelsterapi.
    Visualization of metabotropic glutamate receptor 5 (mGluR5) expression and function during progression of Alzheimer’s disease2014Självständigt arbete på avancerad nivå (masterexamen), 20 poäng / 30 hpStudentuppsats (Examensarbete)
  • 268.
    Alzghoul, Ahmad
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datalogi.
    Alhalaweh, Amjad
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaci.
    Mahlin, Denny
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaci.
    Bergström, Christel A. S.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaci.
    Experimental and Computational Prediction of Glass Transition Temperature of Drugs2014Ingår i: JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, ISSN 1549-9596, Vol. 54, nr 12, s. 3396-3403Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Glass transition temperature (T-g) is an important inherent property of an amorphous solid material which is usually determined experimentally. In this study, the relation between T-g and melting temperature (T-m) was evaluated using a data set of 71 structurally diverse druglike compounds. Further, in silico models for prediction of T-g were developed based on calculated molecular descriptors and linear (multilinear regression, partial least-squares, principal component regression) and nonlinear (neural network, support vector regression) modeling techniques. The models based on T-m predicted T-g with an RMSE of 19.5 K for the test set. Among the five computational models developed herein the support vector regression gave the best result with RMSE of 18.7 K for the test set using only four chemical descriptors. Hence, two different models that predict T-g of drug-like molecules with high accuracy were developed. If T-m is available, a simple linear regression can be used to predict T-g. However, the results also suggest that support vector regression and calculated molecular descriptors can predict T-g with equal accuracy, already before compound synthesis.

  • 269.
    Amelin, Kristin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Team- och distansläkemedelsgenomgångar inom särskilda boenden: Ger val av arbetsmetod upphov till skillnader i utfall avseende kvalitativa och kvantitativa effektmått på läkemedelsbehandlingen?2018Självständigt arbete på avancerad nivå (magisterexamen), 20 poäng / 30 hpStudentuppsats (Examensarbete)
    Abstract [sv]

    Team- och distansläkemedelsgenomgångar inom särskilda boenden

     – Ger val av arbetsmetod upphov till skillnader i utfall avseende kvalitativa och kvantitativa effektmått på läkemedelsbehandlingen?

    Introduktion: Läkemedelsgenomgångar (LMG:ar) delas in i enkla respektive fördjupade genomgångar och ska erbjudas patienter ≥ 75 år med polyfarmaci. I Region Uppsala används två arbetsmetoder för apotekarmedverkan, team och distans, där apotekaren deltar i teamrond respektive skickar synpunkter och förslag skriftligt. Studier och forskare har visat på varierande resultat och åsikter om arbetsmetoderna skiljer sig i utfall och vilken som ska föredras. 

    Syfte: Syftet med rapporten var att jämföra utfallet av distans- och teambaserade LMG:ar inom särskilt boende (SÄBO) i Region Uppsala med avseende på både kvalitativa samt kvantitativa mått.

    Metod: Arbetsmetoderna jämfördes med hjälp av verktygen MAI och SoS Indikatorer i kombination med Janusmed Interaktioner. Även skillnader i antal läkemedel (stående och vid behov) granskades. Alla LMG:ar utfördes under 2017 av kliniska apotekare anställda av Region Uppsala och genomfördes för patienter på SÄBO i Uppsala kommun.

    Resultat: Inga statiskt signifikanta skillnader observerades vid jämförelse av arbetsmetoderna (p>0,05).

    Slutsats: Arbetsmetoderna ger inte upphov till skillnader i utfall för de värderade parametrarna. Flera faktorer kan ha påverkat resultaten och faktorer som geografiska avstånd, tidsbrist eller behov kommer troligen alltid spela en stor roll vid valet av metod. Ytterligare studier krävs då studier där arbetsmetoderna jämförs saknas.

  • 270.
    Amer Abdullah, Saba
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Kvarstår indikationen för långvarig behandling med antidepressiva läkemdedel (SSRI, SNRI, och mirtazapin) respektive syrasekretionshämmare hos äldre patienter?2018Självständigt arbete på avancerad nivå (masterexamen), 20 poäng / 30 hpStudentuppsats (Examensarbete)
    Abstract [sv]

    Inledning: Användning av läkemedel till äldre har ökat under de senaste åren på grund av den ökade livslängden samt utvecklingen av behandlingsmöjligheter. Depression och syrarelaterade sjukdomar är vanligt förekommande bland äldre och därför behandlas många med antidepressiva och protonpumpshämmare (PPI). Det finns studier och rapporter som visar ett samband mellan långvarig behandling med dessa preparat och förekomsten av flera olika allvarliga sjukdomstillstånd.

     

    Syfte: Syftet med studien är att undersöka i vilken omfattning läkarna dokumenterar att indikationen kvarstår för långvarig behandling med antidepressiva läkemedel (SSRI, SNRI och mirtazapin) och PPI hos äldre patienter.

     

    Material och metod: En deskriptiv journalgranskningsstudie. Patienter som är ≥ 75 år och är inlagda på en akutgeriatrisk avdelning vid Västerås sjukhus inkluderades. Behandling med antidepressiva i mer än ett år räknades som långvarig. För PPI var motsvarande gräns sex månader.

     

    Resultat: Totalt screenades 176 patienter varav 161 uppfyllde inklusionskriterier. Tjugonio (18%) patienter behandlades med antidepressiva och 52 (32%) med PPI. Vid långvarig behandling med antidepressiva fanns dokumentation om att indikationen kvarstår ett år efter behandlingsstarten hos 7 patienter (24%). För PPI fanns dokumentation hos 12 patienter (23%).

     

    Slutsats: Dokumentation vid långvarig behandling med antidepressiva och PPI hos den undersökta gruppen multisjuka äldre var bristfällig. Huruvida en utvärdering av behandlingsindikationen är gjord utan att läkarna har dokumenterat den går inte att uttala sig om utifrån resultaten av denna studie.

