uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
Avgränsa sökresultatet
45678910 301 - 350 av 710
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Träffar per sida
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
Markera
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 301. Guglielmin, Mauro
    et al.
    Donatelli, Marco
    Semplice, Matteo
    Serra Capizzano, Stefano
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Ground surface temperature reconstruction for the last 500 years obtained from permafrost temperatures observed in the Share Stelvio borehole, Italian Alps2018Ingår i: Climate of the Past, ISSN 1814-9324, E-ISSN 1814-9332, Vol. 14, s. 709-724Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 302.
    Gunnarsson Ekegren, Johan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap.
    Pettersson, Martin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap.
    Discontinuous Galerkin and BDF-2 for time-integration and adaptive finite differences to price options2013Självständigt arbete på grundnivå (kandidatexamen), 10 poäng / 15 hpStudentuppsats (Examensarbete)
  • 303. Gupta, Rohit
    et al.
    Lukarski, Dimitar
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    van Gijzen, Martin B.
    Vuik, Cornelis
    Evaluation of the deflated preconditioned CG method to solve bubbly and porous media flow problems on GPU and CPU2016Ingår i: International Journal for Numerical Methods in Fluids, ISSN 0271-2091, E-ISSN 1097-0363, Vol. 80, s. 666-683Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 304.
    Gustafsson, Bertil
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Diffusion equation: Computation2015Ingår i: Encyclopedia of Applied and Computational Mathematics / [ed] Engquist, Björn, Springer, 2015, s. 353-356Kapitel i bok, del av antologi (Refereegranskat)
  • 305.
    Gustafsson, Bertil
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Kreiss, Heinz-Otto
    Oliger, Joseph
    Time-Dependent Problems and Difference Methods2013 (uppl. 2)Bok (Refereegranskat)
  • 306.
    Gustafsson, Magnus
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Towards an adaptive solver for high-dimensional PDE problems on clusters of multicore processors2012Licentiatavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Accurate numerical simulation of time-dependent phenomena in many spatial dimensions is a challenging computational task apparent in a vast range of application areas, for instance quantum dynamics, financial mathematics, systems biology and plasma physics. Particularly problematic is that the number of unknowns in the governing equations (the number of grid points) grows exponentially with the number of spatial dimensions introduced, often referred to as the curse of dimensionality. This limits the range of problems that we can solve, since the computational effort and requirements on memory storage directly depend on the number of unknowns for which to solve the equations.

    In order to push the limit of tractable problems, we are developing an implementation framework, HAParaNDA, for high-dimensional PDE-problems. By using high-order accurate schemes and adaptive mesh refinement (AMR) in space, we aim at reducing the number of grid points used in the discretization, thereby enabling the solution of larger and higher-dimensional problems. Within the framework, we use structured grids for spatial discretization and a block-decomposition of the spatial domain for parallelization and load balancing. For integration in time, we use exponential integration, although the framework allows the flexibility of other integrators to be implemented as well. Exponential integrators using the Lanzcos or the Arnoldi algorithm has proven a succesful and efficient approach for large problems. Using a truncation of the Magnus expansion, we can attain high levels of accuracy in the solution.

    As an example application, we have implemented a solver for the time-dependent Schrödinger equation using this framework. We provide scaling results for small and medium sized clusters of multicore nodes, and show that the solver fulfills the expected rate of convergence.

    Delarbeten
    1. An implementation framework for solving high-dimensional PDEs on massively parallel computers
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>An implementation framework for solving high-dimensional PDEs on massively parallel computers
    2010 (Engelska)Ingår i: Numerical Mathematics and Advanced Applications: 2009, Berlin: Springer-Verlag , 2010, s. 417-424Konferensbidrag, Publicerat paper (Refereegranskat)
    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    Berlin: Springer-Verlag, 2010
    Nationell ämneskategori
    Datavetenskap (datalogi) Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-132927 (URN)10.1007/978-3-642-11795-4_44 (DOI)000395207900044 ()978-3-642-11794-7 (ISBN)
    Projekt
    eSSENCEUPMARC
    Tillgänglig från: 2010-10-29 Skapad: 2010-10-29 Senast uppdaterad: 2018-06-16Bibliografiskt granskad
    2. Communication-efficient algorithms for numerical quantum dynamics
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Communication-efficient algorithms for numerical quantum dynamics
    2012 (Engelska)Ingår i: Applied Parallel and Scientific Computing: Part II, Berlin: Springer-Verlag , 2012, s. 368-378Konferensbidrag, Publicerat paper (Refereegranskat)
    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    Berlin: Springer-Verlag, 2012
    Serie
    Lecture Notes in Computer Science ; 7134
    Nationell ämneskategori
    Datavetenskap (datalogi) Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-135980 (URN)10.1007/978-3-642-28145-7_36 (DOI)000309716000036 ()978-3-642-28144-0 (ISBN)
    Konferens
    PARA 2010: State of the Art in Scientific and Parallel Computing
    Projekt
    eSSENCEUPMARC
    Tillgänglig från: 2012-02-16 Skapad: 2010-12-09 Senast uppdaterad: 2018-01-12Bibliografiskt granskad
    3. Stable difference methods for block-structured adaptive grids
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Stable difference methods for block-structured adaptive grids
    2011 (Engelska)Rapport (Övrigt vetenskapligt)
    Serie
    Technical report / Department of Information Technology, Uppsala University, ISSN 1404-3203 ; 2011-022
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-159854 (URN)
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2011-10-11 Skapad: 2011-10-11 Senast uppdaterad: 2013-11-29Bibliografiskt granskad
    4. Numerical evaluation of the Communication-Avoiding Lanczos algorithm
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Numerical evaluation of the Communication-Avoiding Lanczos algorithm
    2012 (Engelska)Rapport (Övrigt vetenskapligt)
    Serie
    Technical report / Department of Information Technology, Uppsala University, ISSN 1404-3203 ; 2012-001
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik Datavetenskap (datalogi)
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-169257 (URN)
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2012-01-22 Skapad: 2012-02-25 Senast uppdaterad: 2018-01-12Bibliografiskt granskad
  • 307.
    Gustafsson, Magnus
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Demmel, James
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Numerical evaluation of the Communication-Avoiding Lanczos algorithm2012Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 308.
    Gustafsson, Magnus
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Kormann, Katharina
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Communication-efficient algorithms for numerical quantum dynamics2012Ingår i: Applied Parallel and Scientific Computing: Part II, Berlin: Springer-Verlag , 2012, s. 368-378Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 309.
    Günther, Torsten
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för organismbiologi, Människans evolution.
    Nettelblad, Carl
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    The presence and impact of reference bias on population genomic studies of prehistoric human populations2019Ingår i: PLoS Genetics, ISSN 1553-7390, E-ISSN 1553-7404, Vol. 15, nr 7, artikel-id e1008302Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 310. Hanert, Emmanuel
    et al.
    Piret, Cécile
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys. Université catholique de Louvain.
    A Chebyshev pseudospectral method to solve the space–time tempered fractional diffusion equation2014Ingår i: SIAM Journal on Scientific Computing, ISSN 1064-8275, E-ISSN 1095-7197, Vol. 36, s. A1797-A1812Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 311. Hansbo, Peter
    et al.
    Larson, Mats G.
    Zahedi, Sara
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    A cut finite element method for a Stokes interface problem2014Ingår i: Applied Numerical Mathematics, ISSN 0168-9274, E-ISSN 1873-5460, Vol. 85, s. 90-114Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 312. Hansbo, Peter
    et al.
    Larson, Mats G.
    Zahedi, Sara
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Characteristic cut finite element methods for convection-diffusion problems on time dependent surfaces2013Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 313.
    Harlin, Hugo
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap.
    2D Modelling of Phytoplankton Dynamics in Freshwater Lakes2019Självständigt arbete på avancerad nivå (yrkesexamen), 20 poäng / 30 hpStudentuppsats (Examensarbete)
    Abstract [en]

    Phytoplankton are single celled organisms capable of phytosynthesis, and are present in all the major oceans and lakes in the world. Phytoplankton contribute to 50% of the total primary production on Earth, and are the dominating primary producer in most aquatic ecosystems. This thesis is based on the 1D deterministic model by Jäger et. al. (2010) which models phytoplankton dynamics in freshwater lakes, where phytoplankton growth is limited by the availability of light and phosphorus. The original model is here extended to two dimensions to include a horizontal dimension as well as a vertical dimension, in order to simulate phytoplankton dynamics under varying lake bottom topographies. The model was solved numerically using a grid transform and a finite volume method in MATLAB. Using the same parameter settings as the 1D case studied by Jäger et. al. (2010), an initial study of plankton dynamics was done by varying the horizontal and vertical diffusion coefficients independently.

  • 314.
    He, Xin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    On some Numerical Methods and Solution Techniques for Incompressible Flow Problems2012Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    The focus of this work is on numerical solution methods for solving the incompressible Navier-Stokes equations, which consist of a set of coupled nonlinear partial differential equations.

    In general, after linearization and finite element discretization in space, the original nonlinear problem is converted into finding the solutions of a sequence of linear systems of equations. Because of the underlying mathematical model, the coefficient matrix of the linear system is indefinite and nonsymmetric of two-by-two block structure. Due to their less demands for computer resources than direct methods, iterative solution methods are chosen to solve these linear systems. In order to accelerate the convergence rate of the iterative methods, efficient preconditioning techniques become essential. How to construct numerically efficient preconditioners for two-by-two block systems arising in the incompressible Navier-Stokes equations has been studied intensively during the past decades, and is also a main concern in this thesis.

    The Navier-Stokes equations depend on various problem parameters, such as density and viscosity, that themselves may vary in time and space as in multiphase systems. In this thesis we follow the following strategy. First, we consider the stationary Navier-Stokes equations with constant viscosity and density, and contribute to the search of efficient preconditioners by analyzing and testing the element-by-element approximation method of the Schur complement matrix and the so-called augmented Lagrangian method. Second, the variation of the viscosity is an important factor and affects the behavior of the already known preconditioners, proposed for two-by-two block matrices. To this end, we choose the augmented Lagrangian method and analyse the impact of the variation of the viscosity on the resulting preconditioner. Finally, we consider the Navier-Stokes equations with their full complexity, namely, time dependence, variable density and variable viscosity. Fast and reliable solution methods are constructed based on a reformulation of the original equations and some operator splitting techniques. Preconditioners for the so-arising linear systemsare also analyzed and tested.

