Logo: to the web site of Uppsala University

uu.sePublications from Uppsala University
EnglishSvenskaNorsk
Change search
ExportLink to record
Permanent link

Direct link
BETA

Project

Project type/Form of grant
Grant to research environment
Title [sv]
Användning av evolutionsgenomik för att förstå cancer och andra sjukdomar
Title [en]
Mammalian and primate constraint to decipher human genetic disease and cancer
Abstract [sv]
Användning av evolutionsgenomik för att förstå cancer och andra sjukdomar  Människans arvsmassa innehåller cirka 20,000 gener som kodar för proteiner som bygger upp våra celler. Förutom generna innehåller arvsmassan signaler som talar om var, när och hur mycket protein som skall bildas. Det är mycket svårare att hitta och förstå funktionen för dessa reglerelement. Vi har analyserat arvsmassorna från 240 däggdjur och genom att se om en position är likadan hos alla däggdjuren kan vi bedöma om den är viktig för genreglering. Vi kommer nu titta på arvsmassor av fler ap- och hunddjur för att hitta mutationer med specifik betydelse för dessa artgrupper. Hundar får liknande sjukdomar och lever i samma miljö som människan. Rasstrukturen hos hundar gör det lättare att hitta sjukdomsgener eftersom de anrikas i vissa raser. Vi har kartlagt hundens arvsmassa och genererat verktyg för att hitta sjukdomsgener. Dessa verktyg har hjälpt oss att hitta gener inblandade i bl.a. amyotrofisk lateral skleros (ALS) och tvångssyndrom (OCD) hos hund. Flera sammanfaller med gener i motsvarande mänsklig sjukdom. Med hjälp av ytterligare precision av arvsmassans viktiga funktioner vill vi gå vidare med kartläggningen av sjukdomsgener och deras funktion i både hund och människa. Målet är att förstå vilka biologiska mekanismer som leder till sjukdom, vilket kan bidra till nya behandlingsmetoder. Cancer är vanligt hos både människor och hundar. Skelettcancer och hjärntumörer är exempel på mycket aggressiva tumörer med komplexa genetiska förändringar. Både nedärvda anlag och nya mutationer kan leda till att tumörer uppstår och sprider sig. Ofta studeras mutationer i proteinkodande gener men även reglerande mutationer kan vara kritiska för uppkomsten av cancer. Dessa vill vi studera hos både hund och människa med hjälp av våra 240 däggdjur. Med geneditering av celler vill vi också undersöka om vissa läkemedel kan påverka muterade celler. Detta kan i längden leda till bättre behandling av cancer. 
Abstract [en]
Evolutionary constraint is a unique identifier of functional sequences in the human genome. The level of constraint can define causative mutations for both inherited diseases and cancer. The major aim of this project is to identify evolutionary constraint across mammals and specifically on the primate and canine lineages. The generated constraint scores will be used to further characterize genome evolution as well as to identify variants that cause complex inherited diseases or cancers to develop.   Dogs are excellent spontaneous models for human disease and we utilize this to map genes in diseases where the disease phenotypes show the strongest homology e.g., amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and obsessive compulsive disorder (OCD). Genome-wide association mapping has identified thousands of associated regions, but it is still challenging to go beyond association and identify the disease-causing functional variants. By defining the level of evolutionary constraint, we can understand which mutations are more likely to cause altered gene expression. The same principle applies to somatic tumor mutations where non-coding mutations with high evolutionary constraint can point out novel cancer driver genes. We will use machine learning to better detect functional variants and perform large scale experimental analysis to validate functionality and to find the genes affected by the mutations. These datasets will provide a unique opportunity to decipher the biology of human disease.
Principal InvestigatorLindblad-Toh, Kerstin
Coordinating organisation
Uppsala University
Funder
Period
2024-01-01 － 2031-12-31
National Category
Medical Genetics
Identifiers
DiVA, id: project:8907Project, id: 2023-00391_VR

Search in DiVA

Medical Genetics

Search outside of DiVA

GoogleGoogle Scholar
v. 2.47.0
|
WCAG
|
Uppsala University Library
|
Ask the Library
|
Log in to DiVA
|
Search and link in DiVA