  • 271.
    Ameur, Adam
    et al.
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Natl Genom Infrastruct, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden..
    Dahlberg, Johan
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Natl Genom Infrastruct, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
    Olason, Pall
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Natl Bioinformat Infrastruct, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden..
    Vezzi, Francesco
    Natl Genom Infrastruct, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.;Stockholm Univ, Dept Biochem & Biophys, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden..
    Karlsson, Robert
    Karolinska Inst, Dept Med Epidemiol & Biostat, Stockholm, Sweden..
    Martin, Marcel
    Natl Bioinformat Infrastruct, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.;Stockholm Univ, Dept Biochem & Biophys, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden..
    Viklund, Johan
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräkningsbiologi och bioinformatik. Natl Bioinformat Infrastruct, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden..
    Kähäri, Andreas
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräkningsbiologi och bioinformatik. Natl Bioinformat Infrastruct, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden..
    Lundin, Par
    Stockholm Univ, Dept Biochem & Biophys, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden..
    Che, Huiwen
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Thutkawkorapin, Jessada
    Karolinska Inst, Dept Mol Med & Surg, Stockholm, Sweden..
    Eisfeldt, Jesper
    Karolinska Inst, Dept Mol Med & Surg, Stockholm, Sweden..
    Lampa, Samuel
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap. Natl Bioinformat Infrastruct, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
    Dahlberg, Mats
    Natl Bioinformat Infrastruct, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.;Stockholm Univ, Dept Biochem & Biophys, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden..
    Hagberg, Jonas
    Natl Bioinformat Infrastruct, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.;Stockholm Univ, Dept Biochem & Biophys, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden..
    Jareborg, Niclas
    Natl Bioinformat Infrastruct, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.;Stockholm Univ, Dept Biochem & Biophys, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden..
    Liljedahl, Ulrika
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Natl Genom Infrastruct, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
    Jonasson, Inger
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Natl Genom Infrastruct, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden..
    Johansson, Åsa
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Feuk, Lars
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Lundeberg, Joakim
    Natl Genom Infrastruct, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.;Royal Inst Technol, Div Gene Technol, Sch Biotechnol, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden..
    Syvänen, Ann-Christine
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Natl Genom Infrastruct, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
    Lundin, Sverker
    Royal Inst Technol, Div Gene Technol, Sch Biotechnol, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden..
    Nilsson, Daniel
    Karolinska Inst, Dept Mol Med & Surg, Stockholm, Sweden..
    Nystedt, Björn
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Molekylär evolution. Natl Bioinformat Infrastruct, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden..
    Magnusson, Patrik K. E.
    Natl Genom Infrastruct, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.;Karolinska Inst, Dept Med Epidemiol & Biostat, Stockholm, Sweden..
    Gyllensten, Ulf B.
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    SweGen: a whole-genome data resource of genetic variability in a cross-section of the Swedish population2017Ingår i: European Journal of Human Genetics, ISSN 1018-4813, E-ISSN 1476-5438, Vol. 25, nr 11, s. 1253-1260Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Here we describe the SweGen data set, a comprehensive map of genetic variation in the Swedish population. These data represent a basic resource for clinical genetics laboratories as well as for sequencing-based association studies by providing information on genetic variant frequencies in a cohort that is well matched to national patient cohorts. To select samples for this study, we first examined the genetic structure of the Swedish population using high-density SNP-array data from a nation-wide cohort of over 10 000 Swedish-born individuals included in the Swedish Twin Registry. A total of 1000 individuals, reflecting a cross-section of the population and capturing the main genetic structure, were selected for whole-genome sequencing. Analysis pipelines were developed for automated alignment, variant calling and quality control of the sequencing data. This resulted in a genome-wide collection of aggregated variant frequencies in the Swedish population that we have made available to the scientific community through the website https://swefreq.nbis.se. A total of 29.2 million single-nucleotide variants and 3.8 million indels were detected in the 1000 samples, with 9.9 million of these variants not present in current databases. Each sample contributed with an average of 7199 individual-specific variants. In addition, an average of 8645 larger structural variants (SVs) were detected per individual, and we demonstrate that the population frequencies of these SVs can be used for efficient filtering analyses. Finally, our results show that the genetic diversity within Sweden is substantial compared with the diversity among continental European populations, underscoring the relevance of establishing a local reference data set.

  • 272.
    Ameur, Adam
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Centrum för bioinformatik.
    Yankovski, Vladimir
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Centrum för bioinformatik.
    Enroth, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Centrum för bioinformatik.
    Spjuth, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Komorowski, Jan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Centrum för bioinformatik.
    The LCB Data Warehouse2006Ingår i: Bioinformatics, ISSN 1367-4803, E-ISSN 1367-4811, Vol. 22, nr 8, s. 1024-1026Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The Linnaeus Centre for Bioinformatics Data Warehouse (LCB-DWH) is a web-based infrastructure for reliable and secure microarray gene expression data management and analysis that provides an online service for the scientific community. The LCB-DWH is an effort towards a complete system for storage (using the BASE system), analysis and publication of microarray data. Important features of the system include: access to established methods within R/Bioconductor for data analysis, built-in connection to the Gene Ontology database and a scripting facility for automatic recording and re-play of all the steps of the analysis. The service is up and running on a high performance server. At present there are more than 150 registered users.

  • 273. AMIDON, GL
    et al.
    LENNERNAS, H
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaci.
    SHAH, VP
    CRISON, JR
    A THEORETICAL BASIS FOR A BIOPHARMACEUTIC DRUG CLASSIFICATION - THE CORRELATION OF IN-VITRO DRUG PRODUCT DISSOLUTION AND IN-VIVO BIOAVAILABILITY1995Ingår i: PHARMACEUTICAL RESEARCH, Vol. 12, s. 413-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 274.
    Amidon, Gregory E.
    et al.
    Univ Michigan, Ann Arbor, MI USA.
    Anderson, Bradley D.
    Univ Kentucky, Lexington, KY 40506 USA.
    Balthasar, Joseph P.
    SUNY Buffalo, Univ Buffalo, Buffalo, NY USA.
    Bergström, Christel A.S.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaci.
    Huang, Shiew-Mei
    US FDA, Off Clin Pharmacol, Off Translat Sci, Ctr Drug Evaluat & Res, Silver Spring, MD USA.
    Kasting, Gerald
    Univ Cincinnati, Cincinnati, OH USA.
    Kesisoglou, Filippos
    Merck & Co Inc, Kenilworth, NJ USA.
    Khinast, Johannes G.
    Graz Univ Technol, Inst Proc & Particle Engn, Graz, Austria.
    Mager, Donald E.
    SUNY Buffalo, Univ Buffalo, Buffalo, NY USA.
    Roberts, Christopher J.
    Univ Delaware, Newark, DE USA.
    Yu, Lian
    Univ Wisconsin, Madison, WI USA.
    Fifty-Eight Years and Counting: High-Impact Publishing in Computational Pharmaceutical Sciences and Mechanism-Based Modeling2019Ingår i: Journal of Pharmaceutical Sciences, ISSN 0022-3549, E-ISSN 1520-6017, Vol. 108, nr 1, s. 2-7Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    With this issue of the Journal of Pharmaceutical Sciences, we celebrate the nearly 6 decades of contributions to mechanistic-based modeling and computational pharmaceutical sciences. Along with its predecessor, The Journal of the American Pharmaceutical Association: Scientific Edition first published in 1911, JPharmSci has been a leader in the advancement of pharmaceutical sciences beginning with its inaugural edition in 1961. As one of the first scientific journals focusing on pharmaceutical sciences, JPharmSci has established a reputation for publishing high-quality research articles using computational methods and mechanism-based modeling. The journal’s publication record is remarkable. With over 15,000 articles, 3000 notes, and more than 650 reviews from industry, academia, and regulatory agencies around the world, JPharmSci has truly been the leader in advancing pharmaceutical sciences.

  • 275. Amidon, K. S.
    et al.
    Langguth, P.
    Lennernäs, Hans
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaci.
    Yu, L.
    Amidon, G. L.
    Bioequivalence of Oral Products and the Biopharmaceutics Classification System: Science, Regulation, and Public Policy2011Ingår i: Clinical Pharmacology and Therapeutics, ISSN 0009-9236, E-ISSN 1532-6535, Vol. 90, nr 3, s. 467-470Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The demonstration of bioequivalence (BE) is an essential requirement for ensuring that patients receive a product that performs as indicated by the label. The BE standard for a particular product is set by its innovator, and this standard must subsequently be matched by generic drug products. The Biopharmaceutics Classification System (BCS) sets a scientific basis for an improved BE standard for immediate-release solid oral dosage forms. In this paper, we discuss BE and the BCS, as well as the issues that are currently relevant to BE as a pharmaceutical product standard.

  • 276.
    Amini, A.
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi. Analytisk Farmaceutisk kemi.
    Barclay, V.
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi. Analytisk Farmaceutisk Kemi.
    Rundlöf, T.
    Jönsson, S.
    Karlsson, A.
    Arvidsson, T.
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi. Analytisk Farmaceutisk Kemi.
    Determination of Ephedrine, Pseudo-Ephedrine and Caffeine in a Dietary Product by Capillary Electrophoresis2006Ingår i: Chromatographia, ISSN 0009-5893, Vol. 63, nr 3/4, s. 143-148Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    This paper reports the determination of caffeine, ephedrine and pseudo-ephedrine in a dietary product by two rapid and simple methods utilising capillary electrophoresis (CE). The solutes were extracted from the product using 0.2 M HCl and determined by CE with background electrolytes containing 7.5% highly sulfated-β-cyclodextrin (7–11 sulfate groups per β-CD molecule) at pH 2.5 and pH 7.6. Determination of ephedrine and pseudo-ephedrine was accomplished at pH 2.5 with the anode at the detection side of the capillary whereas caffeine was quantified at pH 7.6 with a normal electrophoresis polarity mode. Triethanolamine was added to the running buffer at pH 2.5 in order to reverse the electroosmotic flow (EOF) and thereby speed up the separation of ephedrine and pseudo-ephedrine.

  • 277.
    Amini, A
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Beijersten, I
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Pettersson, C
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Westerlund, D
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Enantiomeric separation of local anaesthetic drugs by micellar electrokinetic capillary chromatography with taurodeoxycholate as chiral selector1996Ingår i: JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY A, Vol. 737, s. 301-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 278.
    Amini, A
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Javerfalk, E
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Bastami, S
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Westerlund, D
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Simultaneous separation and enantioresolution of racemic local anesthetic drugs by capillary zone electrophoresis with Tween 20 and methyl-beta-cyclodextrin as selectors, employing a double plug techn1999Ingår i: Electrophoresis, Vol. 20, s. 204-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 279.
    Amini, A
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Merclin, N
    Institutionen för farmaci.
    Bastami, S
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Westerlund, D
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Determination of association constants between enantiomers of orciprenaline and methyl-beta-cyclodextrin as chiral selector by capillary zone electrophoresis using a partial filling technique1999Ingår i: ELECTROPHORESIS, Vol. 20, s. 180-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 280.
    Amini, A
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Paulsen-Sorman, U
    Westerlund, D
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Dependence of chiral separations on the amount of cyclodextrins as selectors, employing the partial filling technique in capillary zone electrophoresis2000Ingår i: Chromatographia, Vol. 51, s. 226-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 281.
    Amini, A
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Paulsen-Sorman, U
    Westerlund, D
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Principle and applications of the partial filling technique in capillary electrophoresis1999Ingår i: Chromatographia, Vol. 50, s. 497-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 282.
    Amini, A
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Pettersson, C
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Westerlund, D
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Enantioresolution of disopyramide by capillary affinity electrokinetic chromatography with human alpha(1)-acid glycoprotein (AGP) as chiral selector applying a partial filling technique1997Ingår i: ELECTROPHORESIS, Vol. 18, s. 950-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 283.
    Amini, A
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Sorman, UP
    Lindgren, BH
    Westerlund, D
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Enantioseparation of anaestethic drugs by capillary zone electrophoresis using cyclodextrin-containing background electrolytes1998Ingår i: Electrophoresis, Vol. 19, s. 731-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 284.
    Amini, A
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Westerlund, D
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Evaluation of association constants between drug enantiomers and human alpha(1)-acid glycoprotein by applying a partial-filling technique in affinity capillary electrophoresis1998Ingår i: Anal. Chem., Vol. 70, s. 1425-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 285.
    Amini, A
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Wiersma, B
    Westerlund, D
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi.
    Paulsen-Sorman, U
    Determination of the enantiomeric purity of S-ropivacaine by capillary electrophoresis with methyl-beta-cyclodextrin as chiral selector using conventional and complete filling techniques1999Ingår i: Eur J Pharm Sci, Vol. 9, s. 17-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 286.
    Amini, Ahmad
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för analytisk farmaceutisk kemi.
    Analysis of Caffeine in Dietary Products by Multiple Injection Capillary Electrophoresis2012Ingår i: Caffeine: Chemistry, Analysis, Function and Effects / [ed] Victor R Preedy, London: Royal Society of Chemistry, 2012, s. 154-178Kapitel i bok, del av antologi (Refereegranskat)
  • 287.
    Amini, Ahmad
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för analytisk farmaceutisk kemi.
    Analysis of somatropin by double-injection capillary-zone electrophoresis in polybrene/chondroitin sulfate a double-coated capillaries2016Ingår i: Capillary Electrophoresis of Proteins and Peptides: Methods and Protocols / [ed] Nguyet Thuy Tran, Myriam Taverna, New York: Springer-Verlag New York, 2016, s. 93-105Kapitel i bok, del av antologi (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Purity determination of somatropin as a recombinant protein is important to ensure its safety and quality. This is carried out by capillary zone electrophoresis in double-injection mode using polybrene/chondroitin sulfate A double-coated capillaries. Modification of the capillary wall eliminates protein-wall interactions which results in improved accuracy and precision of the determinations. In the double-injection mode two somatropin samples are analyzed within a single electrophoretic run. Prior to the second injection, the first injected plug is electrophoresed for a predetermined time period in order to adjust the inter- plug distance. Here, the principle for the separation of somatropin charge variants is described.

  • 288.
    Amini, Ahmad
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för analytisk farmaceutisk kemi.
    Double-injection capillary electrophoresis for the identification of analytes2014Ingår i: Electrophoresis, ISSN 0173-0835, E-ISSN 1522-2683, Vol. 35, nr 20, s. 2915-2921Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    This paper presents a new approach for identifying analytes by CE. The compound to be identified is analyzed together with the corresponding reference standard during a double injection capillary electrophoretic run. The inter-plug distance is regulated by applying an electrical field over the capillary for a predetermined time period (tPE). The migration time of an analyte being exposed to the partial electrophoresis was calculated from the partial migration time (tmig(p)) as described in this paper. The identification is based on the closeness of agreement between the calculated migration time (tmig(c)) and observed migration time (tmig) of the reference standard. The validity of the derived equations was checked by analyzing several substances such as caffeine, melamine, acetyl salicylic acid, paracetamol, ibuprofen, metoprolol, naproxen, somatropin, several insulin analogs, as well as different pharmaceutical and natural products. The migration time ratios for the identified solutes varied between 0.996 and 1.006 (i.e., 1.001 ± 0.005), indicating good agreement between the observed and calculated migration times.

  • 289.
    Amini, Ahmad
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk kemi.
    Enantiomeric separation by capillary electrophoresis: With special emphasis on the partial filling technique1998Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Capillary electrophoresis as a powerful separation technique was employed for resolution of racemic drugs. Taurodeoxycholate (TDC), different cyclodextrins and α1- acid glycoprotein (AGP) were dissolved in the background electrolyte at low pH (3.0 to 4.0 ) as chiral selectors.

    Enantioresolutions were based on the principle of micellar electrokinetic chromatography, inclusion complexation and affinity interactions between the enantiomers and TDC, cyclodextrins and AGP, respectively.

    The influence of chiral selector concentration and type, temperature and addition of organic modifiers on enantioselectivity were studied. The temperature was found to be an important factor for regulation of the enantioresolution.

    In order to avoid UV-absorbance interferences between AGP as a UV-absorbing chiral selector as well as to reduce consumption of chiral selector solution, the partial filling technique (PFT) was employed. The technique was developed and equations describing the feature of the technique as an efficient separation mode in CE was presented. Parameters such as applied plug length (PLapp) and effective plug length (PLeff) were determined. Equations expressing the relation between the PLeff and selectivity and resolution factors were developed.

    The PFT was used for determination of association constants between AGP as chiral selector and the enantiomers of disopyramide and remoxipride. The association was strongly temperature dependent, and a maximum in binding was observed at 25°C. The PFT was found to be a very convenient approach for measurement of association constants.

    To verity the above mentioned technique for evaluation of binding constants, the association constants between methyl-β-cyclodextrin and the enantiomers of orciprenaline at different chiral selector concentrations were measured and compared with the data obtained by the conventional technique. The results illustrate the reliability of the system based on the PFT.

  • 290.
    Amini, Ahmad
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för analytisk farmaceutisk kemi.
    Identification of Ɛ-Caprolactam and Melamine in Polyvinyl- Pyrrolidone Powder by Double Injection Micellar Elektrokinetic Chromatography2015Ingår i: Pharmaceutica analytica acta, ISSN 2153-2435, Vol. 6, nr 11, artikel-id 1000442Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    A double-injection micellar electrokinetic chromatography (DIMEKC) method for the identification of Ɛ- caprolactam andmelamine deliberately added to povidone (polyvinylpyrrolidone) products has been developed. The separations were performedin 89 mM phosphate buffer (pH 7.4) containing 52 mM sodium dodecyl sulfate (SDS) in fused silica capillaries with UV absorptiondetection at 200 nm. The identification relied on the agreement between the calculated migration time (t mig(c) ) of the analytes andthe migration time (t mig ) of their corresponding reference standards being analysed simultaneously within a double injection run.The migration time of the analytes was calculated from the partial migration times (t mig(p) ) as described in this paper. The migrationtime ratios (t mig(c) / t mig ) varied

  • 291.
    Amini, Ahmad
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för analytisk farmaceutisk kemi.
    Identification of ε-caprolactam, melamine and urea in polyvinylpyrrolidone powders by micellar electrokinetic chromatography2014Ingår i: Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis, ISSN 0731-7085, E-ISSN 1873-264X, Vol. 91, s. 12-16Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    A sodium dodecyl sulfate micellar electrokinetic chromatography (SDS-MEKC) method for the simultaneous separation and identification of ɛ-caprolactam, melamine and urea deliberately added to polyvinylpyrrolidone (povidone) products has been developed. All samples to be analyzed contained paracetamol as an internal marker (IM). The optimized separations were performed in 50 mM phosphate buffer (pH 7.0) containing 2% (w/v) sodium dodecyl sulfate (SDS) in fused silica capillaries with UV absorption detection at 200 nm. The method was validated with respect to repeatability and intermediate precision, selectivity and robustness with satisfactory results. The relative migration times (RMT) were found to be between 0.03% and 0.13% for intra-day precision and between 0.50% and 0.60% for inter-day precision in four days. The detection limits were determined to be 1.3 (11.5 μM), 0.4 (3.5 μM) and 41 μg/ml (0.4 mM) for ɛ-caprolactam, melamine and urea, respectively.

  • 292.
    Amini, Ahmad
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för analytisk farmaceutisk kemi.
    Separation of somatropin charge variants by multiple-injection CZE with Polybrene/chondroitin sulfate A double-coated capillaries2013Ingår i: Journal of Separation Science, ISSN 1615-9306, E-ISSN 1615-9314, Vol. 36, nr 16, s. 2686-2690Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The performance of dynamic double-coated fused-silica capillaries with Polybrene and chondroitin sulfate A has been compared with uncoated fused-silica capillaries for the determination of recombinant human growth factor (somatropin) charge variants. The separations were carried out under the same electrophoretic conditions as described in the European Pharmacopoeia, i.e. at pH 6.0 and 30 degrees C. The coating significantly reduced the interactions between the proteins and the surface of the fused-silica capillary. The first five separations performed in a new bare fused-silica capillary were discarded because of very poor separation performance as a result of protein-surface interactions. There was an approximate twofold increase in the interday migration time precision (%RSD 6.5%) in the double-coated capillaries. The method was successfully transferred to a multiple CZE mode where two samples were analyzed in a single electrophoretic run. The average purity of somatropin certified reference standard was 98.0% (%RSD 0.3%) determined by using uncoated and coated capillaries.

  • 293.
    Amini, Ahmad
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för analytisk farmaceutisk kemi.
    Lodén, Henrik
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för analytisk farmaceutisk kemi.
    Pettersson, Curt
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för analytisk farmaceutisk kemi.
    Arvidsson, Torbjörn
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för analytisk farmaceutisk kemi.
    Principles for different modes of multiple-injection CZE2008Ingår i: Electrophoresis, ISSN 0173-0835, E-ISSN 1522-2683, Vol. 29, nr 19, s. 3952-3958Artikel i tidskrift (Refereegranskat)