Logotyp: till Uppsala universitets webbplats

uu.sePublikationer från Uppsala universitet
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Quantitative evaluation of anharmonic bond potentials for molecular simulations
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi.ORCID-id: 0000-0002-6068-4585
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräkningsbiologi och bioinformatik.ORCID-id: 0000-0002-7659-8526
2025 (Engelska)Ingår i: Digital Discovery, E-ISSN 2635-098X, Vol. 4, nr 3, s. 824-830Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Most general force fields only implement a harmonic potential to model covalent bonds. In addition, in some force fields, all or a selection of the covalent bonds are constrained in molecular dynamics simulations. Nevertheless, it is possible to implement accurate bond potentials for a relatively small computational cost. Such potentials may be important for spectroscopic applications, free energy perturbation calculations or for studying reactions using empirical valence bond theory. Here, we evaluate different bond potentials for diatomic molecules. Based on quantum-chemical scans around the equilibrium distance of 71 molecules using the MP2/aug-cc-pVTZ level of theory as well as CCSD(T) with the same basis-set, we determine the quality of fit to the data of 28 model potentials. As expected, a large spread in accuracies of the potentials is found and more complex potentials generally provide a better fit. As a second and more challenging test, five spectroscopic parameters (ωe, ωexe, αe, Be and De) predicted based on quantum chemistry as well as the fitted potentials are compared to experimental data. A handful of the 28 potentials tested are found to be accurate. Of these, we suggest that the potential due to Hua (Phys. Rev. A, 42 (1990), 2524) could be a suitable choice for implementation in molecular simulations codes, since it is considerably more accurate than the well-known Morse potential (Phys. Rev., 34 (1929), 57) at a very similar computational cost.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Royal Society of Chemistry, 2025. Vol. 4, nr 3, s. 824-830
Nationell ämneskategori
Teoretisk kemi Atom- och molekylfysik och optik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-556755DOI: 10.1039/d4dd00344fISI: 001424676700001Scopus ID: 2-s2.0-86000743024OAI: oai:DiVA.org:uu-556755DiVA, id: diva2:1958847
Ingår i projekt
Kvantitativa molekylsimuleringar, Vetenskapsrådet
Forskningsfinansiär
Vetenskapsrådet, 2020-05059Vetenskapsrådet, 2022-06725Uppsala universiteteSSENCE - An eScience CollaborationNational Academic Infrastructure for Supercomputing in Sweden (NAISS)Tillgänglig från: 2025-05-16 Skapad: 2025-05-16 Senast uppdaterad: 2025-05-16Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(365 kB)183 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 365 kBChecksumma SHA-512
eec81d5ff70c36967b153c6ef47cc1c9b1cac44a65624278eb1cd801b9597f6eca2e0e2fd96b944fd30959007868b003d0979e065aeea63e589b596f7b7a8964
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextScopus

Person

van Maaren, Paul J.Van der Spoel, David

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
van Maaren, Paul J.Van der Spoel, David
Av organisationen
Institutionen för cell- och molekylärbiologiBeräkningsbiologi och bioinformatik
I samma tidskrift
Digital Discovery
Teoretisk kemiAtom- och molekylfysik och optik

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 184 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 667 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf