uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
Avgränsa sökresultatet
1234 51 - 100 av 158
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Träffar per sida
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
Markera
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 51. Demirkan, Ayse
    et al.
    van Duijn, Cornelia M.
    Ugocsai, Peter
    Isaacs, Aaron
    Pramstaller, Peter P.
    Liebisch, Gerhard
    Wilson, James F.
    Johansson, Åsa
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Rudan, Igor
    Aulchenko, Yurii S.
    Kirichenko, Anatoly V.
    Janssens, A. Cecile J. W.
    Jansen, Ritsert C.
    Gnewuch, Carsten
    Domingues, Francisco S.
    Pattaro, Cristian
    Wild, Sarah H.
    Jonasson, Inger
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Polasek, Ozren
    Zorkoltseva, Irina V.
    Hofman, Albert
    Karssen, Lennart C.
    Struchalin, Maksim
    Floyd, James
    Igl, Wilmar
    Biloglav, Zrinka
    Broer, Linda
    Pfeufer, Arne
    Pichler, Irene
    Campbell, Susan
    Zaboli, Ghazal
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Kolcic, Ivana
    Rivadeneira, Fernando
    Huffman, Jennifer
    Hastie, Nicholas D.
    Uitterlinden, Andre
    Franke, Lude
    Franklin, Christopher S.
    Vitart, Veronique
    Nelson, Christopher P.
    Preuss, Michael
    Bis, Joshua C.
    O'Donnell, Christopher J.
    Franceschini, Nora
    Witteman, Jacqueline C. M.
    Axenovich, Tatiana
    Oostra, Ben A.
    Meitinger, Thomas
    Hicks, Andrew A.
    Hayward, Caroline
    Wright, Alan F.
    Gyllensten, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Campbell, Harry
    Schmitz, Gerd
    Genome-Wide Association Study Identifies Novel Loci Associated with Circulating Phospho- and Sphingolipid Concentrations2012Ingår i: PLoS Genetics, ISSN 1553-7390, Vol. 8, nr 2, s. e1002490-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Phospho- and sphingolipids are crucial cellular and intracellular compounds. These lipids are required for active transport, a number of enzymatic processes, membrane formation, and cell signalling. Disruption of their metabolism leads to several diseases, with diverse neurological, psychiatric, and metabolic consequences. A large number of phospholipid and sphingolipid species can be detected and measured in human plasma. We conducted a meta-analysis of five European family-based genome-wide association studies (N = 4034) on plasma levels of 24 sphingomyelins (SPM), 9 ceramides (CER), 57 phosphatidylcholines (PC), 20 lysophosphatidylcholines (LPC), 27 phosphatidylethanolamines (PE), and 16 PE-based plasmalogens (PLPE), as well as their proportions in each major class. This effort yielded 25 genome-wide significant loci for phospholipids (smallest P-value = 9.88 x 10(-204)) and 10 loci for sphingolipids (smallest P-value = 3.10 x 10(-57)). After a correction for multiple comparisons (P-value, 2.2 x 10(-9)), we observed four novel loci significantly associated with phospholipids (PAQR9, AGPAT1, PKD2L1, PDXDC1) and two with sphingolipids (PLD2 and APOE) explaining up to 3.1% of the variance. Further analysis of the top findings with respect to within class molar proportions uncovered three additional loci for phospholipids (PNLIPRP2, PCDH20, and ABDH3) suggesting their involvement in either fatty acid elongation/saturation processes or fatty acid specific turnover mechanisms. Among those, 14 loci (KCNH7, AGPAT1, PNLIPRP2, SYT9, FADS1-2-3, DLG2, APOA1, ELOVL2, CDK17, LIPC, PDXDC1, PLD2, LASS4, and APOE) mapped into the glycerophospholipid and 12 loci (ILKAP, ITGA9, AGPAT1, FADS1-2-3, APOA1, PCDH20, LIPC, PDXDC1, SGPP1, APOE, LASS4, and PLD2) to the sphingolipid pathways. In large meta-analyses, associations between FADS1-2-3 and carotid intima media thickness, AGPAT1 and type 2 diabetes, and APOA1 and coronary artery disease were observed. In conclusion, our study identified nine novel phospho- and sphingolipid loci, substantially increasing our knowledge of the genetic basis for these traits.

  • 52.
    den Hoed, Marcel
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Eijgelsheim, Mark
    Esko, Tonu
    Brundel, Bianca J. J. M.
    Peal, David S.
    Evans, David M.
    Nolte, Ilja M.
    Segre, Ayellet V.
    Holm, Hilma
    Handsaker, Robert E.
    Westra, Harm-Jan
    Johnson, Toby
    Isaacs, Aaron
    Yang, Jian
    Lundby, Alicia
    Zhao, Jing Hua
    Kim, Young Jin
    Go, Min Jin
    Almgren, Peter
    Bochud, Murielle
    Boucher, Gabrielle
    Cornelis, Marilyn C.
    Gudbjartsson, Daniel
    Hadley, David
    van der Harst, Pim
    Hayward, Caroline
    den Heijer, Martin
    Igl, Wilmar
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Jackson, Anne U.
    Kutalik, Zoltan
    Luan, Jian'an
    Kemp, John P.
    Kristiansson, Kati
    Ladenvall, Claes
    Lorentzon, Mattias
    Montasser, May E.
    Njajou, Omer T.
    O'Reilly, Paul F.
    Padmanabhan, Sandosh
    Pourcain, Beate St.
    Rankinen, Tuomo
    Salo, Perttu
    Tanaka, Toshiko
    Timpson, Nicholas J.
    Vitart, Veronique
    Waite, Lindsay
    Wheeler, William
    Zhang, Weihua
    Draisma, Harmen H. M.
    Feitosa, Mary F.
    Kerr, Kathleen F.
    Lind, Penelope A.
    Mihailov, Evelin
    Onland-Moret, N. Charlotte
    Song, Ci
    Weedon, Michael N.
    Xie, Weijia
    Yengo, Loic
    Absher, Devin
    Albert, Christine M.
    Alonso, Alvaro
    Arking, Dan E.
    de Bakker, Paul I. W.
    Balkau, Beverley
    Barlassina, Cristina
    Benaglio, Paola
    Bis, Joshua C.
    Bouatia-Naji, Nabila
    Brage, Soren
    Chanock, Stephen J.
    Chines, Peter S.
    Chung, Mina
    Darbar, Dawood
    Dina, Christian
    Doerr, Marcus
    Elliott, Paul
    Felix, Stephan B.
    Fischer, Krista
    Fuchsberger, Christian
    de Geus, Eco J. C.
    Goyette, Philippe
    Gudnason, Vilmundur
    Harris, Tamara B.
    Hartikainen, Anna-Liisa
    Havulinna, Aki S.
    Heckbert, Susan R.
    Hicks, Andrew A.
    Hofman, Albert
    Holewijn, Suzanne
    Hoogstra-Berends, Femke
    Hottenga, Jouke-Jan
    Jensen, Majken K.
    Johansson, Asa
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Uppsala kliniska forskningscentrum (UCR).
    Junttila, Juhani
    Kaeaeb, Stefan
    Kanon, Bart
    Ketkar, Shamika
    Khaw, Kay-Tee
    Knowles, Joshua W.
    Kooner, Angrad S.
    Kors, Jan A.
    Kumari, Meena
    Milani, Lili
    Laiho, Paeivi
    Lakatta, Edward G.
    Langenberg, Claudia
    Leusink, Maarten
    Liu, Yongmei
    Luben, Robert N.
    Lunetta, Kathryn L.
    Lynch, Stacey N.
    Markus, Marcello R. P.
    Marques-Vidal, Pedro
    Leach, Irene Mateo
    McArdle, Wendy L.
    McCarroll, Steven A.
    Medland, Sarah E.
    Miller, Kathryn A.
    Montgomery, Grant W.
    Morrison, Alanna C.
    Mueller-Nurasyid, Martina
    Navarro, Pau
    Nelis, Mari
    O'Connell, Jeffrey R.
    O'Donnell, Christopher J.
    Ong, Ken K.
    Newman, Anne B.
    Peters, Annette
    Polasek, Ozren
    Pouta, Anneli
    Pramstaller, Peter P.
    Psaty, Bruce M.
    Rao, Dabeeru C.
    Ring, Susan M.
    Rossin, Elizabeth J.
    Rudan, Diana
    Sanna, Serena
    Scott, Robert A.
    Sehmi, Jaban S.
    Sharp, Stephen
    Shin, Jordan T.
    Singleton, Andrew B.
    Smith, Albert V.
    Soranzo, Nicole
    Spector, Tim D.
    Stewart, Chip
    Stringham, Heather M.
    Tarasov, Kirill V.
    Uitterlinden, Andre G.
    Vandenput, Liesbeth
    Hwang, Shih-Jen
    Whitfield, John B.
    Wijmenga, Cisca
    Wild, Sarah H.
    Willemsen, Gonneke
    Wilson, James F.
    Witteman, Jacqueline C. M.
    Wong, Andrew
    Wong, Quenna
    Jamshidi, Yalda
    Zitting, Paavo
    Boer, Jolanda M. A.
    Boomsma, Dorret I.
    Borecki, Ingrid B.
    van Duijn, Cornelia M.
    Ekelund, Ulf
    Forouhi, Nita G.
    Froguel, Philippe
    Hingorani, Aroon
    Ingelsson, Erik
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Kivimaki, Mika
    Kronmal, Richard A.
    Kuh, Diana
    Lind, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Kardiovaskulär epidemiologi.
    Martin, Nicholas G.
    Oostra, Ben A.
    Pedersen, Nancy L.
    Quertermous, Thomas
    Rotter, Jerome I.
    van der Schouw, Yvonne T.
    Verschuren, W. M. Monique
    Walker, Mark
    Albanes, Demetrius
    Arnar, David O.
    Assimes, Themistocles L.
    Bandinelli, Stefania
    Boehnke, Michael
    de Boer, Rudolf A.
    Bouchard, Claude
    Caulfield, W. L. Mark
    Chambers, John C.
    Curhan, Gary
    Cusi, Daniele
    Eriksson, Johan
    Ferrucci, Luigi
    van Gilst, Wiek H.
    Glorioso, Nicola
    de Graaf, Jacqueline
    Groop, Leif
    Gyllensten, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Hsueh, Wen-Chi
    Hu, Frank B.
    Huikuri, Heikki V.
    Hunter, David J.
    Iribarren, Carlos
    Isomaa, Bo
    Jarvelin, Marjo-Riitta
    Jula, Antti
    Kahonen, Mika
    Kiemeney, Lambertus A.
    van der Klauw, Melanie M.
    Kooner, Jaspal S.
    Kraft, Peter
    Iacoviello, Licia
    Lehtimaki, Terho
    Lokki, Marja-Liisa L.
    Mitchell, Braxton D.
    Navis, Gerjan
    Nieminen, Markku S.
    Ohlsson, Claes
    Poulter, Neil R.
    Qi, Lu
    Raitakari, Olli T.
    Rimm, Eric B.
    Rioux, John D.
    Rizzi, Federica
    Rudan, Igor
    Salomaa, Veikko
    Sever, Peter S.
    Shields, Denis C.
    Shuldiner, Alan R.
    Sinisalo, Juha
    Stanton, Alice V.
    Stolk, Ronald P.
    Strachan, David P.
    Tardif, Jean-Claude
    Thorsteinsdottir, Unnur
    Tuomilehto, Jaako
    van Veldhuisen, Dirk J.
    Virtamo, Jarmo
    Viikari, Jorma
    Vollenweider, Peter
    Waeber, Gerard
    Widen, Elisabeth
    Cho, Yoon Shin
    Olsen, Jesper V.
    Visscher, Peter M.
    Willer, Cristen
    Franke, Lude
    Erdmann, Jeanette
    Thompson, John R.
    Pfeufer, Arne
    Sotoodehnia, Nona
    Newton-Cheh, Christopher
    Ellinor, Patrick T.
    Stricker, Bruno H. Ch
    Metspalu, Andres
    Perola, Markus
    Beckmann, Jacques S.
    Smith, George Davey
    Stefansson, Kari
    Wareham, Nicholas J.
    Munroe, Patricia B.
    Sibon, Ody C. M.
    Milan, David J.
    Snieder, Harold
    Samani, Nilesh J.
    Loos, Ruth J. F.
    Identification of heart rate-associated loci and their effects on cardiac conduction and rhythm disorders2013Ingår i: Nature Genetics, ISSN 1061-4036, E-ISSN 1546-1718, Vol. 45, nr 6, s. 621-+Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Elevated resting heart rate is associated with greater risk of cardiovascular disease and mortality. In a 2-stage meta-analysis of genome-wide association studies in up to 181,171 individuals, we identified 14 new loci associated with heart rate and confirmed associations with all 7 previously established loci. Experimental downregulation of gene expression in Drosophila melanogaster and Danio rerio identified 20 genes at 11 loci that are relevant for heart rate regulation and highlight a role for genes involved in signal transmission, embryonic cardiac development and the pathophysiology of dilated cardiomyopathy, congenital heart failure and/or sudden cardiac death. In addition, genetic susceptibility to increased heart rate is associated with altered cardiac conduction and reduced risk of sick sinus syndrome, and both heart rate-increasing and heart rate-decreasing variants associate with risk of atrial fibrillation. Our findings provide fresh insights into the mechanisms regulating heart rate and identify new therapeutic targets.

  • 53. Do, Ron
    et al.
    Willer, Cristen J.
    Schmidt, Ellen M.
    Sengupta, Sebanti
    Gao, Chi
    Peloso, Gina M.
    Gustafsson, Stefan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär epidemiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Kanoni, Stavroula
    Ganna, Andrea
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär epidemiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Chen, Jin
    Buchkovich, Martin L.
    Mora, Samia
    Beckmann, Jacques S.
    Bragg-Gresham, Jennifer L.
    Chang, Hsing-Yi
    Demirkan, Ayse
    Den Hertog, Heleen M.
    Donnelly, Louise A.
    Ehret, Georg B.
    Esko, Tonu
    Feitosa, Mary F.
    Ferreira, Teresa
    Fischer, Krista
    Fontanillas, Pierre
    Fraser, Ross M.
    Freitag, Daniel F.
    Gurdasani, Deepti
    Heikkila, Kauko
    Hyppoenen, Elina
    Isaacs, Aaron
    Jackson, Anne U.
    Johansson, Åsa
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Uppsala kliniska forskningscentrum (UCR).
    Johnson, Toby
    Kaakinen, Marika
    Kettunen, Johannes
    Kleber, Marcus E.
    Li, Xiaohui
    Luan, Jian'an
    Lyytikainen, Leo-Pekka
    Magnusson, Patrik K. E.
    Mangino, Massimo
    Mihailov, Evelin
    Montasser, May E.
    Mueller-Nurasyid, Martina
    Nolte, Ilja M.
    O'Connell, Jeffrey R.
    Palmer, Cameron D.
    Perola, Markus
    Petersen, Ann-Kristin
    Sanna, Serena
    Saxena, Richa
    Service, Susan K.
    Shah, Sonia
    Shungin, Dmitry
    Sidore, Carlo
    Song, Ci
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär epidemiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Strawbridge, Rona J.
    Surakka, Ida
    Tanaka, Toshiko
    Teslovich, Tanya M.
    Thorleifsson, Gudmar
    Van den Herik, Evita G.
    Voight, Benjamin F.
    Volcik, Kelly A.
    Waite, Lindsay L.
    Wong, Andrew
    Wu, Ying
    Zhang, Weihua
    Absher, Devin
    Asiki, Gershim
    Barroso, Ines
    Been, Latonya F.
    Bolton, Jennifer L.
    Bonnycastle, Lori L.
    Brambilla, Paolo
    Burnett, Mary S.
    Cesana, Giancarlo
    Dimitriou, Maria
    Doney, Alex S. F.
    Doering, Angela
    Elliott, Paul
    Epstein, Stephen E.
    Eyjolfsson, Gudmundur Ingi
    Gigante, Bruna
    Goodarzi, Mark O.
    Grallert, Harald
    Gravito, Martha L.
    Groves, Christopher J.
    Hallmans, Goran
    Hartikainen, Anna-Liisa
    Hayward, Caroline
    Hernandez, Dena
    Hicks, Andrew A.
    Holm, Hilma
    Hung, Yi-Jen
    Illig, Thomas
    Jones, Michelle R.
    Kaleebu, Pontiano
    Kastelein, John J. P.
    Khaw, Kay-Tee
    Kim, Eric
    Klopp, Norman
    Komulainen, Pirjo
    Kumari, Meena
    Langenberg, Claudia
    Lehtimaki, Terho
    Lin, Shih-Yi
    Lindstrom, Jaana
    Loos, Ruth J. F.
    Mach, Francois
    McArdle, Wendy L.
    Meisinger, Christa
    Mitchell, Braxton D.
    Mueller, Gabrielle
    Nagaraja, Ramaiah
    Narisu, Narisu
    Nieminen, Tuomo V. M.
    Nsubuga, Rebecca N.
    Olafsson, Isleifur
    Ong, Ken K.
    Palotie, Aarno
    Papamarkou, Theodore
    Pomilla, Cristina
    Pouta, Anneli
    Rader, Daniel J.
    Reilly, Muredach P.
    Ridker, Paul M.
    Rivadeneira, Fernando
    Rudan, Igor
    Ruokonen, Aimo
    Samani, Nilesh
    Scharnagl, Hubert
    Seeley, Janet
    Silander, Kaisa
    Stancakova, Alena
    Stirrups, Kathleen
    Swift, Amy J.
    Tiret, Laurence
    Uitterlinden, Andre G.
    van Pelt, L. Joost
    Vedantam, Sailaja
    Wainwright, Nicholas
    Wijmenga, Cisca
    Wild, Sarah H.
    Willemsen, Gonneke
    Wilsgaard, Tom
    Wilson, James F.
    Young, Elizabeth H.
    Zhao, Jing Hua
    Adair, Linda S.
    Arveiler, Dominique
    Assimes, Themistocles L.
    Bandinelli, Stefania
    Bennett, Franklyn
    Bochud, Murielle
    Boehm, Bernhard O.
    Boomsma, Dorret I.
    Borecki, Ingrid B.
    Bornstein, Stefan R.
    Bovet, Pascal
    Burnier, Michel
    Campbell, Harry
    Chakravarti, Aravinda
    Chambers, John C.
    Chen, Yii-Der Ida
    Collins, Francis S.
    Cooper, Richard S.
    Danesh, John
    Dedoussis, George
    de Faire, Ulf
    Feranil, Alan B.
    Ferrieres, Jean
    Ferrucci, Luigi
    Freimer, Nelson B.
    Gieger, Christian
    Groop, Leif C.
    Gudnason, Vilmundur
    Gyllensten, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Uppsala kliniska forskningscentrum (UCR).
    Hamsten, Anders
    Harris, Tamara B.
    Hingorani, Aroon
    Hirschhorn, Joel N.
    Hofman, Albert
    Hovingh, G. Kees
    Hsiung, Chao Agnes
    Humphries, Steve E.
    Hunt, Steven C.
    Hveem, Kristian
    Iribarren, Carlos
    Jarvelin, Marjo-Riitta
    Jula, Antti
    Kahonen, Mika
    Kaprio, Jaakko
    Kesaniemi, Antero
    Kivimaki, Mika
    Kooner, Jaspal S.
    Koudstaal, Peter J.
    Krauss, Ronald M.
    Kuh, Diana
    Kuusisto, Johanna
    Kyvik, Kirsten O.
    Laakso, Markku
    Lakka, Timo A.
    Lind, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Kardiovaskulär epidemiologi.
    Lindgren, Cecilia M.
    Martin, Nicholas G.
    Maerz, Winfried
    McCarthy, Mark I.
    McKenzie, Colin A.
    Meneton, Pierre
    Metspalu, Andres
    Moilanen, Leena
    Morris, Andrew D.
    Munroe, Patricia B.
    Njolstad, Inger
    Pedersen, Nancy L.
    Power, Chris
    Pramstaller, Peter P.
    Price, Jackie F.
    Psaty, Bruce M.
    Quertermous, Thomas
    Rauramaa, Rainer
    Saleheen, Danish
    Salomaa, Veikko
    Sanghera, Dharambir K.
    Saramies, Jouko
    Schwarz, Peter E. H.
    Sheu, Wayne H-H
    Shuldiner, Alan R.
    Siegbahn, Agneta
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär epidemiologi. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Uppsala kliniska forskningscentrum (UCR). Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Koagulation och inflammationsvetenskap.
    Spector, Tim D.
    Stefansson, Kari
    Strachan, David P.
    Tayo, Bamidele O.
    Tremoli, Elena
    Tuomilehto, Jaakko
    Uusitupa, Matti
    van Duijn, Cornelia M.
    Vollenweider, Peter
    Wallentin, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Kardiologi.
    Wareham, Nicholas J.
    Whitfield, John B.
    Wolffenbuttel, Bruce H. R.
    Altshuler, David
    Ordovas, Jose M.
    Boerwinkle, Eric
    Palmer, Colin N. A.
    Thorsteinsdottir, Unnur
    Chasman, Daniel I.
    Rotter, Jerome I.
    Franks, Paul W.
    Ripatti, Samuli
    Cupples, L. Adrienne
    Sandhu, Manjinder S.
    Rich, Stephen S.
    Boehnke, Michael
    Deloukas, Panos
    Mohlke, Karen L.
    Ingelsson, Erik
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär epidemiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Abecasis, Goncalo R.
    Daly, Mark J.
    Neale, Benjamin M.
    Kathiresan, Sekar
    Common variants associated with plasma triglycerides and risk for coronary artery disease2013Ingår i: Nature Genetics, ISSN 1061-4036, E-ISSN 1546-1718, Vol. 45, nr 11, s. 1345-+Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Triglycerides are transported in plasma by specific triglyceride-rich lipoproteins; in epidemiological studies, increased triglyceride levels correlate with higher risk for coronary artery disease (CAD). However, it is unclear whether this association reflects causal processes. We used 185 common variants recently mapped for plasma lipids (P < 5 x 10(-8) for each) to examine the role of triglycerides in risk for CAD. First, we highlight loci associated with both low-density lipoprotein cholesterol (LDL-C) and triglyceride levels, and we show that the direction and magnitude of the associations with both traits are factors in determining CAD risk. Second, we consider loci with only a strong association with triglycerides and show that these loci are also associated with CAD. Finally, in a model accounting for effects on LDL-C and/or high-density lipoprotein cholesterol (HDL-C) levels, the strength of a polymorphism's effect on triglyceride levels is correlated with the magnitude of its effect on CAD risk. These results suggest that triglyceride-rich lipoproteins causally influence risk for CAD.

  • 54.
    Edlund, Hanna
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Allen, Marie
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Y chromosomal STR analysis using Pyrosequencing technology2009Ingår i: Forensic Science International: Genetics, ISSN 1872-4973, E-ISSN 1878-0326, Vol. 3, nr 2, s. 119-124Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Analysis of Y chromosome STR markers has proven to be useful in forensic cases where the samples contain a mixture of DNA from several individuals. STR markers are commonly genotyped based on length separation of PCR products. In this study we evaluated if Pyrosequencing can be used as an alternative method for determining Y-STR variants. In total 70 unrelated Swedish males were typed for the Y chromosomal markers (DYS19, DYS389 I-II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393 and DYS438) using Pyrosequencing. Using the 8 markers, 57 unique haplotypes were observed with a discrimination capacity of 0.81. At four loci, the Pyrosequencing analysis revealed sequence variants. The sequence variants were found in the DYS389 II, DYS390, DYS391, and DYS393 loci in frequencies between 1.43% and 14.3%. Pyrosequencing has here been shown to be a useful tool for typing Y chromosomal STRs and the method can provide a complement to conventional forensic Y STR analyses. Moreover, the Pyrosequencing method can be used to rapidly evaluate novel markers.

  • 55.
    Edlund, Karolina
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi.
    Larsson, Ola
    Ameur, Adam
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Bunikis, Ignas
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Gyllensten, Ulf
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Leroy, Bernard
    Sundström, Magnus
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi.
    Micke, Patrick
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi.
    Botling, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi.
    Soussi, Thierry
    Data-driven unbiased curation of the TP53 tumor suppressor gene mutation database and validation by ultradeep sequencing of human tumors2012Ingår i: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, ISSN 0027-8424, E-ISSN 1091-6490, Vol. 109, nr 24, s. 9551-9556Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Cancer mutation databases are expected to play central roles in personalized medicine by providing targets for drug development and biomarkers to tailor treatments to each patient. The accuracy of reported mutations is a critical issue that is commonly overlooked, which leads to mutation databases that include a sizable number of spurious mutations, either sequencing errors or passenger mutations. Here we report an analysis of the latest version of the TP53 mutation database, including 34,453 mutations. By using several data-driven methods on multiple independent quality criteria, we obtained a quality score for each report contributing to the database. This score can now be used to filter for high-confidence mutations and reports within the database. Sequencing the entire TP53 gene from various types of cancer using next-generation sequencing with ultradeep coverage validated our approach for curation. In summary, 9.7% of all collected studies, mostly comprising numerous tumors with multiple infrequent TP53 mutations, should be excluded when analyzing TP53 mutations. Thus, by combining statistical and experimental analyses, we provide a curated mutation database for TP53 mutations and a framework for mutation database analysis.

  • 56.
    Elfineh, Lioudmila
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Cancer och vaskulärbiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Classon, Christina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Asplund, Anna
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Pettersson, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Kamali-Moghaddam, Masood
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Lind, Sara Bergström
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Analytisk kemi. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Tyrosine phosphorylation profiling via in situ proximity ligation assay2014Ingår i: BMC Cancer, ISSN 1471-2407, E-ISSN 1471-2407, Vol. 14, s. 435-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Background: Tyrosine phosphorylation (pTyr) is an important cancer relevant posttranslational modification since it regulates protein activity and cellular localization. By controlling cell growth and differentiation it plays an important role in tumor development. This paper describes a novel approach for detection and visualization of a panel of pTyr proteins in tumors using in situ proximity ligation assay. Methods: K562 leukemia cells were treated with tyrosine kinase and/or phosphatase inhibitors to induce differences in pTyr levels and mimic cells with different malignant properties. Cells were then probed with one antibody against the pTyr modification and another probe against the detected protein, resulting in a detectable fluorescent signal once the probes were in proximity. Results: Total and protein specific pTyr levels on ABL, SHC, ERK2 and PI3K proteins were detected and samples of control and treated cells were distinguished at the pTyr level using this novel approach. Promising results were also detected for formalin fixed and paraffin embedded cells in the micro array format. Conclusions: This application of in situ proximity ligation assay is valuable in order to study the pTyr modification of a panel of proteins in large data sets to validate mass spectrometric data and to be combined with tissue microarrays. The approach offers new opportunities to reveal the pTyr signatures in cells of different malignant properties that can be used as biomarker of disease in the future.

  • 57.
    Enroth, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Ameur, Adam
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Johansson, Åsa
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Gyllensten, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Omega-3 and omega-6 fatty acids are more efficiently synthesized in populations having a high frequency of the derived FADS-haplotype2013Ingår i: International Journal of Circumpolar Health, ISSN 1239-9736, E-ISSN 2242-3982, Vol. 72, nr Suppl. 1, s. 511-512Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 58.
    Enroth, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Centrum för bioinformatik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Andersson, Claes R.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper.
    Andersson, Robin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Centrum för bioinformatik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Wadelius, Claes
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Gustafsson, Mats G.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Komorowski, Jan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    A strand specific high resolution normalization method for chip-sequencing data employing multiple experimental control measurements2012Ingår i: Algorithms for Molecular Biology, ISSN 1748-7188, E-ISSN 1748-7188, Vol. 7, s. 2-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Background: High-throughput sequencing is becoming the standard tool for investigating protein-DNA interactions or epigenetic modifications. However, the data generated will always contain noise due to e. g. repetitive regions or non-specific antibody interactions. The noise will appear in the form of a background distribution of reads that must be taken into account in the downstream analysis, for example when detecting enriched regions (peak-calling). Several reported peak-callers can take experimental measurements of background tag distribution into account when analysing a data set. Unfortunately, the background is only used to adjust peak calling and not as a preprocessing step that aims at discerning the signal from the background noise. A normalization procedure that extracts the signal of interest would be of universal use when investigating genomic patterns.

    Results: We formulated such a normalization method based on linear regression and made a proof-of-concept implementation in R and C++. It was tested on simulated as well as on publicly available ChIP-seq data on binding sites for two transcription factors, MAX and FOXA1 and two control samples, Input and IgG. We applied three different peak-callers to (i) raw (un-normalized) data using statistical background models and (ii) raw data with control samples as background and (iii) normalized data without additional control samples as background. The fraction of called regions containing the expected transcription factor binding motif was largest for the normalized data and evaluation with qPCR data for FOXA1 suggested higher sensitivity and specificity using normalized data over raw data with experimental background.

    Conclusions: The proposed method can handle several control samples allowing for correction of multiple sources of bias simultaneously. Our evaluation on both synthetic and experimental data suggests that the method is successful in removing background noise.

  • 59.
    Enroth, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Centrum för bioinformatik.
    Andersson, Robin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Centrum för bioinformatik.
    Bysani, Madhusudhan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Wallerman, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Termén, Stefan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Ludwiginstitutet för cancerforskning. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Tuch, Brian B
    Applied Biosystems, part of Life Technologies, Foster City, CA 94404, USA.
    De La Vega, Francisco M
    Applied Biosystems, part of Life Technologies, Foster City, CA 94404, USA.
    Heldin, Carl-Henrik
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Ludwiginstitutet för cancerforskning. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Moustakas, Aristidis
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Ludwiginstitutet för cancerforskning. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi.
    Komorowski, Jan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Institute of Computer Science, Polish Academy of Sciences, ul. Jana Kazimierza 5, 01-248 Warszawa, Poland.
    Wadelius, Claes
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Nucleosome regulatory dynamics in response to TGF beta2014Ingår i: Nucleic Acids Research, ISSN 0305-1048, E-ISSN 1362-4962, Vol. 42, nr 11, s. 6921-6934Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Nucleosomes play important roles in a cell beyond their basal functionality in chromatin compaction. Their placement affects all steps in transcriptional regulation, from transcription factor (TF) binding to messenger ribonucleic acid (mRNA) synthesis. Careful profiling of their locations and dynamics in response to stimuli is important to further our understanding of transcriptional regulation by the state of chromatin. We measured nucleosome occupancy in human hepatic cells before and after treatment with transforming growth factor beta 1 (TGFβ1), using massively parallel sequencing. With a newly developed method, SuMMIt, for precise positioning of nucleosomes we inferred dynamics of the nucleosomal landscape. Distinct nucleosome positioning has previously been described at transcription start site and flanking TF binding sites. We found that the average pattern is present at very few sites and, in case of TF binding, the double peak surrounding the sites is just an artifact of averaging over many loci. We systematically searched for depleted nucleosomes in stimulated cells compared to unstimulated cells and identified 24 318 loci. Depending on genomic annotation, 44-78% of them were over-represented in binding motifs for TFs. Changes in binding affinity were verified for HNF4α by qPCR. Strikingly many of these loci were associated with expression changes, as measured by RNA sequencing.

  • 60.
    Enroth, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Dahlbom, Ingrid
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kvinnors och barns hälsa, Pediatrik.
    Hansson, Tony
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kvinnors och barns hälsa, Pediatrik.
    Johansson, Åsa
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Uppsala kliniska forskningscentrum (UCR). Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Gyllensten, Ulf
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Prevalence and sensitization of atopic allergy and coeliac disease in the Northern Sweden Population Health Study2013Ingår i: International Journal of Circumpolar Health, ISSN 2242-3982, E-ISSN 2242-3982, Vol. 72, s. 21403-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    BACKGROUND:

    Atopic allergy is effected by a number of environmental exposures, such as dry air and time spent outdoors, but there are few estimates of the prevalence in populations from sub-arctic areas.

    OBJECTIVE:

    To determine the prevalence and severity of symptoms of food, inhalation and skin-related allergens and coeliac disease (CD) in the sub-arctic region of Sweden. To study the correlation between self-reported allergy and allergy test results. To estimate the heritability of these estimates.

    STUDY DESIGN:

    The study was conducted in Karesuando and Soppero in Northern Sweden as part of the Northern Sweden Population Health Study (n=1,068). We used a questionnaire for self-reported allergy and CD status and measured inhalation-related allergens using Phadiatop, food-related allergens using the F×5 assay and IgA and IgG antibodies against tissue transglutaminase (anti-tTG) to indicate prevalence of CD.

    RESULTS:

    The prevalence of self-reported allergy was very high, with 42.3% reporting mild to severe allergy. Inhalation-related allergy was reported in 26.7%, food-related allergy in 24.9% and skin-related allergy in 2.4% of the participants. Of inhalation-related allergy, 11.0% reported reactions against fur and 14.6% against pollen/grass. Among food-related reactions, 14.9% reported milk (protein and lactose) as the cause. The IgE measurements showed that 18.4% had elevated values for inhalation allergens and 11.7% for food allergens. Self-reported allergies and symptoms were positively correlated (p<0.01) with age- and sex-corrected inhalation allergens. Allergy prevalence was inversely correlated with age and number of hours spent outdoors. High levels of IgA and IgG anti-tTG antibodies, CD-related allergens, were found in 1.4 and 0.6% of participants, respectively. All allergens were found to be significantly (p<3 e-10) heritable, with estimated heritabilities ranging from 0.34 (F×5) to 0.65 (IgA).

    CONCLUSIONS:

    Self-reported allergy correlated well with the antibody measurements. The prevalence of allergy was highest in the young and those working inside. Heritability of atopy and sensitization was high. The prevalence of CD-related autoantibodies was high and did not coincide with the self-reported allergy.

  • 61.
    Enroth, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Johansson, Åsa
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Bosdotter Enroth, Sofia
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Kardiovaskulär epidemiologi.
    Gyllensten, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Strong effects of genetic and lifestyle factors on biomarker variation and use of personalized cutoffs2014Ingår i: Nature Communications, ISSN 2041-1723, E-ISSN 2041-1723, Vol. 5, s. 4684-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Ideal biomarkers used for disease diagnosis should display deviating levels in affected individuals only and be robust to factors unrelated to the disease. Here we show the impact of genetic, clinical and lifestyle factors on circulating levels of 92 protein biomarkers for cancer and inflammation, using a population-based cohort of 1,005 individuals. For 75% of the biomarkers, the levels are significantly heritable and genome-wide association studies identifies 16 novel loci and replicate 2 previously known loci with strong effects on one or several of the biomarkers with P-values down to 4.4 × 10−58. Integrative analysis attributes as much as 56.3% of the observed variance to non-disease factors. We propose that information on the biomarker-specific profile of major genetic, clinical and lifestyle factors should be used to establish personalized clinical cutoffs, and that this would increase the sensitivity of using biomarkers for prediction of clinical end points.

  • 62. Erezyilmaz, Deniz F.
    et al.
    Hayward, Alexander
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Huang, Yan
    Paps, Jordi
    Acs, Zoltan
    Delgado, Juan A.
    Collantes, Francisco
    Kathirithamby, Jeyaraney
    Expression of the Pupal Determinant broad during Metamorphic and Neotenic Development of the Strepsipteran Xenos vesparum Rossi2014Ingår i: PLoS ONE, ISSN 1932-6203, E-ISSN 1932-6203, Vol. 9, nr 4, s. e93614-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Derived members of the endoparasitic order Strepsiptera have acquired an extreme form of sexual dimorphism whereby males undergo metamorphosis and exist as free-living adults while females remain larviform, reaching sexual maturity within their hosts. Expression of the transcription factor, broad (br) has been shown to be required for pupal development in insects in which both sexes progress through metamorphosis. A surge of br expression appears in the last larval instar, as the epidermis begins pupal development. Here we ask if br is also up-regulated in the last larval instar of male Xenos vesparum Rossi (Stylopidae), and whether such expression is lost in neotenic larviform females. We clone three isoforms of br from X. vesparum (Xv'br), and show that they share greatest similarity to the Z1, Z3 and Z4 isoforms of other insect species. By monitoring Xv'br expression throughout development, we detect elevated levels of total br expression and the Xv'Z1, Xv'Z3, and Xv'Z4 isoforms in the last larval instar of males, but not females. By focusing on Xv'br expression in individual samples, we show that the levels of Xv'BTB and Xv'Z3 in the last larval instar of males are bimodal, with some males expressing 3X greater levels of Xv'br than fourth instar femlaes. Taken together, these data suggest that neoteny (and endoparasitism) in females of Strepsiptera Stylopidia could be linked to the suppression of pupal determination. Our work identifies a difference in metamorphic gene expression that is associated with neoteny, and thus provides insights into the relationship between metamorphic and neotenic development.

  • 63.
    Eriksson, D.
    et al.
    Karolinska Inst, Dept Med Solna, Ctr Mol Med, Stockholm, Sweden.;Metab & Diabet Karolinska Univ Hosp, Dept Endocrinol, Stockholm, Sweden..
    Bianchi, Matteo
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Landegren, Nils
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Autoimmunitet. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Karolinska Inst, Dept Med Solna, Ctr Mol Med, Stockholm, Sweden..
    Nordin, Jessika
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Dalin, Frida
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Dermatologi och venereologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Karolinska Inst, Dept Med Solna, Ctr Mol Med, Stockholm, Sweden..
    Mathioudaki, Argyri
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Eriksson, G. N.
    Karolinska Inst, Dept Mol Med & Surg, Stockholm, Sweden..
    Hultin-Rosenberg, Lina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Dahlqvist, Johanna
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi.
    Zetterqvist, H.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Karlsson, Andreas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Hallgren, Anna
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Infektionssjukdomar. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Karolinska Inst, Dept Med Solna, Ctr Mol Med, Stockholm, Sweden..
    Farias, F. H. G.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Murén, Eva
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Ahlgren, Kerstin M.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Autoimmunitet. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Lobell, Anna
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Autoimmunitet. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Andersson, G.
    Swedish Univ Agr Sci, Dept Anim Breeding & Genet, Uppsala, Sweden..
    Tandre, Karolina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Dahlqvist, S. R.
    Umea Univ, Dept Publ Hlth & Clin Med, Umea, Sweden..
    Soderkvist, P.
    Linkoping Univ, Dept Clin & Expt Med, Linkoping, Sweden..
    Rönnblom, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Hulting, A. -L
    Wahlberg, J.
    Linkoping Univ, Dept Endocrinol, Dept Med & Hlth Sci, Dept Clin & Expt Med, Linkoping, Sweden..
    Ekwall, O.
    Univ Gothenburg, Sahlgrenska Acad, Dept Pediat, Inst Clin Sci, Gothenburg, Sweden.;Univ Gothenburg, Dept Rheumatol & Inflammat Res, Inst Med, Sahlgrenska Acad, Gothenburg, Sweden..
    Dahlqvist, P.
    Umea Univ, Dept Publ Hlth & Clin Med, Umea, Sweden..
    Meadows, Jennifer R. S.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Bensing, S.
    Metab & Diabet Karolinska Univ Hosp, Dept Endocrinol, Stockholm, Sweden.;Karolinska Inst, Dept Mol Med & Surg, Stockholm, Sweden..
    Lindblad-Toh, Kerstin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA USA..
    Kämpe, Olle
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Autoimmunitet. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Karolinska Inst, Dept Med Solna, Ctr Mol Med, Stockholm, Sweden.;Metab & Diabet Karolinska Univ Hosp, Dept Endocrinol, Stockholm, Sweden..
    Pielberg, Gerli R.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Extended exome sequencing identifies BACH2 as a novel major risk locus for Addison's disease2016Ingår i: Journal of Internal Medicine, ISSN 0954-6820, E-ISSN 1365-2796, Vol. 286, nr 6, s. 595-608Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    BackgroundAutoimmune disease is one of the leading causes of morbidity and mortality worldwide. In Addison's disease, the adrenal glands are targeted by destructive autoimmunity. Despite being the most common cause of primary adrenal failure, little is known about its aetiology. MethodsTo understand the genetic background of Addison's disease, we utilized the extensively characterized patients of the Swedish Addison Registry. We developed an extended exome capture array comprising a selected set of 1853 genes and their potential regulatory elements, for the purpose of sequencing 479 patients with Addison's disease and 1394 controls. ResultsWe identified BACH2 (rs62408233-A, OR = 2.01 (1.71-2.37), P = 1.66 x 10(-15), MAF 0.46/0.29 in cases/controls) as a novel gene associated with Addison's disease development. We also confirmed the previously known associations with the HLA complex. ConclusionWhilst BACH2 has been previously reported to associate with organ-specific autoimmune diseases co-inherited with Addison's disease, we have identified BACH2 as a major risk locus in Addison's disease, independent of concomitant autoimmune diseases. Our results may enable future research towards preventive disease treatment.

  • 64.
    Forsberg, Lars A.
    et al.
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Rasi, Chiara
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Malmqvist, Niklas
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Davies, Hanna
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Pasupulati, Saichand
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Pakalapati, Geeta
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Sandgren, Johanna
    de Stahl, Teresita Diaz
    Zaghlool, Ammar
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Giedraitis, Vilmantas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för folkhälso- och vårdvetenskap, Geriatrik.
    Lannfelt, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för folkhälso- och vårdvetenskap, Geriatrik.
    Score, Joannah
    Cross, Nicholas C. P.
    Absher, Devin
    Tiensuu Janson, Eva
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Onkologisk endokrinologi.
    Lindgren, Cecilia M.
    Morris, Andrew P.
    Ingelsson, Erik
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär epidemiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Lind, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Kardiovaskulär epidemiologi.
    Dumanski, Jan P.
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Mosaic loss of chromosome Y in peripheral blood is associated with shorter survival and higher risk of cancer2014Ingår i: Nature Genetics, ISSN 1061-4036, E-ISSN 1546-1718, Vol. 46, nr 6, s. 624-628Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Incidence and mortality for sex-unspecific cancers are higher among men, a fact that is largely unexplained(1,2). Furthermore, age-related loss of chromosome Y (LOY) is frequent in normal hematopoietic cells(3,4), but the phenotypic consequences of LOY have been elusive(5-10). From analysis of 1,153 elderly men, we report that LOY in peripheral blood was associated with risks of all-cause mortality (hazards ratio (HR) = 1.91, 95% confidence interval (CI) = 1.17-3.13; 637 events) and non-hematological cancer mortality (HR = 3.62, 95% CI = 1.56-8.41; 132 events). LOY affected at least 8.2% of the subjects in this cohort, and median survival times among men with LOY were 5.5 years shorter. Association of LOY with risk of all-cause mortality was validated in an independent cohort (HR = 3.66) in which 20.5% of subjects showed LOY. These results illustrate the impact of post-zygotic mosaicism on disease risk, could explain why males are more frequently affected by cancer and suggest that chromosome Y is important in processes beyond sex determination. LOY in blood could become a predictive biomarker of male carcinogenesis.

  • 65. Franzen, Oscar
    et al.
    Arner, Erik
    Ferella, Marcela
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Nilsson, Daniel
    Respuela, Patricia
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Carninci, Piero
    Hayashizaki, Yoshihide
    Åslund, Lena
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Andersson, Bjorn
    Daub, Carsten O.
    The Short Non-Coding Transcriptome of the Protozoan Parasite Trypanosoma cruzi2011Ingår i: PLoS Neglected Tropical Diseases, ISSN 1935-2727, Vol. 5, nr 8, s. e1283-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The pathway for RNA interference is widespread in metazoans and participates in numerous cellular tasks, from gene silencing to chromatin remodeling and protection against retrotransposition. The unicellular eukaryote Trypanosoma cruzi is missing the canonical RNAi pathway and is unable to induce RNAi-related processes. To further understand alternative RNA pathways operating in this organism, we have performed deep sequencing and genome-wide analyses of a size-fractioned cDNA library (16-61 nt) from the epimastigote life stage. Deep sequencing generated 582,243 short sequences of which 91% could be aligned with the genome sequence. About 95-98% of the aligned data (depending on the haplotype) corresponded to small RNAs derived from tRNAs, rRNAs, snRNAs and snoRNAs. The largest class consisted of tRNA-derived small RNAs which primarily originated from the 3' end of tRNAs, followed by small RNAs derived from rRNA. The remaining sequences revealed the presence of 92 novel transcribed loci, of which 79 did not show homology to known RNA classes.

  • 66. Ghawanmeh, Taha
    et al.
    Thunberg, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för radiologi, onkologi och strålningsvetenskap, Enheten för onkologi.
    Castro, Juan
    Murray, Fiona
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Laytragoon-Lewin, Nongnit
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för radiologi, onkologi och strålningsvetenskap, Enheten för onkologi.
    miR-34a Expression, Cell Cycle Arrest and Cell Death of Malignant Mesothelioma Cells upon Treatment with Radiation, Docetaxel or Combination Treatment2011Ingår i: Oncology, ISSN 0030-2414, E-ISSN 1423-0232, Vol. 81, nr 5-6, s. 330-335Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Objective: Malignant mesothelioma (MM) is a highly aggressive tumour related to asbestos exposure. Histopathologically, the tumour is classified as epithelial, sarcomatoid or biphasic. To date, MM is still an incurable disease.

    Methods: To evaluate treatment strategies on MM cells, the effects of radiotherapy, docetaxel or a combination of both on MM cells derived from the sarcomatoid type ZL34 and the epithelial type M28K were investigated. The TP53 gene, micro-RNA expression, cell cycle distribution and cell death were assessed as indicators of treatment effects.

    Results: Despite the normal TP53 gene sequences in these cell lines, radiation-induced miR-34a expression was detected only in the M28K cells. Increasing G0/G1 cell numbers were detected in irradiated M28K and ZL34 cells. There was more radiation-induced cell death in M28K compared to ZL34 cells. The highest degree of cell cycle arrest at G2 and cell death in both cell types was obtained in the presence of docetaxel. The combination of docetaxel and radiation did not show any additive effects on miR-34a expression, cell cycle arrest or cell death in either the M28K or ZL34 cells.

    Conclusion: Microtubule formation and other related functions by docetaxel might be the most suitable treatment modulation in both sarcomatoid and epithelial types of MM.

  • 67. Grundberg, Ida
    et al.
    Kiflemariam, Sara
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Mignardi, Marco
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Imgenberg-Kreuz, Juliana
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Edlund, Karolina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Micke, Patrick
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Sundström, Magnus
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Sjöblom, Tobias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Botling, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Nilsson, Mats
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    In situ mutation detection and visualization of intratumor heterogeneity for cancer research and diagnostics2013Ingår i: Oncotarget, ISSN 1949-2553, Vol. 4, nr 12, s. 2407-2418Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Current assays for somatic mutation analysis are based on extracts from tissue sections that often contain morphologically heterogeneous neoplastic regions with variable contents of normal stromal and inflammatory cells, obscuring the results of the assays. We have developed an RNA-based in situ mutation assay that targets oncogenic mutations in a multiplex fashion that resolves the heterogeneity of the tissue sample. Activating oncogenic mutations are targets for a new generation of cancer drugs. For anti-EGFR therapy prediction, we demonstrate reliable in situ detection of KRAS mutations in codon 12 and 13 in colon and lung cancers in three different types of routinely processed tissue materials. High-throughput screening of KRAS mutation status was successfully performed on a tissue microarray. Moreover, we show how the patterns of expressed mutated and wild-type alleles can be studied in situ in tumors with complex combinations of mutated EGFR, KRAS and TP53. This in situ method holds great promise as a tool to investigate the role of somatic mutations during tumor progression and for prediction of response to targeted therapy.

  • 68.
    Guseva, Natalia
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Mondal, Tanmoy
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Kanduri, Chandrasekhar
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Antisense noncoding RNA promoter regulates the timing of de novo methylation of an imprinting control region2012Ingår i: Developmental Biology, ISSN 0012-1606, E-ISSN 1095-564X, Vol. 361, nr 2, s. 403-411Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Epigenetic marks at cis acting imprinting control regions (ICRs) regulate parent of origin-specific expression of multiple genes in imprinted gene clusters. Epigenetic marks are acquired during gametogenesis and maintained faithfully thereafter. However, the mechanism by which differential epigenetic marks are established and maintained at ICRs is currently unclear. By using Kcnq1 ICR as a model system, we have investigated the functional role of genetic signatures in the acquisition and maintenance of epigenetic marks. Kcnq1 ICR is methylated on the maternal chromosome but remains unmethylated on the paternal chromosome. Here, we show that a paternal allele of Kcnq1 ICR lacking the Kcnq1 ot 1 promoter remains unmethylated during spermatogenesis; however, it becomes methylated specifically during pre-implantation development. Analysis of the chromatin structure at the paternal ICR in spermatogenic cells and in E13.5 embryonic tissues revealed that the ICRs of both wild type and mutant mice are enriched with H3K4me2 in spermatiogenic cells of the testicular compartment, but the mutant ICR lost H3K4me2 specifically in epididymal sperm and an increase in repressive marks was observed in embryonic tissues. Interestingly, we also detected a decrease in nucleosomal histone levels at the mutant ICR in comparison to the wild-type ICR in epididymal sperm. Taken together, these observations suggest that the Kcnq1 lot1 promoter plays a critical role in establishing an epigenetic memory in the male germline by ensuring that the paternal allele remains in an unmethylated state during pre-implantation development.

  • 69.
    Gustavsson, Inger
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Sanner, Karin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kvinnors och barns hälsa, Obstetrik & gynekologi.
    Lindell, Monica
    Strand, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Dermatologi och venereologi.
    Olovsson, Matts
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kvinnors och barns hälsa, Obstetrik & gynekologi.
    Wikström, Ingrid
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kvinnors och barns hälsa, Obstetrik & gynekologi.
    Wilander, Erik
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Gyllensten, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Type-specific detection of high-risk human papillomavirus (HPV) in self-sampled cervicovaginal cells applied to FTA elute cartridge2011Ingår i: Journal of Clinical Virology, ISSN 1386-6532, E-ISSN 1873-5967, Vol. 51, nr 4, s. 255-258Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Background

    Most procedures for self-sampling of cervical cells are based on liquid-based media for transportation and storage. An alternative is to use a solid support, such as dry filter paper media.

    Objectives

    To evaluate if self-sampling of cervicovaginal fluid using a cytobrush (Viba-brush; Rovers Medical Devices B.V., Oss, The Netherlands) and a solid support such as the Whatman Indicating FTA® Elute cartridge (GE Healthcare, United Kingdom) can be used for reliable typing of human papillomavirus (HPV), as compared to cervical samples obtained by a physician using a cytobrush and the indicating FTA® Elute Micro card and biopsy analysis.

    Study design

    A total of 50 women with a previous high-risk (HR) HPV positive test were invited to perform self-sampling using the Viba-brush and the FTA cartridge and thereafter a physician obtained a cervical sample using the cytobrush and a FTA card, together with a cervical biopsy for histology and HPV typing. Detection of HR-HPV types 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58 and 59 was performed using three multiplex real-time polymerase chain reaction (PCR) assays.

    Result

    All samples contained sufficient amounts of genomic DNA and the self-samples yielded on average 3.5 times more DNA than those obtained by the physician. All women that were positive for HR-HPV in the biopsy sample also typed positive both by self-sampling and physician-obtained sampling. For women with a histological diagnosis of cervical intraepithelial neoplasia grades 2–3 (CIN 2–3) all three HPV samples showed 100% concordance. A higher number of women were HPV positive by self-sampling than by physician-obtained sampling or by biopsy analysis.

    Conclusion

    The Viba-brush and the FTA cartridge are suitable for self-sampling of vaginal cells and subsequent HR-HPV typing.

  • 70.
    Gyllensten, Ulf
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Gustavsson, Inger
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Lindell, Monica
    Wilander, Erik
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Primary high-risk HPV screening for cervical cancer in post-menopausal women2012Ingår i: Gynecologic Oncology, ISSN 0090-8258, E-ISSN 1095-6859, Vol. 125, nr 2, s. 343-345Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Objective. The present study was conducted to examine the value of screening for high-risk HPV in post-menopausal women.

    Methods. A cohort of post-menopausal women (n =2113), age range 55-76 years, from Uppsala County, Sweden, were offered testing for both high-risk HPV and a Pap smear in the gynaecological screening during 2008-2010. For the HPV test the cervical smear sample was applied to a filter paper matrix, an indicating FTA elute card and HPV typing performed using a real-time PCR assay. Histological verified CIN2+ lesion was used as an end-point measurement.

    Results. High-risk HPV were found in 6.2% (95% CI 5.2-7.3%) of the women (n = 130) and 22% (95% CI 14-32%) (n = 17) of these had CIN2 + lesions based on histology. The Pap smear taken in conjunction with the HPV test was abnormal in 9.7% (95% CI 5.7-16.3%) (n = 12) of HPV positive women. Among HPV positive women with an abnormal Pap smear, the frequency of histology verified CIN2+ lesions was 67% (95% Cl 38-86%) (n = 8), as compared to 14% (95% CI 7-24%) (n = 9) in HPV positive women with a normal smear. The prevalence of HPV16 in CIN2+ lesions (29%, 95% CI 22-37%) in post-menopausal women was less than half of previous estimates in pre-menopausal women from this population.

    Conclusions. Most histological CIN2+ lesions in post-menopausal women are not recognized by a single Pap smear. A large fraction of pre-invasive cervical cancer cases in post-menopausal women result from infections by HPV types not included in the present vaccine formulas.

  • 71.
    Gyllensten, Ulf
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Johansson, Åsa
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Enroth, Stefan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Jonasson, Inger
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Assessing The Effects Of Climate Change On Health And Lifestyle In Sub-Arctic Areas In Sweden - The Northern Sweden Population Health Study2013Ingår i: International Journal of Circumpolar Health, ISSN 1239-9736, E-ISSN 2242-3982, Vol. 72, nr Suppl. 1, s. 516-517Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
  • 72.
    Gyllensten, Ulf
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Sanner, Karin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kvinnors och barns hälsa.
    Gustavsson, Inger
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Lindell, Monica
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Wikström, Ingrid
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kvinnors och barns hälsa.
    Wilander, Erik
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Short-time repeat high-risk HPV testing by self-sampling for screening of cervical cancer2011Ingår i: British Journal of Cancer, ISSN 0007-0920, E-ISSN 1532-1827, Vol. 105, nr 5, s. 694-697Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    BACKGROUND: Testing for high-risk human papillomavirus (HPV) in primary screening for cervical cancer is considered more sensitive, but less specific, in comparison with Pap-smear cytology. Women with persistent HPV infections have a higher risk of developing cervical intraepithelial neoplasia 2+ (CIN2+) lesions. This study was performed to evaluate the gain in specificity for detection of histologically confirmed CIN2+ lesions achieved by short-time repeat testing for high-risk HPV in women aged 30-65 years, with the primary sample for HPV analysis taken by self-sampling. METHODS: A total of 8000 women in Uppsala County, aged 30-65 years, who had not attended organised screening for 6 years or longer, were offered self-sampling of vaginal fluid at home and the samples sent for HPV typing. Of these, 8% (669) were not possible to contact or had performed hysterectomy. Women positive for high-risk HPV in the self-sampling test were invited for a follow-up HPV test and a cervical biopsy on average 3 months after the initial HPV test. RESULTS: In all, 39% (2850/7331) of invited women chose to perform self-sampling of vaginal fluid at home. High-risk HPV infection was found in 6.6% (188) of the women. In all, 89% of the women testing HPV positive performed a follow-up examination, on average 2.7 months, after the first test and 59% of these women were HPV positive in the follow-up test. The prevalence of CIN2+ lesions in women with an initial HPV-positive test was 23% (95% CI 18-30%) and in women with two consecutive HPV-positive tests was 41% (95% CI 31-51%). In women with two positive HPV tests, the prevalence of CIN2+ lesions varied from 49% in women at age 30-39 years to 24% in women at age 50-65 years. Short-time repeat HPV testing increased the specificity for detection of CIN2+ lesions from about 94.2% to 97.8%. The most prevalent HPV types were HPV16 (32%), followed by HPV18/45 (19%) and HPV 33/52/58 (19%). CONCLUSION: The short-time persistence of high-risk HPV infection in this age group was about 60%. Repeat testing for high-risk HPV using self-sampling of vaginal fluid can be used to increase the specificity in the screening for cervical cancer in women aged 30-65 years.

  • 73.
    Hagström, Emil
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Kardiologi.
    Eriksson, Niclas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Uppsala kliniska forskningscentrum (UCR). Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper.
    Johansson, Åsa
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Uppsala kliniska forskningscentrum (UCR). Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Bertilsson, Maria
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Uppsala kliniska forskningscentrum (UCR).
    Axelsson, Tomas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper.
    Barratt, Bryan J.
    Becker, Richard C.
    Himmelmann, Anders
    James, Stefan K.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Uppsala kliniska forskningscentrum (UCR). Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Kardiologi.
    Katus, Hugo A.
    Siegbahn, Agneta
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Koagulation och inflammationsvetenskap.
    Steg, Philippe G.
    Storey, Robert F.
    Syvänen, Ann-Christine
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper.
    Varenhorst, Christoph
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper.
    Åkerblom, Axel
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper.
    Wallentin, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Kardiologi.
    Are There Any Causal Relations Between Growth Differentiation Factor 15 and Outcomes in Patients With Acute Coronary Syndrome?: - A Report From the Plato Gwas Study2013Ingår i: Circulation, ISSN 0009-7322, E-ISSN 1524-4539, Vol. 128, nr 22Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
  • 74.
    Halldórsdóttir, Anna Margret
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Lundin, A
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Murray, Fiona
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Knuutila, S
    Sundström, Christer
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi.
    Laurell, Anna
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för radiologi, onkologi och strålningsvetenskap, Enheten för onkologi.
    Ehrencrona, H
    Sander, B
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Impact of TP53 mutation and 17p deletion in mantle cell lymphoma2011Ingår i: Leukemia, ISSN 0887-6924, E-ISSN 1476-5551Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 75.
    Halvardson, Jonatan
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Zaghlool, Ammar
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Feuk, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Exome RNA sequencing reveals rare and novel alternative transcripts2013Ingår i: Nucleic Acids Research, ISSN 0305-1048, E-ISSN 1362-4962, Vol. 41, nr 1, s. e6-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    RNA sequencing has become an important method to perform hypothesis-free characterization of global gene expression. One of the limitations of RNA sequencing is that most sequence reads represent highly expressed transcripts, whereas low level transcripts are challenging to detect. To combine the benefits of traditional expression arrays with the advantages of RNA sequencing, we have used whole exome enrichment prior to sequencing of total RNA. We show that whole exome capture can be successfully applied to cDNA to study the transcriptional landscape in human tissues. By introducing the exome enrichment step, we are able to identify transcripts present at very low levels, which are below the level of detection in conventional RNA sequencing. Although the enrichment increases the ability to detect presence of transcripts, it also lowers the accuracy of quantification of expression levels. Our results yield a large number of novel exons and splice isoforms, suggesting that conventional RNA sequencing methods only detect a small fraction of the full transcript diversity. We propose that whole exome enrichment of RNA is a suitable strategy for genome-wide discovery of novel transcripts, alternative splice variants and fusion genes.

  • 76.
    Hooper, Sean D
    et al.
    The Breakthrough Breast Cancer Research Centre, The Institute of Cancer Research.
    Jiao, Xiang
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Rosenlund, Magnus
    Tellgren-Roth, Christian
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Cavelier, Lucia
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik.
    Sjöblom, Tobias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Interpreting translocations detected by paired-end sequencing of cancer samples2012Ingår i: BMC Bioinformatics, ISSN 1471-2105, E-ISSN 1471-2105Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 77.
    Hooper, Sean D.
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Johansson, Anna C. V.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Tellgren-Roth, Christian
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Stattin, Eva-Lena
    Dahl, Niklas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Cavelier, Lucia
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Feuk, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Genome-wide sequencing for the identification of rearrangements associated with Tourette syndrome and obsessive-compulsive disorder2012Ingår i: BMC Medical Genetics, ISSN 1471-2350, E-ISSN 1471-2350, Vol. 13, s. 123-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Background: Tourette Syndrome (TS) is a neuropsychiatric disorder in children characterized by motor and verbal tics. Although several genes have been suggested in the etiology of TS, the genetic mechanisms remain poorly understood. Methods: Using cytogenetics and FISH analysis, we identified an apparently balanced t(6,22)(q16.2;p13) in a male patient with TS and obsessive-compulsive disorder (OCD). In order to map the breakpoints and to identify additional submicroscopic rearrangements, we performed whole genome mate-pair sequencing and CGH-array analysis on DNA from the proband. Results: Sequence and CGH array analysis revealed a 400 kb deletion located 1.3 Mb telomeric of the chromosome 6q breakpoint, which has not been reported in controls. The deletion affects three genes (GPR63, NDUFA4 and KLHL32) and overlaps a region previously found deleted in a girl with autistic features and speech delay. The proband's mother, also a carrier of the translocation, was diagnosed with OCD and shares the deletion. We also describe a further potentially related rearrangement which, while unmapped in Homo sapiens, was consistent with the chimpanzee genome. Conclusions: We conclude that genome-wide sequencing at relatively low resolution can be used for the identification of submicroscopic rearrangements. We also show that large rearrangements may escape detection using standard analysis of whole genome sequencing data. Our findings further provide a candidate region for TS and OCD on chromosome 6q16.

  • 78. Huffman, Jennifer E.
    et al.
    Knezevic, Ana
    Vitart, Veronique
    Kattla, Jayesh
    Adamczyk, Barbara
    Novokmet, Mislav
    Igl, Wilmar
    Pucic, Maja
    Zgaga, Lina
    Johansson, Åsa
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Redzic, Irma
    Gornik, Olga
    Zemunik, Tatijana
    Polasek, Ozren
    Kolcic, Ivana
    Pehlic, Marina
    Koeleman, Carolien A. M.
    Campbell, Susan
    Wild, Sarah H.
    Hastie, Nicholas D.
    Campbell, Harry
    Gyllensten, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Wuhrer, Manfred
    Wilson, James F.
    Hayward, Caroline
    Rudan, Igor
    Rudd, Pauline M.
    Wright, Alan F.
    Lauc, Gordan
    Polymorphisms in B3GAT1, SLC9A9 and MGAT5 are associated with variation within the human plasma N-glycome of 3533 European adults2011Ingår i: Human Molecular Genetics, ISSN 0964-6906, E-ISSN 1460-2083, Vol. 20, nr 24, s. 5000-5011Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The majority of human proteins are post-translationally modified by covalent addition of one or more complex oligosaccharides (glycans). Alterations in glycosylation processing are associated with numerous diseases and glycans are attracting increasing attention both as disease biomarkers and as targets for novel therapeutic approaches. Using a recently developed high-throughput high-performance liquid chromatography (HPLC) analysis method, we have reported, in a pilot genome-wide association study of 13 glycan features in 2705 individuals from three European populations, that polymorphisms at three loci (FUT8, FUT6/FUT3 and HNF1A) affect plasma levels of N-glycans. Here, we extended the analysis to 33 directly measured and 13 derived glycosylation traits in 3533 individuals and identified three novel gene association (MGAT5, B3GAT1 and SLC9A9) as well as replicated the previous findings using an additional European cohort. MGAT5 (meta-analysis association P-value = 1.80 x 10(-10) for rs1257220) encodes a glycosyltransferase which is known to synthesize the associated glycans. In contrast, neither B3GAT1 (rs7928758, P = 1.66 x 10(-08)) nor SLC9A9 (rs4839604, P = 3.50 x 10(-13)) had previously been associated functionally with glycosylation of plasma proteins. Given the glucuronyl transferase activity of B3GAT1, we were able to show that glucuronic acid is present on antennae of plasma glycoproteins underlying the corresponding HPLC peak. SLC9A9 encodes a proton pump which affects pH in the endosomal compartment and it was recently reported that changes in Golgi pH can impair protein sialylation, giving a possible mechanism for the observed association.

  • 79. Iggo, Richard
    et al.
    Rudewicz, Justine
    Monceau, Elodie
    Sevenet, Nicolas
    Bergh, Jonas
    Sjöblom, Tobias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Bonnefoi, Herve
    Validation of a yeast functional assay for p53 mutations using clonal sequencing2013Ingår i: Journal of Pathology, ISSN 0022-3417, E-ISSN 1096-9896, Vol. 231, nr 4, s. 441-448Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    We have previously tested biopsies from 1469 breast tumours with a p53 functional assay in the context of a prospective clinical trial (EORTC 10994/BIG 1-00). The goal of the trial was to determine whether p53 status could be used to select patients who would benefit from inclusion of taxanes in anthracycline-based chemotherapy. The results of the trial were negative. To test whether this was because the functional assay misclassified the tumours, we have reanalysed two groups of biopsies by Sanger sequencing and Roche 454 next generation sequencing (NGS). Comparison of yeast data with pooled cDNA sequencing data in an initial cohort of 69 biopsies showed that conventional sequencing is insensitive when the mutant p53 content is low. A second cohort of 48 biopsies was used to compare directly the yeast assay with Sanger and NGS technology. The mutant sequence was difficult to detect in sequence chromatograms of pooled cDNA, whereas NGS unequivocally identified mutations in every case classified as mutant by the functional assay. The NGS data showed that small deletions, probably caused by PCR splicing, account for most of the unexplained background in the yeast assay. We conclude that mutation detection techniques that test multiple clones, such as the p53 functional assay and NGS, are more reliable than Sanger sequencing of pooled DNA; that the high p53 mutation rate (44%) seen with the yeast assay in the EORTC 10994/BIG 1-00 trial reflects this high sensitivity; and that NGS with Roche 454 technology could be used to identify the p53 mutations in the remaining tumours previously tested in yeast in the EORTC10994/BIG 1-00 trial. 

  • 80.
    Igl, Wilmar
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Kamal-Eldin, Afaf
    Johansson, Asa
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Liebisch, Gerhard
    Gnewuch, Carsten
    Schmitz, Gerd
    Gyllensten, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Animal source food intake and association with blood cholesterol, glycerophospholipids and sphingolipids in a northern Swedish population2013Ingår i: International Journal of Circumpolar Health, ISSN 1239-9736, E-ISSN 2242-3982, Vol. 72, s. 421-427Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Background. The high intake of game meat in populations with a subsistence-based diet may affect their blood lipids and health status. Objective. To examine the association between diet and circulating levels of blood lipid levels in a northern Swedish population. Study design. We compared a group with traditional lifestyle (TLS) based on reindeer herding (TLS group) with those from the same area with a non-traditional lifestyle (NTLS) typical of more industrialized regions of Sweden (NTLS group). The analysis was based on self-reported intake of animal source food (i.e. non-game meat, game meat, fish, dairy products and eggs) and the serum blood level of a number of lipids [total cholesterol (TC), low-density lipoprotein cholesterol (LDL), high-density lipoprotein cholesterol (HDL), triglycerides (TG), glycerophospholipids and sphingolipids]. Results. The TLS group had higher cholesterol, LDL and HDL levels than the reference group. Of the TLS group, 65% had cholesterol levels above the threshold for increased risk of coronary heart disease (>= 240 mg/dl), as compared to 38% of the NTLS group. Self-reported consumption of game meat was positively associated with TC and LDL. Conclusions. The high game meat consumption of the TLS group is associated with increased cholesterol levels. High intake of animal protein and fat and low fibre is known to increase the risk of cardiovascular disease, but other studies of the TLS in northern Sweden have shown comparable incidences of cardiovascular disease to the reference (NTLS) group from the same geographical area. This indicates that factors other than TC influence disease risk. One such possible factor is dietary phospholipids, which are also found in high amounts specifically in game meat and have been shown to inhibit cholesterol absorption.

  • 81.
    Ivansson, Emma L.
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Juko-Pecirep, Ivana
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Erlich, H. A.
    Gyllensten, Ulf B.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Pathway-based analysis of genetic susceptibility to cervical cancer in situ: HLA-DPB1 affects risk in Swedish women2011Ingår i: Genes and Immunity, ISSN 1466-4879, E-ISSN 1476-5470, Vol. 12, nr 8, s. 605-614Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    We have conducted a pathway-based analysis of genome-wide single-nucleotide polymorphism (SNP) data in order to identify genetic susceptibility factors for cervical cancer in situ. Genotypes derived from Affymetrix 500k or 5.0 arrays for 1076 cases and 1426 controls were analyzed for association, and pathways with enriched signals were identified using the SNP ratio test. The most strongly associated KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) pathways were Asthma (empirical P=0.03), Folate biosynthesis (empirical P=0.04) and Graft-versus-host disease (empirical P=0.05). Among the 11 top-ranking pathways were 6 related to the immune response with the common denominator being genes in the major histocompatibility complex (MHC) region on chromosome 6. Further investigation of the MHC revealed a clear effect of HLA-DPB1 polymorphism on disease susceptibility. At a functional level, DPB1 alleles associated with risk and protection differ in key amino-acid residues affecting peptide-binding motifs in the extracellular domains. The results illustrate the value of pathway-based analysis to mine genome-wide data, and point to the importance of the MHC region and specifically the HLA-DPB1 locus for susceptibility to cervical cancer.

  • 82.
    Jacobsson, Josefin
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Funktionell farmakologi.
    Rask-Andersen, Mathias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Funktionell farmakologi.
    Risérus, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för folkhälso- och vårdvetenskap, Klinisk nutrition och metabolism.
    Moschonis, G
    Koumpitski, A
    Chrousos, G P
    Lannfelt, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för folkhälso- och vårdvetenskap, Geriatrik.
    Marcus, C
    Gyllensten, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Schiöth, Helgi B
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Funktionell farmakologi.
    Fredriksson, Robert
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Funktionell farmakologi.
    Genetic variants near the MGAT1 gene are associated with body weight, BMI and fatty acid metabolism among adults and children2012Ingår i: International Journal of Obesity, ISSN 0307-0565, E-ISSN 1476-5497, Vol. 36, nr 1, s. 119-129Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Objective: Recently a genome-wide association analysis from five European populations identified a polymorphism located downstream of the mannosyl-(α-1,3)-glycoprotein-β-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase (MGAT1) gene that was associated with body-weight. In the present study, associations between MGAT1 variants combined with obesity and insulin measurements were investigated in three cohorts. Levels of fatty acids and estimated measures of Δ desaturases were also investigated among adult men.

    Design: Six polymorphisms downstream of MGAT1 were genotyped in a cross-sectional cohort of 1152 Swedish men. Three polymorphisms were further analyzed in a case-control study of 1076 Swedish children and in a cross-sectional study of 2249 Greek children.

    Results: Three polymorphisms, rs12186500 (odds ratio (OR): 1.892, 95% confidence interval (CI): 1.237-2.895, P=0.003), rs1021001 (OR: 2.102, 95% CI: 1.280-3.455, P=0.003) and rs4285184 (OR: 1.587, 95% CI: 1.024-2.459, P=0.038) were associated with a higher prevalence of obesity among the adult men and a trend for obesity was observed for rs4285184 among the Swedish (OR: 1.205, 95% CI: 0.987-1.471, P=0.067) and Greek children (OR: 1.192, 95%CI: 0.978-1.454, P=0.081). Association with body weight was observed for rs12186500 (P=0.017) and rs4285184 (P=0.024) among the men. The rs1021001 and rs4285184 were also associated with body mass index (BMI) in the two Swedish cohorts and similar trends were observed among the Greek children. The combined effect size for rs1021001 and rs4285184 on BMI z-score from a meta-analysis was 0.233 (95% CI:0.093-0.373, P=0.001) and 0.147 (95% CI:0.057-0.236, P=0.001), respectively. We further observed associations between the genetic variants and fatty acids (P<0.039) and estimated measures of Δ desaturases (P<0.040), as well as interactions for rs12186500 (P<0.019) with an effect on BMI. No association was found with homeostatic model assessment-insulin resistance in any cohort but increased insulin levels, insulin response and decreased insulin sensitivity were observed among the children (P<0.038).

    Conclusion: Genetic variants downstream MGAT1 seem to influence susceptibility to obesity. Moreover, these genetic variants affect the levels of serum unsaturated fatty acids and Δ desaturase indices, variables previously shown to correlate with obesity.

  • 83.
    Jiao, Xiang
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Hooper, Sean D.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Djureinovic, Tatjana
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Larsson, Chatarina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Wärnberg, Fredrik
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Endokrinkirurgi.
    Tellgren-Roth, Christian
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Botling, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi.
    Sjöblom, Tobias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Gene rearrangements in hormone receptor negative breast cancers revealed by mate pair sequencing2013Ingår i: BMC Genomics, ISSN 1471-2164, E-ISSN 1471-2164, Vol. 14, artikel-id 165Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Background: Chromosomal rearrangements in the form of deletions, insertions, inversions and translocations are frequently observed in breast cancer genomes, and a subset of these rearrangements may play a crucial role in tumorigenesis. To identify novel somatic chromosomal rearrangements, we determined the genome structures of 15 hormone-receptor negative breast tumors by long-insert mate pair massively parallel sequencing. Results: We identified and validated 40 somatic structural alterations, including the recurring fusion between genes DDX10 and SKA3 and translocations involving the EPHA5 gene. Other rearrangements were found to affect genes in pathways involved in epigenetic regulation, mitosis and signal transduction, underscoring their potential role in breast tumorigenesis. RNA interference-mediated suppression of five candidate genes (DDX10, SKA3, EPHA5, CLTC and TNIK) led to inhibition of breast cancer cell growth. Moreover, downregulation of DDX10 in breast cancer cells lead to an increased frequency of apoptotic nuclear morphology. Conclusions: Using whole genome mate pair sequencing and RNA interference assays, we have discovered a number of novel gene rearrangements in breast cancer genomes and identified DDX10, SKA3, EPHA5, CLTC and TNIK as potential cancer genes with impact on the growth and proliferation of breast cancer cells.

  • 84.
    Jiao, Xiang
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Rosenlund, Magnus
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Hooper, Sean D.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Tellgren-Roth, Christian
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    He, Liqun
    Fu, Yutao
    Mangion, Jonathan
    Sjöblom, Tobias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Structural Alterations from Multiple Displacement Amplification of a Human Genome Revealed by Mate-Pair Sequencing2011Ingår i: PLoS ONE, ISSN 1932-6203, E-ISSN 1932-6203, Vol. 6, nr 7, s. e22250-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Comprehensive identification of the acquired mutations that cause common cancers will require genomic analyses of large sets of tumor samples. Typically, the tissue material available from tumor specimens is limited, which creates a demand for accurate template amplification. We therefore evaluated whether phi29-mediated whole genome amplification introduces false positive structural mutations by massive mate-pair sequencing of a normal human genome before and after such amplification. Multiple displacement amplification led to a decrease in clone coverage and an increase by two orders of magnitude in the prevalence of inversions, but did not increase the prevalence of translocations. While multiple strand displacement amplification may find uses in translocation analyses, it is likely that alternative amplification strategies need to be developed to meet the demands of cancer genomics.

  • 85.
    Jiao, Xiang
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Wood, Laura D.
    Lindman, Monica
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Jones, Sian
    Buckhaults, Phillip
    Polyak, Kornelia
    Sukumar, Saraswati
    Carter, Hannah
    Kim, Dewey
    Karchin, Rachel
    Sjöblom, Tobias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Somatic mutations in the notch, NF-KB, PIK3CA, and hedgehog pathways in human breast cancers2012Ingår i: Genes, Chromosomes and Cancer, ISSN 1045-2257, E-ISSN 1098-2264, Vol. 51, nr 5, s. 480-489Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Exome sequencing of human breast cancers has revealed a substantial number of candidate cancer genes with recurring but infrequent somatic mutations. To determine more accurately their mutation prevalence, we performed a mutation analysis of 36 novel candidate cancer genes in 96 human breast cancers. Somatic mutations with potential impact on protein function were observed in the genes ADAM12, CENTB1, CENTG1, DIP2C, GLI1, GRIN2D, HDLBP, IKBKB, KPNA5, NFKB1, NOTCH1, and OTOF. These findings strengthen the evidence for involvement of the Notch, Hedgehog, NF-KB, and PIK3CA pathways in breast cancer development, and point to novel processes that likely are involved.

  • 86.
    Johanneson, Bo
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Chen, Dan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Enroth, Stefan
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Cui, Tao
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Gyllensten, Ulf
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Systematic validation of hypothesis-driven candidate genes for cervical cancer in a genome-wide association study2014Ingår i: Carcinogenesis, ISSN 0143-3334, E-ISSN 1460-2180, Vol. 35, nr 9, s. 2084-2088Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    A large number of genetic associations with cervical cancer have been reported in hypothesis-driven candidate gene studies, but most studies have not included an independent replication or the results have been inconsistent between studies. In order to independently validate these associations, we re-examined 58 candidate gene/regions previously reported to be associated with cervical cancer using the gene-based Adaptive Rank Truncated Product (ARTP) test in a genome-wide association study of 1,034 cervical cancer patients and 3,948 controls from the Swedish population. Of the 58 gene/regions, 8 had a nominal p-value < 0.05 (Tumor necrosis factor [TNF], p = 5.0×10(-4); DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box helicase 1 [DDX1], p = 2.2×10(-3); Exonuclease 1 [EXO1], p=4.7×10(-3); Excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, complementation group 1 [ERCC1], p = 0.020; Transmembrane channel-like 6 and 8 genes [TMC6-TMC8], p = 0.023; Secreted phosphoprotein 1 [SPP1], p= 0.028; v-erb-b2 avian erythroblastic leukemia viral oncogene homolog 2 [ERBB2], p = 0.033 and Chloride channel, voltage-sensitive 7 [CLCN7], p = 0.047). After correction for multiple testing only TNF remained statistically significant (p = 0.028). Two single-nucleotide polymorphisms that are in nearly perfect linkage disequilibrium (LD) (rs2857602 and rs2844484) contributed most to the association with TNF. However, they are not independent from the previously reported associations within the MHC region. The very low number of previously reported associations with cervical cancer that replicate in the Swedish population underscore the need to apply more stringent criteria when reporting associations, including the prerequisite of replicating the association as part of the original study.

  • 87.
    Johansson, Henrik
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Isaksson, Magnus
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Sörqvist, Elin Falk
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Roos, F.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Stenberg, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Sjöblom, Tobias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Botling, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi.
    Micke, Patrick
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi.
    Edlund, Karolina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi.
    Fredriksson, S.
    Göransson Kultima, Hanna
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper.
    Ericsson, Olle
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Nilsson, Mats
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Targeted resequencing of candidate genes using Selector Probes2011Ingår i: Nucleic Acids Research, ISSN 0305-1048, E-ISSN 1362-4962, Vol. 39, nr 2, s. e8-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Targeted genome enrichment is a powerful tool for making use of the massive throughput of novel DNA-sequencing instruments. We herein present a simple and scalable protocol for multiplex amplification of target regions based on the Selector technique. The updated version exhibits improved coverage and compatibility with next-generation-sequencing (NGS) library-construction procedures for shotgun sequencing with NGS platforms. To demonstrate the performance of the technique, all 501 exons from 28 genes frequently involved in cancer were enriched for and sequenced in specimens derived from cell lines and tumor biopsies. DNA from both fresh frozen and formalin-fixed paraffin-embedded biopsies were analyzed and 94 specificity and 98 coverage of the targeted region was achieved. Reproducibility between replicates was high (R 2=0, 98) and readily enabled detection of copy-number variations. The procedure can be carried out in <24 h and does not require any dedicated instrumentation.

  • 88.
    Johansson, Åsa
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Uppsala kliniska forskningscentrum (UCR).
    Enroth, Stefan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Gyllensten, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Continuous Aging of the Human DNA Methylome Throughout the Human Lifespan2013Ingår i: PLoS ONE, ISSN 1932-6203, E-ISSN 1932-6203, Vol. 8, nr 6, s. e67378-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    DNA methylation plays an important role in development of disease and the process of aging. In this study we examine DNA methylation at 476,366 sites throughout the genome of white blood cells from a population cohort (N = 421) ranging in age from 14 to 94 years old. Age affects DNA methylation at almost one third (29%) of the sites (Bonferroni adjusted P-value <0.05), of which 60.5% becomes hypomethylated and 39.5% hypermethylated with increasing age. DNA methylation sites that are located within CpG islands (CGIs) more often become hypermethylated compared to sites outside an island. CpG sites in promoters are more unaffected by age, whereas sites in enhancers more often becomes hypo- or hypermethylated. Hypermethylated sites are overrepresented among genes that are involved in DNA binding, transcription regulation, processes of anatomical structure and developmental process and cortex neuron differentiation (P-value down to P = 9.14*10−67). By contrast, hypomethylated sites are not strongly overrepresented among any biological function or process. Our results indicate that the 23% of the variation in DNA methylation is attributed chronological age, and that hypermethylation is more site-specific than hypomethylation. It appears that the change in DNA methylation partly overlap with regions that change histone modifications with age, indicating an interaction between the two major epigenetic mechanisms. Epigenetic modifications and change in gene expression over time most likely reflects the natural process of aging and variation between individuals might contribute to the development of age-related phenotypes and diseases such as type II diabetes, autoimmune and cardiovascular disease.

  • 89.
    Johansson, Åsa
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Uppsala kliniska forskningscentrum (UCR).
    Enroth, Stefan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Palmblad, Magnus
    Deelder, Andre M.
    Bergquist, Jonas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Analytisk kemi.
    Gyllensten, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Identification of genetic variants influencing the human plasma proteome2013Ingår i: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, ISSN 0027-8424, E-ISSN 1091-6490, Vol. 110, nr 12, s. 4673-4678Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Genetic variants influencing the transcriptome have been extensively studied. However, the impact of the genetic factors on the human proteome is largely unexplored, mainly due to lack of suitable high-throughput methods. Here we present unique and comprehensive identification of genetic variants affecting the human plasma protein profile by combining high-throughput and high-resolution mass spectrometry (MS) with genome-wide SNP data. We identified and quantified the abundance of 1,056 tryptic-digested peptides, representing 163 proteins in the plasma of 1,060 individuals from two population-based cohorts. The abundance level of almost one-fifth (19%) of the peptides was found to be heritable, with heritability ranging from 0.08 to 0.43. The levels of 60 peptides from 25 proteins, 15% of the proteins studied, were influenced by cis-acting SNPs. We identified and replicated individual cis-acting SNPs (combined P value ranging from 3.1 x 10(-52) to 2.9 x 10(-12)) influencing 11 peptides from 5 individual proteins. These SNPs represent both regulatory SNPs and nonsynonymous changes defining well-studied disease alleles such as the epsilon 4 allele of apolipoprotein E (APOE), which has been shown to increase risk of Alzheimer's disease. Our results show that high-throughput mass spectrometry represents a promising method for large-scale characterization of the human proteome, allowing for both quantification and sequencing of individual proteins. Abundance and peptide composition of a protein plays an important role in the etiology, diagnosis, and treatment of a number of diseases. A better understanding of the genetic impact on the plasma proteome is therefore important for evaluating potential biomarkers and therapeutic agents for common diseases.

  • 90. Johnsson, M.
    et al.
    Rubin, Carl-Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Hoglund, A.
    Sahlqvist, Anna-Stina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Autoimmunitet.
    Jonsson, Kenneth B
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Ortopedi.
    Kerje, Susanne
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Ekwall, Olov
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Autoimmunitet.
    Kämpe, Olle
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Autoimmunitet.
    Andersson, Leif
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Jensen, P.
    Wright, D.
    The role of pleiotropy and linkage in genes affecting a sexual ornament and bone allocation in the chicken2014Ingår i: Molecular Ecology, ISSN 0962-1083, E-ISSN 1365-294X, Vol. 23, nr 9, s. 2275-2286Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Sexual selection and the ornaments that inform such choices have been extensively studied, particularly from a phenotypic perspective. Although more is being revealed about the genetic architecture of sexual ornaments, much still remains to be discovered. The comb of the chicken is one of the most widely recognized sexual ornaments, which has been shown to be correlated with both fecundity and bone allocation. In this study, we use a combination of multiple intercrosses between White Leghorn populations and wild-derived Red Junglefowl to, first, map quantitative trait loci (QTL) for bone allocation and, second, to identify expression QTL that correlate and colocalize with comb mass. These candidate quantitative genes were then assessed for potential pleiotropic effects on bone tissue and fecundity traits. We identify genes that correlate with both relative comb mass and bone traits suggesting a combination of both pleiotropy and linkage mediates gene regulatory variation in these traits.

  • 91.
    Juko-Pecirep, Ivana
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Ivansson, Emma L.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi.
    Gyllensten, Ulf B.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Evaluation of Fanconi anaemia genes FANCA, FANCC and FANCL in cervical cancer susceptibility2011Ingår i: Gynecologic Oncology, ISSN 0090-8258, E-ISSN 1095-6859, Vol. 122, nr 2, s. 377-381Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Objective. Disrupting the function of any of the 13 Fanconi anaemia (FA) genes causes a DNA repair deficiency disorder, with patients being susceptible to a number of cancer types. Variation in the family of FA genes has been suggested to affect risk of cervical cancer. The current study evaluates the influence of three genes in the FA pathway on cervical cancer risk in Swedish women. Methods. TagSNPs in FANCA, FANCC and FANCL were selected using the Tagger algorithm in Haploview. A total of 81 tagSNPs were genotyped in 782 cases (CIN3 or ICC) and 775 controls using the Illumina GoldenGate Assay and statistically analyzed for association with cervical cancer. Results. 72 SNPs were successfully genotyped in >98% of the samples. Nominal associations were detected for FANCA rs11649196 (p = 0.05) and rs4128763 in FANCC (p = 0.02). The associations did not withstand correction for multiple testing. Conclusions. The current study does not support that genetic variation in FANCA, FANCC or FANCL genes affects susceptibility to cervical cancer in the Swedish population.

  • 92.
    Kanduri, Chandrasekhar
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Kcnq1ot1: A chromatin regulatory RNA2011Ingår i: Seminars in Cell and Developmental Biology, ISSN 1084-9521, E-ISSN 1096-3634, Vol. 22, nr 4, s. 343-350Artikel, forskningsöversikt (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    There is a growing interest for noncoding RNA (ncRNA)-mediated epigenetic regulation of transcription in diverse biological functions. Recent evidence suggests that a subset of long ncRNA epigenetically regulate the transcription of multiple genes in chromosomal domains via interaction with chromatin. Kcnq1ot1 is one such long chromatin-interacting ncRNA that silences multiple genes in the Kcnq1 domain by establishing a repressive higher order chromatin structure. This is done by the recruitment of chromatin and DNA-modifying proteins. This review looks at recent evidence supporting the notion that Kcnq1ot1-mediated silencing is a multilayered pathway. Comparing the mode of action of Kcnq1ot1 with other well-investigated chromatin regulatory long ncRNAs, such as Xist, HOTAIR and Airn, revealed that chromatin regulatory ncRNAs share common epigenetic pathways in the silencing of multiple genes.

  • 93.
    Kashif, Muhammad
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin.
    Andersson, Claes
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin.
    Åberg, Magnus
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Fasta tillståndets fysik.
    Nygren, Peter
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för radiologi, onkologi och strålningsvetenskap, Enheten för onkologi.
    Sjöblom, Tobias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Hammerling, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin.
    Larsson, Rolf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin.
    Gustafsson, Mats G.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin.
    A Pragmatic Definition of Therapeutic Synergy Suitable for Clinically Relevant In Vitro Multicompound Analyses2014Ingår i: Molecular Cancer Therapeutics, ISSN 1535-7163, E-ISSN 1538-8514, Vol. 13, nr 7, s. 1964-1976Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    For decades, the standard procedure when screening for candidate anticancer drug combinations has been to search for synergy, defined as any positive deviation from trivial cases like when the drugs are regarded as diluted versions of each other (Loewe additivity), independent actions (Bliss independence), or no interaction terms in a response surface model (no interaction). Here, we show that this kind of conventional synergy analysis may be completely misleading when the goal is to detect if there is a promising in vitro therapeutic window. Motivated by this result, and the fact that a drug combination offering a promising therapeutic window seldom is interesting if one of its constituent drugs can provide the same window alone, the largely overlooked concept of therapeutic synergy (TS) is reintroduced. In vitro TS is said to occur when the largest therapeutic window obtained by the best drug combination cannot be achieved by any single drug within the concentration range studied. Using this definition of TS, we introduce a procedure that enables its use in modern massively parallel experiments supported by a statistical omnibus test for TS designed to avoid the multiple testing problem. Finally, we suggest how one may perform TS analysis, via computational predictions of the reference cell responses, when only the target cell responses are available. In conclusion, the conventional error-prone search for promising drug combinations may be improved by replacing conventional (toxicology-rooted) synergy analysis with an analysis focused on (clinically motivated) TS. 

  • 94.
    Kiflemariam, Sara
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Andersson, Sandra
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Asplund, Anna
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Pontén, Fredrik
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Sjöblom, Tobias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Scalable In Situ Hybridization on Tissue Arrays for Validation of Novel Cancer and Tissue-Specific Biomarkers2012Ingår i: PLoS ONE, ISSN 1932-6203, E-ISSN 1932-6203, Vol. 7, nr 3, s. e32927-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Tissue localization of gene expression is increasingly important for accurate interpretation of large scale datasets from expression and mutational analyses. To this end, we have (1) developed a robust and scalable procedure for generation of mRNA hybridization probes, providing >95% first-pass success rate in probe generation to any human target gene and (2) adopted an automated staining procedure for analyses of formalin-fixed paraffin-embedded tissues and tissue microarrays. The in situ mRNA and protein expression patterns for genes with known as well as unknown tissue expression patterns were analyzed in normal and malignant tissues to assess procedure specificity and whether in situ hybridization can be used for validating novel antibodies. We demonstrate concordance between in situ transcript and protein expression patterns of the well-known pathology biomarkers KRT17, CHGA, MKI67, PECAM1 and VIL1, and provide independent validation for novel antibodies to the biomarkers BRD1, EZH2, JUP and SATB2. The present study provides a foundation for comprehensive in situ gene set or transcriptome analyses of human normal and tumor tissues.

  • 95.
    Kiflemariam, Sara
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Mignardi, M.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Bergh, A.
    Nilsson, M.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Sjoblom, Tobias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Direct Detection of TMPRSS2-ERG Rearrangements in Prostate Cancer by Padlock Probes2012Ingår i: European Journal of Cancer, ISSN 0959-8049, E-ISSN 1879-0852, Vol. 48, nr S5, s. S110-S110Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 96.
    Kiflemariam, Sara
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Mignardi, Marco
    Ali, Muhammad Akhtar
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Bergh, Anders
    Nilsson, Mats
    Sjöblom, Tobias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    In situ sequencing identifies TMPRSS2-ERG fusion transcripts, somatic point mutations and gene expression levels in prostate cancers2014Ingår i: Journal of Pathology, ISSN 0022-3417, E-ISSN 1096-9896, Vol. 234, nr 2, s. 253-261Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Translocations contribute to the genesis and progression of epithelial tumours and in particular to prostate cancerdevelopment. To better understand the contribution of fusion transcripts and visualize the clonal composition ofmultifocal tumours, we have developed a technology for multiplexin situdetection and identification of expressedfusion transcripts. When compared to immunohistochemistry,TMPRSS2–ERGfusion-negative and fusion-positiveprostate tumours were correctly classified. The most prevalentTMPRSS2–ERGfusion variants were visualized,identified, and quantitated in human prostate cancer tissues, and the ratio of the variant fusion transcripts couldfor the first time be directly determined byin situsequencing. Further, we demonstrate concurrentin situdetectionof gene expression, point mutations, and gene fusions of the prostate cancer relevant targetsAMACR,AR,TP53,andTMPRSS2–ERG. This unified approach toin situanalyses of somatic mutations can empower studies ofintra-tumoural heterogeneity and future tissue-based diagnostics of mutations and translocations.

  • 97.
    Kiflemariam, Sara
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Pontén, Fredrik
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi.
    Sjöblom, Tobias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Expression analysis at cell type resolution of the tyrosine kinome and phosphatome in human normal and malignant tissuesManuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
  • 98. Kjellström, A.
    et al.
    Edlund, Hanna
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin.
    Lembring, Maria
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Ahlgren, Viktoria
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Allen, Marie
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    An Analysis of the Alleged Skeletal Remains of Carin Göring2012Ingår i: PLoS ONE, ISSN 1932-6203, E-ISSN 1932-6203, Vol. 7, nr 12, s. e44366-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    In 1991, treasure hunters found skeletal remains in an area close to the destroyed country residence of former Nazi leader Hermann Göring in northeastern Berlin. The remains, which were believed to belong to Carin Göring, who was buried at the site, were examined to determine whether it was possible to make a positive identification. The anthropological analysis showed that the remains come from an adult woman. The DNA analysis of several bone elements showed female sex, and a reference sample from Carin's son revealed mtDNA sequences identical to the remains. The profile has one nucleotide difference from the Cambridge reference sequence (rCRS), the common variant 263G. A database search resulted in a frequency of this mtDNA sequence of about 10% out of more than 7,000 European haplotypes. The mtDNA sequence found in the ulna, the cranium and the reference sample is, thus, very common among Europeans. Therefore, nuclear DNA analysis was attempted. The remains as well as a sample from Carin's son were successfully analysed for the three nuclear markers TH01, D7S820 and D8S1179. The nuclear DNA analysis of the two samples revealed one shared allele for each of the three markers, supporting a mother and son relationship. This genetic information together with anthropological and historical files provides an additional piece of circumstantial evidence in our efforts to identify the remains of Carin Göring.

  • 99.
    Klar, Joakim
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Hisatsune, Chihiro
    Baig, Shahid M.
    Tariq, Muhammad
    Johansson, Anna C. V.
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Rasool, Mahmood
    Malik, Naveed Altaf
    Ameur, Adam
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Sugiura, Kotomi
    Feuk, Lars
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Mikoshiba, Katsuhiko
    Dahl, Niklas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Abolished InsP3R2 function inhibits sweat secretion in both humans and mice2014Ingår i: Journal of Clinical Investigation, ISSN 0021-9738, E-ISSN 1558-8238, Vol. 124, nr 11, s. 4773-4780Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    There are 3 major sweat-producing glands present in skin; eccrine, apocrine, and apoeccrine glands. Due to the high rate of secretion, eccrine sweating is a vital regulator of body temperature in response to thermal stress in humans; therefore, an inability to sweat (anhidrosis) results in heat intolerance that may cause impaired consciousness and death. Here, we have reported 5 members of a consanguineous family with generalized, isolated anhidrosis, but morphologically normal eccrine sweat glands. Whole-genome analysis identified the presence of a homozygous missense mutation in ITPR2, which encodes the type 2 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor (InsP3R2), that was present in all affected family members. We determined that the mutation is localized within the pore forming region of InsP3R2 and abrogates Ca2+ release from the endoplasmic reticulum, which suggests that intracellular Ca2+ release by InsP3R2 in clear cells of the sweat glands is important for eccrine sweat production. Itpr2–/– mice exhibited a marked reduction in sweat secretion, and evaluation of sweat glands from Itpr2–/– animals revealed a decrease in Ca2+ response compared with controls. Together, our data indicate that loss of InsP3R2-mediated Ca2+ release causes isolated anhidrosis in humans and suggest that specific InsP3R inhibitors have the potential to reduce sweat production in hyperhidrosis.

  • 100.
    Klar, Joakim
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Sobol, Maria
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Melberg, Atle
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Neurologi.
    Mäbert, Katrin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Ameur, Adam
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Johansson, Anna C V
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Feuk, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Entesarian, Miriam
    Örlén, Hanna
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Casar-Borota, Olivera
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Dahl, Niklas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Welander Distal Myopathy Caused by an Ancient Founder Mutation in TIA1 Associated with Perturbed Splicing.2013Ingår i: Human Mutation, ISSN 1059-7794, E-ISSN 1098-1004, Vol. 34, nr 4, s. 572-577Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Welander distal myopathy (WDM) is an adult onset autosomal dominant disorder characterized by distal limb weakness which progresses slowly from the fifth decade. All WDM patients are of Swedish or Finnish descent and share a rare chromosome 2p13 haplotype. We restricted the WDM associated haplotype followed by whole exome sequencing. Within the conserved haplotype we identified a single heterozygous mutation c.1150G>A (p.E384K) in TIA1 in all WDM patients investigated (n = 43). The TIA1 protein regulates splicing and translation through direct interaction with mRNA and the p.E384K mutation is located in the C-terminal Q-rich domain that interacts with the U1-C splicing factor. TIA1 has been shown to prevent skipping of SMN2 exon 7 and we show that WDM patients have increased levels of spliced SMN2 in skeletal muscle cells when compared to controls. Immunostaining of WDM muscle biopsies showed accumulation of TIA1 and stress granulae proteins adjacent to intracellular inclusions, a typical finding in WDM. The combined findings strongly suggest that the TIA1 mutation causes perturbed RNA splicing and cellular stress resulting in WDM. The selection against the mutation is likely to be negligible and the age of the TIA1 founder mutation was calculated to approximately 1050 years, which coincides with the epoch of early seafaring across the Baltic Sea.

1234 51 - 100 av 158
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf