Logo: to the web site of Uppsala University

uu.sePublications from Uppsala University
Change search
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Verktyg för optimerat val av testpanelerför antibiotikasensitivitetstester
(23X4)
(23X4)
(23X4)
(23X4)
Show others and affiliations
2023 (Swedish)Independent thesis Basic level (degree of Bachelor), 10 credits / 15 HE creditsStudent thesis
Abstract [sv]

Denna rapport beskriver ett projekt vars syfte är att underlätta valet av bakteri- estammar till testpaneler som används av Q-lineas instrument ASTar®. ASTar® är ett automatiserat instrument för snabb antibiotikasensitivitetstestning (AST). Med testpanel menas en uppsättning av bakteriestammar som används för träning av den algoritm som används av ASTar®. De huvudsakliga målen med detta projekt är att ta fram indikatorer som kan användas för att utvärdera en testpanel samt att skapa verktyg för visualisering av en testpanel. Indikatorerna återspeglar en pa- nels spridning, täckning och redundans. Spridning är hur många olika MIC-värden en testpanel innefattar för varje antibiotikum och hur utspridda de är, täckning är antalet MIC-värden som varje antibiotikum har i en testpanel och redundans är kopplat till hur unikt varje MIC-värde på panelen är. Med MIC-värden menas den minsta koncentration av antibiotika som hämmar en bakteries tillväxt. I detta projekt har indikatorer tagits fram för att kunna kvantifiera en panels spridning, täckning och redundans, och enkelt kunna jämföra olika testpaneler utifrån dessa aspekter. Ett skript compare.py har skrivits i programmeringsspråket Python för att skapa en visualisering som jämför de kvantitativa indikatorvärdena för olika paneler i relation till de högsta möjliga värdena. Ytterligare ett skript, master_vis.py har skrivits för att generera olika visualiseringar av en panel och dess täckning, sprid- ning och redundans. Sex olika grafer och två tabeller kan genereras med detta skript. Dessa visualiseringar och tabeller visar bland annat hur utspridda MIC-värdena är på en panel, hur många känsliga, intermediära och resistenta MIC-värden som finns för varje antibiotikum på en panel och hur många unika MIC-värden som finns för varje stam på panelen. Slutligen har även ett tredje skript skrivits, kallat isola- te_selection.py. Detta skript utgår från de framtagna kvantitativa indikatorerna för att välja ett specificerat antal stammar till en panel och utvecklades för att under- söka hur indikatorerna skulle kunna användas för att påverka stamvalet. Möjligen skulle en liknande implementering kunna göras i Q-lineas nuvarande stamvalsskript. Samtliga skript, visualiseringar och beräkningsmetoder som har arbetats fram i det- ta projekt är tänkta att kunna användas av Q-linea för att underlätta deras fram- tagning och utvärdering av testpaneler.

Place, publisher, year, edition, pages
2023. , p. 38
Keywords [sv]
Antibiotikaresustens, Antibiotikasensitivitetstestning (AST), Minsta inhiberande koncentration (MIC), Python, Träningsdata, Visualisering
National Category
Bioinformatics (Computational Biology)
Identifiers
URN: urn:nbn:se:uu:diva-502910OAI: oai:DiVA.org:uu-502910DiVA, id: diva2:1762142
Educational program
Molecular Biotechnology Engineering Programme
Supervisors
Examiners
Available from: 2023-06-02 Created: 2023-06-02 Last updated: 2023-06-02Bibliographically approved

Open Access in DiVA

fulltext(2852 kB)113 downloads
File information
File name FULLTEXT01.pdfFile size 2852 kBChecksum SHA-512
7f8ec9af8441abf5449bdde7efabe5ec04e3795310503d5bef8f520fd3d490c43cf5c553d2f1da0271168570405cf2392da7b6d1281479768c9d61585474bfa3
Type fulltextMimetype application/pdf

Search in DiVA

By author/editor
Ancker, JuliaBerg, ElinBjörkman, ThereseMalmvall, HannaAbdullahi, HanadWong, Victor
By organisation
Biology Education Centre
Bioinformatics (Computational Biology)

Search outside of DiVA

GoogleGoogle Scholar
Total: 113 downloads
The number of downloads is the sum of all downloads of full texts. It may include eg previous versions that are now no longer available

urn-nbn

Altmetric score

urn-nbn
Total: 173 hits
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf