uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
Avgränsa sökresultatet
1234 51 - 100 av 200
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Träffar per sida
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
Markera
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 51. Gao, YG
    et al.
    Selmer, Maria
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Dunham, CM
    Weixlbaumer, A
    Kelley, AC
    Ramakrishnan, V
    The structure of the ribosome with elongation factor G trapped in the posttranslocational state2009Ingår i: Science, ISSN 0036-8075, E-ISSN 1095-9203, Vol. 326, nr 5953, s. 694-699Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Elongation factor G (EF-G) is a guanosine triphosphatase (GTPase) that plays a crucial role in the translocation of transfer RNAs (tRNAs) and messenger RNA (mRNA) during translation by the ribosome. We report a crystal structure refined to 3.6 angstrom resolution of the ribosome trapped with EF-G in the posttranslocational state using the antibiotic fusidic acid. Fusidic acid traps EF-G in a conformation intermediate between the guanosine triphosphate and guanosine diphosphate forms. The interaction of EF-G with ribosomal elements implicated in stimulating catalysis, such as the L10-L12 stalk and the L11 region, and of domain IV of EF-G with the tRNA at the peptidyl-tRNA binding site (P site) and with mRNA shed light on the role of these elements in EF-G function. The stabilization of the mobile stalks of the ribosome also results in a more complete description of its structure.

  • 52.
    Geitmann, Matthis
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för biokemi och organisk kemi.
    Unge, Torsten
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Danielson, U. Helena
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för biokemi och organisk kemi.
    Biosensor-based kinetic characterization of the interaction between HIV-1 reverse transcriptase and non-nucleoside inhibitors2006Ingår i: Journal of Medicinal Chemistry, ISSN 0022-2623, E-ISSN 1520-4804, Vol. 49, nr 8, s. 2367-74Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Details of the interaction between HIV-1 reverse transcriptase and non-nucleoside inhibitors (NNRTIs) have been elucidated using a biosensor-based approach. This initial study was performed with HIV-1 reverse transcriptase mutant K103N, the phenethylthioazolylthiourea compound (PETT) MIV-150, and the three NNRTIs licensed for clinical use: nevirapine, delavirdine, and efavirenz. Mathematical evaluation of the experimental data with several interaction models revealed that the four inhibitors interacted with HIV-1 RT with varying degrees of complexity. The simplest adequate model accounted for two different conformations of the free enzyme, of which only one can bind the inhibitor, consistent with a previously hypothesized population-shift model including a preformation of the NNRTI binding site. In addition, a heterogeneous binding was observed for delavirdine, efavirenz, and MIV-150, indicating that two noncompetitive and kinetically distinct enzyme-inhibitor complexes could be formed. Furthermore, for these compounds, there were indications for ligand-induced conformational changes.

  • 53.
    Geitmann, Matthis
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för naturvetenskaplig biokemi.
    Unge, Torsten
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Danielson, U. Helena
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för naturvetenskaplig biokemi.
    Interaction kinetic characterization of HIV-1 reverse transcriptase non-nucleoside inhibitor resistance2006Ingår i: Journal of Medicinal Chemistry, ISSN 0022-2623, E-ISSN 1520-4804, Vol. 49, nr 8, s. 2375-87Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    To decipher the mechanism for non-nucleoside inhibitor resistance of HIV-1 reverse transcriptase, the kinetics of the interaction between wild type and drug-resistant variants of the enzyme and structurally diverse inhibitors were determined. Substitution of amino acid residues in the inhibitor binding site resulted in altered rate constants for the pre-equilibrium between two unliganded forms of the enzyme, and for the association and dissociation of the inhibitor-enzyme interaction. The Y181C, V108I, and P225H substitutions affected primarily the association and dissociation rate constants, while the K103N and the L100I substitutions also influenced the equilibrium between the two forms of the free enzyme. The K103N and the L100I substitutions were found to facilitate both the entry of the inhibitor into the binding pocket as well as its exit, in contrast to what has been reported elsewhere. Interaction kinetic-based resistance profiles showed that phenethylthiazolylthiourea compounds were relatively insensitive to the studied substitutions.

  • 54. Gorbalenya, Alexander E.
    et al.
    Lieutaud, Philippe
    Harris, Mark R.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Coutard, Bruno
    Canard, Bruno
    Kleywegt, Gerard J.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Kravchenko, Alexander A.
    Samborskiy, Dmitry V.
    Sidorov, Igor A.
    Leontovich, Andrey M.
    Jones, T. Alwyn
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Practical application of bioinformatics by the multidisciplinary VIZIER consortium2010Ingår i: Antiviral Research, ISSN 0166-3542, E-ISSN 1872-9096, Vol. 87, nr 2, s. 95-110Artikel, forskningsöversikt (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    This review focuses on bioinformatics technologies employed by the EU-sponsored multidisciplinary VIZIER consortium (Comparative Structural Genomics of Viral Enzymes Involved in Replication, FP6 Project: 2004-511960, active from 1 November 2004 to 30 April 2009), to achieve its goals. From the management of the information flow of the project, to bioinformatics-mediated selection of RNA viruses and prediction of protein targets, to the analysis of 3D protein structures and antiviral compounds, these technologies provided a communication framework and integrated solutions for steady and timely advancement of the project. RNA viruses form a large class of major pathogens that affect humans and domestic animals. Such RNA viruses as HIV, Influenza virus and Hepatitis C virus are of prime medical concern today, but the identities of viruses that will threaten human population tomorrow are far from certain. To contain outbreaks of common or newly emerging infections, prototype drugs against viruses representing the Virus Universe must be developed. This concept was championed by the VIZIER project which brought together experts in diverse fields to produce a concerted and sustained effort for identifying and validating targets for antivirus therapy in dozens of RNA virus lineages.

  • 55.
    Graffner-Nordberg, Malin
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Åqvist, J
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Queener, SF
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Hallberg, A
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Kolmodin, M
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Ohlsson, S
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Andersson, P
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Design, Synthesis, Computational Prediction and Biological Evaluation of Ester Soft Drugs as Inhibitors of Dihydrofolate Reductase from Pneumocystis Carinii2001Ingår i: Journal of Medicinal Chemistry, ISSN 0022-2623, E-ISSN 1520-4804, Vol. 44, nr 15, s. 2391-2402Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    A series of lipophilic soft drugs structurally related to the nonclassical dihydrofolate reductase (DHFR) inhibitors trimetrexate and piritrexim have been designed, synthesized, and evaluated in DHFR assays, with special emphasis on the inhibition of P. carinii DHFR. The best inhibitors, encompassing an ester bond in the bridge connecting the two aromatic systems, were approximately 10 times less potent than trimetrexate and piritrexim. The metabolites were designed to be poor inhibitors. Furthermore, molecular dynamics simulations of three ligands in complex with DHFR from Pneumocystis carinii and from the human enzyme were conducted in order to better understand the factors determining the selectivity. A correct ranking of the relative inhibition of DHFR was achieved utilizing the linear interaction energy method. The soft drugs are intended for local administration. One representative ester was selected for a pharmacokinetic study in rats where it was found to undergo fast metabolic degradation to the predicted inactive metabolites.

  • 56.
    Grahn, Elin
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Moss, T
    Helgstrand, Charlotte
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Fridborg, Kerstin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Sundaram, M
    Tars, Kaspars
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Lago, H
    Stonehouse, NJ
    Davis, DR
    Stockley, PG
    Liljas, Lars
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Structural basis of pyrimidine specificity in the MS2 RNA hairpin-coat-protein complex2001Ingår i: RNA, Vol. 7, s. 1616-1627Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 57.
    Grahn, Elin
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Novotny, Marian
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Jakobsson, Emma
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Gustafsson, Ann
    Grehn, Leif
    Olin, Birgit
    Kemiska sektionen, Institutionen för biokemi och organisk kemi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Madsen, Dennis
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Wahlberg, Mårten
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Mannervik, Bengt
    Kemiska sektionen, Institutionen för biokemi och organisk kemi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Kleywegt, Gerard J
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    New crystal structures of human glutathione transferase A1-1 shed light on glutathione binding and the conformation of the C-terminal helix.2006Ingår i: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr, ISSN 0907-4449, Vol. 62, nr Pt 2, s. 197-207Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Human glutathione transferase A1-1 is a well studied enzyme, but despite a wealth of structural and biochemical data a number of aspects of its catalytic function are still poorly understood. Here, five new crystal structures of this enzyme are described that provide several insights. Firstly, the structure of a complex of the wild-type human enzyme with glutathione was determined for the first time at 2.0 angstroms resolution. This reveals that glutathione binds in the G site in a very similar fashion as the glutathione portion of substrate analogues in other structures and also that glutathione binding alone is sufficient to stabilize the C-terminal helix of the protein. Secondly, we have studied the complex with a decarboxylated glutathione conjugate that is known to dramatically decrease the activity of the enzyme. The T68E mutant of human glutathione transferase A1-1 recovers some of the activity that is lost with the decarboxylated glutathione, but our structures of this mutant show that none of the earlier explanations of this phenomenon are likely to be correct. Thirdly, and serendipitously, the apo structures also reveal the conformation of the crucial C-terminal region that is disordered in all previous apo structures. The C-terminal region can adopt an ordered helix-like structure even in the apo state, but shows a strong tendency to unwind. Different conformations of the C-terminal regions were observed in the apo states of the two monomers, which suggests that cooperativity could play a role in the activity of the enzyme.

  • 58.
    Gutiérrez-de-Terán, Hugo
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi.
    Nervall, Martin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi.
    Dunn, Ben M.
    Clemente, Jose C.
    Åqvist, Johan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Computational analysis of plasmepsin IV bound to an allophenylnorstatine inhibitor2006Ingår i: FEBS Letters, ISSN 0014-5793, E-ISSN 1873-3468, Vol. 580, nr 25, s. 5910-5916Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The plasmepsin proteases from the malaria parasite Plasmodium falciparum are attracting attention as putative drug targets. A recently published crystal structure of Plasmodium malariae plasmepsin IV bound to an allophenylnorstatine inhibitor [Clemente, J.C. et al. (2006) Acta Crystallogr. D 62, 246252] provides the first structural insights regarding interactions of this family of inhibitors with plasmepsins. The compounds in this class are potent inhibitors of HIV-1 protease, but also show nM binding affinities towards plasmepsin IV. Here, we utilize automated docking, molecular dynamics and binding free energy calculations with the linear interaction energy LIE method to investigate the binding of allophenylnorstatine inhibitors to plasmepsin IV from two different species. The calculations yield excellent agreement with experimental binding data and provide new information regarding protonation states of active site residues as well as conformational properties of the inhibitor complexes.

  • 59. Gutiérrez-de-Terán, Hugo
    et al.
    Pastor, Manuel
    Centeno, Nuria B
    Aqvist, Johan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Sanz, Ferran
    Comparative analysis of putative agonist-binding modes in the human A1 adenosine2004Ingår i: Chembiochem, ISSN 1439-4227, Vol. 5, nr 6, s. 841-9Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 60.
    Hallberg, BM
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Bergfors, T
    Kemiska sektionen, Institutionen för naturvetenskaplig biokemi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Backbro, K
    Pettersson, G
    Henriksson, G
    Divne, C
    A new scaffold for binding haem in the cytochrome domain of the extracellular flavocytochrome cellobiose dehydrogenase2000Ingår i: STRUCTURE WITH FOLDING & DESIGN, ISSN 0969-2126, Vol. 8, nr 1, s. 79-88Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Background: The fungal oxidoreductase cellobiose dehydrogenase (CDH) degrades both lignin and cellulose, and is the only known extracellular flavocytochrome. This haemoflavoenzyme has a multidomain organisation with a b-type cytochrome domain linked to a

  • 61.
    Hansson, T., Marelius, J.
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Åqvist, J
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Ligand Binding Affinity Prediction by Linear Interaction Energy Methods1998Ingår i: J. Comput.-Aided Mol. Design, Vol. 12, s. 27-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 62.
    Hansson, T., Nordlund, P.
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Åqvist, J
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Energetics of Nucleophile Activation in a Protein Tyrosine Phosphatase1997Ingår i: J. Mol. Biol., Vol. 265, s. 118-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 63.
    Hansson, T.
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Åqvist, J
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Estimation of Binding Free Energies for HIV Proteinase Inhibitors by Molecular Dynamics Simulations1995Ingår i: Protein Eng., Vol. 8, s. 1137-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 64. Harel, M
    et al.
    Kleywegt, G J
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Ravelli, R B
    Silman, I
    Sussman, J L
    Crystal structure of an acetylcholinesterase-fasciculin complex: interaction of a three-fingered toxin from snake venom with its target.1995Ingår i: Structure, ISSN 0969-2126, Vol. 3, nr 12, s. 1355-66Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    BACKGROUND: Fasciculin (FAS), a 61-residue polypeptide purified from mamba venom, is a three-fingered toxin which is a powerful reversible inhibitor of acetylcholinesterase (AChE). Solution of the three-dimensional structure of the AChE/FAS complex would provide the first structure of a three-fingered toxin complexed with its target. RESULTS: The structure of a complex between Torpedo californica AChE and fasciculin-II (FAS-II), from the venom of the green mamba (Dendroaspis angusticeps) was solved by molecular replacement techniques, and refined at 3.0 A resolution to an R-factor of 0.231. The structure reveals a stoichiometric complex with one FAS molecule bound to each AChE subunit. The AChE and FAS conformations in the complex are very similar to those in their isolated structures. FAS is bound at the 'peripheral' anionic site of AChE, sealing the narrow gorge leading to the active site, with the dipole moments of the two molecules roughly aligned. The high affinity of FAS for AChE is due to a remarkable surface complementarity, involving a large contact area (approximately 2000 A2) and many residues either unique to FAS or rare in other three-fingered toxins. The first loop, or finger, of FAS reaches down the outer surface of the thin aspect of the gorge. The second loop inserts into the gorge, with an unusual stacking interaction between Met33 in FAS and Trp279 in AChE. The third loop points away from the gorge, but the C-terminal residue makes contact with the enzyme. CONCLUSIONS: Two conserved aromatic residues in the AChE peripheral anionic site make important contacts with FAS. The absence of these residues from chicken and insect AChEs and from butyrylcholinesterase explains the very large reduction in the affinity of these enzymes for FAS. Several basic residues in FAS make important contacts with AChE. The complementarity between FAS and AChE is unusual, inasmuch as it involves a number of charged residues, but lacks any intermolecular salt linkages.

  • 65. Hederos, Sofia
    et al.
    Broo, Kerstin
    Jakobsson, Emma
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Kemiska sektionen, Institutionen för biokemi och organisk kemi, Organisk kemi II. Biokemi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Kleywegt, Gerard J
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Kemiska sektionen, Institutionen för biokemi och organisk kemi, Organisk kemi II. Biokemi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Mannervik, Bengt
    Kemiska sektionen, Institutionen för biokemi och organisk kemi, Organisk kemi II. Biokemi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Baltzer, Lars
    Kemiska sektionen, Institutionen för biokemi och organisk kemi, Organisk kemi II. Biokemi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    A new enzyme by rational design - the incorporation of a single His residue enables efficient thioester hydrolysis by human glutathione transferase A1-12004Ingår i: Proc. Nat. Acad. Sci., Vol. 101, s. 13163-13167Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    A strategy for rational enzyme design is reported and illustrated by the engineering of a protein catalyst for thiol-ester hydrolysis. Five mutants of human glutathione (GSH; gamma-Glu-Cys-Gly) transferase A1-1 were designed in the search for a catalyst and to provide a set of proteins from which the reaction mechanism could be elucidated. The single mutant A216H catalyzed the hydrolysis of the S-benzoyl ester of GSH under turnover conditions with a k(cat)/K(M) of 156 M(-1) x min(-1), and a catalytic proficiency of >10(7) M(-1) when compared with the first-order rate constant of the uncatalyzed reaction. The wild-type enzyme did not hydrolyze the substrate, and thus, the introduction of a single histidine residue transformed the wild-type enzyme into a turnover system for thiol-ester hydrolysis. By kinetic analysis of single, double, and triple mutants, as well as from studies of reaction products, it was established that the enzyme A216H catalyzes the hydrolysis of the thiol-ester substrate by a mechanism that includes an acyl intermediate at the side chain of Y9. Kinetic measurements and the crystal structure of the A216H GSH complex provided compelling evidence that H216 acts as a general-base catalyst. The introduction of a single His residue into human GSH transferase A1-1 created an unprecedented enzymatic function, suggesting a strategy that may be of broad applicability in the design of new enzymes. The protein catalyst has the hallmarks of a native enzyme and is expected to catalyze various hydrolytic, as well as transesterification, reactions.

  • 66. Hederos, Sofia
    et al.
    Broo, Kerstin S
    Jakobsson, Emma
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Kemiska sektionen, Institutionen för biokemi och organisk kemi, Biokemi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi. ICM.
    Kleywegt, Gerard J
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Kemiska sektionen, Institutionen för biokemi och organisk kemi, Biokemi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi. ICM.
    Mannervik, Bengt
    Institutionen för naturvetenskaplig biokemi. Kemiska sektionen, Institutionen för biokemi och organisk kemi, Biokemi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Baltzer, Lars
    Kemiska institutionen. Kemiska sektionen, Institutionen för biokemi och organisk kemi, Biokemi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Incorporation of a single His residue by rational design enables thiol-ester hydrolysis by human glutathione transferase A1-1.2004Ingår i: Proc Natl Acad Sci U S A, ISSN 0027-8424, Vol. 101, nr 36, s. 13163-7Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    A strategy for rational enzyme design is reported and illustrated by the engineering of a protein catalyst for thiol-ester hydrolysis. Five mutants of human glutathione (GSH; gamma-Glu-Cys-Gly) transferase A1-1 were designed in the search for a catalyst and to provide a set of proteins from which the reaction mechanism could be elucidated. The single mutant A216H catalyzed the hydrolysis of the S-benzoyl ester of GSH under turnover conditions with a k(cat)/K(M) of 156 M(-1) x min(-1), and a catalytic proficiency of >10(7) M(-1) when compared with the first-order rate constant of the uncatalyzed reaction. The wild-type enzyme did not hydrolyze the substrate, and thus, the introduction of a single histidine residue transformed the wild-type enzyme into a turnover system for thiol-ester hydrolysis. By kinetic analysis of single, double, and triple mutants, as well as from studies of reaction products, it was established that the enzyme A216H catalyzes the hydrolysis of the thiol-ester substrate by a mechanism that includes an acyl intermediate at the side chain of Y9. Kinetic measurements and the crystal structure of the A216H GSH complex provided compelling evidence that H216 acts as a general-base catalyst. The introduction of a single His residue into human GSH transferase A1-1 created an unprecedented enzymatic function, suggesting a strategy that may be of broad applicability in the design of new enzymes. The protein catalyst has the hallmarks of a native enzyme and is expected to catalyze various hydrolytic, as well as transesterification, reactions.

  • 67.
    Helgstrand, Charlotte
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi. Strukturbiologi.
    Grahn, Elin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi. Strukturbiologi.
    Moss, T.
    Stonehouse, N.J.
    Tars, Kaspars
    Stockley, P.G.
    Liljas, Lars
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi. Strukturbiologi.
    Investigating the structural basis of purine specificity in the structures of MS2 coat protein RNA translational operator hairpins2002Ingår i: Nucleic Acids Research, Vol. 30, s. 2678-2685Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 68.
    Helgstrand, Charlotte
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi. Strukturbiologi.
    Munshi, Sanjeev
    Johnson, John E
    Liljas, Lars
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi. Strukturbiologi.
    The refined structure of Nudaurelia capensis omega virus reveals control elements for a T = 4 capsid maturation.2004Ingår i: Virology, ISSN 0042-6822, Vol. 318, nr 1, s. 192-203Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
  • 69.
    Helgstrand, Charlotte
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi. STRUCTURAL MOLECULAR BIOLOGY.
    Wikoff, W. R.
    Duda, R. L.
    Hendrix, R. W.
    Johnson, J. E.
    Liljas, Lars
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi. Strukturbiologi.
    The refined structure of a protein catenane: the HK97 bacteriophage capsid at 3.44 Å resolution2003Ingår i: Journal of Molecular Biology, Vol. 334, s. 885-899Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 70.
    Henriksson, Lena M
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Björkelid, Christofer
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Mowbray, Sherry L
    Unge, Torsten
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    The 1.9 A resolution structure of Mycobacterium tuberculosis 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, a potential drug target.2006Ingår i: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr, ISSN 0907-4449, Vol. 62, nr Pt 7, s. 807-13Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase catalyzes the NADPH-dependent rearrangement and reduction of 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate to form 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate, as the second step of the deoxyxylulose 5-phosphate/methylerythritol 4-phosphate pathway found in many bacteria and plants. The end product, isopentenyl diphosphate, is the precursor of various isoprenoids vital to all living organisms. The pathway is not found in humans; the mevalonate pathway is instead used for the formation of isopentenyl diphosphate. This difference, combined with its essentiality, makes the reductoisomerase an excellent drug target in a number of pathogenic organisms. The structure of 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase from Mycobacterium tuberculosis (Rv2870c) was solved by molecular replacement and refined to a resolution of 1.9 A. The enzyme exhibited an estimated kcat of 5.3 s-1 and Km and kcat/Km values of 7.2 microM and 7.4x10(5) M-1 s-1 for NADPH and 340 microM and 1.6x10(4) M-1 s-1 for 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate. In the structure, a sulfate is bound at the expected site of the phosphate moiety of the sugar substrate. The M. tuberculosis enzyme displays a similar fold to the previously published structures from Escherichia coli and Zymomonas mobilis. Comparisons offer suggestions for the design of specific drugs. Furthermore, the new structure represents an intermediate conformation between the open apo form and the closed holo form observed previously, giving insights into the conformational changes associated with catalysis.

  • 71. Hogberg, M
    et al.
    Sahlberg, C
    Engelhardt, P
    Noreen, R
    Kangasmetsa, J
    Johansson, NG
    Oberg, B
    Vrang, L
    Zhang, H
    Sahlberg, BL
    Unge, T
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Lovgren, S
    Fridborg, K
    Backbro, K
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Urea-PETT compounds as a new class of HIV-1 reverse transcriptase inhibitors. 3. Synthesis and further structure-activity relationship studies of PETT analogues1999Ingår i: JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY, ISSN 0022-2623, Vol. 42, nr 20, s. 4150-4160Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    The further development-of allosteric HIV-1 RT inhibitors in the urea analogue series of PETT (phenylethylthiazolylthiourea) derivatives is described here. The series includes derivatives with an ethyl linker (1-5) and racemic (6-16) and enantiomeric (17-

  • 72. Horn, Wilf T
    et al.
    Convery, Máire A
    Stonehouse, Nicola J
    Adams, Chris J
    Liljas, Lars
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi. Strukturbiologi.
    Phillips, Simon E V
    Stockley, Peter G
    The crystal structure of a high affinity RNA stem-loop complexed with the bacteriophage MS2 capsid: further challenges in the modeling of ligand-RNA interactions.2004Ingår i: RNA, ISSN 1355-8382, Vol. 10, nr 11, s. 1776-82Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
  • 73. Horn, Wilf
    et al.
    Tars, Kaspars
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Grahn, Elin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Helgstrand, Charlotte
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Baron, Andrew J.
    Lago, Hugo
    Adams, Chris J.
    Peabody, David S.
    Phillips, Simon E.V.
    Stonehouse, Nicola J.
    Liljas, Lars
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Stockley, Peter G.
    Structural basis of RNA binding discrimination between bacteriophages Qbeta and MS22006Ingår i: Structure, Vol. 14, s. 487-495Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 74.
    Hultén, Johan
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Bonham, Nicholas M
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Nillroth, Ulrika
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för naturvetenskaplig biokemi.
    Hansson, Tomas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Zuccarello, Guido
    Bouzide, Abderrahim
    Åqvist, Johan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Classon, Björn
    Danielson, U Helena
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för naturvetenskaplig biokemi.
    Karlén, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Kvarnström, Ingemar
    Samuelsson, Bertil
    Hallberg, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Cyclic HIV-1 protease inhibitors derived from mannitol: synthesis, inhibitory potencies, and computational predictions of binding affinities1997Ingår i: Journal of Medicinal Chemistry, ISSN 0022-2623, E-ISSN 1520-4804, Vol. 40, nr 6, s. 885-897Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Ten C-2-symmetric cyclic urea and sulfamide derivatives have been synthesized from L-mannonic gamma-lactone and D-mannitol. The results of experimental measurement of their inhibitory potencies against HIV-1 protease were compared to calculated free energies of binding derived from molecular dynamics (MD) simulations. The compounds were selected, firstly, to enable elucidation of the role of stereochemistry for binding affinity (1a-d) and, secondly, to allow evaluation of the effects of variation in the link to the P1 and P1' phenyl groups on affinity (la and 2-5). Thirdly, compounds with hydrogen bond-accepting or -donating groups attached to the phenyl groups in the P2 and P2' side chains (6 and 7) were selected. Binding free energies were estimated by a linear response method, whose predictive power for estimating binding affinities from MD simulations was demonstrated.

  • 75.
    Ingvarsson, Henrik
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Structural studies of Caseinolytic protease 1 from Mycobacterium tuberculosis and Methionyl-tRNA synthetase from Mycobacterium smegmatis2010Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Tuberculosis is a severe disease that causes about 2 million deaths every year. It is a worldwide threat and it is estimated that one-third of the world’s population carries the infection. The severe side effects of the present drugs, and the more than 6 months long treatment, in addition to the development of resistant bacterial strains, are the incentives for the intensified search for new drugs. In this work two potential mycobacterial drug targets have been studied: Caseinolytic protease 1 (ClpP1) from Mycobacterium tuberculosis (Mt) and Methionyl-tRNA synthetase (MetRS) from Mycobacterium smegmatis (Ms).

    The X-ray stucture of ClpP1 was determined to 3.0 Å resolution. The study gives details on the tetradecameric arrangement of the enzyme. Two hepameric discs assemble to form a chamber containing the catalytic activity mediated by each of the monomers. The chamber can be reached by two pores. Comparison with the human homologue reveals important structural differences.

    The X-ray studies on Ms MetRS were done to 2.3 Å and 2.8 Å resolution. The study gives details on the flexibility of the enzyme and how this is related to activity. Important findings are identification of an intermediate structure in which the methionine to be adenylated is bound in the catalytic site in a tight complex. The catalytic site and the anticodon recognizing domains are separated and the structural results indicate communication between the domains. The possibility to allosterically inhibit the enzyme is discussed.

    Delarbeten
    1. Crystallization of Mycobacterium smegmatis methionyl-tRNA synthetase in the presence of methionine and adenosine
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Crystallization of Mycobacterium smegmatis methionyl-tRNA synthetase in the presence of methionine and adenosine
    2009 (Engelska)Ingår i: Acta Crystallographica. Section F: Structural Biology and Crystallization Communications, ISSN 1744-3091, E-ISSN 1744-3091, Vol. 65, nr Part 6, s. 618-620Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Abstract [en]

    Methionyl-tRNA synthetase (MetRS) from Mycobacterium smegmatis was recombinantly expressed in Escherichia coli and purified using Ni(2+)-affinity and size-exclusion chromatography. Crystals formed readily in the presence of the ligands methionine and adenosine. These two ligands are components of an intermediate in the two-step catalytic mechanism of MetRS. The crystals were produced using the vapour-diffusion method and a full data set to 2.1 A resolution was collected from a single crystal. The crystal belonged to the monoclinic space group C2, with unit-cell parameters a = 155.9, b = 138.9, c = 123.3 A, beta = 124.8 degrees . The presence of three molecules in the asymmetric unit corresponded to a solvent content of 60% and a Matthews coefficient of 3.1 A(3) Da(-1). Structure determination is in progress.

    Nyckelord
    methionyl-tRNA synthetase, MetRS, Mycobacterium tuberculosis, methionine, adenosine
    Nationell ämneskategori
    Biologiska vetenskaper
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-110780 (URN)10.1107/S1744309109016704 (DOI)000266452100020 ()19478446 (PubMedID)
    Tillgänglig från: 2009-11-24 Skapad: 2009-11-24 Senast uppdaterad: 2017-12-12Bibliografiskt granskad
    2. Insights into the inter-ring plasticity of caseinolytic proteases from the X-ray structure of Mycobacterium tuberculosis ClpP1
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Insights into the inter-ring plasticity of caseinolytic proteases from the X-ray structure of Mycobacterium tuberculosis ClpP1
    Visa övriga...
    2007 (Engelska)Ingår i: Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography, ISSN 0907-4449, E-ISSN 1399-0047, Vol. 63, nr 2, s. 249-259Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Abstract [en]

    Mycobacterium tuberculosis caseinolytic protease ClpP1 (Mt ClpP1) is a self-compartmentalized protease consisting of two heptameric rings stacked on top of each other, thus enclosing a catalytic chamber. Within the chamber, which can be reached through two axial pores, each of the 14 identical monomers possesses a serine protease active site. The unfolding and translocation of substrates into the chamber are mediated by associated hexameric ATPases covering the axial pores. Three crystal structures of Mt ClpP1, determined by molecular replacement, are presented in this study. Two of the models were refined to a resolution of 2.6 A and the third to 3.0 A. It was found that disorder in the handle domain affects the formation and configuration of the tetradecamer and results in condensed structures with larger equatorial pores when compared with ClpPs from other species. Additionally, this disorder accompanies conformational changes of the residues in the catalytic triad. The models also reveal structural differences within the N-terminal hairpin-loop domain, which possibly reflect the significant differences in amino-acid sequence between Mt ClpP1 and other ClpP homologues in this region.

    Nyckelord
    Caseinolytic protease, ClpP1, Mycobacterium tuberculosis, Rv2461c, Tetradecamer
    Nationell ämneskategori
    Biologiska vetenskaper
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-23520 (URN)10.1107/S0907444906050530 (DOI)000243495700014 ()17242518 (PubMedID)
    Tillgänglig från: 2007-01-30 Skapad: 2007-01-30 Senast uppdaterad: 2017-12-07Bibliografiskt granskad
    3. Flexibility and communication within the structure of the Mycobacterium smegmatis methionyl-tRNA synthetase
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Flexibility and communication within the structure of the Mycobacterium smegmatis methionyl-tRNA synthetase
    2010 (Engelska)Ingår i: The FEBS Journal, ISSN 1742-464X, E-ISSN 1742-4658, Vol. 277, nr 19, s. 3947-3962Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Abstract [en]

    Two structures of monomeric methionyl-tRNA synthetase, from Mycobacterium smegmatis, in complex with the ligands methionine/adenosine and methionine, were analyzed by X-ray crystallography at 2.3 Å and at 2.8 Å, respectively. The structures demonstrated the flexibility of the multidomain enzyme. A new conformation of the structure was identified in which the connective peptide domain bound more closely to the catalytic domain than described previously. The KMSKS(301-305) loop in our structures was in an open and inactive conformation that differed from previous structures by a rotation of the loop of about 90° around hinges located at Asn297 and Val310. The binding of adenosine to the methionyl-tRNA synthetase methionine complex caused a shift in the KMSKS domain that brought it closer to the catalytic domain. The potential use of the adenosine-binding site for inhibitor binding was evaluated and a potential binding site for a specific allosteric inhibitor was identified.

    Nyckelord
    Mycobacterium smegmatis, methinoly-tRNA synthetase, methionine, adenosine
    Nationell ämneskategori
    Biokemi och molekylärbiologi
    Forskningsämne
    Biologi med inriktning mot strukturbiologi
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-121752 (URN)10.1111/j.1742-4658.2010.07784.x (DOI)000281850200008 ()
    Tillgänglig från: 2010-03-29 Skapad: 2010-03-29 Senast uppdaterad: 2017-12-12Bibliografiskt granskad
  • 76.
    Ingvarsson, Henrik
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Jones, T Alwyn
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Unge, Torsten
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Crystallization of Mycobacterium smegmatis methionyl-tRNA synthetase in the presence of methionine and adenosine2009Ingår i: Acta Crystallographica. Section F: Structural Biology and Crystallization Communications, ISSN 1744-3091, E-ISSN 1744-3091, Vol. 65, nr Part 6, s. 618-620Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Methionyl-tRNA synthetase (MetRS) from Mycobacterium smegmatis was recombinantly expressed in Escherichia coli and purified using Ni(2+)-affinity and size-exclusion chromatography. Crystals formed readily in the presence of the ligands methionine and adenosine. These two ligands are components of an intermediate in the two-step catalytic mechanism of MetRS. The crystals were produced using the vapour-diffusion method and a full data set to 2.1 A resolution was collected from a single crystal. The crystal belonged to the monoclinic space group C2, with unit-cell parameters a = 155.9, b = 138.9, c = 123.3 A, beta = 124.8 degrees . The presence of three molecules in the asymmetric unit corresponded to a solvent content of 60% and a Matthews coefficient of 3.1 A(3) Da(-1). Structure determination is in progress.

  • 77.
    Ingvarsson, Henrik
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Maté, María J.
    Högbom, Martin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi.
    Portnoï, Denis
    Benaroudj, Nadia
    Alzari, Pedro M.
    Ortiz-Lombardía, Miguel
    Unge, Torsten
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Insights into the inter-ring plasticity of caseinolytic proteases from the X-ray structure of Mycobacterium tuberculosis ClpP12007Ingår i: Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography, ISSN 0907-4449, E-ISSN 1399-0047, Vol. 63, nr 2, s. 249-259Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Mycobacterium tuberculosis caseinolytic protease ClpP1 (Mt ClpP1) is a self-compartmentalized protease consisting of two heptameric rings stacked on top of each other, thus enclosing a catalytic chamber. Within the chamber, which can be reached through two axial pores, each of the 14 identical monomers possesses a serine protease active site. The unfolding and translocation of substrates into the chamber are mediated by associated hexameric ATPases covering the axial pores. Three crystal structures of Mt ClpP1, determined by molecular replacement, are presented in this study. Two of the models were refined to a resolution of 2.6 A and the third to 3.0 A. It was found that disorder in the handle domain affects the formation and configuration of the tetradecamer and results in condensed structures with larger equatorial pores when compared with ClpPs from other species. Additionally, this disorder accompanies conformational changes of the residues in the catalytic triad. The models also reveal structural differences within the N-terminal hairpin-loop domain, which possibly reflect the significant differences in amino-acid sequence between Mt ClpP1 and other ClpP homologues in this region.

  • 78.
    Ingvarsson, Henrik
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Unge, Torsten
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Flexibility and communication within the structure of the Mycobacterium smegmatis methionyl-tRNA synthetase2010Ingår i: The FEBS Journal, ISSN 1742-464X, E-ISSN 1742-4658, Vol. 277, nr 19, s. 3947-3962Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Two structures of monomeric methionyl-tRNA synthetase, from Mycobacterium smegmatis, in complex with the ligands methionine/adenosine and methionine, were analyzed by X-ray crystallography at 2.3 Å and at 2.8 Å, respectively. The structures demonstrated the flexibility of the multidomain enzyme. A new conformation of the structure was identified in which the connective peptide domain bound more closely to the catalytic domain than described previously. The KMSKS(301-305) loop in our structures was in an open and inactive conformation that differed from previous structures by a rotation of the loop of about 90° around hinges located at Asn297 and Val310. The binding of adenosine to the methionyl-tRNA synthetase methionine complex caused a shift in the KMSKS domain that brought it closer to the catalytic domain. The potential use of the adenosine-binding site for inhibitor binding was evaluated and a potential binding site for a specific allosteric inhibitor was identified.

  • 79.
    Jakobsson, Emma
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Alvite, Gabriela
    Bergfors, Terese
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Esteves, Adriana
    Kleywegt, Gerard J
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    The crystal structure of Echinococcus granulosus fatty-acid-binding protein 1.2003Ingår i: Biochim Biophys Acta, ISSN 0006-3002, Vol. 1649, nr 1, s. 40-50Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    We describe the 1.6 A crystal structure of the fatty-acid-binding protein EgFABP1 from the parasitic platyhelminth Echinococcus granulosus. E. granulosus causes hydatid disease, which is a major zoonosis. EgFABP1 has been implicated in the acquisition, storage, and transport of lipids, and may be important to the organism since it is incapable of synthesising most of its lipids de novo. Moreover, EgFABP1 is a promising candidate for a vaccine against hydatid disease.The crystal structure reveals that EgFABP1 has the expected 10-stranded beta-barrel fold typical of the family of intracellular lipid-binding proteins, and that it is structurally most similar to P2 myelin protein. We describe the comparison of the crystal structure of EgFABP1 with these proteins and with an older homology model for EgFABP1.The electron density reveals the presence of a bound ligand inside the cavity, which we have interpreted as palmitic acid. The carboxylate group of the fatty acid interacts with the protein's P2 motif, consisting of a conserved triad R em leader R-x-Y. The hydrophobic tail of the ligand assumes a fairly flat, U-shaped conformation and has relatively few interactions with the protein.We discuss some of the structural implications of the crystal structure of EgFABP1 for related platyhelminthic FABPs.

  • 80.
    Jakobsson, Emma
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Nilsson, Joakim
    Källström, Ulla
    Ogg, Derek
    Kleywegt, Gerard J
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Crystallization of a truncated soluble human semicarbazide-sensitive amine oxidase.2005Ingår i: Acta Crystallograph Sect F Struct Biol Cryst Commun, ISSN 1744-3091, Vol. 61, nr Pt 3, s. 274-8Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Human semicarbazide-sensitive amine oxidase (SSAO) is a homodimeric copper-containing monoamine oxidase that occurs in both a membrane-bound and a soluble form. SSAO is also known as vascular adhesion protein-1 (VAP-1). A truncated soluble form of human SSAO (comprising residues 29-763) was expressed in human embryonic kidney 293 cells and purified to homogeneity. Tetragonal crystals were obtained and a data set extending to 2.5 A was collected. The crystals are merohedrally twinned and the estimation of the twinning fraction was complicated by pseudo-symmetry and the anisotropic character of the crystals. Using a recently developed method for twinning detection that is insensitive to phenomena such as anisotropy or pseudo-symmetry [Padilla & Yeates (2003), Acta Cryst. D59, 1124-1130], the twinning fraction was estimated to be 0.3. The structure was eventually solved by molecular replacement in space group P4(3).

  • 81.
    Jakobsson, Emma
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Nilsson, Joakim
    Ogg, Derek
    Kleywegt, Gerard J
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Structure of human semicarbazide-sensitive amine oxidase/vascular adhesion protein-1.2005Ingår i: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr, ISSN 0907-4449, Vol. 61, nr Pt 11, s. 1550-62Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Semicarbazide-sensitive amine oxidase (SSAO) belongs to a ubiquitous family of copper-containing amine oxidases (CuAOs). SSAO is also known as vascular adhesion protein-1 (VAP-1) and has been identified as one of the adhesion molecules involved in the leukocyte-extravasation process. The structure of a truncated soluble form of human SSAO has been solved and refined to 2.5 A. As expected, SSAO is a homodimer with a fold typical of the CuAO family. The topaquinone (TPQ) cofactor and a copper ion characteristic of CuAOs are present in the active site, with the TPQ in the active ;off-copper' conformation. The structure reveals that a leucine residue (Leu469) located adjacent to the active site could function as a gate controlling its accessibility. An RGD motif is displayed on the surface, where it could be involved in integrin binding and possibly play a role in the shedding of SSAO from the membrane. Carbohydrate moieties are observed at five of six potential N-glycosylation sites. Carbohydrates attached to Asn232 flank the active-site entrance and might influence substrate specificity. The structure of an adduct of SSAO and the irreversible inhibitor 2-hydrazinopyridine has been solved and refined to 2.9 A resolution. Together, these structures will aid efforts to identify natural substrates, provide valuable information for the design of specific inhibitors and direct further studies.

  • 82.
    Johansson, Patrik
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Castell, Alina
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Jones, T. Alwyn
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Bäckbro, Kristina
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Structure and function of Rv0130, a conserved hypothetical protein from Mycobacterium tuberculosis2006Ingår i: Protein Science, ISSN 0961-8368, E-ISSN 1469-896X, Vol. 15, nr 10, s. 2300-2309Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    A large fraction of the Mycobacterium tuberculosis genome codes for proteins of unknown function. We here report the structure of one of these proteins, Rv0130, solved to a resolution of 1.8 angstrom. The Rv0130 monomer features a single hotdog fold composed of a highly curved beta-sheet on top of a long and a short alpha-helix. Two monomers in turn pack to form a double-hotdog-folded homodimer, similar to a large group of enzymes that use thiol esters as substrates. Rv0130 was found to contain a highly conserved R-specific hydratase motif buried deeply between the two monomers. Our biochemical studies show that the protein is able to hydrate a short trans-2-enoyl-coenzyme A moiety with a k(cat) of 1.1 x 10(2) sec(-1). The importance of the side chains of D40 and H45 for hydratase activity is demonstrated by site-directed mutagenesis. In contrast to many hotdog-folded proteins, a proline residue distorts the central helix of Rv0130. This distortion allows the creation of a long, curved tunnel, similar to the substrate-binding channels of long-chain eukaryotic hydratase 2 enzymes.

  • 83.
    Johansson, Patrik
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Unge, Torsten
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Cronin, Annette
    Arand, Michael
    Bergfors, Terese
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Jones, T Alwyn
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi. Structural Biology Program.
    Mowbray, Sherry L
    Structure of an atypical epoxide hydrolase from Mycobacterium tuberculosis2005Ingår i: J Mol Biol, ISSN 0022-2836, Vol. 351, nr 5, s. 1048-56Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 84.
    Jones, TA
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Kleywegt, GJ
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    CASP3 comparative modeling evaluation1999Ingår i: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, ISSN 0887-3585, E-ISSN 1097-0134, s. 30-46Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    We report our evaluation of the CASP3 comparative modelling competition. Our analysis covers the accuracy of the over-all fold, the bridging of insertions and deletions, and the adding of side-chains. We describe our attempts at automating aspects of the evaluation.

  • 85.
    Karlsson, E
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för naturvetenskaplig biokemi. Institutionen för biokemi och organisk kemi, Biokemi. Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Harvey, A L
    Cervenansky, C
    Kleywegt, G J
    Institutionen för biokemi och organisk kemi, Biokemi. Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Harel, M
    Silman, I
    Sussman, J L
    Fasciculins, cholinesterase inhibitors from mamba venoms1998Ingår i: Enzymes from snake venom, Alaken, Inc., Fort Collins, CO , 1998, s. 633-688Kapitel i bok, del av antologi (Övrigt vetenskapligt)
  • 86.
    Kleywegt, G J
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Brünger, A T
    Checking your imagination: applications of the free R value.1996Ingår i: Structure, ISSN 0969-2126, Vol. 4, nr 8, s. 897-904Artikel, forskningsöversikt (Övrig (populärvetenskap, debatt, mm))
  • 87.
    Kleywegt, G J
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Hansson, H
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Retrieval and validation of structural information2005Ingår i: Structural genomics and high throughput structural biology, Taylor & Francis, Boca raton , 2005Kapitel i bok, del av antologi (Övrigt vetenskapligt)
  • 88.
    Kleywegt, G J
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Henrick, K
    Dodson, E J
    van Aalten, D M F
    Pound-wise but penny-foolish: How well do micromolecules fare in macromolecular refinement ?2003Ingår i: Structure, Vol. 11, s. 1051-1059Artikel, forskningsöversikt (Övrig (populärvetenskap, debatt, mm))
    Abstract [en]

    For the refinement of protein and nucleic acid structures, high-quality geometric restraint libraries are available. Unfortunately, for other compounds, such as physiological ligands, lead compounds, substrate analogs, etc., the situation is not as favorable. As a result, the structures of small molecules found in complexes with biomacromolecules are often less reliable than those of the surrounding amino or nucleic acids. Here, we briefly review the use of geometric restraints in structure refinement (be it against X-ray crystallographic or NMR-derived data) and simulation. In addition, we discuss methods to generate both restraint libraries and (idealized) coordinates for small molecules and provide some practical advice.

  • 89.
    Kleywegt, G J
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Jones, T A
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Braille for pugilists1995Ingår i: Making the most of your model, SERC Daresbury Laboratory, Daresbury, U.K. , 1995, s. 11-24Kapitel i bok, del av antologi (Övrigt vetenskapligt)
  • 90.
    Kleywegt, G J
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Jones, T A
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Detection, delineation, measurement and display of cavities in macromolecular structures.1994Ingår i: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr, ISSN 0907-4449, Vol. 50, nr Pt 2, s. 178-85Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    A computer program, VOIDOO, is described which can be employed in the study of cavities such as they occur in macromolecular structures (in particular, in proteins). The program can be used to detect unknown cavities or to delineate known cavities, either of which may be connected to the outside of the molecule or molecular assembly under study. Optionally, output files can be requested that contain a description of the shape of the cavity which can be displayed by the crystallographic modelling program O. Additionally, VOIDOO can be used to calculate the volume of a molecule and to create a file containing data pertaining to the surface of the molecule which can also be displayed using O. Examples of the use of VOIDOO are given for P2 myelin protein, cellular retinol-binding protein and cellobiohydrolase II. Finally, operational definitions to discern different types of cavity are introduced and guidelines for assessing the accuracy and improving the comparability of cavity calculations are given.

  • 91.
    Kleywegt, G J
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Jones, T A
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Halloween ... Masks and Bones1994Ingår i: From First Map to Final Model, SERC Daresbury Laboratory, Daresbury, U.K. , 1994, s. 59-66Kapitel i bok, del av antologi (Övrigt vetenskapligt)
  • 92.
    Kleywegt, Gerard J.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    On vital aid: the why, what and how of validation2009Ingår i: Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography, ISSN 0907-4449, E-ISSN 1399-0047, Vol. 65, nr Pt 2, s. 134-139Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Limitations to the data and subjectivity in the structure-determination process may cause errors in macromolecular crystal structures. Appropriate validation techniques may be used to reveal problems in structures, ideally before they are analysed, published or deposited. Additionally, such techniques may be used a posteriori to assess the (relative) merits of a model by potential users. Weak validation methods and statistics assess how well a model reproduces the information that was used in its construction (i.e. experimental data and prior knowledge). Strong methods and statistics, on the other hand, test how well a model predicts data or information that were not used in the structure-determination process. These may be data that were excluded from the process on purpose, general knowledge about macromolecular structure, information about the biological role and biochemical activity of the molecule under study or its mutants or complexes and predictions that are based on the model and that can be tested experimentally.

  • 93.
    Kleywegt, Gerard J
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Quality control and validation.2006Ingår i: Methods Mol Biol, ISSN 1064-3745, Vol. 364, s. 255-72Artikel, forskningsöversikt (Övrig (populärvetenskap, debatt, mm))
    Abstract [en]

    This chapter discusses two important aspects of the structure determination process that are related to the accuracy and reliability of the crystallographic model under investigation. Quality control is defined as the analysis of an intermediate model to identify aspects of it that are unusual in some sense and that could, therefore, be a result of errors in the model building or refinement process. Any such errors need to be fixed, if at all possible, prior to analysis and publication of the model. Validation is the process of assessing the reliability of the final model (or certain aspects of it, e.g., the active site residues) that is about to be analyzed, published, deposited, and possibly used in follow-up studies.

  • 94.
    Kleywegt, Gerard J
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Separating model optimization and model validation in statistical cross-validation as applied to crystallography.2007Ingår i: Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography, ISSN 0907-4449, E-ISSN 1399-0047, Vol. 63, nr 9, s. 939-940Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Statistical cross-validation has become an integral part of the model-refinement process in macromolecular crystallography. However, the test set of reflections, for which the free R value is calculated, is used both to optimize the parameterization of the structure model and to validate the model itself. This practice could introduce bias and diminish the value of R(free) as an independent check of model quality. It is proposed here that by introducing a dormant hold-out set of reflections, any problems with such bias can be avoided. This procedure requires only a small modification of the standard cross-validation protocol.

  • 95.
    Kleywegt, Gerard J.
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Harris, Mark R.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    ValLigURL: a server for ligand-structure comparison and validation2007Ingår i: Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography, ISSN 0907-4449, E-ISSN 1399-0047, Vol. 63, s. 935-938Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    A new web-based tool called ValLigURL is described. It can be used by practising crystallographers to validate the geometry of a ligand and to compare the conformation of a ligand with all instances of that ligand in the structural database (wwPDB). In addition, it can be used by structural bioinformaticians to survey the quality or conformational diversity of any ligand across the entire structural database. The server is freely accessible at the URL http://eds.bmc.uu.se/eds/valligurl.php.

  • 96.
    Kleywegt, Gerard J
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Harris, Mark R
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Zou, Jin Yu
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Taylor, Thomas C
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Wählby, Anders
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Jones, T Alwyn
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    The Uppsala Electron-Density Server2004Ingår i: Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography, ISSN 0907-4449, E-ISSN 1399-0047, Vol. 60, nr Pt 12 Pt 1, s. 2240-2249Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The Uppsala Electron Density Server (EDS; http://eds.bmc.uu.se/) is a web-based facility that provides access to electron-density maps and statistics concerning the fit of crystal structures and their maps. Maps are available for approximately 87% of the crystallographic Protein Data Bank (PDB) entries for which structure factors have been deposited and for which straightforward map calculations succeed in reproducing the published R value to within five percentage points. Here, an account is provided of the methods that are used to generate the information contained in the server. Some of the problems that are encountered in the map-generation process as well as some spin-offs of the project are also discussed.

  • 97.
    Kleywegt, GJ
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Experimental assessment of differences between related protein crystal structures1999Ingår i: ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY, ISSN 0907-4449, Vol. 55, s. 1878-1884Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Prior to attaching any biological significance to differences between two related protein crystal structures, it must be established that such differences are genuine, rather than artefacts of the structure-determination protocol. This will be all the more important as more and more related protein structures are solved and comparative structural biology attempts to correlate structural differences with variations in biological function, activity or affinity. A method has been developed which enables unbiased assessment of differences between the structures of related biomacromolecules using experimental crystallographic information alone. It is based on the use of local density-correlation maps, which contain information regarding the similarity of the experimental electron density for corresponding parts of different copies of a molecule. The method can be used to assess a priori which parts of two or more molecules are likely to be structurally similar; this information can then be employed during structure refinement. Alternatively, the method can be used a posteriori to verify that differences observed in two or more models are supported by the experimental information. Several examples are discussed which validate the notion that local conformational variability is highly correlated to differences in the local experimental electron density.

  • 98.
    Kleywegt, GJ
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Recognition of spatial motifs in protein structures1999Ingår i: JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, ISSN 0022-2836, Vol. 285, nr 4, s. 1887-1897Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    As the structural database continues to expand, new methods are required to analyse and compare protein structures. Whereas the recognition, comparison, and classification of folds is now more or less a solved problem, tools for the study of constellations of small numbers of residues are few and far between. In this paper, two programs are described for the analysis of spatial motifs in protein structures. The first, SPASM, can be used to find the occurrence of a motif consisting of arbitrary main-chain and/or side-chains in a database of protein structures. The program also has a unique capability to carry out "fuzzy pattern matching" with relaxed requirements on the types of some or all of the matching residues. The second program, RIGOR, scans a single protein structure for the occurrence of any of a set of pre-defined motifs from a database. In one application, spatial motif recognition combined with profile analysis enabled the assignment of the structural and functional class of an uncharacterised hypothetical protein in the sequence database. In another application, the occurrence of short left-handed helical segments in protein structures was investigated, and such segments were found to be fairly common. Potential applications of the techniques presented here lie in the analysis of (newly determined) structures, in comparative structural analysis, in the design and engineering of novel functional sites, and in the prediction of structure and function of uncharacterised proteins. Copyright 1999 Academic Press.

  • 99.
    Kleywegt, GJ
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Use of non-crystallographic symmetry in protein structure refinement1996Ingår i: ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY, ISSN 0907-4449, Vol. 52, s. 842-857Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Several methods to assess the (dis)similarity of protein structures objectively are described, some of which, when applied to non-crystallographically related protein models, are able to discriminate between significant differences and 'random noise'. Some of these methods have been used to investigate a sample of several hundred protein structures which have been solved by means of X-ray crystallography in order to investigate the extent to which non-crystallographically related protein models differ from one another. It is shown that the extent of such differences is largely dependent on the resolution of the data used for the determination and refinement of the structure and, measured by some statistics, even varies essentially linearly with the resolution. The implications of these findings for the strategies used to refine structures with non-crystallographic symmetry, in particular at low resolution, are discussed. Finally, two examples are given of recent structure determinations from this laboratory in which the presence (and employment) of non-crystallographic symmetry was crucial to the solution and refinement of the structure.

  • 100.
    Kleywegt, GJ
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Validation of protein crystal structures2000Ingår i: Acta Crystallographica, Section D, Vol. 56, s. 1878-1884Artikel, forskningsöversikt (Övrig (populärvetenskap, debatt, mm))
    Abstract [en]

    Since the process of building and refining a model of a biomacromolecule based on crystallographic data is subjective, quality-control techniques are required to assess the validity of such models. During the 1990s, much experience was gained; the methods used and some of the lessons learned are reviewed here. In addition, an extensive compendium of quality criteria and quality-control methods that are or have been used to validate models of biomacromolecules has been compiled. The emphasis in this compendium is on the validation of protein crystal structures.

1234 51 - 100 av 200
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf