Logo: to the web site of Uppsala University

uu.sePublications from Uppsala University
EnglishSvenskaNorsk
Change search
ExportLink to record
Permanent link

Direct link
BETA

Project

Project type/Form of grant
Project grant
Title [sv]
Snabb, parallell screening för bakterier och deras antibiotikakänslighet med hjälp av superRCA
Title [en]
Rapid parallel screening for infectious agents and their antibiotic susceptibility using superRCA
Abstract [sv]
Bakteriella infektioner i form av sepsis och andra allvarliga tillstånd utgör dominerande hälsorisker både i västerlandet och i utvecklingsländer. Förutsättningar för framgångsrik behandling försämras hastigt av grasserande antibiotikaresistens. Det finns därför ett mycket stort behov av effektiva diagnostiska metoder som kan göra det möjligt att snabbt insätta optimal behandling vid infektioner. Vi har nyligen utvecklat en molekylär detektionsteknik som ger unika möjligheter att snabbt undersöka en mängd DNA sekvenser i ett prov med mycket hög känslighet och specificitet, och där resultaten enkelt kan utläsas med instrument som redan finns tillgängliga vid sjukhus. Inom ett pågående projekt har vi applicerat den molekylära tekniken, som vi kallar gap-fill superRCA, för att följa upp behandling av leukemipatienter genom att söka efter små mängder tumör DNA. Detta arbete har lett till att vi har startat företaget Rarity Bioscience. Genom vidareutveckling av tekniken inom det pågående projektet stött av Vetenskapsrådet har vi visat på och även och patentsökt möjligheten att samtidigt undersöka mycket stora antal specifika DNA sekvenser på ett mycket exakt sätt. Syftet med det aktuella projektet är att nu anpassa denna vidareutveckling av superRCA tekniken för att söka efter stora antal bakteriesekvenser i ett prov, och att samtidigt undersöka om eventuella bakterier bär på sekvenser som kan göra dem okänsliga för specifika antibiotika. Vi kommer också att lägga en grund för att kommersialisera sådana tester genom att jämföra med dagens teknik och undersöka patentsituationen. Projektet kommer att resultera i prober och protokoll som vi skall använda för att snabbt påvisa bakterieinfektioner i patientprov, samt planer hur dessa tekniker kan göras brett tillgängliga i form av kommersiellt tillgängliga tester för kliniskt bruk.
Abstract [en]
There is a great unmet need for broadly applicable techniques to rapidly identify any of large numbers of infectious agents and their antibiotic susceptibility in sepsis and other serious infectious diseases. My lab has developed a technique – gap-fill superRCA - with unique advantages for rapidly screening large sets of gene sequences at very high specificity and sensitivity. The technique can be applied with widely available lab instrumentation, simplifying the uptake of such new assays. The automated assay involves two consecutive padlock probing reactions and two rolling circle amplification reactions that together generate for each detected target molecule a digital object, which can be identified and enumerated via standard flow cytometers. In this proof of concept project we will adapt the procedure to screen for up to 100 different bacterial sequences as a means to select optimal therapy for sepsis patients. We will optimize the assay procedure and in parallel we will explore how this technology can best address clinical needs in infection medicine in collaboration with a leading bacteriologist at UU and a professor of clinical microbiology at KI. The aim is to arrive at a mature business strategy and a path to commercialization at an existing or newly started company, in line with established practice in my lab. 
Principal InvestigatorLandegren, Ulf
Coordinating organisation
Uppsala University
Funder
Period
2022-12-01 － 2024-12-31
National Category
Biomedical Laboratory Science/Technology
Identifiers
DiVA, id: project:8853Project, id: 2022-05281_VR

Search in DiVA

Biomedical Laboratory Science/Technology

Search outside of DiVA

GoogleGoogle Scholar
v. 2.49.0
|
WCAG
|
Uppsala University Library
|
Ask the Library
|
Log in to DiVA
|
Search and link in DiVA