Logotyp: till Uppsala universitets webbplats

uu.sePublikationer från Uppsala universitet
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Non-Uniform Sampling for Quantitative NOESY
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC. (Center of Excellence for the Chemical Mechanisms of Life)ORCID-id: 0009-0009-3161-8210
Harvard Med Sch, Dept Biol Chem & Mol Pharmacol, Boston, MA USA..
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Organisk kemi. (Center of Excellence for the Chemical Mechanisms of Life)ORCID-id: 0000-0003-0359-5970
2025 (Engelska)Ingår i: Magnetic Resonance in Chemistry, ISSN 0749-1581, E-ISSN 1097-458X, Vol. 63, nr 7, s. 495-507Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Non-uniform sampling (NUS) enables faster acquisition of NMR spectra. Concerns about spectral fidelity, particularly in high-dynamic-range experiments like NOESY, have limited its quantitative applications. In this study, we assessed whether optimised Poisson-gap sampling schemes can generate high-fidelity spectra suitable for quantitation and evaluated the effectiveness of NUS ranking tools, NUSscore and nus-tool, in identifying optimal sampling schemes. A total of 25,000 Poisson-gap sampling schemes were generated and ranked using NUSscore, with a subset of 11 of these spanning the score distribution, alongside 15 random-shuffle and the highest and lowest scoring Poisson-gap schemes determined using the signal apex-to-artefact ratio were used for comparison, all with 50% sampling coverage. Additionally, hybrid sampling schemes incorporating a long initial uniformly sampled section, termed US-NUS hybrid schemes, were evaluated. Spectral fidelity was evaluated on interproton distance accuracy, including the proportion of retained interproton distances and their deviation from uniformly sampled reference spectra. NUSscore showed a strong correlation with spectral fidelity. The peak-to-sidelobe ratio implemented in nus-tool showed no correlation, with the relative sensitivity metric showing a weak correlation. Signal-to-artefact apex ratio was also not predictive for identifying sampling schedules with maintained interproton distances. All Poisson-gap sampling schemes however outperformed random-shuffle. The US-NUS hybrids demonstrated improved interproton distance conservation than traditional Poisson-gap sampling schemes with a low seed dependence, making them a promising sampling schedule for quantitative NOESY analysis.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
John Wiley & Sons, 2025. Vol. 63, nr 7, s. 495-507
Nyckelord [en]
NOESY, non-uniform sampling, NUS, quantitative NOE
Nationell ämneskategori
Molekylärbiologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-566304DOI: 10.1002/mrc.5529ISI: 001489122300001PubMedID: 40376759Scopus ID: 2-s2.0-105005098738OAI: oai:DiVA.org:uu-566304DiVA, id: diva2:1995405
Forskningsfinansiär
VetenskapsrådetTillgänglig från: 2025-09-05 Skapad: 2025-09-05 Senast uppdaterad: 2025-09-05Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(4405 kB)32 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 4405 kBChecksumma SHA-512
9018977a44ee869d4eef479473c4476cedc87743a07fd689a11df3e7a351e02e61a1737f5ea6363afc19125591a30c2c5c24cd4230b67381f2dabb480628907f
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMedScopus

Person

Erdélyi, Máté

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Darling, William T. P.Erdélyi, Máté
Av organisationen
Institutionen för kemi - BMCOrganisk kemi
I samma tidskrift
Magnetic Resonance in Chemistry
Molekylärbiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 32 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 383 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf