uu.seUppsala universitets publikasjoner
Endre søk
Begrens søket
12131415 701 - 733 of 733
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Treff pr side
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
Merk
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 701.
    Wang, Siyang
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Elf, Johan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Hellander, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Stochastic reaction–diffusion processes with embedded lower dimensional structures2012Rapport (Annet vitenskapelig)
  • 702.
    Wang, Siyang
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Elf, Johan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Hellander, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Stochastic reaction–diffusion processes with embedded lower-dimensional structures2014Inngår i: Bulletin of Mathematical Biology, ISSN 0092-8240, E-ISSN 1522-9602, Vol. 76, s. 819-853Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 703.
    Wang, Siyang
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Kreiss, Gunilla
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Convergence of summation-by-parts finite difference methods for the wave equation2017Inngår i: Journal of Scientific Computing, ISSN 0885-7474, E-ISSN 1573-7691, Vol. 71, s. 219-245Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 704.
    Wang, Siyang
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Nissen, Anna
    Kreiss, Gunilla
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Convergence of finite difference methods for the wave equation in two space dimensions2018Inngår i: Mathematics of Computation, ISSN 0025-5718, E-ISSN 1088-6842, Vol. 87, nr 314, s. 2737-2763Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 705.
    Wang, Siyang
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Virta, Kristoffer
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Kreiss, Gunilla
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    High order finite difference methods for the wave equation with non-conforming grid interfaces2016Inngår i: Journal of Scientific Computing, ISSN 0885-7474, E-ISSN 1573-7691, Vol. 68, s. 1002-1028Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 706. Watson, Leighton M.
    et al.
    Werpers, Jonatan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Dunham, Eric M.
    What controls the initial peak of an air-gun source signature?2019Inngår i: Geophysics, ISSN 0016-8033, E-ISSN 1942-2156, Vol. 84, nr 2, s. P27-P45Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 707.
    Werpers, Jonatan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap.
    Numerical simulation of solitons in the nerve axon using finite differences2014Independent thesis Advanced level (professional degree), 20 poäng / 30 hpOppgave
    Abstract [en]

    A High-order accurate finite difference scheme is derived for a non-linear soliton model of nerve signal propagation in axons. Boundary conditions yielding well-posed problems are suggested and included in the scheme using a penalty technique. Stability is shown using the summation-by-parts framework for a frozen parameter version of the non-linear problem.

  • 708.
    Widgren, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Natl Vet Inst, Dept Dis Control & Epidemiol, SE-75189 Uppsala, Sweden.
    Bauer, Pavol
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap.
    Eriksson, Robin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap.
    SimInf: An R Package for Data-Driven Stochastic Disease Spread Simulations2019Inngår i: Journal of Statistical Software, ISSN 1548-7660, E-ISSN 1548-7660, Vol. 91, nr 12, s. 1-42Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    We present the R package SimInf which provides an efficient and very flexible framework to conduct data-driven epidemiological modeling in realistic large scale disease spread simulations. The framework integrates infection dynamics in subpopulations as continuous-time Markov chains using the Gillespie stochastic simulation algorithm and incorporates available data such as births, deaths and movements as scheduled events at predefined time-points. Using C code for the numerical solvers and divide work over multiple processors ensures high performance when simulating a sample outcome. One of our design goals was to make Simlnf extendable and enable usage of the numerical solvers from other R extension packages in order to facilitate complex epidemiological research. In this paper, we provide a technical description of the framework and demonstrate its use on some basic examples. We also discuss how to specify and extend the framework with user-defined models.

  • 709. Widgren, Stefan
    et al.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Bauer, Pavol
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Frössling, Jenny
    Emanuelson, Ulf
    Lindberg, Ann
    Data-driven network modelling of disease transmission using complete population movement data: spread of VTEC O157 in Swedish cattle2016Inngår i: Veterinary research (Print), ISSN 0928-4249, E-ISSN 1297-9716, Vol. 47, s. 81:1-17, artikkel-id 81Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 710.
    Widgren, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Emanuelson, Ulf
    Lindberg, Ann
    Spatio-temporal modelling of verotoxigenic Escherichia coli O157 in cattle in Sweden: exploring options for control2018Inngår i: Veterinary research (Print), ISSN 0928-4249, E-ISSN 1297-9716, Vol. 49, s. 78:1-13, artikkel-id 78Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 711. Widgren, Stefan
    et al.
    Rosendal, Thomas
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Ståhl, Karl
    SimInf for spatio-temporal data-driven modeling of African swine fever in Swedish wildboar2019Inngår i: GeoVet 2019: Novel spatio-temporal approaches in the era of Big Data, 2019Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 712.
    Wigren, Torbjörn
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för systemteknik. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Reglerteknik.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Nonlinear identification of biological clock dynamics2015Inngår i: Proc. 54th Conference on Decision and Control, Piscataway, NJ: IEEE, 2015, s. 602-608Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 713.
    Wrede, Fredrik
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Hellander, Andreas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Smart computational exploration of stochastic gene regulatory network models using human-in-the-loop semi-supervised learning2019Inngår i: Bioinformatics, ISSN 1367-4803, E-ISSN 1367-4811, Vol. 35Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 714.
    Wredh, Simon
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap.
    Kroner, Anton
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap.
    Berg, Tomas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap.
    A Comparison of Three Time-stepping Methods for the LLG Equation in Dynamic Micromagnetics2017Independent thesis Basic level (degree of Bachelor), 10 poäng / 15 hpOppgave
    Abstract [en]

    Micromagnetism is the study of magnetic materials on the microscopic length scale (of nano to micrometers), this scale does not take quantum mechanical effects into account, but is small enough to neglect certain macroscopic effects of magnetism in a material.

    The Landau-Lifshitz-Gilbert (LLG) equation is used within micromagnetism to determine the time evolution of the magnetisation vector field in a ferromagnetic solid. It is a partial differential equation with high non linearity, which makes it very difficult so solve analytically. Thus numerical methods have been developed for approximating the solution using computers.

    In this report we compare the performance of three different numerical methods for the LLG equation, the implicit midpoint method (IMP), the midpoint with extrapolation method (MPE), and the Gauss-Seidel Projection method (GSPM).

    It was found that all methods have convergence rates as expected; second order for IMP and MPE, and first order for GSPM. Energy conserving properties of the schemes were analysed and neither MPE or GSPM conserve energy. The computational time required for each method was determined to be very large for the IMP method in comparison to the other two. Suggestions for different areas of use for each method are provided.

  • 715.
    Wåglund, Oskar
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap.
    Development of a Digital Mortar Aiming System2015Independent thesis Advanced level (professional degree), 20 poäng / 30 hpOppgave
    Abstract [en]

    In this thesis, the plausibility of developing a portable light-weight artillery computer has been investigated. The main goal of the project has been to replace the traditional methods that the Swedish Armed Forces are using today to find firing solutions for their mortar, the GRK m/84. A computational core has been written in Java that simulates the trajectory of a shell using the model in NATO's STANAG 4355. The developed system finds firing solutions by using shooting methods and the multi-dimensional Newton Raphson's method. A Graphical User Interface (GUI) tailored to mobile computers has been designed in Android.

    The computational core along with the GUI has been installed on a rugged hand held computer and the whole unit has been tested at Markstridsskolan (MSS). The tests showed that the computational core delivers firing solutions that coincide very well with the actual firing solutions needed to hit the desired target.

  • 716.
    Zafari, Afshin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Advances in Task-Based Parallel Programming for Distributed Memory Architectures2018Doktoravhandling, med artikler (Annet vitenskapelig)
    Abstract [en]

    It has become common knowledge that parallel programming is needed for scientific applications, particularly for running large scale simulations. Different programming models are introduced for simplifying parallel programming, while enabling an application to use the full computational capacity of the hardware. In task-based programming, all the variables in the program are abstractly viewed as data. Parallelism is provided by partitioning the data. A task is a collection of operations performed on input data to generate output data. In distributed memory environments, the data is distributed over the computational nodes (or processes), and is communicated when a task needs remote data.

    This thesis discusses advanced techniques in distributed task-based parallel programming, implemented in the DuctTeip software library. DuctTeip uses MPI (Message Passing Interface) for asynchronous inter-process communication and Pthreads for shared memory parallelization within the processes. The data dependencies that determine which subsets of tasks can be executed in parallel are extracted from information about the data accesses (input or output) of the tasks. A versioning system is used internally to represent the task-data dependencies efficiently. A hierarchical partitioning of tasks and data allows for independent optimization of the size of computational tasks and the size of communicated data. A data listener technique is used to manage communication efficiently.

    DuctTeip provides an algorithm independent dynamic load balancing functionality. Redistributing tasks from busy processes to idle processes dynamically can provide an overall shorter execution time. A random search method with high probability of success is employed for locating idle/busy nodes.

    The advantage of the abstract view of tasks and data is exploited in a unified programming interface, which provides a standard for task-based frameworks to decouple framework development from application development. The interface can be used for collaboration between different frameworks in running an application program efficiently on different hardware.

    To evaluate the DuctTeip programming model, applications such as Cholesky factorization, a time-dependent PDE solver for the shallow water equations, and the fast multipole method have been implemented using DuctTeip. Experiments show that DuctTeip provides both scalability and performance. Comparisons with similar frameworks such as StarPU, OmpSs, and PaRSEC show competitive results.

    Delarbeid
    1. Programming models based on data versioning for dependency-aware task-based parallelisation
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Programming models based on data versioning for dependency-aware task-based parallelisation
    2012 (engelsk)Inngår i: Proc. 15th International Conference on Computational Science and Engineering, Los Alamitos, CA: IEEE Computer Society, 2012, s. 275-280Konferansepaper, Publicerat paper (Fagfellevurdert)
    sted, utgiver, år, opplag, sider
    Los Alamitos, CA: IEEE Computer Society, 2012
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-187446 (URN)10.1109/ICCSE.2012.45 (DOI)000317475000038 ()978-1-4673-5165-2 (ISBN)
    Konferanse
    CSE 2012
    Prosjekter
    eSSENCEUPMARC
    Tilgjengelig fra: 2013-01-24 Laget: 2012-12-06 Sist oppdatert: 2018-01-16bibliografisk kontrollert
    2. DuctTeip: An efficient programming model for distributed task-based parallel computing
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>DuctTeip: An efficient programming model for distributed task-based parallel computing
    2019 (engelsk)Inngår i: Parallel Computing, ISSN 0167-8191, E-ISSN 1872-7336, Vol. 90, artikkel-id 102582Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert) Published
    Abstract [en]

    Current high-performance computer systems used for scientific computing typically combine shared memory computational nodes in a distributed memory environment. Extracting high performance from these complex systems requires tailored approaches. Task-based parallel programming has been successful both in simplifying the programming and in exploiting the available hardware parallelism for shared memory systems. In this paper we focus on how to extend task-parallel programming to distributed memory systems. We use a hierarchical decomposition of tasks and data in order to accommodate the different levels of hardware. We test the proposed programming model on two different applications, a Cholesky factorization, and a solver for the Shallow Water Equations. We also compare the performance of our implementation with that of other frameworks for distributed task-parallel programming, and show that it is competitive.

    sted, utgiver, år, opplag, sider
    Elsevier, 2019
    Emneord
    Task-based parallel programming, Distributed memory system, High performance computing, Scientific computing, Hierarchical decomposition, Data versioning
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-338832 (URN)10.1016/j.parco.2019.102582 (DOI)000501649400002 ()
    Prosjekter
    UPMARCeSSENCE
    Forskningsfinansiär
    Swedish National Infrastructure for Computing (SNIC), p2009014
    Tilgjengelig fra: 2019-11-04 Laget: 2018-01-14 Sist oppdatert: 2020-01-14bibliografisk kontrollert
    3. TaskUniVerse: A Task-Based Unified Interface for Versatile Parallel Execution
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>TaskUniVerse: A Task-Based Unified Interface for Versatile Parallel Execution
    2018 (engelsk)Inngår i: Parallel Processing and Applied Mathematics: Part I, Springer, 2018, s. 169-184Konferansepaper, Publicerat paper (Fagfellevurdert)
    sted, utgiver, år, opplag, sider
    Springer, 2018
    Serie
    Lecture Notes in Computer Science ; 10777
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-338836 (URN)10.1007/978-3-319-78024-5_16 (DOI)000458563300016 ()978-3-319-78023-8 (ISBN)
    Konferanse
    PPAM 2017
    Prosjekter
    eSSENCE
    Tilgjengelig fra: 2018-03-23 Laget: 2018-01-14 Sist oppdatert: 2019-03-14bibliografisk kontrollert
    4. Parallelization of hierarchical matrix algorithms for electromagnetic scattering problems
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Parallelization of hierarchical matrix algorithms for electromagnetic scattering problems
    Vise andre…
    2019 (engelsk)Inngår i: High-Performance Modelling and Simulation for Big Data Applications, Springer, 2019, s. 36-68Kapittel i bok, del av antologi (Fagfellevurdert)
    sted, utgiver, år, opplag, sider
    Springer, 2019
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-338833 (URN)10.1007/978-3-030-16272-6_2 (DOI)978-3-030-16271-9 (ISBN)
    Prosjekter
    eSSENCE
    Tilgjengelig fra: 2019-03-26 Laget: 2018-01-14 Sist oppdatert: 2019-03-29bibliografisk kontrollert
    5. Distributed dynamic load balancing for task parallel programming
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Distributed dynamic load balancing for task parallel programming
    2018 (engelsk)Inngår i: Computing Research Repository, nr 1801.04582Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig) Submitted
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-338835 (URN)
    Prosjekter
    UPMARCeSSENCE
    Tilgjengelig fra: 2018-01-14 Laget: 2018-01-14 Sist oppdatert: 2018-04-18bibliografisk kontrollert
  • 717.
    Zafari, Afshin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    TaskUniVerse: A Task-Based Unified Interface for Versatile Parallel Execution2018Inngår i: Parallel Processing and Applied Mathematics: Part I, Springer, 2018, s. 169-184Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 718.
    Zafari, Afshin
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Larsson, Elisabeth
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Distributed dynamic load balancing for task parallel programming2018Inngår i: Computing Research Repository, nr 1801.04582Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
  • 719.
    Zafari, Afshin
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Larsson, Elisabeth
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Righero, Marco
    Francavilla, M. Alessandro
    Giordanengo, Giorgio
    Vipiana, Francesca
    Vecchi, Giuseppe
    Task parallel implementation of a solver for electromagnetic scattering problems2016Rapport (Annet vitenskapelig)
  • 720.
    Zafari, Afshin
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Larsson, Elisabeth
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Tillenius, Martin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    DuctTeip: A task-based parallel programming framework for distributed memory architectures2016Rapport (Annet vitenskapelig)
  • 721.
    Zafari, Afshin
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Larsson, Elisabeth
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Tillenius, Martin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    DuctTeip: An efficient programming model for distributed task-based parallel computing2019Inngår i: Parallel Computing, ISSN 0167-8191, E-ISSN 1872-7336, Vol. 90, artikkel-id 102582Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Current high-performance computer systems used for scientific computing typically combine shared memory computational nodes in a distributed memory environment. Extracting high performance from these complex systems requires tailored approaches. Task-based parallel programming has been successful both in simplifying the programming and in exploiting the available hardware parallelism for shared memory systems. In this paper we focus on how to extend task-parallel programming to distributed memory systems. We use a hierarchical decomposition of tasks and data in order to accommodate the different levels of hardware. We test the proposed programming model on two different applications, a Cholesky factorization, and a solver for the Shallow Water Equations. We also compare the performance of our implementation with that of other frameworks for distributed task-parallel programming, and show that it is competitive.

    Fulltekst tilgjengelig fra 2020-11-04 23:59
  • 722.
    Zafari, Afshin
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Tillenius, Martin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Larsson, Elisabeth
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Programming models based on data versioning for dependency-aware task-based parallelisation2012Inngår i: Proc. 15th International Conference on Computational Science and Engineering, Los Alamitos, CA: IEEE Computer Society, 2012, s. 275-280Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 723. Zahedi, Sara
    et al.
    Kronbichler, Martin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Kreiss, Gunilla
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Spurious currents in finite element based level set methods for two-phase flow2012Inngår i: International Journal for Numerical Methods in Fluids, ISSN 0271-2091, E-ISSN 1097-0363, Vol. 69, s. 1433-1456Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 724. Zaka Ullah, Malik
    et al.
    Serra-Capizzano, Stefano
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys. University of Insubria, Department of Science and High Technology.
    Ahmad, Fayyaz
    An efficient multi-step iterative method for computing the numerical solution of systems of nonlinear equations associated with ODEs2015Inngår i: Applied Mathematics and Computation, ISSN 0096-3003, E-ISSN 1873-5649, Vol. 250, s. 249-259Artikkel, forskningsoversikt (Fagfellevurdert)
  • 725. Zaka Ullah, Malik
    et al.
    Serra-Capizzano, Stefano
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Ahmad, Fayyaz
    Al-Aidarous, Eman S.
    Higher order multi-step iterative method for computing the numerical solution of systems of nonlinear equations: Application to nonlinear PDEs and ODEs2015Inngår i: Applied Mathematics and Computation, ISSN 0096-3003, E-ISSN 1873-5649, Vol. 269, s. 972-987Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 726. Zaka Ullah, Malik
    et al.
    Serra-Capizzano, Stefano
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Ahmad, Fayyaz
    Mahmood, Arshad
    Al-Aidarous, Eman S.
    A higher order multi-step iterative method for computing the numerical solution of systems of nonlinear equations associated with nonlinear PDEs and ODEs2017Inngår i: Journal of Computational Analysis And Applications, ISSN 1521-1398, E-ISSN 1572-9206, Vol. 22, s. 445-461Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 727. Zander, Carol
    et al.
    Boustedt, Jonas
    Eckerdal, Anna
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    McCartney, Robert
    Moström, Jan Erik
    Sanders, Kate
    Thomas, Lynda
    Self-Directed Learning: stories from industry2012Inngår i: Proc. 12th International Conference on Computing Education Research: Koli Calling, New York: ACM Press, 2012, s. 111-117Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 728. Zander, Carol
    et al.
    Eckerdal, Anna
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    McCartney, Robert
    Moström, Jan Erik
    Sanders, Kate
    Thomas, Lynda
    Copying can be good: How instructors use imitation in teaching programming2019Inngår i: Proc. 24th Conference on Innovation and Technology in Computer Science Education, New York: ACM Press, 2019, s. 450-456Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 729.
    Åkesson, Mattias
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap.
    Learning Phantom Dose Distribution using Regression Artificial Neural Networks2019Independent thesis Advanced level (professional degree), 20 poäng / 30 hpOppgave
    Abstract [en]

    Before a radiation treatment on a cancer patient can get accomplished the treatment planning system (TPS) needs to undergo a quality assurance (QA). The QA consists of a pre-treatment (PT-QA) on a synthetic phantom body. During the PT-QA, data is collected from the phantom detectors, a set of monitors (transmission detectors) and the angular state of the machine. The outcome of this thesis project is to investigate if it is possible to predict the radiation dose distribution on the phantom body based on the data from the transmission detectors and the angular state of the machine. The motive for this is that an accurate prediction model could remove the PT-QA from most of the patient treatments. Prediction difficulties lie in reducing the contaminated noise from the transmission detectors and correctly mapping the transmission data to the phantom. The task is solved by modeling an artificial neuron network (ANN), that uses a u-net architecture to reduce the noise and a novel model that maps the transmission values to the phantom based on the angular state. The results show a median relative dose deviation ~ 1%.

  • 730.
    Öfverstedt, Johan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Normann, Per
    Deterministic parallel graph coloring with repartitioning by auxiliary graph coloring2015Rapport (Annet vitenskapelig)
  • 731.
    Öhrn, Håkan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap.
    Lindell, Adam
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap.
    Discretization of the Dirac delta function for application in option pricing2016Independent thesis Basic level (degree of Bachelor), 10 poäng / 15 hpOppgave
    Abstract [en]

    This paper compares two different approximations of the Dirac deltafunction used in a Fokker-Planck equation. Both methods deal with the singularity problem in the initial condition. The Dirac delta approximation, constructed in MATLAB with a method derived by Tornberg and Engquist, was compared to an already given method Aït-Sahalia. The methods were implemented as the initial condition in the Fokker-Planck equation, e.g approximating a probability density function. In most cases Aït-Sahalia and Tornberg-Engquist were interchangeable. During specific circumstances one method was significantly more accurate than the other. Increasing the amount of time/spatial steps enhanced the differences in error while having less time/spatial steps made the difference in error converge. The Aït-Sahalia method produces slightly more accurate results in more cases.

  • 732. Östberg, Per-Olov
    et al.
    Hellander, Andreas
    Drawert, Brian
    Elmroth, Erik
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Petzold, Linda
    Abstractions for scaling eScience applications to distributed computing environments: A StratUm integration case study in molecular systems biology2012Inngår i: Proc. 3rd International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, Setúbal, Portugal: SciTePress , 2012, s. 290-294Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 733. Östberg, Per-Olov
    et al.
    Hellander, Andreas
    Drawert, Brian
    Elmroth, Erik
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Petzold, Linda
    Reducing complexity in management of eScience computations2012Inngår i: Proc. 12th International Symposium on Cluster, Cloud and Grid Computing, Los Alamitos, CA: IEEE Computer Society, 2012, s. 845-852Konferansepaper (Fagfellevurdert)
12131415 701 - 733 of 733
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf