Logotyp: till Uppsala universitets webbplats

uu.sePublikationer från Uppsala universitet
Ändra sökning
Avgränsa sökresultatet
12 1 - 50 av 67
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Träffar per sida
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
Markera
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 1. Arjmand, Doghonay
    et al.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Kreiss, Gunilla
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Temporal upscaling in micromagnetism via heterogeneous multiscale methods2019Ingår i: Journal of Computational and Applied Mathematics, ISSN 0377-0427, E-ISSN 1879-1778, Vol. 345, s. 99-113Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 2.
    Bauer, Pavol
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Sensitivity estimation and inverse problems in spatial stochastic models of chemical kinetics2015Ingår i: Numerical Mathematics and Advanced Applications: ENUMATH 2013, Springer, 2015, s. 519-527Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 3.
    Bauer, Pavol
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Mikulovic, Sanja
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Genetisk utvecklingsbiologi.
    Senek, Aleksandar
    Multiscale modelling via split-step methods in neural firing2018Ingår i: Mathematical and Computer Modelling of Dynamical Systems, ISSN 1387-3954, E-ISSN 1744-5051, Vol. 24, s. 426-445Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 4.
    Bauer, Pavol
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Widgren, Stefan
    Fast event-based epidemiological simulations on national scales2016Ingår i: The international journal of high performance computing applications, ISSN 1094-3420, E-ISSN 1741-2846, Vol. 30, s. 438-453Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 5.
    Bauer, Pavol
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Lindén, Jonatan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datorteknik.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Jonsson, Bengt
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datorteknik.
    Efficient inter-process synchronization for parallel discrete event simulation on multicores2015Ingår i: Proc. 3rd ACM SIGSIM Conference on Principles of Advanced Discrete Simulation, New York: ACM Press, 2015, s. 183-194Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 6.
    Blanc, Emilie
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Hellander, Andreas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Mesoscopic modeling of stochastic reaction–diffusion kinetics in the subdiffusive regime2016Ingår i: Multiscale Modeling & simulation, ISSN 1540-3459, E-ISSN 1540-3467, Vol. 14, s. 668-707Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 7.
    Bronstein, Samuel
    et al.
    Department of Mathematics and Applications, ENS Paris.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap.
    Marin, Robin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Bayesian inference in epidemics: linear noise analysis2023Ingår i: Mathematical Biosciences and Engineering, ISSN 1547-1063, E-ISSN 1551-0018, Vol. 20, nr 2, s. 4128-4152Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    This paper offers a qualitative insight into the convergence of bayesian parameter inference in a setup which mimics the modeling of the spread of a disease with associated disease measurements. Specifically, we are interested in the Bayesian model’s convergence with increasing amounts of data under measurement limitations. Depending on how weakly informative the disease measurements are, we offer a kind of ‘best case’ as well as a ‘worst case’ analysis where, in the former case, we assume that the prevalence is directly accessible, while in the latter that only a binary signal corresponding toa prevalence detection threshold is available. Both cases are studied under an assumed so-called linear noise approximation as to the true dynamics. Numerical experiments test the sharpness of our results when confronted with more realistic situations for which analytical results are unavailable.

    Ladda ner fulltext (pdf)
    fulltext
  • 8.
    Bull, Jonathan R.
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap.
    Distributed and Adaptive Fast Multipole Method in Three Dimensions2021Ingår i: Communications in Computational Physics, ISSN 1815-2406, E-ISSN 1991-7120, Vol. 30, nr 4, s. 959-984Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    We develop a general distributed implementation of an adaptive fast multipole method in three space dimensions. We rely on a balanced type of adaptive space discretization which supports a highly transparent and fully distributed implementation. A complexity analysis indicates favorable scaling properties and numerical experiments on up to 512 cores and 1 billion source points verify them. The parameters controlling the algorithm are subject to in-depth experiments and the performance response to the input parameters implies that the overall implementation is well-suited to automated tuning.

  • 9. Chevallier, Augustin
    et al.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Pathwise error bounds in multiscale variable splitting methods for spatial stochastic kinetics2018Ingår i: SIAM Journal on Numerical Analysis, ISSN 0036-1429, E-ISSN 1095-7170, Vol. 56, s. 469-498Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 10.
    Christoffersson, Gustaf
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi.
    Lomei, Jalal
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi.
    O'Callaghan, Paul
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi.
    Kreuger, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Phillipson, Mia
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi.
    Vascular sprouts induce local attraction of proangiogenic neutrophils2017Ingår i: Journal of Leukocyte Biology, ISSN 0741-5400, E-ISSN 1938-3673, Vol. 102, s. 741-751Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 11.
    Deglaire, Paul
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Elektricitetslära.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Ågren, Olov
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Elektricitetslära.
    Bernhoff, Hans
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Elektricitetslära.
    Analytical solutions for a single blade in vertical axis turbine motion in two dimensions2009Ingår i: European journal of mechanics. B, Fluids, ISSN 0997-7546, E-ISSN 1873-7390, Vol. 28, s. 506-520Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 12. Do-Quang, Minh
    et al.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Tornberg, Anna-Karin
    Amberg, Gustav
    The well-posedness of diffuse interface modeling of surfactants in two-phase fluid flow2013Ingår i: Wetting and Evaporation: Droplets of Pure and Complex Fluids, France: Aix-Marseille Université , 2013, s. 80-81Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 13. Drawert, Brian
    et al.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Hellander, Andreas
    URDME: a modular framework for stochastic simulation of reaction-transport processes in complex geometries2012Ingår i: BMC Systems Biology, E-ISSN 1752-0509, Vol. 6, s. 76:1-17Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 14.
    Ekeberg, Tomas
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Molekylär biofysik.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Liu, Jing
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Machine learning for ultrafast X-ray diffraction patterns on large-scale GPU clusters2015Ingår i: The international journal of high performance computing applications, ISSN 1094-3420, E-ISSN 1741-2846, Vol. 29, s. 233-243Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Ladda ner fulltext (pdf)
    fulltext
  • 15.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    A discrete spectral method for the chemical master equation2008Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 16.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Computing the moments of high dimensional solutions of the master equation2005Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 17.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Computing the moments of high dimensional solutions of the master equation2006Ingår i: Applied Mathematics and Computation, ISSN 0096-3003, E-ISSN 1873-5649, Vol. 180, s. 498-515Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 18.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Galerkin spectral method applied to the chemical master equation2009Ingår i: Communications in Computational Physics, ISSN 1815-2406, E-ISSN 1991-7120, Vol. 5, s. 871-896Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 19.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Gaussian quadratures with respect to discrete measures2006Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 20.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Numerical methods for the chemical master equation2006Licentiatavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    The numerical solution of chemical reactions described at the meso-scale is the topic of this thesis. This description, the master equation of chemical reactions, is an accurate model of reactions where stochastic effects are crucial for explaining certain effects observed in real life. In particular, this general equation is needed when studying processes inside living cells where other macro-scale models fail to reproduce the actual behavior of the system considered.

    The main contribution of the thesis is the numerical investigation of two different methods for obtaining numerical solutions of the master equation.

    The first method produces statistical quantities of the solution and is a generalization of a frequently used macro-scale description. It is shown that the method is efficient while still being able to preserve stochastic effects.

    By contrast, the other method obtains the full solution of the master equation and gains efficiency by an accurate representation of the state space.

    The thesis contains necessary background material as well as directions for intended future research. An important conclusion of the thesis is that, depending on the setup of the problem, methods of highly different character are needed.

    Ladda ner fulltext (pdf)
    fulltext
  • 21.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Numerical Solution Methods in Stochastic Chemical Kinetics2008Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    This study is concerned with the numerical solution of certain stochastic models of chemical reactions. Such descriptions have been shown to be useful tools when studying biochemical processes inside living cells where classical deterministic rate equations fail to reproduce actual behavior. The main contribution of this thesis lies in its theoretical and practical investigation of different methods for obtaining numerical solutions to such descriptions.

    In a preliminary study, a simple but often quite effective approach to the moment closure problem is examined. A more advanced program is then developed for obtaining a consistent representation of the high dimensional probability density of the solution. The proposed method gains efficiency by utilizing a rapidly converging representation of certain functions defined over the semi-infinite integer lattice.

    Another contribution of this study, where the focus instead is on the spatially distributed case, is a suggestion for how to obtain a consistent stochastic reaction-diffusion model over an unstructured grid. Here it is also shown how to efficiently collect samples from the resulting model by making use of a hybrid method.

    In a final study, a time-parallel stochastic simulation algorithm is suggested and analyzed. Efficiency is here achieved by moving parts of the solution phase into the deterministic regime given that a parallel architecture is available.

    Necessary background material is developed in three chapters in this summary. An introductory chapter on an accessible level motivates the purpose of considering stochastic models in applied physics. In a second chapter the actual stochastic models considered are developed in a multi-faceted way. Finally, the current state-of-the-art in numerical solution methods is summarized and commented upon.

    Delarbeten
    1. Computing the moments of high dimensional solutions of the master equation
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Computing the moments of high dimensional solutions of the master equation
    2006 (Engelska)Ingår i: Applied Mathematics and Computation, ISSN 0096-3003, E-ISSN 1873-5649, Vol. 180, s. 498-515Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-84013 (URN)10.1016/j.amc.2005.12.032 (DOI)000242276500008 ()
    Tillgänglig från: 2006-11-11 Skapad: 2006-11-11 Senast uppdaterad: 2018-11-12Bibliografiskt granskad
    2. Spectral approximation of solutions to the chemical master equation
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Spectral approximation of solutions to the chemical master equation
    2009 (Engelska)Ingår i: Journal of Computational and Applied Mathematics, ISSN 0377-0427, E-ISSN 1879-1778, Vol. 229, s. 208-221Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik Datavetenskap (datalogi)
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-97687 (URN)10.1016/j.cam.2008.10.029 (DOI)000266511500022 ()
    Tillgänglig från: 2008-11-07 Skapad: 2008-11-07 Senast uppdaterad: 2018-11-12Bibliografiskt granskad
    3. Galerkin spectral method applied to the chemical master equation
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Galerkin spectral method applied to the chemical master equation
    2009 (Engelska)Ingår i: Communications in Computational Physics, ISSN 1815-2406, E-ISSN 1991-7120, Vol. 5, s. 871-896Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik Datavetenskap (datalogi)
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-97688 (URN)000265386400002 ()
    Tillgänglig från: 2008-09-29 Skapad: 2008-11-07 Senast uppdaterad: 2018-11-12Bibliografiskt granskad
    4. Simulation of stochastic reaction-diffusion processes on unstructured meshes
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Simulation of stochastic reaction-diffusion processes on unstructured meshes
    2009 (Engelska)Ingår i: SIAM Journal on Scientific Computing, ISSN 1064-8275, E-ISSN 1095-7197, Vol. 31, s. 1774-1797Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik Datavetenskap (datalogi)
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-97689 (URN)10.1137/080721388 (DOI)000267746200008 ()
    Tillgänglig från: 2008-11-07 Skapad: 2008-11-07 Senast uppdaterad: 2018-11-12Bibliografiskt granskad
    5. Parallel in time simulation of multiscale stochastic chemical kinetics
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Parallel in time simulation of multiscale stochastic chemical kinetics
    2009 (Engelska)Ingår i: Multiscale Modeling & simulation, ISSN 1540-3459, E-ISSN 1540-3467, Vol. 8, s. 46-68Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Beräkningsmatematik Datavetenskap (datalogi)
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-97690 (URN)10.1137/080733723 (DOI)000271722900003 ()
    Tillgänglig från: 2008-11-07 Skapad: 2008-11-07 Senast uppdaterad: 2018-11-12Bibliografiskt granskad
    Ladda ner fulltext (pdf)
    FULLTEXT01
  • 22.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    On the stability of stochastic jump kinetics2014Ingår i: Applied Mathematics, ISSN 2152-7385, E-ISSN 2152-7393, Vol. 5, s. 3217-3239Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 23.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    On the stability of stochastic jump kinetics2012Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 24.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    On well-separated sets and fast multipole methods2011Ingår i: Applied Numerical Mathematics, ISSN 0168-9274, E-ISSN 1873-5460, Vol. 61, s. 1096-1102Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 25.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Parallel in time simulation of multiscale stochastic chemical kinetics2008Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 26.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Parallel in time simulation of multiscale stochastic chemical kinetics2009Ingår i: Multiscale Modeling & simulation, ISSN 1540-3459, E-ISSN 1540-3467, Vol. 8, s. 46-68Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 27.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Spectral approximation of solutions to the chemical master equation2009Ingår i: Journal of Computational and Applied Mathematics, ISSN 0377-0427, E-ISSN 1879-1778, Vol. 229, s. 208-221Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 28.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Stability and strong convergence for spatial stochastic kinetics2017Ingår i: Stochastic Processes, Multiscale Modeling, and Numerical Methods for Computational Cellular Biology, Springer, 2017, s. 109-125Kapitel i bok, del av antologi (Refereegranskat)
  • 29.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Stochastic simulation of pattern formation in growing tissue: A multilevel approach2019Ingår i: Bulletin of Mathematical Biology, ISSN 0092-8240, E-ISSN 1522-9602, Vol. 81, s. 3010-3023Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 30.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Strong convergence for split-step methods in stochastic jump kinetics2015Ingår i: SIAM Journal on Numerical Analysis, ISSN 0036-1429, E-ISSN 1095-7170, Vol. 53, s. 2655-2676Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Ladda ner fulltext (pdf)
    fulltext
  • 31.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Time-parallel simulation of stochastic chemical kinetics2008Ingår i: Numerical Analysis and Applied Mathematics: ICNAAM 2008, Melville, NY: American Institute of Physics (AIP), 2008, s. 174-177Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 32.
    Engblom, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Do-Quang, Minh
    Amberg, Gustav
    Tornberg, Anna-Karin
    On diffuse interface modeling and simulation of surfactants in two-phase fluid flow2013Ingår i: Communications in Computational Physics, ISSN 1815-2406, E-ISSN 1991-7120, Vol. 14, s. 879-915Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 33.
    Engblom, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap.
    Eriksson, Robin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap.
    Vilanova, Pedro
    Department of Mathematical Sciences, New Jersey Institute of Technology, Newark USA.
    Towards Confident Bayesian Parameter Estimation in Stochastic Chemical Kinetics2021Ingår i: Numerical Mathematics and Advanced Applications ENUMATH 2019: European Conference, Egmond aan Zee, The Netherlands, September 30 - October 4 / [ed] Fred J. Vermolen & Cornelis Vuik, Springer International Publishing Springer Nature, 2021, s. 373-380Konferensbidrag (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    We investigate the feasibility of Bayesian parameter inference for chemical reaction networks described in the low copy number regime. Here stochastic models are often favorable implying that the Bayesian approach becomes natural. Our discussion circles around a concrete oscillating system describing a circadian rhythm, and we ask if its parameters can be inferred from observational data. The main challenge is the lack of analytic likelihood and we circumvent this through the use of a synthetic likelihood based on summarizing statistics. We are particularly interested in the robustness and confidence of the inference procedure and therefore estimates a priori as well as a posteriori the information content available in the data. Our all-synthetic experiments are successful but also point out several challenges when it comes to real data sets.

  • 34.
    Engblom, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap.
    Eriksson, Robin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Widgren, Stefan
    Department of Disease Control and Epidemiology, National Veterinary Institute, SE-751 89 Uppsala, Sweden.
    Bayesian epidemiological modeling over high-resolution network data2020Ingår i: Epidemics, ISSN 1755-4365, E-ISSN 1878-0067, Vol. 32, artikel-id 100399Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Mathematical epidemiological models have a broad use, including both qualitative and quantitative applications. With the increasing availability of data, large-scale quantitative disease spread models can nowadays be formulated. Such models have a great potential, e.g., in risk assessments in public health. Their main challenge is model parameterization given surveillance data, a problem which often limits their practical usage. We offer a solution to this problem by developing a Bayesian methodology suitable to epidemiological models driven by network data. The greatest difficulty in obtaining a concentrated parameter posterior is the quality of surveillance data; disease measurements are often scarce and carry little information about the parameters. The often overlooked problem of the model's identifiability therefore needs to be addressed, and we do so using a hierarchy of increasingly realistic known truth experiments. Our proposed Bayesian approach performs convincingly across all our synthetic tests. From pathogen measurements of shiga toxin-producing Escherichia coli O157 in Swedish cattle, we are able to produce an accurate statistical model of first-principles confronted with data. Within this model we explore the potential of a Bayesian public health framework by assessing the efficiency of disease detection and -intervention scenarios.

    Ladda ner fulltext (pdf)
    fulltext
  • 35.
    Engblom, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Ferm, Lars
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Hellander, Andreas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Simulation of stochastic reaction-diffusion processes on unstructured meshes2008Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 36.
    Engblom, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Ferm, Lars
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Hellander, Andreas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Simulation of stochastic reaction-diffusion processes on unstructured meshes2009Ingår i: SIAM Journal on Scientific Computing, ISSN 1064-8275, E-ISSN 1095-7197, Vol. 31, s. 1774-1797Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 37.
    Engblom, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Hellander, Andreas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Multiscale simulation of stochastic reaction–diffusion networks2017Ingår i: Stochastic Processes, Multiscale Modeling, and Numerical Methods for Computational Cellular Biology, Springer, 2017, s. 55-79Kapitel i bok, del av antologi (Refereegranskat)
  • 38.
    Engblom, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Liu, Jing
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    X-ray laser imaging of biomolecules using multiple GPUs2014Ingår i: Parallel Processing and Applied Mathematics: Part I, Berlin: Springer-Verlag , 2014, s. 480-489Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 39.
    Engblom, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Lukarski, Dimitar
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Fast Matlab compatible sparse assembly on multicore computers2016Ingår i: Parallel Computing, ISSN 0167-8191, E-ISSN 1872-7336, Vol. 56, s. 1-17Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 40.
    Engblom, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Meinecke, Lina
    Mesoscopic modeling of random walk and reactions in crowded media2018Ingår i: Physical Review E. Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, ISSN 1539-3755, E-ISSN 1550-2376, Vol. 98, s. 033304:1-16, artikel-id 033304Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 41.
    Engblom, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Pender, Jamol
    Approximations for the moments of nonstationary and state dependent birth–death queues2014Ingår i: Computing Research Repository, nr 1406.6164Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
  • 42.
    Engblom, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Sunkara, Vikram
    Preconditioned Metropolis sampling as a strategy to improve efficiency in posterior exploration2016Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 43.
    Engblom, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Widgren, Stefan
    Data-driven computational disease spread modeling: from measurement to parametrization and control2017Ingår i: Disease Modelling and Public Health: Part A, Elsevier, 2017, s. 305-328Kapitel i bok, del av antologi (Refereegranskat)
  • 44.
    Engblom, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Wilson, Daniel B.
    Baker, Ruth E.
    Scalable population-level modelling of biological cells incorporating mechanics and kinetics in continuous time2018Ingår i: Royal Society Open Science, E-ISSN 2054-5703, Vol. 5, s. 180379:1-17, artikel-id 180379Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 45.
    Eriksson, Robin
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Widgren, Stefan
    Towards Bayesian parametrization of national scale epidemics2018Ingår i: MATHMOD 2018 Extended Abstracts, Vienna, Austria: ARGESIM Publisher , 2018, s. 65-66Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 46.
    Goude, Anders
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Elektricitetslära.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    A general high order two-dimensional panel method2018Ingår i: Applied Mathematical Modelling, ISSN 0307-904X, E-ISSN 1872-8480, Vol. 60, s. 1-17Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 47.
    Goude, Anders
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Elektricitetslära.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Adaptive fast multipole methods on the GPU2013Ingår i: Journal of Supercomputing, ISSN 0920-8542, E-ISSN 1573-0484, Vol. 63, s. 897-918Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 48.
    Goude, Anders
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Elektricitetslära.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Adaptive fast multipole methods on the GPU2012Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 49.
    Holm, Marcus
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Goude, Anders
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Elektricitetslära.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Dynamic autotuning of adaptive fast multipole methods on hybrid multicore CPU and GPU systems2014Ingår i: SIAM Journal on Scientific Computing, ISSN 1064-8275, E-ISSN 1095-7197, Vol. 36, s. C376-C399Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 50.
    Kennedy, Beatrice
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär epidemiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Fitipaldi, Hugo
    Hammar, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär epidemiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Maziarz, Marlena
    Tsereteli, Neli
    Oskolkov, Nikolay
    Varotsis, Georgios
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär epidemiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Franks, Camilla A.
    Nguyen, Diem
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär epidemiologi.
    Spiliopoulos, Lampros
    Adami, Hans-Olov
    Björk, Jonas
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Fall, Katja
    Grimby-Ekman, Anna
    Litton, Jan-Eric
    Martinell, Mats
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för folkhälso- och vårdvetenskap, Allmänmedicin och preventivmedicin.
    Oudin, Anna
    Sjöström, Torbjörn
    Timpka, Toomas
    Sudre, Carole H.
    Graham, Mark S.
    du Cadet, Julien Lavigne
    Chan, Andrew T.
    Davies, Richard
    Ganesh, Sajaysurya
    May, Anna
    Ourselin, Sébastien
    Pujol, Joan Capdevila
    Selvachandran, Somesh
    Wolf, Jonathan
    Spector, Tim D.
    Steves, Claire J.
    Gomez, Maria F.
    Franks, Paul W.
    Fall, Tove
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär epidemiologi.
    App-based COVID-19 syndromic surveillance and prediction of hospital admissions in COVID Symptom Study Sweden2022Ingår i: Nature Communications, E-ISSN 2041-1723, Vol. 13, artikel-id 2110Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The app-based COVID Symptom Study was launched in Sweden in April 2020 to contribute to real-time COVID-19 surveillance. We enrolled 143,531 study participants (≥18 years) who contributed 10.6 million daily symptom reports between April 29, 2020 and February 10, 2021. Here, we include data from 19,161 self-reported PCR tests to create a symptom-based model to estimate the individual probability of symptomatic COVID-19, with an AUC of 0.78 (95% CI 0.74–0.83) in an external dataset. These individual probabilities are employed to estimate daily regional COVID-19 prevalence, which are in turn used together with current hospital data to predict next week COVID-19 hospital admissions. We show that this hospital prediction model demonstrates a lower median absolute percentage error (MdAPE: 25.9%) across the five most populated regions in Sweden during the first pandemic wave than a model based on case notifications (MdAPE: 30.3%). During the second wave, the error rates are similar. When we apply the same model to an English dataset, not including local COVID-19 test data, we observe MdAPEs of 22.3% and 19.0% during the first and second pandemic waves, respectively, highlighting the transferability of the prediction model.

    Ladda ner fulltext (pdf)
    fulltext
12 1 - 50 av 67
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf