uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
Avgränsa sökresultatet
45678910 301 - 350 av 762
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Träffar per sida
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
Markera
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 301.
    Hellander, Andreas
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Hellander, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Coupled mesoscopic and microscopic simulation of stochastic reaction-diffusion processes in mixed dimensions2011Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 302.
    Hellander, Andreas
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Hybrid method for the chemical master equation2006Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 303.
    Hellander, Andreas
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Hybrid method for the chemical master equation2007Ingår i: Journal of Computational Physics, ISSN 0021-9991, E-ISSN 1090-2716, Vol. 227, s. 100-122Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 304.
    Hellander, Andreas
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Incorporating active transport of cellular cargo in stochastic mesoscopic models of living cells2010Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 305.
    Hellander, Andreas
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Incorporating active transport of cellular cargo in stochastic mesoscopic models of living cells2010Ingår i: Multiscale Modeling & simulation, ISSN 1540-3459, E-ISSN 1540-3467, Vol. 8, s. 1691-1714Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 306.
    Hellander, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Flexible single molecule simulation of reaction-diffusion processes2010Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 307.
    Hellander, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Flexible single molecule simulation of reaction-diffusion processes2011Ingår i: Journal of Computational Physics, ISSN 0021-9991, E-ISSN 1090-2716, Vol. 230, s. 3948-3965Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 308. Hellier, David
    et al.
    Samur, Evren
    Passenger, Josh
    Spälter, Ulrich
    Frimmel, Hans
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datoriserad bildanalys.
    Appleyard, Mark
    Bleuler, Hannes
    Ourselin, Sébastien
    A modular simulation framework for colonoscopy using a new haptic device2008Ingår i: Medicine Meets Virtual Reality 16, Amsterdam, The Netherlands: IOS Press , 2008, s. 165-170Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 309. Helsing, Johan
    et al.
    Wadbro, Eddie
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Laplace's equation and the Dirichlet-Neumann map: a new mode for Mikhlin's method2005Ingår i: Journal of Computational Physics, ISSN 0021-9991, E-ISSN 1090-2716, Vol. 202, s. 391-410Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 310.
    Hemmingsson-Frändén, Lina
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Wathen, Andrew
    A nearly optimal preconditioner for the Navier-Stokes equations2001Ingår i: Numerical Linear Algebra with Applications, ISSN 1070-5325, E-ISSN 1099-1506, Vol. 8, s. 229-243Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 311.
    Holm, Marcus
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Tillenius, Martin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Black-Schaffer, David
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datorteknik.
    A simple model for tuning tasks2011Ingår i: Proc. 4th Swedish Workshop on Multi-Core Computing, Linköping, Sweden: Linköping University , 2011, s. 45-49Konferensbidrag (Övrigt vetenskapligt)
  • 312.
    Holmgren, Sverker
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Brandén, Henrik
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Sterner, Erik
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Convergence acceleration for the linearized Navier-Stokes equations using semicirculant approximations2000Ingår i: SIAM Journal on Scientific Computing, ISSN 1064-8275, E-ISSN 1095-7197, Vol. 21, s. 1524-1550Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 313.
    Holmgren, Sverker
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Nordén, Markus
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Rantakokko, Jarmo
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Wallin, Dan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datorteknik.
    Performance of PDE solvers on a self-optimizing NUMA architecture2002Ingår i: Parallel Algorithms and Applications, ISSN 1063-7192, E-ISSN 1029-032X, Vol. 17, s. 285-299Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 314.
    Holmgren, Sverker
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Peterson, Christer
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Karlsson, Hans
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Fysikalisk-kemiska institutionen, Avdelningen för kvantkemi.
    Time-marching methods for the time-dependent Schrödinger equation2004Ingår i: Proc. Int. Conference on Computational and Mathematical Methods in Science and Engineering: CMMSE-2004, Uppsala, Sweden: Uppsala University , 2004, s. 53-56Konferensbidrag (Övrigt vetenskapligt)
  • 315.
    Holmgren, Sverker
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Serra-Capizzano, Stefano
    Sundqvist, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Can one hear the composition of a drum?2006Ingår i: Mediterranean Journal of Mathematics, ISSN 1660-5446, E-ISSN 1660-5454, Vol. 3, s. 227-249Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 316.
    Holmgren, Sverker
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Wallin, Dan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datorteknik.
    Performance of high-accuracy PDE solvers on a self-optimizing NUMA architecture2001Ingår i: Euro-Par 2001: Parallel Processing, Berlin: Springer-Verlag , 2001, s. 602-610Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 317.
    Holmgren, Sverker
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Ynnerman, Anders
    The Swedish National Graduate School in Scientific Computing (NGSSC)2003Ingår i: Future generations computer systems, ISSN 0167-739X, E-ISSN 1872-7115, Vol. 19, s. 1275-1283Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 318.
    Holmström, Mats
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys. Swedish Institute of Space Physics, Kiruna.
    Solving hyperbolic PDEs using interpolating wavelets1999Ingår i: SIAM Journal on Scientific Computing, ISSN 1064-8275, E-ISSN 1095-7197, Vol. 21, s. 405-420Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 319. Holst, Michael J.
    et al.
    Larson, Mats G.
    Målqvist, Axel
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Söderlund, Robert
    Convergence analysis of finite element approximations of the Joule heating problem in three spatial dimensions2010Ingår i: BIT Numerical Mathematics, ISSN 0006-3835, E-ISSN 1572-9125, Vol. 50, s. 781-795Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 320. Högberg, Markus
    et al.
    Berggren, Martin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Numerical approaches to optimal control of a model equation for shear flow instabilities2000Ingår i: Flow Turbulence and Combustion, ISSN 1386-6184, E-ISSN 1573-1987, Vol. 65, s. 299-320Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 321.
    Hörnell, Karl
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Adaptive iteration to steady state of flow problems2004Ingår i: Journal of Scientific Computing, ISSN 0885-7474, E-ISSN 1573-7691, Vol. 20, s. 331-354Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 322.
    Hörnell, Karl
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Adaptive iteration to steady state of flow problems2001Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 323.
    Hörnell, Karl
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Time step selection for shock problems2001Ingår i: Communications in Numerical Methods in Engineering, ISSN 1069-8299, E-ISSN 1099-0887, Vol. 17, s. 477-484Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 324.
    Hörnell, Karl
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Time step selection for shock problems2000Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 325. Iaccarino, Gianluca
    et al.
    Pettersson, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Nordström, Jan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Witteveen, Jeroen
    Numerical methods for uncertainty propagation in high speed flows2010Ingår i: Proc. ECCOMAS CFD Conference 2010, Portugal: Tech. Univ. Lisbon , 2010, s. 11-Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 326. Jakobsson, Stefan
    et al.
    Amoignon, Olivier
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Mesh deformation using radial basis functions for gradient-based aerodynamic shape optimization2007Ingår i: Computers & Fluids, ISSN 0045-7930, E-ISSN 1879-0747, Vol. 36, s. 1119-1136Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 327.
    Jayawardena, Mahen
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    An e-Science Approach to Genetic Analysis of Quantitative Traits2010Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Many important traits in plants, animals and humans are quantitative, and most such traits are generally believed to be affected by multiple genetic loci. Standard computational tools for mapping of quantitative traits (i.e. for finding Quantitative Trait Loci, QTL, in the genome) use linear regression models for relating the observed phenotypes to the genetic composition of individuals in an experimental population. Using these tools to simultaneously search for multiple QTL is computationally demanding. The main reason for this is the complex optimization landscape for the multidimensional global optimization problems that must be solved. This thesis describes parallel algorithms, implementations and tools for simultaneous mapping of several QTL. These new computational tools enable genetic analysis exploiting new classes of multidimensional statistical models, potentially resulting in interesting results in genetics.

    We first describe how the standard, brute-force algorithm for global optimization in QTL analysis is parallelized and implemented on a grid system. Then, we also present a parallelized version of the more elaborate global optimization algorithm DIRECT and show how this can be efficiently deployed and used on grid systems and other loosely-coupled architectures. The parallel DIRECT scheme is further developed to exploit both coarse-grained parallelism in grid systems or clusters as well as fine-grained, tightly-coupled parallelism in multi-core nodes. The results show that excellent speedup and performance can be archived on grid systems and clusters, even when using a tightly-coupled algorithm such as DIRECT. Finally, we provide two distinctly different front-ends for our code. One is a grid portal providing a graphical front-end suitable for novice users and standard forms of QTL analysis. The other is a prototype of an R-based grid-enabled problem solving environment. Both of these front-ends can, after some further refinement, be utilized by geneticists for performing multidimensional genetic analysis of quantitative traits on a regular basis.

    Delarbeten
    1. Using parallel computing and grid systems for genetic mapping of quantitative traits
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Using parallel computing and grid systems for genetic mapping of quantitative traits
    2007 (Engelska)Ingår i: Applied Parallel Computing: State of the Art in Scientific Computing, Berlin: Springer-Verlag , 2007, s. 627-636Konferensbidrag, Publicerat paper (Refereegranskat)
    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    Berlin: Springer-Verlag, 2007
    Serie
    Lecture Notes in Computer Science ; 4699
    Nationell ämneskategori
    Bioinformatik (beräkningsbiologi)
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-11546 (URN)10.1007/978-3-540-75755-9_76 (DOI)000250904900076 ()978-3-540-75754-2 (ISBN)
    Tillgänglig från: 2007-09-26 Skapad: 2007-09-26 Senast uppdaterad: 2018-01-12Bibliografiskt granskad
    2. Grid-enabling an efficient algorithm for demanding global optimization problems in genetic analysis
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Grid-enabling an efficient algorithm for demanding global optimization problems in genetic analysis
    2007 (Engelska)Ingår i: Proc. 3rd International Conference on e-Science and Grid Computing, Los Alamitos, CA: IEEE Computer Society, 2007, s. 205-212Konferensbidrag, Publicerat paper (Refereegranskat)
    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    Los Alamitos, CA: IEEE Computer Society, 2007
    Nationell ämneskategori
    Datavetenskap (datalogi) Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-12617 (URN)10.1109/E-SCIENCE.2007.40 (DOI)000253614600025 ()978-0-7695-3064-2 (ISBN)
    Tillgänglig från: 2008-01-08 Skapad: 2008-01-08 Senast uppdaterad: 2018-01-12Bibliografiskt granskad
    3. Efficient optimization algorithms and implementations for genetic analysis of complex traits on a grid system with multicore nodes
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Efficient optimization algorithms and implementations for genetic analysis of complex traits on a grid system with multicore nodes
    2008 (Engelska)Konferensbidrag, Publicerat paper (Refereegranskat)
    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    Trondheim, Norway: Norwegian University of Science and Technology, 2008
    Nationell ämneskategori
    Datavetenskap (datalogi) Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-111590 (URN)
    Konferens
    PARA 2008: State of the Art in Scientific and Parallel Computing
    Projekt
    UPMARC
    Tillgänglig från: 2010-01-12 Skapad: 2009-12-17 Senast uppdaterad: 2018-01-12Bibliografiskt granskad
    4. Computational and visualization tools for genetic analysis of complex traits
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Computational and visualization tools for genetic analysis of complex traits
    2010 (Engelska)Rapport (Övrigt vetenskapligt)
    Serie
    Technical report / Department of Information Technology, Uppsala University, ISSN 1404-3203 ; 2010-001
    Nationell ämneskategori
    Programvaruteknik Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-111593 (URN)
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2010-01-12 Skapad: 2009-12-17 Senast uppdaterad: 2018-01-12Bibliografiskt granskad
    5. A Grid-Enabled Problem Solving Environment for QTL Analysis in R
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>A Grid-Enabled Problem Solving Environment for QTL Analysis in R
    Visa övriga...
    2010 (Engelska)Ingår i: Proc. 2nd International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, Cary, NC: ISCA , 2010, s. 202-209Konferensbidrag, Publicerat paper (Refereegranskat)
    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    Cary, NC: ISCA, 2010
    Nationell ämneskategori
    Programvaruteknik Genetik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-111594 (URN)978-1-880843-76-5 (ISBN)
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2010-01-12 Skapad: 2009-12-17 Senast uppdaterad: 2018-01-12Bibliografiskt granskad
  • 328.
    Jayawardena, Mahen
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Parallel algorithms and implementations for genetic analysis of quantitative traits2007Licentiatavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Many important traits in plants, animals and humans are quantitative, and most such traits are generally believed to be regulated by multiple genetic loci. Standard computational tools for analysis of quantitative traits use linear regression models for relating the observed phenotypes to the genetic composition of individuals in a population. However, using these tools to simultaneously search for multiple genetic loci is very computationally demanding. The main reason for this is the complex nature of the optimization landscape for the multidimensional global optimization problems that must be solved. This thesis describes parallel algorithms and implementation techniques for such optimization problems. The new computational tools will eventually enable genetic analysis exploiting new classes of multidimensional statistical models, potentially resulting in interesting results in genetics.

    We first describe how the algorithm used for global optimization in the standard, serial software is parallelized and implemented on a grid system. Then, we also describe a parallelized version of the more elaborate global optimization algorithm DIRECT and show how this can be deployed on grid systems and other loosely-coupled architectures. The parallel DIRECT scheme is further developed to exploit both coarse-grained parallelism in grid or clusters as well as fine-grained, tightly-coupled parallelism in multi-core nodes. The results show that excellent speedup and performance can be archived on grid systems and clusters, even when using a tightly-coupled algorithms such as DIRECT. Finally, a pilot implementation of a grid portal providing a graphical front-end for our code is implemented. After some further development, this portal can be utilized by geneticists for performing multidimensional genetic analysis of quantitative traits on a regular basis.

  • 329.
    Jayawardena, Mahen
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Grid-enabling an efficient algorithm for demanding global optimization problems in genetic analysis2007Ingår i: Proc. 3rd International Conference on e-Science and Grid Computing, Los Alamitos, CA: IEEE Computer Society, 2007, s. 205-212Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 330.
    Jayawardena, Mahen
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Ljungberg, Kajsa
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Using parallel computing and grid systems for genetic mapping of multifactorial traits2005Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 331.
    Jayawardena, Mahen
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Ljungberg, Kajsa
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Using parallel computing and grid systems for genetic mapping of quantitative traits2007Ingår i: Applied Parallel Computing: State of the Art in Scientific Computing, Berlin: Springer-Verlag , 2007, s. 627-636Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 332.
    Jayawardena, Mahen
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Löf, Henrik
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Efficient optimization algorithms and implementations for genetic analysis of complex traits on a grid system with multicore nodes2008Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 333.
    Jayawardena, Mahen
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Nettelblad, Carl
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Toor, Salman
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Östberg, Per-Olov
    Elmroth, Erik
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    A Grid-Enabled Problem Solving Environment for QTL Analysis in R2010Ingår i: Proc. 2nd International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, Cary, NC: ISCA , 2010, s. 202-209Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 334.
    Jayawardena, Mahen
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Toor, Salman
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    A grid portal for genetic analysis of complex traits2009Ingår i: Proc. 32nd International Convention on Information and Communication Technology, Electronics and Microelectronics: Volume I, Rijeka, Croatia: MIPRO , 2009, s. 281-284Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 335.
    Jayawardena, Mahen
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Toor, Salman
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Computational and visualization tools for genetic analysis of complex traits2010Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 336.
    Jenny, Patrick
    et al.
    ETH Zürich.
    Müller, Bernhard
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Convergence acceleration for computing steady-state compressible flow at low Mach numbers1999Ingår i: Computers & Fluids, ISSN 0045-7930, E-ISSN 1879-0747, Vol. 28, s. 951-972Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 337.
    Johansson, Henrik
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    A Meta-Partitioner for run-time selection and evaluation of multiple partitioning algorithms for SAMR grid hierarchies2009Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 338.
    Johansson, Henrik
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Autonomic Management of Partitioners for SAMR Grid Hierarchies2009Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Parallel structured adaptive mesh refinement methods decrease the execution time and memory usage of partial differential equation solvers by adaptively assigning computational resources to regions with large solution errors. These methods result in a dynamic grid hierarchy. To get good parallel performance, the grid hierarchy is frequently re-partitioned and distributed over the processors. Optimally, the partitioner should minimize all performance-inhibiting factors like load imbalance, communication volumes, synchronization delays, and data migration. No single partitioner performs well for all hierarchies and parallel computers. Because the partitioning conditions change during run-time, dynamically selecting a partitioner is non-trivial.

    In this thesis, we present the Meta-Partitioner: a partitioning framework that autonomously selects, configures, invokes, and evaluates partitioning algorithms during run-time. For the implementation, we use component-based software-engineering. We predict the performance of the candidate partitioning algorithms with historical performance data for grid hierarchies similar to the current hierarchy. We focus the partitioning effort on the most performance-inhibiting factors — the load imbalance and the synchronization delays. At re-partitioning, a user-specified number of partitioning algorithms is selected and invoked. The performance of each partitioning is evaluated during run-time and the best one is selected.

    The performance of the selected partitioning algorithms was compared both to the average performance of 768 algorithms and the global minimum at each re-partitioning. The results showed huge improvements both for the load imbalance and the synchronization delays. Compared to the average partitioning, the load imbalance was decreased by 28.2%. The synchronization delays were decreased by 21.5%. Compared to the global optimum, the load imbalance was increased by only 11.5%. For the synchronization delays, the increase was 13.6%. Often, the Meta-Partitioner selected the best algorithm among all candidate algorithms.

    Delarbeten
    1. A performance characterization of load balancing algorithms for parallel SAMR applications
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>A performance characterization of load balancing algorithms for parallel SAMR applications
    2006 (Engelska)Rapport (Övrigt vetenskapligt)
    Serie
    Technical report / Department of Information Technology, Uppsala University, ISSN 1404-3203 ; 2006-047
    Nationell ämneskategori
    Datavetenskap (datalogi)
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-83321 (URN)
    Tillgänglig från: 2008-02-19 Skapad: 2008-02-19 Senast uppdaterad: 2018-01-13Bibliografiskt granskad
    2. Design and implementation of a dynamic and adaptive meta-partitioner for parallel SAMR grid hierarchies
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Design and implementation of a dynamic and adaptive meta-partitioner for parallel SAMR grid hierarchies
    2008 (Engelska)Rapport (Övrigt vetenskapligt)
    Serie
    Technical report / Department of Information Technology, Uppsala University, ISSN 1404-3203 ; 2008-017
    Nationell ämneskategori
    Programvaruteknik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-17508 (URN)
    Tillgänglig från: 2008-06-29 Skapad: 2008-06-29 Senast uppdaterad: 2018-01-12Bibliografiskt granskad
    3. A patch-based partitioner for parallel SAMR applications
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>A patch-based partitioner for parallel SAMR applications
    2008 (Engelska)Ingår i: Proc. Parallel and Distributed Computing and Systems: 2008, Calgary, Canada: ACTA Press , 2008, s. 53-58Konferensbidrag, Publicerat paper (Refereegranskat)
    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    Calgary, Canada: ACTA Press, 2008
    Nationell ämneskategori
    Datavetenskap (datalogi)
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-99354 (URN)978-0-88986-773-4 (ISBN)
    Tillgänglig från: 2009-03-12 Skapad: 2009-03-12 Senast uppdaterad: 2018-01-13Bibliografiskt granskad
    4. Component infrastructure for managing performance data and runtime adaptation of parallel applications
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Component infrastructure for managing performance data and runtime adaptation of parallel applications
    Visa övriga...
    2008 (Engelska)Konferensbidrag, Publicerat paper (Refereegranskat)
    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    Trondheim, Norway: Norwegian University of Science and Technology, 2008
    Nationell ämneskategori
    Programvaruteknik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-99358 (URN)
    Konferens
    PARA 2008: State of the Art in Scientific and Parallel Computing
    Tillgänglig från: 2009-03-12 Skapad: 2009-03-12 Senast uppdaterad: 2018-01-13Bibliografiskt granskad
    5. Run-time selection of partitioning algorithms for parallel SAMR applications
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Run-time selection of partitioning algorithms for parallel SAMR applications
    2009 (Engelska)Rapport (Övrigt vetenskapligt)
    Serie
    Technical report / Department of Information Technology, Uppsala University, ISSN 1404-3203 ; 2009-007
    Nationell ämneskategori
    Datavetenskap (datalogi)
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-99186 (URN)
    Tillgänglig från: 2009-03-10 Skapad: 2009-03-10 Senast uppdaterad: 2018-01-13Bibliografiskt granskad
    6. A Meta-Partitioner for run-time selection and evaluation of multiple partitioning algorithms for SAMR grid hierarchies
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>A Meta-Partitioner for run-time selection and evaluation of multiple partitioning algorithms for SAMR grid hierarchies
    2009 (Engelska)Rapport (Övrigt vetenskapligt)
    Serie
    Technical report / Department of Information Technology, Uppsala University, ISSN 1404-3203 ; 2009-008
    Nationell ämneskategori
    Programvaruteknik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-99359 (URN)
    Tillgänglig från: 2009-03-12 Skapad: 2009-03-12 Senast uppdaterad: 2018-01-13Bibliografiskt granskad
  • 339.
    Johansson, Henrik
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Design and implementation of a dynamic and adaptive meta-partitioner for parallel SAMR grid hierarchies2008Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 340.
    Johansson, Henrik
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Performance characterization and evaluation of parallel PDE solvers2006Licentiatavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Computer simulations that solve partial differential equations (PDEs) are common in many fields of science and engineering. To decrease the execution time of the simulations, the PDEs can be solved on parallel computers. For efficient parallel implementations, the characteristics of both the hardware and the PDE solver must be taken into account. In this thesis, we explore two ways to increase the efficiency of parallel PDE solvers.

    First, we use full-system simulation of a parallel computer to get detailed knowledge about cache memory usage for three parallel PDE solvers. The results reveal cases of bad cache memory locality. This insight can be used to improve the performance of the PDE solvers.

    Second, we study the adaptive mesh refinement (AMR) partitioning problem. Using AMR, computational resources are dynamically concentrated to areas in need of a high accuracy. Because of the dynamic resource allocation, the workload must repeatedly be partitioned and distributed over the processors. We perform two comprehensive characterizations of partitioning algorithms for AMR on structured grids. For an efficient parallel AMR implementation, the partitioning algorithm must be dynamically selected at run-time with regard to both the application and computer state. We prove the viability of dynamic algorithm selection and present performance data that show the benefits of using a large number of complementing partitioning algorithms. Finally, we discuss how our characterizations can be used in an algorithm selection framework.

  • 341.
    Johansson, Henrik
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Run-time selection of partitioning algorithms for parallel SAMR applications2009Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 342.
    Johansson, Henrik
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Steensland, Johan
    A characterization of a hybrid and dynamic partitioner for SAMR applications2004Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 343.
    Johansson, Henrik
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Steensland, Johan
    A performance characterization of load balancing algorithms for parallel SAMR applications2006Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 344.
    Johansson, Henrik
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Steensland, Johan
    Characterization of a hybrid and dynamic partitioner for SAMR applications2004Ingår i: Proc. Parallel and Distributed Computing and Systems: 2004, Calgary, Canada: ACTA Press , 2004, s. 713-718Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 345.
    Johansson, Henrik
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Vakili, Abbas
    A patch-based partitioner for parallel SAMR applications2008Ingår i: Proc. Parallel and Distributed Computing and Systems: 2008, Calgary, Canada: ACTA Press , 2008, s. 53-58Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 346.
    Johansson, Henrik
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Wallin, Dan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datorteknik.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Analyzing advanced PDE solvers through simulation2006Ingår i: Applied Parallel Computing: State of the Art in Scientific Computing, Berlin: Springer-Verlag , 2006, s. 893-900Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 347.
    Johansson, Niklas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling.
    Implementation of a standard level set method for incompressible two-phase flow simulations2011Självständigt arbete på avancerad nivå (yrkesexamen), 20 poäng / 30 hpStudentuppsats (Examensarbete)
    Abstract [en]

    The level set method is a powerful way of tracking surfaces by defining the surface as a zero level set of a continuous function that is usually a signed distance function. The level set method is one of the best methods for simulating multi-phase flow because it can easily handle fast topological changes, as well as splitting and merging of fluids. In this thesis, a standard level set method was implemented in C++, using the finite element method library deal.II, to simulate incompressible two-phase flow on some benchmark problems. The results show a significant change of mass in the simulations, something that should not be allowed to happen when simulating incompressible fluids. The mass changes mainly occur in the reinitialization phase, where the level set function is rebuilt to look more like a signed distance function.

  • 348.
    Johansson, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    High order difference approximations for the linearized Euler equations2004Licentiatavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    The computers of today make it possible to do direct simulation of aeroacoustics, which is very computational demanding since a very high resolution is needed.

    In the present thesis we study issues of relevance for aeroacoustic simulations. Paper A considers standard high order difference methods. We study two different ways to apply boundary conditions in a stable way. Numerical experiments are done for the 1D linearized Euler equations.

    In paper B we develop difference methods which give smaller dispersion errors than standard central difference methods. The new methods are applied to the 1D wave equation.

    Finally in Paper C we apply the new difference methods to aeroacoustic simulations based on the 2D linearized Euler equations.

    Taken together, the methods presented here lead to better approximation of the wave number, which in turn results in a smaller L2-error than obtained by previous methods found in the literature. The results are valid when the problem is not fully resolved, which usually is the case for large scale applications.

  • 349.
    Johansson, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    High order finite difference operators with the summation by parts property based on DRP schemes2004Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 350.
    Johansson, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    High order summation by parts operator based on a DRP scheme applied to 2D Aeroacoustics2004Rapport (Övrigt vetenskapligt)
45678910 301 - 350 av 762
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf