uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
Avgränsa sökresultatet
1234567 1 - 50 av 325
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Träffar per sida
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
Markera
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 1. Abel, John H.
    et al.
    Drawert, Brian
    Hellander, Andreas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Petzold, Linda R.
    GillesPy: A Python package for stochastic model building and simulation2016Ingår i: IEEE Life Sciences Letters, E-ISSN 2332-7685, Vol. 2, s. 35-38Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 2. Ahmed, Laeeq
    et al.
    Georgiev, Valentin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Capuccini, Marco
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Toor, Salman
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Schaal, Wesley
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Laure, Erwin
    Spjuth, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Efficient iterative virtual screening with Apache Spark and conformal prediction2018Ingår i: Journal of Cheminformatics, ISSN 1758-2946, E-ISSN 1758-2946, Vol. 10, artikel-id 8Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 3.
    Andrejev, Andrej
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datalogi.
    Toor, Salman
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Hellander, Andreas
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Risch, Tore
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datalogi.
    Scientific analysis by queries in extended SPARQL over a scalable e-Science data store2013Ingår i: Proc. 9th International Conference on e-Science, Los Alamitos, CA: IEEE Computer Society, 2013, s. 98-106Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 4. Antolín, Roberto
    et al.
    Nettelblad, Carl
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Gorjanc, Gregor
    Money, Daniel
    Hickey, John M.
    A hybrid method for the imputation of genomic data in livestock populations2017Ingår i: Genetics Selection Evolution, ISSN 0999-193X, E-ISSN 1297-9686, Vol. 49, artikel-id 30Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 5. Anzt, Hartwig
    et al.
    Lukarski, Dimitar
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Tomov, Stanimire
    Dongarra, Jack
    Self-adaptive multiprecision preconditioners on multicore and manycore architectures2015Ingår i: High Performance Computing for Computational Science – VECPAR 2014, Springer, 2015, s. 115-123Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 6. Appleton, Owen
    et al.
    Cameron, David
    Cernák, Jozef
    Dóbé, Péter
    Ellert, Mattias
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Fysiska sektionen, Institutionen för fysik och astronomi, Högenergifysik.
    Frågåt, Thomas
    Grønager, Michael
    Johansson, Daniel
    Jönemo, Johan
    Kleist, Josva
    Kocan, Marek
    Konstantinov, Aleksandr
    Kónya, Balázs
    Márton, Iván
    Mohn, Bjarte
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Fysiska sektionen, Institutionen för fysik och astronomi, Högenergifysik.
    Möller, Steffen
    Müller, Henning
    Nagy, Zsombor
    Nilsen, Jon K.
    Ould-Saada, Farid
    Pajchel, Katarina
    Qiang, Weizhong
    Read, Alexander
    Rosendahl, Peter
    Röczei, Gábor
    Savko, Martin
    Skou Andersen, Martin
    Smirnova, Oxana
    Stefán, Péter
    Szalai, Ferenc
    Taga, Adrian
    Toor, Salman Z.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Wäänänen, Anders
    Zhou, Xin
    The next-generation ARC middleware2010Ingår i: Annales des télécommunications, ISSN 0003-4347, E-ISSN 1958-9395, Vol. 65, s. 771-776Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 7. Arjmand, Doghonay
    et al.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Kreiss, Gunilla
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Temporal upscaling in micromagnetism via heterogeneous multiscale methods2019Ingår i: Journal of Computational and Applied Mathematics, ISSN 0377-0427, E-ISSN 1879-1778, Vol. 345, s. 99-113Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 8.
    Artemov, Anton G.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Inverse factorization in electronic structure theory: Analysis and parallelization2019Licentiatavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    This licentiate thesis is a part of an effort to run large electronic structure calculations in modern computational environments with distributed memory. The ultimate goal is to model materials consisting of millions of atoms at the level of quantum mechanics. In particular, the thesis focuses on different aspects of a computational problem of inverse factorization of Hermitian positive definite matrices. The considered aspects are numerical properties of the algorithms and parallelization. Not only is an efficient and scalable computation of inverse factors necessary in order to be able to run large scale electronic computations based on the Hartree–Fock or Kohn–Sham approaches with the self-consistent field procedure, but it can be applied more generally for preconditioner construction.

    Parallelization of algorithms with unknown load and data distributions requires a paradigm shift in programming. In this thesis we also discuss a few parallel programming models with focus on task-based models, and, more specifically, the Chunks and Tasks model.

    Delarbeten
    1. Localized inverse factorization
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Localized inverse factorization
    2018 (Engelska)Ingår i: Computing Research Repository, nr 1812.04919Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt) Submitted
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-381327 (URN)
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2018-12-12 Skapad: 2019-04-08 Senast uppdaterad: 2019-09-20Bibliografiskt granskad
    2. Parallelization and scalability analysis of inverse factorization using the chunks and tasks programming model
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Parallelization and scalability analysis of inverse factorization using the chunks and tasks programming model
    2019 (Engelska)Ingår i: Parallel Computing, ISSN 0167-8191, E-ISSN 1872-7336, Vol. 89, artikel-id 102548Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik Datavetenskap (datalogi)
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-381329 (URN)10.1016/j.parco.2019.102548 (DOI)
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2019-09-02 Skapad: 2019-04-08 Senast uppdaterad: 2019-09-24Bibliografiskt granskad
  • 9.
    Artemov, Anton G.
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Rudberg, Elias
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Rubensson, Emanuel H.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Parallelization and scalability analysis of inverse factorization using the chunks and tasks programming model2019Ingår i: Parallel Computing, ISSN 0167-8191, E-ISSN 1872-7336, Vol. 89, artikel-id 102548Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 10.
    Ausmees, Kristiina
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Efficient computational methods for applications in genomics2019Licentiatavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    During the last two decades, advances in molecular technology have facilitated the sequencing and analysis of ancient DNA recovered from archaeological finds, contributing to novel insights into human evolutionary history. As more ancient genetic information has become available, the need for specialized methods of analysis has also increased. In this thesis, we investigate statistical and computational models for analysis of genetic data, with a particular focus on the context of ancient DNA.

    The main focus is on imputation, or the inference of missing genotypes based on observed sequence data. We present results from a systematic evaluation of a common imputation pipeline on empirical ancient samples, and show that imputed data can constitute a realistic option for population-genetic analyses. We also discuss preliminary results from a simulation study comparing two methods of phasing and imputation, which suggest that the parametric Li and Stephens framework may be more robust to extremely low levels of sparsity than the parsimonious Browning and Browning model.

    An evaluation of methods to handle missing data in the application of PCA for dimensionality reduction of genotype data is also presented. We illustrate that non-overlapping sequence data can lead to artifacts in projected scores, and evaluate different methods for handling unobserved genotypes.

    In genomics, as in other fields of research, increasing sizes of data sets are placing larger demands on efficient data management and compute infrastructures. The last part of this thesis addresses the use of cloud resources for facilitating such analysis. We present two different cloud-based solutions, and exemplify them on applications from genomics.

    Delarbeten
    1. An empirical evaluation of genotype imputation of ancient DNA
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>An empirical evaluation of genotype imputation of ancient DNA
    2019 (Engelska)Rapport (Övrigt vetenskapligt)
    Serie
    Technical report / Department of Information Technology, Uppsala University, ISSN 1404-3203 ; 2019-008
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik Genetik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-396336 (URN)
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2019-11-04 Skapad: 2019-11-04 Senast uppdaterad: 2019-11-11Bibliografiskt granskad
    2. Evaluation of methods handling missing data in PCA on genotype data: Applications for ancient DNA
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Evaluation of methods handling missing data in PCA on genotype data: Applications for ancient DNA
    2019 (Engelska)Rapport (Övrigt vetenskapligt)
    Serie
    Technical report / Department of Information Technology, Uppsala University, ISSN 1404-3203 ; 2019-009
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik Genetik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-396346 (URN)
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2019-11-04 Skapad: 2019-11-04 Senast uppdaterad: 2019-11-11Bibliografiskt granskad
    3. BAMSI: a multi-cloud service for scalable distributed filtering of massive genome data
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>BAMSI: a multi-cloud service for scalable distributed filtering of massive genome data
    Visa övriga...
    2018 (Engelska)Ingår i: BMC Bioinformatics, ISSN 1471-2105, E-ISSN 1471-2105, Vol. 19, s. 240:1-11, artikel-id 240Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Programvaruteknik Genetik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-360033 (URN)10.1186/s12859-018-2241-z (DOI)000436517200001 ()29940842 (PubMedID)
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2018-06-26 Skapad: 2018-09-09 Senast uppdaterad: 2019-11-11Bibliografiskt granskad
    4. SWEEP: Accelerating scientific research through scalable serverless workflows
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>SWEEP: Accelerating scientific research through scalable serverless workflows
    Visa övriga...
    2019 (Engelska)Ingår i: Companion Proc. 12th International Conference on Utility and Cloud Computing, New York: ACM Press, 2019Konferensbidrag, Publicerat paper (Refereegranskat)
    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    New York: ACM Press, 2019
    Nationell ämneskategori
    Programvaruteknik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-396405 (URN)10.1145/3368235.3368839 (DOI)978-1-4503-7044-8 (ISBN)
    Konferens
    UCC 2019
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2019-11-04 Skapad: 2019-11-04 Senast uppdaterad: 2019-11-11Bibliografiskt granskad
  • 11.
    Ausmees, Kristiina
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Evaluation of methods handling missing data in PCA on genotype data: Applications for ancient DNA2019Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 12.
    Ausmees, Kristiina
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    John, Aji
    Toor, Salman Z.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Hellander, Andreas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Nettelblad, Carl
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    BAMSI: a multi-cloud service for scalable distributed filtering of massive genome data2018Ingår i: BMC Bioinformatics, ISSN 1471-2105, E-ISSN 1471-2105, Vol. 19, s. 240:1-11, artikel-id 240Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 13.
    Ausmees, Kristiina
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Sanchez-Quinto, Federico
    Jakobsson, Mattias
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för organismbiologi, Människans evolution.
    Nettelblad, Carl
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    An empirical evaluation of genotype imputation of ancient DNA2019Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 14.
    Bauer, Pavol
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Parallelism and efficiency in discrete-event simulation2015Licentiatavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Discrete-event models depict systems where a discrete state is repeatedly altered by instantaneous changes in time, the events of the model. Such models have gained popularity in fields such as Computational Systems Biology or Computational Epidemiology due to the high modeling flexibility and the possibility to easily combine stochastic and deterministic dynamics. However, the system size of modern discrete-event models is growing and/or they need to be simulated at long time periods. Thus, efficient simulation algorithms are required, as well as the possibility to harness the compute potential of modern multicore computers. Due to the sequential design of simulators, parallelization of discrete event simulations is not trivial. This thesis discusses event-based modeling and sensitivity analysis and also examines ways to increase the efficiency of discrete-event simulations and to scale models involving deterministic and stochastic spatial dynamics on a large number of processor cores.

    Delarbeten
    1. Sensitivity estimation and inverse problems in spatial stochastic models of chemical kinetics
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Sensitivity estimation and inverse problems in spatial stochastic models of chemical kinetics
    2015 (Engelska)Ingår i: Numerical Mathematics and Advanced Applications: ENUMATH 2013, Springer, 2015, s. 519-527Konferensbidrag, Publicerat paper (Refereegranskat)
    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    Springer, 2015
    Serie
    Lecture Notes in Computational Science and Engineering ; 103
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-237184 (URN)10.1007/978-3-319-10705-9_51 (DOI)978-3-319-10704-2 (ISBN)
    Konferens
    ENUMATH 2013
    Projekt
    eSSENCEUPMARC
    Tillgänglig från: 2014-10-31 Skapad: 2014-11-28 Senast uppdaterad: 2018-11-12Bibliografiskt granskad
    2. Fast event-based epidemiological simulations on national scales
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Fast event-based epidemiological simulations on national scales
    2016 (Engelska)Ingår i: The international journal of high performance computing applications, ISSN 1094-3420, E-ISSN 1741-2846, Vol. 30, s. 438-453Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Datavetenskap (datalogi) Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-264751 (URN)10.1177/1094342016635723 (DOI)000387763100005 ()
    Projekt
    UPMARCeSSENCE
    Tillgänglig från: 2016-04-11 Skapad: 2015-10-16 Senast uppdaterad: 2018-11-12Bibliografiskt granskad
    3. Efficient inter-process synchronization for parallel discrete event simulation on multicores
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Efficient inter-process synchronization for parallel discrete event simulation on multicores
    2015 (Engelska)Ingår i: Proc. 3rd ACM SIGSIM Conference on Principles of Advanced Discrete Simulation, New York: ACM Press, 2015, s. 183-194Konferensbidrag, Publicerat paper (Refereegranskat)
    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    New York: ACM Press, 2015
    Nationell ämneskategori
    Datavetenskap (datalogi)
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-260199 (URN)10.1145/2769458.2769476 (DOI)978-1-4503-3583-6 (ISBN)
    Konferens
    SIGSIM-PADS 2015
    Projekt
    UPMARC
    Tillgänglig från: 2015-06-10 Skapad: 2015-08-17 Senast uppdaterad: 2018-11-12Bibliografiskt granskad
  • 15.
    Bauer, Pavol
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Parallelism in Event-Based Computations with Applications in Biology2017Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Event-based models find frequent usage in fields such as computational physics and biology as they may contain both continuous and discrete state variables and may incorporate both deterministic and stochastic state transitions. If the state transitions are stochastic, computer-generated random numbers are used to obtain the model solution. This type of event-based computations is also known as Monte-Carlo simulation.

    In this thesis, I study different approaches to execute event-based computations on parallel computers. This ultimately allows users to retrieve their simulation results in a fraction of the original computation time. As system sizes grow continuously or models have to be simulated at longer time scales, this is a necessary approach for current computational tasks.

    More specifically, I propose several ways to asynchronously simulate such models on parallel shared-memory computers, for example using parallel discrete-event simulation or task-based computing. The particular event-based models studied herein find applications in systems biology, computational epidemiology and computational neuroscience.

    In the presented studies, the proposed methods allow for high efficiency of the parallel simulation, typically scaling well with the number of used computer cores. As the scaling typically depends on individual model properties, the studies also investigate which quantities have the greatest impact on the simulation performance.

    Finally, the presented studies include other insights into event-based computations, such as methods how to estimate parameter sensitivity in stochastic models and how to simulate models that include both deterministic and stochastic state transitions.

    Delarbeten
    1. Sensitivity estimation and inverse problems in spatial stochastic models of chemical kinetics
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Sensitivity estimation and inverse problems in spatial stochastic models of chemical kinetics
    2015 (Engelska)Ingår i: Numerical Mathematics and Advanced Applications: ENUMATH 2013, Springer, 2015, s. 519-527Konferensbidrag, Publicerat paper (Refereegranskat)
    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    Springer, 2015
    Serie
    Lecture Notes in Computational Science and Engineering ; 103
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-237184 (URN)10.1007/978-3-319-10705-9_51 (DOI)978-3-319-10704-2 (ISBN)
    Konferens
    ENUMATH 2013
    Projekt
    eSSENCEUPMARC
    Tillgänglig från: 2014-10-31 Skapad: 2014-11-28 Senast uppdaterad: 2018-11-12Bibliografiskt granskad
    2. Multiscale modelling via split-step methods in neural firing
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Multiscale modelling via split-step methods in neural firing
    2018 (Engelska)Ingår i: Mathematical and Computer Modelling of Dynamical Systems, ISSN 1387-3954, E-ISSN 1744-5051, Vol. 24, s. 426-445Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik Neurovetenskaper
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-332008 (URN)10.1080/13873954.2018.1488740 (DOI)000440605300005 ()
    Projekt
    UPMARCeSSENCE
    Tillgänglig från: 2018-08-01 Skapad: 2017-10-22 Senast uppdaterad: 2018-11-19Bibliografiskt granskad
    3. Fast event-based epidemiological simulations on national scales
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Fast event-based epidemiological simulations on national scales
    2016 (Engelska)Ingår i: The international journal of high performance computing applications, ISSN 1094-3420, E-ISSN 1741-2846, Vol. 30, s. 438-453Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Datavetenskap (datalogi) Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-264751 (URN)10.1177/1094342016635723 (DOI)000387763100005 ()
    Projekt
    UPMARCeSSENCE
    Tillgänglig från: 2016-04-11 Skapad: 2015-10-16 Senast uppdaterad: 2018-11-12Bibliografiskt granskad
    4. Efficient inter-process synchronization for parallel discrete event simulation on multicores
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Efficient inter-process synchronization for parallel discrete event simulation on multicores
    2015 (Engelska)Ingår i: Proc. 3rd ACM SIGSIM Conference on Principles of Advanced Discrete Simulation, New York: ACM Press, 2015, s. 183-194Konferensbidrag, Publicerat paper (Refereegranskat)
    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    New York: ACM Press, 2015
    Nationell ämneskategori
    Datavetenskap (datalogi)
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-260199 (URN)10.1145/2769458.2769476 (DOI)978-1-4503-3583-6 (ISBN)
    Konferens
    SIGSIM-PADS 2015
    Projekt
    UPMARC
    Tillgänglig från: 2015-06-10 Skapad: 2015-08-17 Senast uppdaterad: 2018-11-12Bibliografiskt granskad
    5. Exposing inter-process information for efficient parallel discrete event simulation of spatial stochastic systems
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Exposing inter-process information for efficient parallel discrete event simulation of spatial stochastic systems
    2017 (Engelska)Ingår i: Proc. 5th ACM SIGSIM Conference on Principles of Advanced Discrete Simulation, New York: ACM Press, 2017, s. 53-64Konferensbidrag, Publicerat paper (Refereegranskat)
    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    New York: ACM Press, 2017
    Nationell ämneskategori
    Datavetenskap (datalogi)
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-328367 (URN)10.1145/3064911.3064916 (DOI)978-1-4503-4489-0 (ISBN)
    Konferens
    SIGSIM-PADS 2017
    Projekt
    UPMARC
    Tillgänglig från: 2017-05-16 Skapad: 2017-08-22 Senast uppdaterad: 2018-11-12Bibliografiskt granskad
  • 16.
    Bauer, Pavol
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Sensitivity estimation and inverse problems in spatial stochastic models of chemical kinetics2015Ingår i: Numerical Mathematics and Advanced Applications: ENUMATH 2013, Springer, 2015, s. 519-527Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 17.
    Bauer, Pavol
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Mikulovic, Sanja
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Genetisk utvecklingsbiologi.
    Senek, Aleksandar
    Multiscale modelling via split-step methods in neural firing2018Ingår i: Mathematical and Computer Modelling of Dynamical Systems, ISSN 1387-3954, E-ISSN 1744-5051, Vol. 24, s. 426-445Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 18.
    Bauer, Pavol
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Widgren, Stefan
    Fast event-based epidemiological simulations on national scales2016Ingår i: The international journal of high performance computing applications, ISSN 1094-3420, E-ISSN 1741-2846, Vol. 30, s. 438-453Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 19.
    Bauer, Pavol
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Lindén, Jonatan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datorteknik.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Jonsson, Bengt
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datorteknik.
    Efficient inter-process synchronization for parallel discrete event simulation on multicores2015Ingår i: Proc. 3rd ACM SIGSIM Conference on Principles of Advanced Discrete Simulation, New York: ACM Press, 2015, s. 183-194Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 20. Benchaib, Mohamed Amine
    et al.
    Bouchnita, Anass
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Volpert, Vitaly
    Makhoute, Abdelkader
    Mathematical modeling reveals that the administration of EGF can promote the elimination of lymph node metastases by PD-1/PD-L1 blockade2019Ingår i: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, E-ISSN 2296-4185, Vol. 7, artikel-id 104Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 21.
    Berglund, Anders
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datorteknik.
    Eckerdal, Anna
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Learning practice and theory in programming education: Students’ lived experience2015Ingår i: Proc. 3rd International Conference on Learning and Teaching in Computing and Engineering, Los Alamitos, CA: IEEE Computer Society, 2015, s. 180-186Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 22.
    Berglund, Anders
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datorteknik.
    Eckerdal, Anna
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Learning to program: A discussion on the interplay of theory and practice2015Ingår i: Proc. 1st Al Baha University and Uppsala University Symposium on Quality in Computing Education, 2015, s. 16-18Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 23.
    Blamey, Ben
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Wrede, Fredrik
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Karlsson, Johan
    Hellander, Andreas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Toor, Salman
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Adapting the secretary hiring problem for optimal hot–cold tier placement under top-K workloads2019Ingår i: Proc. 19th International Symposium on Cluster, Cloud, and Grid Computing, Los Alamitos, CA: IEEE Computer Society, 2019, s. 576-583Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 24.
    Blanc, Emilie
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Hellander, Andreas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Mesoscopic modeling of stochastic reaction–diffusion kinetics in the subdiffusive regime2016Ingår i: Multiscale Modeling & simulation, ISSN 1540-3459, E-ISSN 1540-3467, Vol. 14, s. 668-707Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 25.
    Bouchnita, Anass
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Hellander, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Hellander, Andreas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    A 3D multiscale model to explore the role of EGFR overexpression in tumourigenesis2019Ingår i: Bulletin of Mathematical Biology, ISSN 0092-8240, E-ISSN 1522-9602, Vol. 81, s. 2323-2344Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 26.
    Bouchnita, Anass
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Volpert, Vitaly
    A multiscale model of platelet-fibrin thrombus growth in the flow2019Ingår i: Computers & Fluids, ISSN 0045-7930, E-ISSN 1879-0747, Vol. 184, s. 10-20Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 27. Boustedt, Jonas
    et al.
    Eckerdal, Anna
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    McCartney, Robert
    Sanders, Kate
    Thomas, Lynda
    Zander, Carol
    Students' perceptions of the differences between formal and informal learning2011Ingår i: Proc. 7th International Computing Education Research Workshop, New York: ACM Press , 2011, s. 61-68Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 28. Brumm, Bernd
    et al.
    Kieri, Emil
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    A matrix-free Legendre spectral method for initial–boundary value problems2016Ingår i: Electronic Transactions on Numerical Analysis, ISSN 1068-9613, E-ISSN 1068-9613, Vol. 45, s. 283-304Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 29.
    Bull, Jonathan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    A direct solver for the advection–diffusion equation using Green's functions and low-rank approximation2016Ingår i: Proc. 7th ECCOMAS Congress, European Community on Computional Methods in Applied Sciences (ECCOMAS), 2016, s. 7302-7316Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 30.
    Capuccini, Marco
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Enabling Scalable Data Analysis on Cloud Resources with Applications in Life Science2019Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Over the past 20 years, the rise of high-throughput methods in life science has enabled research laboratories to produce massive datasets of biological interest. When dealing with this "data deluge" of modern biology researchers encounter two major challenges: first, there is a need for substantial technical skills for dealing with Big Data and; second, infrastructure procurement becomes difficult. In connection to this second challenge, the computing model and business trend that was originally popularized by Amazon under the name of cloud computing represents an interesting opportunity. Instead of buying computing infrastructure upfront, cloud providers enable the allocation and release of virtual resources on-demand. These resources are then billed with a pay-per-use pricing model and physical infrastructure management is delegated to the provider. In this thesis, we introduce a number of methods for running Big Data analyses of biological interest using cloud computing. Considerable efforts were made in enabling the application of trusted, bioinformatics software to Big Data scenarios as opposed to reimplementing the existing codebase. Further, we improve the accessibility of the technology with the aim of reducing the entry barrier for biologists. The thesis includes 5 papers. In Papers I and II, we explore the applicability of Apache Spark, one of the leading Big Data analytics platforms in cloud environments, to two drug-discovery use cases. In Paper III, we present a general method for running bioinformatics analyses on the cloud using the microservices-oriented architecture. In Paper IV, we introduce a method that combines microservices and Apache Spark with the aim of providing the best of both technologies. In Paper V, we discuss how to reduce the entry barrier for the allocation of cloud research environments. We show that all of the developed methods scale well and we provide high-level programming interfaces for improving accessibility. We have also made the developed software publicly available.

    Delarbeten
    1. Conformal prediction in Spark: Large-scale machine learning with confidence
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Conformal prediction in Spark: Large-scale machine learning with confidence
    2015 (Engelska)Ingår i: Proc. 2nd International Symposium on Big Data Computing, Los Alamitos, CA: IEEE Computer Society, 2015, s. 61-67Konferensbidrag, Publicerat paper (Refereegranskat)
    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    Los Alamitos, CA: IEEE Computer Society, 2015
    Nationell ämneskategori
    Datavetenskap (datalogi)
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-283636 (URN)10.1109/BDC.2015.35 (DOI)000380459200007 ()978-0-7695-5696-3 (ISBN)
    Konferens
    BDC 2015, December 7–10, Limassol, Cyprus
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2015-12-10 Skapad: 2016-04-13 Senast uppdaterad: 2019-08-22Bibliografiskt granskad
    2. Large-scale virtual screening on public cloud resources with Apache Spark
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Large-scale virtual screening on public cloud resources with Apache Spark
    Visa övriga...
    2017 (Engelska)Ingår i: Journal of Cheminformatics, ISSN 1758-2946, E-ISSN 1758-2946, Vol. 9, artikel-id 15Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Bioinformatik (beräkningsbiologi)
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-318693 (URN)10.1186/s13321-017-0204-4 (DOI)000396830300001 ()28316653 (PubMedID)
    Projekt
    eSSENCE
    Tillgänglig från: 2017-03-06 Skapad: 2017-03-27 Senast uppdaterad: 2019-09-30Bibliografiskt granskad
    3. Interoperable and scalable data analysis with microservices: Applications in metabolomics
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Interoperable and scalable data analysis with microservices: Applications in metabolomics
    Visa övriga...
    2019 (Engelska)Ingår i: Bioinformatics, ISSN 1367-4803, E-ISSN 1367-4811, Vol. 35, nr 19, s. 3752-3760Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Bioinformatik (beräkningsbiologi)
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-390670 (URN)10.1093/bioinformatics/btz160 (DOI)
    </