    Delarbeten
    1. Element-by-element Schur complement approximations for general nonsymmetric matrices of two-by-two block form
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Element-by-element Schur complement approximations for general nonsymmetric matrices of two-by-two block form
    2010 (Engelska)Ingår i: Large-Scale Scientific Computing, Berlin: Springer-Verlag , 2010, s. 108-115Konferensbidrag, Publicerat paper (Refereegranskat)
    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    Berlin: Springer-Verlag, 2010
    Serie
    Lecture Notes in Computer Science ; 5910
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik Datavetenskap (datalogi)
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-125577 (URN)10.1007/978-3-642-12535-5_11 (DOI)000278091900011 ()978-3-642-12534-8 (ISBN)
    Tillgänglig från: 2010-05-10 Skapad: 2010-05-24 Senast uppdaterad: 2018-01-12Bibliografiskt granskad
    2. On an augmented Lagrangian-based preconditioning of Oseen type problems
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>On an augmented Lagrangian-based preconditioning of Oseen type problems
    2011 (Engelska)Ingår i: BIT Numerical Mathematics, ISSN 0006-3835, E-ISSN 1572-9125, Vol. 51, s. 865-888Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik Datavetenskap (datalogi)
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-156201 (URN)10.1007/s10543-011-0334-4 (DOI)000297362000005 ()
    Tillgänglig från: 2011-06-07 Skapad: 2011-07-17 Senast uppdaterad: 2019-01-22Bibliografiskt granskad
    3. Preconditioning the incompressible Navier-Stokes equations with variable viscosity
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Preconditioning the incompressible Navier-Stokes equations with variable viscosity
    2012 (Engelska)Ingår i: Journal of Computational Mathematics, ISSN 0254-9409, E-ISSN 1991-7139, Vol. 30, s. 461-482Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-179408 (URN)10.4208/jcm.1201-m3848 (DOI)000311467400002 ()
    Tillgänglig från: 2012-09-24 Skapad: 2012-08-14 Senast uppdaterad: 2017-12-07Bibliografiskt granskad
    4. Efficiently parallel implementation of the inverse Sherman–Morrison algorithm
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Efficiently parallel implementation of the inverse Sherman–Morrison algorithm
    2012 (Engelska)Rapport (Övrigt vetenskapligt)
    Serie
    Technical report / Department of Information Technology, Uppsala University, ISSN 1404-3203 ; 2012-017
    Nationell ämneskategori
    Datavetenskap (datalogi) Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-179219 (URN)
    Projekt
    UPMARCeSSENCE
    Tillgänglig från: 2012-08-08 Skapad: 2012-08-09 Senast uppdaterad: 2018-01-12Bibliografiskt granskad
    5. On preconditioning incompressible non-Newtonian flow problems
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>On preconditioning incompressible non-Newtonian flow problems
    2012 (Engelska)Rapport (Övrigt vetenskapligt)
    Serie
    Technical report / Department of Information Technology, Uppsala University, ISSN 1404-3203 ; 2012-016
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik Datavetenskap (datalogi)
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-179218 (URN)
    Tillgänglig från: 2012-08-07 Skapad: 2012-08-09 Senast uppdaterad: 2018-01-12Bibliografiskt granskad
    6. Numerical solution of the time-dependent Navier–Stokes equation for variable density–variable viscosity
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Numerical solution of the time-dependent Navier–Stokes equation for variable density–variable viscosity
    2012 (Engelska)Rapport (Övrigt vetenskapligt)
    Serie
    Technical report / Department of Information Technology, Uppsala University, ISSN 1404-3203 ; 2012-019
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-179351 (URN)
    Tillgänglig från: 2012-08-12 Skapad: 2012-08-13 Senast uppdaterad: 2012-09-12Bibliografiskt granskad
  • 315.
    He, Xin
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Holm, Marcus
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Neytcheva, Maya
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Efficiently parallel implementation of the inverse Sherman–Morrison algorithm2012Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 316.
    He, Xin
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Holm, Marcus
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Neytcheva, Maya
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Parallel implementation of the Sherman–Morrison matrix inverse algorithm2013Ingår i: Applied Parallel and Scientific Computing, Berlin: Springer-Verlag , 2013, s. 206-219Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 317.
    He, Xin
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Neytcheva, Maya
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    On preconditioning incompressible non-Newtonian flow problems2012Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 318.
    He, Xin
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Neytcheva, Maya
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Preconditioning the incompressible Navier-Stokes equations with variable viscosity2012Ingår i: Journal of Computational Mathematics, ISSN 0254-9409, E-ISSN 1991-7139, Vol. 30, s. 461-482Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 319. He, Xin
    et al.
    Neytcheva, Maya
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Vuik, Cornelis
    On preconditioning of incompressible non-Newtonian flow problems2015Ingår i: Journal of Computational Mathematics, ISSN 0254-9409, E-ISSN 1991-7139, Vol. 33, s. 33-58Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 320.
    Hedlund, Erik
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap.
    High-fidelity 3D acoustic simulations of wind turbines with irregular terrain and different atmospheric profiles2016Självständigt arbete på avancerad nivå (yrkesexamen), 20 poäng / 30 hpStudentuppsats (Examensarbete)
    Abstract [en]

    We study noise from wind turbines while taking irregular terrain and non-constant atmosphere into consideration. We will show that simulating the distribution of 3D acoustic waves can be done by using only low frequencies, thus reducing the computational complexity significantly.

  • 321. Helanow, Christian
    et al.
    Ahlkrona, Josefin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Stabilized equal low-order finite elements in ice sheet modeling: accuracy and robustness2018Ingår i: Computational Geosciences, ISSN 1420-0597, E-ISSN 1573-1499, Vol. 22, s. 951-974Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 322.
    Hellander, Andreas
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Hellander, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Coupled mesoscopic and microscopic simulation of stochastic reaction-diffusion processes in mixed dimensions2012Ingår i: Multiscale Modeling & simulation, ISSN 1540-3459, E-ISSN 1540-3467, Vol. 10, s. 585-611Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 323.
    Hellander, Andreas
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Klosa, Jan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    MacNamara, Shev
    Robustness analysis of spatiotemporal models in the presence of extrinsic fluctuations2017Ingår i: SIAM Journal on Applied Mathematics, ISSN 0036-1399, E-ISSN 1095-712X, Vol. 77, s. 1157-1183Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 324.
    Hellander, Andreas
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Lawson, Michael J.
    Drawert, Brian
    Petzold, Linda
    Local error estimates for adaptive simulation of the reaction–diffusion master equation via operator splitting2014Ingår i: Journal of Computational Physics, ISSN 0021-9991, E-ISSN 1090-2716, Vol. 266, s. 89-100Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 325.
    Hellander, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Single molecule simulations in complex geometries with embedded dynamic one-dimensional structures2013Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 326.
    Hellander, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Single molecule simulations in complex geometries with embedded dynamic one-dimensional structures2013Ingår i: Journal of Chemical Physics, ISSN 0021-9606, E-ISSN 1089-7690, Vol. 139, s. 014103:1-11Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 327.
    Hellander, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Stochastic Simulation of Reaction-Diffusion Processes2013Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Numerical simulation methods have become an important tool in the study of chemical reaction networks in living cells. Many systems can, with high accuracy, be modeled by deterministic ordinary differential equations, but other systems require a more detailed level of modeling. Stochastic models at either the mesoscopic level or the microscopic level can be used for cases when molecules are present in low copy numbers.

    In this thesis we develop efficient and flexible algorithms for simulating systems at the microscopic level. We propose an improvement to the Green's function reaction dynamics algorithm, an efficient microscale method. Furthermore, we describe how to simulate interactions with complex internal structures such as membranes and dynamic fibers.

    The mesoscopic level is related to the microscopic level through the reaction rates at the respective scale. We derive that relation in both two dimensions and three dimensions and show that the mesoscopic model breaks down if the discretization of space becomes too fine. For a simple model problem we can show exactly when this breakdown occurs.

    We show how to couple the microscopic scale with the mesoscopic scale in a hybrid method. Using the fact that some systems only display microscale behaviour in parts of the system, we can gain computational time by restricting the fine-grained microscopic simulations to only a part of the system.

    Finally, we have developed a mesoscopic method that couples simulations in three dimensions with simulations on general embedded lines. The accuracy of the method has been verified by comparing the results with purely microscopic simulations as well as with theoretical predictions.

    Delarbeten
    1. Flexible single molecule simulation of reaction-diffusion processes
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Flexible single molecule simulation of reaction-diffusion processes
    2011 (Engelska)Ingår i: Journal of Computational Physics, ISSN 0021-9991, E-ISSN 1090-2716, Vol. 230, s. 3948-3965Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik Biokemi och molekylärbiologi
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-149900 (URN)10.1016/j.jcp.2011.02.020 (DOI)000289597500017 ()
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2011-02-19 Skapad: 2011-03-24 Senast uppdaterad: 2017-12-11Bibliografiskt granskad
    2. Coupled mesoscopic and microscopic simulation of stochastic reaction-diffusion processes in mixed dimensions
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Coupled mesoscopic and microscopic simulation of stochastic reaction-diffusion processes in mixed dimensions
    2012 (Engelska)Ingår i: Multiscale Modeling & simulation, ISSN 1540-3459, E-ISSN 1540-3467, Vol. 10, s. 585-611Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik Biokemi och molekylärbiologi
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-175073 (URN)10.1137/110832148 (DOI)000305949600010 ()
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2012-05-29 Skapad: 2012-05-31 Senast uppdaterad: 2017-12-07Bibliografiskt granskad
    3. Efficient sampling in event-driven algorithms for reaction-diffusion processes
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Efficient sampling in event-driven algorithms for reaction-diffusion processes
    2013 (Engelska)Ingår i: Communications in Computational Physics, ISSN 1815-2406, E-ISSN 1991-7120, Vol. 13, s. 958-984Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-181793 (URN)10.4208/cicp.271011.230312a (DOI)000322065200002 ()
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2012-09-21 Skapad: 2012-09-28 Senast uppdaterad: 2017-12-07Bibliografiskt granskad
    4. Reaction-diffusion master equation in the microscopic limit
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Reaction-diffusion master equation in the microscopic limit
    2012 (Engelska)Ingår i: Physical Review E. Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, ISSN 1539-3755, E-ISSN 1550-2376, Vol. 85, s. 042901:1-5Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik Biokemi och molekylärbiologi
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-173986 (URN)10.1103/PhysRevE.85.042901 (DOI)000302409200005 ()
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2012-04-03 Skapad: 2012-05-09 Senast uppdaterad: 2017-12-07Bibliografiskt granskad
    5. Stochastic reaction–diffusion processes with embedded lower dimensional structures
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Stochastic reaction–diffusion processes with embedded lower dimensional structures
    2012 (Engelska)Rapport (Övrigt vetenskapligt)
    Serie
    Technical report / Department of Information Technology, Uppsala University, ISSN 1404-3203 ; 2012-034
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik Biokemi och molekylärbiologi
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-187336 (URN)
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2012-12-05 Skapad: 2012-12-05 Senast uppdaterad: 2013-05-06Bibliografiskt granskad
    6. Single molecule simulations in complex geometries with embedded dynamic one-dimensional structures
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Single molecule simulations in complex geometries with embedded dynamic one-dimensional structures
    2013 (Engelska)Rapport (Övrigt vetenskapligt)
    Serie
    Technical report / Department of Information Technology, Uppsala University, ISSN 1404-3203 ; 2013-009
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik Biokemi och molekylärbiologi
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-198504 (URN)
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2013-04-16 Skapad: 2013-04-16 Senast uppdaterad: 2013-05-06Bibliografiskt granskad
    7. Convergence of methods for coupling of microscopic and mesoscopic reaction-diffusion simulations
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Convergence of methods for coupling of microscopic and mesoscopic reaction-diffusion simulations
    2013 (Engelska)Rapport (Övrigt vetenskapligt)
    Serie
    Technical report / Department of Information Technology, Uppsala University, ISSN 1404-3203 ; 2013-010
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik Biokemi och molekylärbiologi
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-198521 (URN)
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2013-04-18 Skapad: 2013-04-18 Senast uppdaterad: 2013-05-21Bibliografiskt granskad
  • 328. Hellander, Stefan
    et al.
    Hellander, Andreas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Petzold, Linda
    Reaction rates for mesoscopic reaction-diffusion kinetics2015Ingår i: Physical Review E. Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, ISSN 1539-3755, E-ISSN 1550-2376, Vol. 91, s. 023312:1-12, artikel-id 023312Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 329.
    Hellander, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Hellander, Andreas
    Petzold, Linda
    Reaction-diffusion master equation in the microscopic limit2012Ingår i: Physical Review E. Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, ISSN 1539-3755, E-ISSN 1550-2376, Vol. 85, s. 042901:1-5Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 330.
    Hellman, Fredrik
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Multiscale and multilevel methods for porous media flow problems2015Licentiatavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    We consider two problems encountered in simulation of fluid flow through porous media. In macroscopic models based on Darcy's law, the permeability field appears as data.

    The first problem is that the permeability field generally is not entirely known. We consider forward propagation of uncertainty from the permeability field to a quantity of interest. We focus on computing p-quantiles and failure probabilities of the quantity of interest. We propose and analyze improved standard and multilevel Monte Carlo methods that use computable error bounds for the quantity of interest. We show that substantial reductions in computational costs are possible by the proposed approaches.

    The second problem is fine scale variations of the permeability field. The permeability often varies on a scale much smaller than that of the computational domain. For standard discretization methods, these fine scale variations need to be resolved by the mesh for the methods to yield accurate solutions. We analyze and prove convergence of a multiscale method based on the Raviart–Thomas finite element. In this approach, a low-dimensional multiscale space based on a coarse mesh is constructed from a set of independent fine scale patch problems. The low-dimensional space can be used to yield accurate solutions without resolving the fine scale.

    Delarbeten
    1. Uncertainty quantification for approximate p-quantiles for physical models with stochastic inputs
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Uncertainty quantification for approximate p-quantiles for physical models with stochastic inputs
    2014 (Engelska)Ingår i: SIAM/ASA Journal on Uncertainty Quantification, ISSN 1560-7526, E-ISSN 2166-2525, Vol. 2, s. 826-850Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-242908 (URN)10.1137/140967039 (DOI)000421346900036 ()
    Tillgänglig från: 2014-12-23 Skapad: 2015-02-02 Senast uppdaterad: 2018-06-16Bibliografiskt granskad
    2. A multilevel Monte Carlo method for computing failure probabilities
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>A multilevel Monte Carlo method for computing failure probabilities
    2016 (Engelska)Ingår i: SIAM/ASA Journal on Uncertainty Quantification, ISSN 1560-7526, E-ISSN 2166-2525, Vol. 4, s. 312-330Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-262259 (URN)10.1137/140984294 (DOI)000407996700014 ()
    Tillgänglig från: 2016-04-05 Skapad: 2015-09-11 Senast uppdaterad: 2018-06-16Bibliografiskt granskad
    3. Improved Monte Carlo methods for computing failure probabilities of porous media flow systems
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Improved Monte Carlo methods for computing failure probabilities of porous media flow systems
    2015 (Engelska)Rapport (Övrigt vetenskapligt)
    Serie
    Technical report / Department of Information Technology, Uppsala University, ISSN 1404-3203 ; 2015-025
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik Oceanografi, hydrologi och vattenresurser
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-261005 (URN)
    Tillgänglig från: 2015-08-31 Skapad: 2015-08-27 Senast uppdaterad: 2018-01-11Bibliografiskt granskad
    4. Multiscale mixed finite elements
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Multiscale mixed finite elements
    2016 (Engelska)Ingår i: Discrete and Continuous Dynamical Systems. Series S, ISSN 1937-1632, E-ISSN 1937-1179, Vol. 9, s. 1269-1298Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-262258 (URN)10.3934/dcdss.2016051 (DOI)000387662300002 ()
    Tillgänglig från: 2016-10-15 Skapad: 2015-09-11 Senast uppdaterad: 2017-12-04Bibliografiskt granskad
  • 331.
    Hellman, Fredrik
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Numerical Methods for Darcy Flow Problems with Rough and Uncertain Data2017Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    We address two computational challenges for numerical simulations of Darcy flow problems: rough and uncertain data. The rapidly varying and possibly high contrast permeability coefficient for the pressure equation in Darcy flow problems generally leads to irregular solutions, which in turn make standard solution techniques perform poorly. We study methods for numerical homogenization based on localized computations. Regarding the challenge of uncertain data, we consider the problem of forward propagation of uncertainty through a numerical model. More specifically, we consider methods for estimating the failure probability, or a point estimate of the cumulative distribution function (cdf) of a scalar output from the model.

    The issue of rough coefficients is discussed in Papers I–III by analyzing three aspects of the localized orthogonal decomposition (LOD) method. In Paper I, we define an interpolation operator that makes the localization error independent of the contrast of the coefficient. The conditions for its applicability are studied. In Paper II, we consider time-dependent coefficients and derive computable error indicators that are used to adaptively update the multiscale space. In Paper III, we derive a priori error bounds for the LOD method based on the Raviart–Thomas finite element.

    The topic of uncertain data is discussed in Papers IV–VI. The main contribution is the selective refinement algorithm, proposed in Paper IV for estimating quantiles, and further developed in Paper V for point evaluation of the cdf. Selective refinement makes use of a hierarchy of numerical approximations of the model and exploits computable error bounds for the random model output to reduce the cost complexity. It is applied in combination with Monte Carlo and multilevel Monte Carlo methods to reduce the overall cost. In Paper VI we quantify the gains from applying selective refinement to a two-phase Darcy flow problem.

    Delarbeten
    1. Contrast independent localization of multiscale problems
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Contrast independent localization of multiscale problems
    2017 (Engelska)Ingår i: Multiscale Modeling & simulation, ISSN 1540-3459, E-ISSN 1540-3467, Vol. 15, s. 1325-1355Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-318587 (URN)10.1137/16M1100460 (DOI)000418691000001 ()
    Tillgänglig från: 2017-10-03 Skapad: 2017-03-26 Senast uppdaterad: 2018-01-24Bibliografiskt granskad
    2. Numerical homogenization of time-dependent diffusion
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Numerical homogenization of time-dependent diffusion
    2017 (Engelska)Ingår i: Computing Research Repository, nr 1703.08857Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt) Submitted
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-318588 (URN)
    Tillgänglig från: 2017-03-26 Skapad: 2017-03-26 Senast uppdaterad: 2017-06-30Bibliografiskt granskad
    3. Multiscale mixed finite elements
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Multiscale mixed finite elements
    2016 (Engelska)Ingår i: Discrete and Continuous Dynamical Systems. Series S, ISSN 1937-1632, E-ISSN 1937-1179, Vol. 9, s. 1269-1298Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-262258 (URN)10.3934/dcdss.2016051 (DOI)000387662300002 ()
    Tillgänglig från: 2016-10-15 Skapad: 2015-09-11 Senast uppdaterad: 2017-12-04Bibliografiskt granskad
    4. Uncertainty quantification for approximate p-quantiles for physical models with stochastic inputs
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Uncertainty quantification for approximate p-quantiles for physical models with stochastic inputs
    2014 (Engelska)Ingår i: SIAM/ASA Journal on Uncertainty Quantification, ISSN 1560-7526, E-ISSN 2166-2525, Vol. 2, s. 826-850Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-242908 (URN)10.1137/140967039 (DOI)000421346900036 ()
    Tillgänglig från: 2014-12-23 Skapad: 2015-02-02 Senast uppdaterad: 2018-06-16Bibliografiskt granskad
    5. A multilevel Monte Carlo method for computing failure probabilities
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>A multilevel Monte Carlo method for computing failure probabilities
    2016 (Engelska)Ingår i: SIAM/ASA Journal on Uncertainty Quantification, ISSN 1560-7526, E-ISSN 2166-2525, Vol. 4, s. 312-330Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-262259 (URN)10.1137/140984294 (DOI)000407996700014 ()
    Tillgänglig från: 2016-04-05 Skapad: 2015-09-11 Senast uppdaterad: 2018-06-16Bibliografiskt granskad
    6. Multilevel Monte Carlo methods for computing failure probability of porous media flow systems
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Multilevel Monte Carlo methods for computing failure probability of porous media flow systems
    2016 (Engelska)Ingår i: Advances in Water Resources, ISSN 0309-1708, E-ISSN 1872-9657, Vol. 94, s. 498-509Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik Oceanografi, hydrologi och vattenresurser
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-298476 (URN)10.1016/j.advwatres.2016.06.007 (DOI)000381529000037 ()
    Tillgänglig från: 2016-06-15 Skapad: 2016-07-05 Senast uppdaterad: 2018-01-10Bibliografiskt granskad
  • 332.
    Hellman, Fredrik
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Henning, Patrick
    Målqvist, Axel
    Multiscale mixed finite elements2016Ingår i: Discrete and Continuous Dynamical Systems. Series S, ISSN 1937-1632, E-ISSN 1937-1179, Vol. 9, s. 1269-1298Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 333.
    Hellman, Fredrik
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Målqvist, Axel
    Contrast independent localization of multiscale problems2017Ingår i: Multiscale Modeling & simulation, ISSN 1540-3459, E-ISSN 1540-3467, Vol. 15, s. 1325-1355Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 334.
    Hellman, Fredrik
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Målqvist, Axel
    Numerical homogenization of time-dependent diffusion2017Ingår i: Computing Research Repository, nr 1703.08857Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
  • 335.
    Henning, Patrick
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Målqvist, Axel
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Peterseim, Daniel
    A localized orthogonal decomposition method for semi-linear elliptic problems2014Ingår i: Mathematical Modelling and Numerical Analysis, ISSN 0764-583X, E-ISSN 1290-3841, Vol. 48, s. 1331-1349Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 336.
    Henning, Patrick
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Ohlberger, Mario
    Error control and adaptivity for heterogeneous multiscale approximations of nonlinear monotone problems2015Ingår i: Discrete and Continuous Dynamical Systems. Series S, ISSN 1937-1632, E-ISSN 1937-1179, Vol. 8, s. 119-150Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 337.
    Henning, Patrick
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Peterseim, Daniel
    Oversampling for the multiscale finite element method2013Ingår i: Multiscale Modeling & simulation, ISSN 1540-3459, E-ISSN 1540-3467, Vol. 11, s. 1149-1175Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 338. Heryudono, Alfa
    et al.
    Larsson, Elisabeth
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Ramage, Alison
    von Sydow, Lina
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Preconditioning for radial basis function partition of unity methods2016Ingår i: Journal of Scientific Computing, ISSN 0885-7474, E-ISSN 1573-7691, Vol. 67, s. 1089-1109Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 339. Hickey, John M.
    et al.
    Gorjanc, Gregor
    Varshney, Rajeev K.
    Nettelblad, Carl
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Imputation of single nucleotide polymorphism genotypes in biparental, backcross, and topcross populations with a hidden Markov model2015Ingår i: Crop science, ISSN 0011-183X, E-ISSN 1435-0653, Vol. 55, s. 1934-1946Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 340.
    Hjerpe, Daniel
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap.
    A study on SSE optimisation regarding initialisation and evaluation of the Fast Multipole Method2016Självständigt arbete på grundnivå (kandidatexamen), 10 poäng / 15 hpStudentuppsats (Examensarbete)
    Abstract [en]

    The following study examines whether the initialisation (multipole expansions at the finest level) and evaluation of the numerical method Fast Multipole Method (FMM) can benefit from implementing SSE instructions. The implementation of SSE-instructions have been studied and compared to the serial case. Moreover, studied parts of the algorithm include arithmetics on complex numbers, and the usage of applying SSE instructions to complex numbers of double precision.

    In conclusion, the initialisation has not experienced any improvement in terms of throughput by appliying SSE instructions. However, the evaluation reached almost the double speed-up when SSE instructions were applied. The difference in results are most likely due to the structure of the both algorithms. The initialisation is simple, but the evaluation which involves more operations can benefit from SSE instructions.

    Furthermore, a scheme is proposed for how SSE instructions can be applied to data sets which are not divisable by the unroll factor and to data sets of varying size. 

  • 341.
    Holm, Marcus
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Scientific computing on hybrid architectures2013Licentiatavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Modern computer architectures, with multicore CPUs and GPUs or other accelerators, make stronger demands than ever on writers of scientific code. As a rule of thumb, the fastest, most efficient program consists of labor-intensive code written by expert programmers for a certain application on a particular computer. This thesis deals with several algorithmic and technical approaches towards effectively satisfying the demand for high-performance parallel programming without incurring such a high cost in expert programmer time. Effective programming is accomplished by writing performance-portable code where performance-critical functionality is provided either by external software or at least a balance between maintainability/generality and efficiency.

    Delarbeten
    1. Efficiently implementing Monte Carlo electrostatics simulations on multicore accelerators
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Efficiently implementing Monte Carlo electrostatics simulations on multicore accelerators
    2012 (Engelska)Ingår i: Applied Parallel and Scientific Computing: Part II, Berlin: Springer-Verlag , 2012, s. 379-388Konferensbidrag, Publicerat paper (Refereegranskat)
    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    Berlin: Springer-Verlag, 2012
    Serie
    Lecture Notes in Computer Science ; 7134
    Nationell ämneskategori
    Datavetenskap (datalogi) Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-135987 (URN)10.1007/978-3-642-28145-7_37 (DOI)000309716000037 ()978-3-642-28144-0 (ISBN)
    Konferens
    PARA 2010: State of the Art in Scientific and Parallel Computing
    Projekt
    eSSENCEUPMARC
    Tillgänglig från: 2012-02-16 Skapad: 2010-12-09 Senast uppdaterad: 2018-01-12Bibliografiskt granskad
    2. A simple model for tuning tasks
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>A simple model for tuning tasks
    2011 (Engelska)Ingår i: Proc. 4th Swedish Workshop on Multi-Core Computing, Linköping, Sweden: Linköping University , 2011, s. 45-49Konferensbidrag, Publicerat paper (Övrigt vetenskapligt)
    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    Linköping, Sweden: Linköping University, 2011
    Nationell ämneskategori
    Programvaruteknik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-162609 (URN)
    Konferens
    MCC11
    Projekt
    UPMARCeSSENCE
    Tillgänglig från: 2011-11-24 Skapad: 2011-12-02 Senast uppdaterad: 2018-01-12Bibliografiskt granskad
    3. Parallel implementation of the Sherman–Morrison matrix inverse algorithm
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Parallel implementation of the Sherman–Morrison matrix inverse algorithm
    2013 (Engelska)Ingår i: Applied Parallel and Scientific Computing, Berlin: Springer-Verlag , 2013, s. 206-219Konferensbidrag, Publicerat paper (Refereegranskat)
    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    Berlin: Springer-Verlag, 2013
    Serie
    Lecture Notes in Computer Science ; 7782
    Nationell ämneskategori
    Datavetenskap (datalogi) Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-198520 (URN)10.1007/978-3-642-36803-5_15 (DOI)000343867800015 ()978-3-642-36802-8 (ISBN)
    Konferens
    PARA 2012: State of the Art in Scientific and Parallel Computing
    Projekt
    UPMARCeSSENCE
    Tillgänglig från: 2013-02-18 Skapad: 2013-04-17 Senast uppdaterad: 2018-01-11Bibliografiskt granskad
    4. Dynamic autotuning of adaptive fast multipole methods on hybrid multicore CPU and GPU systems
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Dynamic autotuning of adaptive fast multipole methods on hybrid multicore CPU and GPU systems
    2014 (Engelska)Ingår i: SIAM Journal on Scientific Computing, ISSN 1064-8275, E-ISSN 1095-7197, Vol. 36, s. C376-C399Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Datavetenskap (datalogi) Beräkningsmatematik Energiteknik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-200240 (URN)10.1137/130943595 (DOI)000344743800040 ()
    Projekt
    eSSENCEUPMARC
    Tillgänglig från: 2014-08-29 Skapad: 2013-05-23 Senast uppdaterad: 2018-11-12Bibliografiskt granskad
  • 342.
    Holm, Marcus
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Goude, Anders
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Elektricitetslära.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Dynamic autotuning of adaptive fast multipole methods on hybrid multicore CPU and GPU systems2014Ingår i: SIAM Journal on Scientific Computing, ISSN 1064-8275, E-ISSN 1095-7197, Vol. 36, s. C376-C399Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 343.
    Holm, Marcus
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Efficiently implementing Monte Carlo electrostatics simulations on multicore accelerators2012Ingår i: Applied Parallel and Scientific Computing: Part II, Berlin: Springer-Verlag , 2012, s. 379-388Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 344.
    Holmgren, Hanna
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Modelling of Moving Contact Lines in Two-Phase Flows2017Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Moving contact line problems appear in many natural and industrial processes. A contact line is formed where the interface between two immiscible fluids meets a solid wall. Examples from everyday life include raindrops falling on a window and water bugs resting on water surfaces. In many cases the dynamics of the contact line affects the overall behavior of the system. Industrial applications where the contact line behavior is important include gas and oil recovery in porous media, lubrication, inkjet printing and microfluidics. Computer simulations are fundamental tools to understand and predict the behavior.  

    In this thesis we look at numerical simulations of dynamic contact line problems. Despite their importance, the physics of moving contact lines is poorly understood. The standard Navier-Stokes equations together with the conventional no-slip boundary condition predicts a singularity in the shear stresses at the contact line. Atomistic processes at the contact line come into play, and it is necessary to include these processes in the model to resolve the singularity. In the case of capillary driven flows for example, it has been observed that the microscopic contact line dynamics has a large impact on the overall macroscopic flow.

    In Paper I we present a new multiscale model for numerical simulation of flow of two immiscible and incompressible fluids in the presence of moving contact points (i.e. two-dimensional problems). The paper presents a new boundary methodology based on combining a relation between the apparent contact angle and the contact point velocity, and a similarity solution for Stokes flow at a planar interface (the analytic Huh and Scriven velocity). The relation between the angle and the velocity is determined by performing separate microscopic simulations.

    The classical Huh and Scriven solution is only valid for flow over flat walls. In Paper II we use perturbation analysis to extend the solution to flow over curved walls. Paper III presents the parallel finite element solver that is used to perform the numerical experiments presented in this thesis. Finally, the new multiscale model (presented in Paper I) is applied to a relevant microfluidic research problem in Paper IV. For this problem it is very important to have a model that accurately takes the atomistic effects at contact lines into account.

    Delarbeten
    1. A computational multiscale model for contact line dynamics
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>A computational multiscale model for contact line dynamics
    2017 (Engelska)Ingår i: Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt) Submitted
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-329051 (URN)
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2017-09-07 Skapad: 2017-09-07 Senast uppdaterad: 2017-09-10Bibliografiskt granskad
    2. A hydrodynamic model of movement of a contact line over a curved wall
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>A hydrodynamic model of movement of a contact line over a curved wall
    2016 (Engelska)Ingår i: Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt) Submitted
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-266272 (URN)
    Tillgänglig från: 2015-11-05 Skapad: 2015-11-05 Senast uppdaterad: 2017-09-10Bibliografiskt granskad
    3. A fast massively parallel two-phase flow solver for microfluidic chip simulation
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>A fast massively parallel two-phase flow solver for microfluidic chip simulation
    2018 (Engelska)Ingår i: The international journal of high performance computing applications, ISSN 1094-3420, E-ISSN 1741-2846, Vol. 32, s. 266-287Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Datavetenskap (datalogi) Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-266273 (URN)10.1177/1094342016671790 (DOI)000425175300005 ()
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2016-10-05 Skapad: 2015-11-05 Senast uppdaterad: 2018-04-10Bibliografiskt granskad
    4. Effective slip over partially filled microcavities and its possible failure
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Effective slip over partially filled microcavities and its possible failure
    Visa övriga...
    2017 (Engelska)Rapport (Övrigt vetenskapligt)
    Serie
    Technical report / Department of Information Technology, Uppsala University, ISSN 1404-3203 ; 2017-019
    Nationell ämneskategori
    Strömningsmekanik och akustik Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-329052 (URN)
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2017-09-19 Skapad: 2017-09-07 Senast uppdaterad: 2017-09-22Bibliografiskt granskad
  • 345.
    Holmgren, Hanna
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Towards accurate modeling of moving contact lines2015Licentiatavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    The present thesis treats the numerical simulation of immiscible incompressible two-phase flows with moving contact lines. The conventional Navier–Stokes equations combined with a no-slip boundary condition leads to a non-integrable stress singularity at the contact line. The singularity in the model can be avoided by allowing the contact line to slip. Implementing slip conditions in an accurate way is not straight-forward and different regularization techniques exist where ad-hoc procedures are common. This thesis presents the first steps in developing the macroscopic part of an accurate multiscale model for a moving contact line problem in two space dimensions. It is assumed that a micro model has been used to determine a relation between the contact angle and the contact line velocity. An intermediate region is introduced where an analytical expression for the velocity field exists, assuming the solid wall is perfectly flat. This expression is used to implement boundary conditions for the moving contact line, at the macroscopic scale, along a fictitious boundary located a small distance away from the physical boundary. Model problems where the shape of the interface is constant throughout the simulation are introduced. For these problems, experiments show that the errors in the resulting contact line velocities converge with the grid size h at a rate of convergence p ≈ 2. Further, an analytical expression for the velocity field in the intermediate region for the case with a curved solid wall is derived. The derivation is based on perturbation analysis.

    Delarbeten
    1. Towards accurate modeling of moving contact lines
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Towards accurate modeling of moving contact lines
    2015 (Engelska)Ingår i: Computing Research Repository, nr 1510.06639Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt) Submitted
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-266271 (URN)
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2015-10-21 Skapad: 2015-11-05 Senast uppdaterad: 2015-11-05Bibliografiskt granskad
    2. A hydrodynamic model of movement of a contact line over a curved wall
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>A hydrodynamic model of movement of a contact line over a curved wall
    2016 (Engelska)Ingår i: Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt) Submitted
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-266272 (URN)
    Tillgänglig från: 2015-11-05 Skapad: 2015-11-05 Senast uppdaterad: 2017-09-10Bibliografiskt granskad
    3. A fast massively parallel two-phase flow solver for microfluidic chip simulation
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>A fast massively parallel two-phase flow solver for microfluidic chip simulation
    2018 (Engelska)Ingår i: The international journal of high performance computing applications, ISSN 1094-3420, E-ISSN 1741-2846, Vol. 32, s. 266-287Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Datavetenskap (datalogi) Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-266273 (URN)10.1177/1094342016671790 (DOI)000425175300005 ()
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2016-10-05 Skapad: 2015-11-05 Senast uppdaterad: 2018-04-10Bibliografiskt granskad
  • 346.
    Holmgren, Hanna
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Kreiss, Gunilla
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    A computational multiscale model for contact line dynamics2017Ingår i: Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
  • 347.
    Holmgren, Hanna
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Kreiss, Gunilla
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    A hydrodynamic model of movement of a contact line over a curved wall2016Ingår i: Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
  • 348.
    Holmgren, Hanna
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Kreiss, Gunilla
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Towards accurate modeling of moving contact lines2015Ingår i: Computing Research Repository, nr 1510.06639Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
  • 349. Hon, Sean
    et al.
    Mursaleen, Mohammad Ayman
    Serra-Capizzano, Stefano
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    A note on the spectral distribution of symmetrized Toeplitz sequences2019Ingår i: Linear Algebra and its Applications, ISSN 0024-3795, E-ISSN 1873-1856, Vol. 579, s. 32-50Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 350. Horuk, Christopher B.
    et al.
    Douglas, Geoffrey
    Gupta, Anand
    Krintz, Chandra
    Bales, Ben
    Bellesia, Giovanni
    Drawert, Brian
    Wolski, Rich
    Petzold, Linda
    Hellander, Andreas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Automatic and portable cloud deployment for scientific simulations2014Ingår i: Proc. 12th International Conference on High Performance Computing and Simulation, Piscataway, NJ: IEEE , 2014, s. 374-381Konferensbidrag (Refereegranskat)
45678910 301 - 350 av 710
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf